目的:研究卵巢癌结构域蛋白酶-1(ovarian tumor domain-containing protease-1, OTUD1)基因对Ⅰ型干扰素信号通路的影响以及对IFN-α抗病毒效应的影响。方法:双荧光素酶报告试验检测OTUD1基因对IFN-α诱导的干扰素刺激应答元件(interferon-stimulated response elements，ISRE)启动子转录活性的影响；实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR，qPCR)检测OTUD1对IFN-α诱导的干扰素刺激基因(interferon-stimulated genes, ISGs)表达水平的影响；Western blot检测OTUD1对干扰素信号通路关键分子表达的调控作用，qPCR和ELISA检测其对IFN-α抑制乙型肝炎病毒复制的影响。结果:在HEK293T和Huh7.0细胞中，OTUD1下调了干扰素信号通路下游的ISRE启动子转录活性以及ISG15和ISG56等抗病毒基因的表达。在HEK293T细胞中，OTUD1降低了磷酸化蛋白质酪氨酸激酶(phospho-Jak1，p-JAK1)的蛋白质表达水平，但是OTUD1酶活突变体C320S不能调控ISGs和p-JAK1的表达。在Huh7.0细胞中，OTUD1降低了IFN-α抑制乙型肝炎病毒复制的效应。结论:OTUD1通过其泛素化酶活性下调p-JAK1的蛋白质表达水平，抑制干扰素JAK-STAT信号通路及ISGs表达。OTUD1拮抗IFN-α抑制病毒复制的效应可能与干扰素诱导的JAK-STAT信号通路有关。

目的:探讨与多发性骨髓瘤（MM）患者长生存相关的骨髓免疫微环境特征。方法:在中山大学附属第一医院明确诊断为新诊断MM并接受新药诱导续贯自体造血干细胞移植以及免疫调节剂维持治疗的随访队列中，在2019年8月至2020年5月横断面研究期间，通过高通量NanoString技术比较16例无进展生存≥5年患者［长生存组，其中微小残留病（MRD）持续阴性亚组9例、MRD持续阳性亚组7例］与5例疾病进展患者（疾病进展组）骨髓中免疫细胞亚群及770个与免疫相关标志物的RNA表达。通过细胞特征性基因表达水平综合计算各免疫细胞功能分值，从而间接得出各免疫细胞亚群比例。统计学分析主要采用Mann-Whitney U检验、Kruskal Wallis秩和检验。 结果:（1）长生存组患者骨髓中中性粒细胞比例较疾病进展组显著增加［功能分值：13.61（13.33，14.25）比12.93（12.58，13.38）； Z=2.31， P=0.021］；与MRD持续阴性长生存亚组相比，MRD持续阳性长生存亚组患者骨髓肥大细胞显著增多［功能分值：7.09（6.49，8.57）比6.03（5.18，6.69）； H=2.18， P=0.029］。（2）相比疾病进展组，长生存组显著上调基因4个（CTSG、IFIT2、S100B、CHIT1），显著下调基因6个（C4B、TNFRSF17、CD70、IRF4、C2、GAGE1）；相比MRD持续阴性长生存亚组，MRD持续阳性长生存亚组显著上调基因CMA1，下调基因10个（ISG15、OAS3、MX1、IFIT2、DDX58、SIGLEC1、CXCL10、IL1RN、SERPING及TNFSF10），其中前5个基因均为干扰素反应通路相关基因。 结论:骨髓中性粒细胞增多、肥大细胞增多可能与移植后MM患者长生存相关。干扰素反应通路激活可能是MRD持续阴性长生存MM患者骨髓免疫微环境的特征之一。

