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甘氨酰基转运RNA合酶1-分歧转录本在乳腺癌中的表达及其临床意义
编辑人员丨1周前
目的:探讨乳腺癌患者血清外泌体中长链非编码RNA(lncRNA)甘氨酰基转运RNA合酶1-分歧转录本(GARS1-DT)的表达及其与临床病理特征的关系。方法:收集2017年1月至2018年1月就诊于新疆医科大学附属肿瘤医院乳腺甲状腺外科的乳腺癌患者血清64例及乳腺良性肿瘤患者血清4例,进行外泌体提纯分离及鉴定。对4例乳腺癌外泌体和4例乳腺良性肿瘤外泌体进行高通量测序,筛选差异表达的lncRNA,对差异lncRNA进行靶基因预测与富集分析,确定与氧化应激相关的lncRNA GARS1-DT。采用RT-qPCR验证60例乳腺癌外泌体中GARS1-DT的表达水平以及与临床病理特征的相关性分析,两组之间比较采用 t检验,多组间均数比较采用方差分析、 χ2检验分析表达水平与临床病理特征的相关性。 结果:乳腺癌血清外泌体中GARS1-DT的表达水平显著低于乳腺良性肿瘤血清外泌体GARS1-DT(0.114±0.026比1.015±0.330, t=5.430, P<0.01),在有淋巴结转移组中该基因表达显著低于无淋巴结转移组(0.641±0.491比1.066±0.590, t=3.021, P<0.01),Luminal B型乳腺癌组显著低于三阴型乳腺癌组(0.502±0.362比1.114±0.517, F=3.391, P<0.05)。相关性分析结果显示,GARS1-DT的差异表达与患者年龄、孕激素受体(PR)表达、淋巴结转移和月经状况、分子分型等明显相关( χ2=5.644、5.658、9.094、5.220、7.933, P<0.05)。 结论:GARS1-DT在乳腺癌中显著表达下调,通过顺式调控靶基因GARS1,影响乳腺癌临床病理因素。
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编辑人员丨1周前
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一个远端型遗传性运动神经病V型家系分析
编辑人员丨1周前
目的:报道1个远端型遗传性运动神经病V型家系的临床和电生理特点,筛查其致病基因。方法:收集1个2017年7月就诊于郑州大学第一附属医院的遗传性周围神经病家系,完善体格检查、电生理检测,应用高通量靶向测序筛查其致病基因,并在家系内和正常人群中筛查候选突变。结果:该家系共有4例患者。先证者男性,25岁,主要表现为缓慢进展的四肢远端肌肉萎缩、无力,上肢远端较早受累且上肢受累严重,不伴有明显感觉异常。肌电图显示神经源性改变,运动神经传导速度减慢伴神经复合肌肉动作电位波幅降低,感觉神经未见异常。先证者外公、舅舅和表弟有类似临床表现和肌电图表现。靶向测序发现先证者存在GARS基因c.880G>A(p.G294R)突变,其母亲及患病舅舅和表弟存在此突变,家系内其他正常人及300名正常对照者均不携带此变异。该突变为新发突变,在dbSNP、ExAC和 1000G数据库中均未有报道。结论:首次在远端型遗传性运动神经病V型家系中发现GARS基因c.880G>A(p.G294R)突变,扩大了GARS基因突变致病谱。
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编辑人员丨1周前
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儿童肾上腺皮质癌表达谱时序分析用于筛选相关靶点的研究
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨肾上腺皮质癌(ACT)潜在致病机制,并筛选出可能作为相关生物靶标的基因.方法 从基因表达数据库Gene Expression Omnibus (GEO)中选取儿童ACT相关RNA芯片数据集(GSE75415),利用R语言的相关函数包对其中的18个ACT组织样本(实验组)以及7个正常肾上腺皮质组织样本(对照组)中的mRNA表达数据进行预处理差异表达分析,对ACT各分级(stage1~4)的差异表达基因(DEGs)和重合差异基因(OLDEGs),采用功能富集分析(GO功能富集和KEGG通路),并筛选出中心基因.同时对TCGA数据库包括79个ACT样本的二代测序数据进行分析,筛选出对ACT患者生存时间有影响的基因.结果 Stage1~4分别有248、334、315和561个基因发生了差异表达,各分级样本组间存在73个重合基因(OLDEGs),中心基因HSPA13、GARS、STXBP1、AKIRIN1、TUBB3在各分级中均表达上调,中心基因ADH1B、DCN、RASSF2、PDGFRA、PLAT、C3、FOS在各分级中均表达下调,它们通过影响免疫反应、细胞周期、磷酸化、凝血及相应的信号通路,对ACT的发生与发展发挥作用.另外,OLDEGs在79个TCGA数据库ACT样本生存期分析发现,基因XPO1、RACGAP1、PDGFD、NR4A2、MXRA5、VPS51、TMED3、NDFIP1和CDKN1C与ACT的生存期密切相关.结论 在各级中均差异表达的基因和生存期相关基因可以作为ACT治疗的新靶点,这将有助于进一步理解肾上腺皮质癌的病因和预后治疗.
