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北京市市售结球生菜诺如病毒和轮状病毒污染状况调查
编辑人员丨5天前
目的:调查北京市市售结球生菜诺如病毒(norovirus,NoV)和轮状病毒(rotavirus,RV)污染情况。方法:2015年11月至2016年10月,在北京市某菜市场摊位采集结球生菜54件。用离心法和直接法,分别对应3种洗脱液洗脱菜叶中病毒并浓缩,用荧光PCR法检测NoV和RV核酸。用半巢式RT-PCR方法扩增NoV阳性样本的衣壳蛋白区基因,PCR产物直接测序,用BioEdit7.0. 9.0软件进行序列比对,用MEGA6.06软件构建进化树。结果:54件结球生菜,未检出RV。NoV总检出率为11.1%(6/54),其中GI组1件、GⅡ组3件、GI/GⅡ组混合2件。春夏秋冬季检出率依次为8.3%(1/12)、0.0%(0/8)、28.6%(4/14)和5.0%(1/20)。1件GⅡ阳性样本测序成功,为GⅡ.3基因型,该毒株与2014年广东省人源毒株KY348698相似性最高100.0%。结论:北京市市售部分结球生菜存在人源NoV污染,生食未洗净结球生菜有引起病毒性急性胃肠炎的风险。
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编辑人员丨5天前
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2022年我国GII.17[P17]诺如病毒急性胃肠炎暴发流行病学特征
编辑人员丨5天前
目的:了解我国2022年GII.17[P17]诺如病毒(Norovirus,NoV)急性胃肠炎(acute gastroenteritis,AGE)暴发的流行病学特征。方法:收集2022年1~12月AGE暴发信息及标本,应用real-time RT-PCR对样本进行NoV核酸检测,阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析。结果:2022年1~12月,共报告NoV引起的AGE暴发360起,其中266起成功获得基因分型结果,GII.17[P17]为主要基因型之一,为34起(12.78%,34/266),春季检出最多(3月6起和5月7起),主要发生在托幼机构和小学(61.76%,21/34)。对不同年龄组感染GII.17[P17]基因型的差异进行比较发现,5岁以下、6~18岁、19~65岁、65岁以上这四个年龄组的GII.17[P17]基因型NoV感染病例占GII基因型NoV感染病例的比例分别为11.78%(53/450)、23.52%(32/136)、52.52%(52/99)、36.36%(4/11)。本研究14株GII.17[P17]基因组在衣壳区和聚合酶区分别属于Cluster III b和Cluster III(Kawasaki308)的SC III分支,均与引起我国2014/15季节AGE暴发流行GII.17[P17]新变异株(GZ41621株)同属一簇。与Cluster I、Cluster II和Cluster IIIa相比,Cluster IIIb存在22个氨基酸位点变化,本研究NoV毒株所在Cluster III b主要的氨基酸变化为:抗原表位A的T294I、Q299R,在抗原表位D发生了一个插入突变,人组织血型抗原受体结合位点site I的H353Q。选择压力分析检测到了大量负向选择位点,表明负向选择对VP1基因进化起着重要作用。结论:GII.17[P17]是2022年引起我国NoV AGE暴发的主要基因型之一,本研究的GII.17[P17]毒株与引起我国2014/15季节AGE暴发流行的GII.17[P17]新变异株(GZ41621株)仍同属一簇,在潜在表位发生少量氨基酸变异。
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编辑人员丨5天前
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2022—2023年福建省监测点环境污水中诺如病毒的检测和型别分布特征分析
编辑人员丨5天前
目的:了解福建省3个监测点环境污水中诺如病毒(norovirus, NoV)检出情况及型别分布特征,探索其应用于NoV监测的意义。方法:每月在代表性监测地区5个采样点采集污水,富集浓缩后,用逆转录半巢式-聚合酶链反应(reverse transcription-semi nested polymerase chain reaction, RT-snPCR)扩增NoV VP1部分基因片段,TA克隆后测序进行基因型别分析。结果:2022年7月至2023年6月共收集污水标本56份,GⅠ和GⅡ检出率分别为89.29%(50/56)和94.64%(53/56)。检出GⅠ组7种基因型和GⅡ组13种基因型,其中GⅠ.1、GⅠ.4、GⅡ.4和GⅡ.17为优势基因型。不同采样点检出基因型别不完全一致;2022年8~11月NoV检出率较低,且不同季节流行优势基因型不同,GⅠ.1和GⅡ.4在2022年8~11月呈高流行,但2022年12月到2023年6月分别被GⅠ.4和GⅡ.17取代。2023年1~6月相较2022年7~12月检出型别丰度更高。优势基因型GII.17具有多进化分支,发现了不同于2014/2015年流行株的新变异株。结论:环境污水NoV检出率高且基因型别多样,具备发现新变异病毒株的能力,环境污水监测可做为NoV病例监测的重要补充手段。
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编辑人员丨5天前