目的:基于生物信息学方法分析多发伤继发脓毒症的关键基因及其机制。方法:从基因表达综合(GEO)数据库中下载GSE70311数据集，采用"limma"R包筛选多发伤继发脓毒症患者外周血中差异表达基因(DEGs)，进一步借助"clusterProfiler"R包对DEGs进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。最后通过STRING在线数据库和Cytoscape构建蛋白质相互作用(PPI)网络，并基于Cytohubba确定多发伤继发脓毒症的关键基因。结果:在GSE70311数据集中，获得328个DEGs。GO富集分析结果显示，多发伤继发脓毒症的DEGs介导了T细胞分化、细胞因子生成过程的正调控、对细菌的防御反应、对病毒的反应以及对病毒的防御反应等。KEGG通路富集分析结果显示，多发伤继发脓毒症的DEGs在造血细胞谱系、金黄色葡萄球菌感染、哮喘、Th1和Th2细胞分化以及抗原加工/提呈等信号通路中显著富集。通过PPI分析进一步筛选出5个关键基因： STAT1、 IFIT3、 ISG15、 IFIT1以及 MX1。 结论:STAT1、 IFIT3、 ISG15、 IFIT1以及 MX1是多发伤继发脓毒症潜在的关键基因，这些基因主要参与了T细胞分化、细胞因子生成过程的正调控以及对病原微生物的防御反应，并富集于Th1和Th2细胞分化以及抗原加工/提呈等信号通路。

目的:基于生物学信息多组学技术对儿童系统性红斑狼疮和皮肌炎共病患者相关基因的特征进行分析。方法:从GEO数据库下载儿童系统性红斑狼疮(childhood-onset systemic lupus erythematos，cSLE)与皮肌炎(juvenile dermatomyositis, JDM)相关基因芯片表达谱，将两者的差异基因取交集后进行GO功能富集及KEGG信号通路分析，通过Cytoscape软件构建蛋白质互作网络，筛选hub基因；使用CIBERSORT反卷积法分析关键基因和免疫细胞浸润的相关性，将经验证的关键基因导入Coremine Medical数据库筛选出治疗cSLE和JDM共病药物。结果:差异表达基因功能主要富集于I型干扰素通路以及抗病毒反应等；网络拓扑学分析、经外部数据集验证后共筛选出5个关键基因 STAT1、 ISG15、 MX1、 OASL、 DDX58，( P均<0.05)免疫浸润细胞相关性分析显示JDM和cSLE患者的M1巨噬细胞显著上调时与关键基因呈正相关，(P均<0.05)干扰素免疫调节、抗病毒制剂与 JDM和 cSLE共病患者的治疗存在密切关联，( P均<0.001) 结论:JDM与cSLE共同发病基因在多种生物活性、信号通路上发挥重要调控作用，筛选出的5个关键基因及药物预测可能成为共病发生的诊断与治疗开发的理论支持。

目的:探讨长链非编码RNA LINC00673和ISG15蛋白在胰腺癌组织中的表达情况及其临床意义。方法:回顾性分析2014年1月至2018年12月在中南大学湘雅医学院附属肿瘤医院手术切除的经病理诊断为胰腺导管癌（PDAC）的57例患者临床资料。采用定量反转录-聚合酶链反应（qRT-PCR）检测胰腺癌组织和瘤旁正常组织（距癌组织边缘3 cm以内）中LINC00673的相对表达量，采用免疫组织化学法检测胰腺癌组织和癌旁正常组织中ISG15蛋白的表达情况。比较ISG15蛋白阳性和阴性患者间LINC00673表达差异，采用Spearman等级相关分析法分析LINC00673和ISG15蛋白表达的相关性，分析二者与胰腺癌患者临床分期和病理分型的关系。结果:胰腺癌组织ISG15蛋白阳性表达率为40.4%（23/57），高于癌旁正常组织的15.8%（9/57）（ χ2＝7.90， P＝0.004），胰腺癌组织LINC00673相对表达量为0.99±0.36，低于癌旁正常组织的1.26±0.41（ t＝4.80， P<0.001）。ISG15阳性23例（40.4%），ISG15阴性34例（59.7%），ISG15阳性和阴性患者LINC00673的相对表达量分别为0.77±0.46、0.45±0.27（ P<0.001）。Spearman法分析显示LINC00673和ISG15蛋白表达有相关性（ ρ＝-0.429， P＝0.001）。低或未分化、血管侵犯、淋巴结转移患者LINC00673相对表达量均降低（均 P<0.05），LINC00673相对表达量与患者性别、年龄、肿瘤部位、术前CA199水平、TNM分期均无关（均 P>0.05）；低或未分化、TNM分期Ⅲ~Ⅳ期、血管侵犯、淋巴结转移患者ISG15蛋白表达水平均升高（均 P<0.05），ISG15蛋白表达水平与患者性别、年龄、肿瘤部位和术前CA199水平均无关（均 P>0.05）。 结论:LINC00673在胰腺癌中的表达与血管侵犯、肿瘤分化程度和淋巴结转移相关，ISG15在胰腺癌中表达与血管侵犯、肿瘤分化程度、淋巴结转移和TNM分期相关。联合检测LINC00673和ISG15蛋白可作为胰腺癌有价值的预后指标。以LINC00673和ISG15蛋白信号通路为靶点的治疗有望成为胰腺癌免疫治疗的潜在方案。

目的:建立儿童干扰素刺激基因（ISG）表达检测方法，确立参考值范围，初步探讨其临床应用价值。方法:纳入2017年11月至2021年9月就诊于北京协和医院儿科的Ⅰ型干扰素病患者作为疾病组，同时纳入健康儿童作为对照组。疾病组共纳入18例患儿，其中男性8例，女性10例，共采集血液样本25份，首次检测的中位年龄为8.5岁。对照组共纳入28名健康儿童，年龄1~18岁，中位年龄10.5岁，其中男性15名，女性13名。分别提取疾病组和对照组外周血总RNA并逆转录为互补DNA（cDNA）。以β肌动蛋白基因（β-Actin）和鸟氨酸脱羧酶抗酶基因（OAZ）为内参，采用实时荧光定量聚合酶链反应（qPCR）检测干扰素诱导的四肽重复蛋白1基因（IFIT1）、干扰素α诱导蛋白27基因（IFI27）、干扰素诱导蛋白44样基因（IFI44L）、干扰素刺激基因15（ISG15）、唾液酸结合的免疫球蛋白样凝集素1基因（SIGLEC1）、含有S-腺苷甲硫氨酸结构域2基因（RSAD2）的相对表达量，以6个ISG的中值为干扰素评分（IS）。去除正常对照中表达明显异常的样本，将其他样本的cDNA混合作为参照，重新检测各样本并计算IS，将大于对照 xˉ+2 s的IS结果判断为异常。用独立样本 t检验或Mann-Whitney U检验比较组内和组间IS的差异。 结果:对照组IS均值为1.046，标准差0.755，IS截断值为2.556。18例Ⅰ型干扰素病患者组IS异常的有15例（15/18），IS均值为27.010。与对照组相比，干扰素疾病患者组IS明显升高（ t=4.247， P=0.000 1）。该检测方法的准确度为91.30%（42/46），精密度为7.47%（0.084/1.124），敏感度为15/18，特异度为96.43%（27/28）。 结论:本研究通过ISG表达的检测并计算IS，为临床筛查以及动态监测Ⅰ型干扰素疾病变化提供了新的可靠的手段。

目的:分析人正常宫颈上皮细胞(HcerEpic)感染沙眼衣原体( Chlamydia trachomatis, Ct)前后基因表达谱差异。 方法:HcerEpic细胞经DEAE-D预处理后加入E型 Ct标准株，培养44 h后收集HcerEpic细胞(感染组)，并以未感染 Ct的HcerEpic细胞作为对照组，提取两组总RNA后反转录并构建cDNA文库。通过高通量测序分析两组基因表达谱差异，并选择代表性基因通过实时荧光定量PCR(qPCR)验证。 结果:共检测23 997个基因，差异基因125个，其中上调基因119个，下调基因6个；GO分析显示差异基因富集于对病毒防御反应、Ⅰ型干扰素(interferon，IFN)信号通路、对Ⅰ型IFN的细胞反应等条目；KEGG富集通路为甲型流感、单纯疱疹病毒感染、EB病毒感染、HPV感染、NOD样受体通路等相关通路。结论:人正常宫颈上皮细胞感染 Ct前后转录组存在差异，差异基因主要富集于IFN通路，与细胞抗病毒过程密切相关。qPCR验证了ISG15、IFIT2、OASL、UBE2L6等差异显著且与IFN通路密切相关的基因。

Background::Previous studies have examined the bulk transcriptome of peripheral blood immune cells in acquired immunodeficiency syndrome patients experiencing immunological non-responsiveness. This study aimed to investigate the characteristics of specific immune cell subtypes in acquired immunodeficiency syndrome patients who exhibit immunological non-responsiveness.Methods::A single-cell transcriptome sequencing of peripheral blood mononuclear cells obtained from both immunological responders (IRs) (CD4 + T-cell count >500) and immunological non-responders (INRs) (CD4 + T-cell count <300) was conducted. The transcriptomic profiles were used to identify distinct cell subpopulations, marker genes, and differentially expressed genes aiming to uncover potential genetic factors associated with immunological non-responsiveness. Results::Among the cellular subpopulations analyzed, the ratios of monocytes, CD16 + monocytes, and exhausted B cells demonstrated the most substantial differences between INRs and IRs, with fold changes of 39.79, 11.08, and 2.71, respectively. In contrast, the CD4 + T cell ratio was significantly decreased (0.39-fold change) in INRs compared with that in IRs. Similarly, the ratios of natural killer cells and terminal effector CD8 + T cells were also lower (0.37-fold and 0.27-fold, respectively) in the INRs group. In addition to several well-characterized immune cell-specific markers, we identified a set of 181 marker genes that were enriched in biological pathways associated with human immunodeficiency virus (HIV) replication. Notably, ISG15, IFITM3, PLSCR1, HLA-DQB1, CCL3L1, and DDX5, which have been demonstrated to influence HIV replication through their interaction with viral proteins, emerged as significant monocyte marker genes. Furthermore, the differentially expressed genes in natural killer cells were also enriched in biological pathways associated with HIV replication. Conclusions::We generated an atlas of immune cell transcriptomes in HIV-infected IRs and INRs. Host genes associated with HIV replication were identified as markers of, and were found to be differentially expressed in, different types of immune cells.

目的:通过对抗黑色素瘤分化相关基因5（MDA5）抗体阳性和抗Jo-1抗体阳性的肌炎患者外周血单个核细胞（PBMCs）进行基因表达谱的分析，以阐明特发性炎性肌病亚型的病理生理学机制。方法:①用Illumina HT-12 v4表达谱芯片对12例抗MDA5抗体阳性和16例抗Jo-1抗体阳性的肌炎患者及43名健康对照者的PBMCs进行基因表达谱筛查和分析。应用非配对 t检验，经Benjamini-Hochberg校正，选取基因表达信号倍数变化的绝对值≥2且校正 P<0.05为差异表达基因。将差异基因集进行基因本体论数据库（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，以 P<0.05作为显著性富集的阈值。②用实时荧光聚合酶链反应（real time-PCR）对差异表达基因进行验证，采用Kolmogorov-Smirnov检验对连续型变量进行正态性检验，符合正态分布且方差齐性，采用单因素方差分析，不符合正态分布则用Kruskal-Wallis检验， P<0.05为差异有统计学意义。 结果:①分析抗MDA5抗体和抗Jo-1抗体阳性患者PBMCs的基因表达谱，发现2种肌炎亚型患者PBMCs的基因表达存在明显差异。抗MDA5抗体阳性患者特异性表达上调的差异基因为407个，GO功能富集分析主要富集于固有免疫应答（ P<0.001）、病毒应答（ P<0.001）和干扰素应答（ P<0.001）等生物过程，KEGG通路富集分析主要富集于病毒感染相关通路（ P<0.001）、视黄酸诱导基因Ⅰ（RIG-Ⅰ）样受体通路（ P<0.001）和Toll样受体通路（ P=0.002）等。抗MDA5抗体阳性组中特异性下调的259个差异基因，GO功能富集分析主要富集于免疫应答（ P=0.006）、TGF-β受体信号通路（ P=0.010）和自然杀伤细胞介导的免疫（ P=0.015）等生物过程。抗Jo-1抗体阳性患者特异性表达上调的差异基因有162个，GO功能富集分析主要富集于核小体组装（ P<0.001）、细胞增长的负调控（ P=0.001）、凋亡负调控（ P=0.004）和黏膜固有免疫（ P=0.012）等生物过程，KEGG通路富集分析主要富集于代谢相关信号通路（ P<0.001）和免疫相关通路（ P<0.001）等。②Real time-PCR证实与健康对照组相比RIG-Ⅰ样受体通路中的干扰素诱导的解旋酶C结构域1（IFIH1）（ P=0.037）、干扰素刺激基因15（ P<0.001）和DEAD（Asp-Glu-Ala-Asp）盒多肽58（DDX58）（ P=0.032）以及人单核细胞趋化蛋白1（MCP-1）（ P<0.001）、人单核细胞趋化蛋白2（MCP-2）（ P<0.001）和转录因子人碱性亮氨酸拉链转录因子激活蛋白1家族样转录因子2（BATF2）（ P<0.001）、炎症信号通路相关的髓样分化因子88（MYD88）（ P<0.001）在抗MDA5抗体阳性肌炎患者的PBMCs呈高表达。 结论:抗MDA5抗体阳性患者PBMCs基因表达谱特征提示其发病机制与固有免疫应答、病毒应答和干扰素应答等生物过程密切相关。