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编辑人员丨2023/8/6
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远端遗传性运动神经元病Ⅴ型一家系的基因分析
编辑人员丨2023/8/6
目的 对1个远端遗传性运动神经元病Ⅴ型家系进行基因及产前诊断.方法 应用PCR-测序技术检测该家系先证者GARS和BSCL2基因外显子的突变情况,检测其家系成员及100名健康对照突变位点的碱基序列以排除多态性.为家系中的孕妇提供产前诊断.结果 PCR-测序结果显示先证者GARS基因未见突变,BSCL2基因存在c.269C>T (p.S90L)杂合突变,使丝氨酸密码子(TCG)突变为亮氨酸密码子(TTG).家系中其他3例患者该位点同样存在BSCL2 c.269C>T(p.S90L)杂合突变,家系中未患病者及100名健康对照该位点未见突变.产前诊断结果显示羊水标本该位点未见突变.结论 该远端遗传性运动神经元病Ⅴ型家系存在BSCL2基因的致病性突变,产前诊断表明胎儿的BSCL2基因未发生突变.
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编辑人员丨2023/8/6
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甘氨酰tRNA合成酶和肺腺癌临床特征的关系研究
编辑人员丨2023/8/6
目的:探索甘氨酰tRNA合成酶(glycyl-tRNA synthetase,GARS)和肺腺癌临床特征的关联.方法:我们首先从GEO、TCGA数据库中获取了肺腺癌的基因表达数据和临床信息;接着我们通过非参数检验分别分析了GARS在肺腺癌组织和正常肺组织之间的表达差别,并且我们通过免疫组化的方式探索了肺腺癌组织和正常组织中GARS的蛋白表达;然后我们分析了GARS表达水平和肺腺癌总生存期、无进展生存期之间的关系;最后我们分析了GARS表达量和肺腺癌人口学特点、生长大小、浸润转移、分期以及肿瘤恶性生物学标志物之间的关系.结果:我们发现GARS在肺腺癌中高表达,且高表达GARS的病人具有较差的总生存期和无进展生存期;而且GARS和肺腺癌的肿瘤大小、临床分期显著相关;最后我们发现GARS和一系列肿瘤恶性标志物呈正相关.结论:我们的研究表明GARS和肺腺癌恶性程度有关,高表达的GARS往往预示着较差的临床特征.
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编辑人员丨2023/8/6
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中国人群遗传性周围神经病的致病基因分布
编辑人员丨2023/8/5
目的:分析中国汉族人群遗传性周围神经病(hereditary peripheral neuropathy,HPN)致病基因的分布特点,探讨HPN与相关疾病的潜在发病机制和治疗前景.方法:收集2007年1月到2022年5月在北京大学第三医院和中日友好医院诊治的HPN先证者666个,用多重连接探针扩增技术确定PMP22重复和缺失突变后,用二代测序基因包或全外显子组测序,Sanger法进行一代验证,分析比较结果.结果:腓骨肌萎缩症(Charcot-Marie-Tooth,CMT)在HPN中所占比例最高,为74.3%(495/666),其中69.1%(342/495)的患者获得基因确诊.最常见的基因突变为PMP22重复、MFN2和GJB1突变,占CMT总体确诊患者的71.3%(244/342).遗传性运动神经病(hereditary motor neuropathy,HMN)所占比例为16.1%(107/666),43%(46/107)为基因确诊,最常见的基因突变为HSPB1、t-RNA合成酶相关基因(aminoacyl-tRNA synthetases)和SORD突变,占HMN总体确诊患者的50%(23/46).HMN的部分基因可以合并多种临床表型,如HSPB1、GARS、IGHMBP2可同时引起HMN和CMT,HMN叠加综合征的患者与肌萎缩侧索硬化(KIF5A、FIC4、DCTN1、SETX、VRK1)、遗传性痉挛性截瘫(KIF5A、ZFYVE26、BSCL2)和脊肌萎缩症(MORC2、IGHMBP2、DNAJB2)有共同的致病基因.遗传性感觉自主神经病(hereditary sensory and autosomal neu-ropathy,HSAN)在HPN中所占的比例较小,为2.6%(17/666),最常见的致病基因为SPTLC1突变.引起遗传性淀粉样周围神经病的基因主要是TTR,本研究中最常见的基因突变位点是p.A117S和p.V50M,表现为晚发和比较突出的自主神经受累.结论:CMT和HMN是最常见的HPN,HMN与CMT2的致病基因有很多交叉,部分HMN致病基因与肌萎缩侧索硬化、遗传性痉挛性截瘫和脊肌萎缩症有重叠,提示不同疾病之间可能存在潜在的共同致病通路.
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编辑人员丨2023/8/5