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诺如病毒混合基因型致沈阳市某高校胃肠炎暴发的分子流行病学分析
编辑人员丨5天前
目的:明确2020年11月沈阳市一起由混合基因型诺如病毒引起的某高校胃肠炎暴发的分子流行病学特征。方法:收集该起暴发的流行病学和病例临床信息,采集病例粪便或肛拭子样本、相关餐具等样本,采用实时荧光RT-PCR对胃肠炎主要病毒(诺如病毒等)进行检测,诺如病毒阳性样本进行RT-PCR扩增,PCR产物测序,采用Mega 7.0软件进行序列分析。结果:2020年11月16~30日该高校共报告疑似病例229例,罹患率2.8%(229/8 270)。临床症状中腹泻占比最高(92.7%),不同症状之间差异有统计学意义( χ2=46.683, P<0.001)。在229名感染患者中,男女比为1 : 79(82 : 147);各年龄段均有发病,<20岁的人群罹患率最高53.3%(122/229);校内不同职业的罹患率差异有统计学意义( χ2=433.049, P<0.001)。229份病例和90份环境样本的检出率分别为34.1%(78/229)和8.9%(8/90)。采用分型RT-PCR对86份诺如病毒阳性样本进行扩增及测序,其中19份样本测序成功,共分为4个基因型,分别为GII.4 Sydney [P16](1份,5.3%)、GII.6a[P7](11份,57.9%)、GII.2[P16](5份,26.3%)和GI.7b[P7](3份,15.8%),其中有1份为GII.6a[P7]和GI.7b[P7]混合感染,每个基因型的标本序列同源性均在99.6%~100%之间。 结论:该起暴发由4种诺如病毒基因型共同感染引起,存在GI和GII组混合感染病例,为今后高校诺如病毒胃肠炎暴发的预防控制提供了科学依据。
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编辑人员丨5天前
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2017—2020年天津市GII型诺如病毒感染的流行病学特征
编辑人员丨5天前
目的:分析天津市住院急性胃肠炎患儿中诺如病毒(norovirus, NoV)感染的流行病学及临床特征,为临床诊疗提供理论依据。方法:收集2017年8月至2020年7月天津市儿童医院住院急性胃肠炎患儿的粪便标本,采用实时荧光逆转录聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR)检测NoV,采用普通RT-PCR方法对阳性样本衣壳蛋白VP1区进行扩增,产物送检测序后基于序列进行分型,并比较感染不同基因型NoV患儿的临床症状差异。结果:NoV检出率为26.5%(1 703/6 432),761份阳性样本获得VP1区测序信息,共得到7种基因型,其中GII.4、GII.3、GII.2、GII.17、GII.1、GII.13和GII.6型分别占55.5%(422/761)、36.7%(279/761)、4.9%(37/761)、0.9%(7/761)、0.8%(6/761)、0.8%(6/761)和0.5%(4/761);GII.4型均为GII.4 Sydney 2012。感染GII.4和GII.其他型的患儿发病季节分布差异具有统计学意义( χ2=103.53, P<0.001);感染GII.4型较其他型NoV的患儿更易出现腹泻、呕吐和脱水症状( χ2=8.42, P=0.004; χ2=20.39, P<0.001; χ2=4.99, P=0.025)。 结论:2017—2020年天津市儿童NoV感染以GII.4和GII.3型为主,且基因型呈多样性,感染GII.4型患儿更易出现腹泻、呕吐和脱水症状。
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编辑人员丨5天前
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高通量测序在南京地区一起诺如病毒暴发中的应用
编辑人员丨5天前
目的:对南京地区某高校一起GII.2[P16]引起的急性胃肠炎暴发疫情进行分子流行病学研究,为本地疫情控制和处置提供科学依据。方法:对暴发中采集到的样本进行荧光定量PCR鉴定诺如病毒,一步法RT-PCR扩增和一代测序,对部分阳性样本用通用引物进行高通量测序。结果:96份样本共检出13份GII阳性,其中8份一代测序结果为GII.2[P16],同源性达99.6%~100%,与2016—2020年参考株在同一分支上,推断此次疫情传染源为同一来源,且与2016年以后全球流行株同源性较高。取6份阳性样本用通用引物进行高通量测序,获得4株GII.2[P16]全基因组序列(2株学生患者A、E和2株无症状厨师G)。进化树显示厨师G第三次采样结果与厨师G第一次采样和学生患者结果存在一定距离。厨师G两条全基因组序列共有4处发生碱基替换,其中在6 221 bp处发生非同义突变,其余位置均为同义突变。VP1区381氨基酸残基处,即主要HBGA位点II旁,发生氨基酸改变(D381N)。结论:鉴于此次研究在一起暴发的无症状厨师中检出诺如病毒,且宿主体内持续排毒会导致碱基突变,建议在诺如病毒流行期间(10月至次年3月),加强对无症状食品处理人员诺如病毒监测。
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编辑人员丨5天前
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河北省保定市一起水源性诺如病毒暴发疫情的流行特征及病原学研究