目的:探究外源性乳酸对Raw264.7细胞、小鼠骨髓来源巨噬细胞(mouse bone marrow-derived macrophages，BMDMs)及THP-1细胞中登革病毒2型(dengue virus type 2，DENV-2)复制的影响及乳酸与细胞活化之间的关系。方法:培养和诱导BALB/c小鼠骨髓中的BMDMs，流式细胞术检测F4/80 ＋CD11b ＋细胞纯度。qRT-PCR检测不同时间点DENV-2感染BMDMs中葡萄糖转运体1(glucose transporter type 1，GLUT1)、己糖激酶2(hexokinase 2，HK2)、乳酸转运体4(monocarboxylate transporters 4，MCT4)的mRNA表达水平，比色法检测细胞上清液中乳酸含量。使用CCK-8法评估不同浓度乳酸对Raw264.7细胞、BMDMs及THP-1细胞活力的影响，qRT-PCR检测不同浓度乳酸对不同MOI DENV-2感染细胞中病毒E基因、CD163、TGF-β、CD86、视黄酸诱导基因Ⅰ(retinoic acid-inducible gene Ⅰ，RIG-Ⅰ)、IFN-β、干扰素刺激基因15(interferon-stimulated gene 15，ISG15)及ISG56的mRNA表达水平，流式细胞术检测CD86和CD206蛋白的表达。 结果:BMDMs纯度为(87.53±1.66)%。DENV-2(MOI＝3)感染BMDMs后，GLUT1 mRNA转录水平在12 h一过性增高，在24 h降低( P<0.05)，而HK2 mRNA转录水平在12、24和36 h均高于空白对照组和灭活DENV-2组( P<0.01)；DENV-2(MOI＝1.5)感染后24 h，MCT4 mRNA转录水平及上清液中乳酸含量均上升( P<0.05)。CCK-8结果显示当乳酸浓度为31.25 mmol/L时，上述3种细胞的活力均大于80%。qRT-PCR结果显示，在MOI＝1和2时，35 mmol/L乳酸可增加BMDMs中DENV E基因mRNA的表达水平( P<0.05)；在MOI＝1.5时，35 mmol/L乳酸上调Raw264.7和THP-1细胞中的DENV E基因mRNA表达水平( P<0.001)，以及BMDMs中CD163、TGF-β、RIG-Ⅰ、IFN-β、ISG15和ISG56的mRNA表达水平( P<0.05)，下调CD86 mRNA的表达( P<0.05)，细胞中CD206蛋白的表达增加( P<0.01)，而CD86蛋白的表达下降( P>0.05)。 结论:本研究发现外源性乳酸能促进DENV-2在人源及鼠源巨噬细胞中的感染，该现象与细胞M2型极化有关。