编辑人员丨5天前
目的:对河北省保定市一起水源性诺如病毒感染性腹泻暴发疫情进行调查分析,了解其流行特征,确定致病原。方法:开展现场流行病学调查,采集患者呕吐物、肛拭子或粪便标本,居民末梢水以及污水井井水标本,采用荧光定量PCR(real-time PCR)检测诺如病毒核酸,对阳性标本进行扩增并测序分析。结果:该小区发现病例70例,罹患率为2.33%。17份患者样本和6份水样经荧光定量PCR法检测均出现GI和/或GII核酸阳性。测序分析显示患者样本和污水井井水的诺如病毒都为GI.6和GII.2这两种基因型,序列同源性均高于98.8%。结论:本次疫情为一起由水源水污染导致的诺如病毒感染性胃肠炎暴发疫情,需加强对水源水的日常管理,定期消毒,广泛宣传,预防此类事件的发生。
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编辑人员丨5天前
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GⅡ.17[P17]型诺如病毒基因系统发育聚类特征分析
编辑人员丨5天前
目的:了解GⅡ.17[P17]型诺如病毒不同基因的发育聚类特征,为GⅡ.17[P17]序列的准确聚类提供依据。方法:收集2023年3月至5月聚集性疫情中的GⅡ.17[P17]阳性标本,二代测序获得全基因组序列,与GenBank下载的参考株序列共同构建进化树,分别对各基因(Nterm、NTP、P22、VPg、Pro、RdRp、VP1和VP2)序列进行系统发育聚类分析及熵值分析。结果:16个G Ⅱ.17[P17]阳性标本中共14个获得了全基因组序列,测序深度及覆盖度均较高。首先构建RdRp及VP1基因的系统发育进化树,发育聚类均为6个簇(Cluster Ⅰ~Ⅵ),其中Cluster Ⅰ~Ⅳ聚类相同,Cluster Ⅴ~Ⅵ聚类有少量差异。2023年的标本株序列位于Cluster Ⅴ。以RdRp聚类为基准,对病毒的8个基因片段进行聚类分析,发现NTP、RdRp和VP1基因聚类效果较好,6个簇均未形成新的分支。此外,这三个基因的熵值位点构成比也处于较低水平。结论:诺如病毒GⅡ.17[P17]型别不同基因的系统发育聚类有一定差异,其中NTP、RdRp和VP1基因聚类效果较好。
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编辑人员丨5天前
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2016—2019年北京市GII.2[P16]型诺如病毒全长基因组系统进化分析
编辑人员丨5天前
目的:对2016—2019年北京市GII.2[P16]诺如病毒全长基因组进行系统进化分析。方法:收集2016—2019年北京市GII.2[P16]诺如病毒毒株,采用一步法RT-PCR对基因组全长进行分段扩增,应用BioEdit软件分析核苷酸相似性和氨基酸变异情况,采用BEAST软件分别构建衣壳蛋白(major capsid protein,VP1)区和RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)区全长序列的贝叶斯进化树,结合流行病学资料对毒株进化特征进行分析。结果:测得44个毒株的全基因组序列,其VP1和RdRp基因分型一致。进化分析显示北京市2017年5月以后毒株形成新亚群并分为两个分支,分别以2017—2018年和2018—2019年毒株为主。该亚群毒株在VP1区均存在Val256Ile点突变,但RdRp区没有发现氨基酸变异位点。流行病学数据表明,北京市GII.2[P16]型诺如病毒从2016年10月输入,2017年3月至6月为暴发高峰,2017年7月以后暴发数量明显降低,但2018年底暴发又有所增加。结论:北京市GII.2[P16]诺如病毒新变异株2017年5月之后基因特征有所改变,暴发强度降低,但仍具有传播风险。
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编辑人员丨5天前
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GII.4型人诺如病毒VP2蛋白的原核表达与多克隆抗体制备
编辑人员丨5天前
目的:原核表达GII.4基因型人诺如病毒(human norovirus, HuNoV)次要衣壳蛋白VP2并制备多克隆抗体。方法:设计特异性引物扩增GII.4 HuNoV的VP2全基因,酶切连接至原核表达载体pGEX-6P-1,将鉴定正确的重组质粒转化 BL21( DE3)感受态细胞。挑取单克隆摇菌,加入IPTG诱导重组GST-VP2融合蛋白的表达,经GST亲和层析纯化和酶切,获得GII.4 HuNoV VP2蛋白。通过SDS-PAGE分析纯化后HuNoV VP2蛋白相对分子质量。将纯化的GII.4 HuNoV VP2蛋白(0.5 mg/ml)免疫BALB/c小鼠,制备多克隆抗体。 结果:GII.4 HuNoV VP2蛋白被成功表达和纯化,相对分子质量(Mr.×10 3)约29。将GII.4 HuNoV VP2蛋白免疫BALB/c小鼠制备的多克隆抗体滴度高达1∶1 280 000。Western blot与间接ELISA分析显示该多克隆抗体能和GII.4 HuNoV VP2抗原特异性结合。 结论:利用原核表达系统成功表达了GII.4 HuNoV VP2蛋白,并成功制备出高效价GII.4 HuNoV VP2多克隆抗体。
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编辑人员丨5天前
