目的:探讨层粘连蛋白α3（LAMA3）DNA甲基化对卵巢上皮性癌（卵巢癌）铂耐药及预后的影响及可能的机制。方法:（1）通过数据库中生物信息学数据分析LAMA3 DNA甲基化水平与卵巢癌铂耐药的关系。（2）选取2000年1月至2012年12月在广西医科大学附属肿瘤医院诊治的卵巢癌患者共67例（包括铂耐药组35例和铂敏感组32例），采用焦磷酸测序技术检测两组卵巢癌组织中LAMA3 DNA甲基化水平，探讨其对卵巢癌患者铂耐药及预后的诊断效能，并进一步分析其对卵巢癌铂耐药患者化疗效果及预后的影响。结果:（1）从基因互作检索平台（STRING）数据库中筛选出与LAMA3高度互作的10个蛋白，包括层粘连蛋白β（LAMB）3、层粘连蛋白γ（LAMC）3、整合素α（ITGA）6、整联蛋白β4（ITGB4）、ITGA3、LAMC1、LAMB2、肌营养不良蛋白关联糖蛋白1（DAG1）、LAMB1、17型胶原蛋白α1链（COL17A1）蛋白；京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析显示，LAMA3及其相关互作蛋白通过细胞凋亡、细胞周期、DNA损伤反应、上皮间质转化（EMT）、雄激素受体（AR）、雌激素受体（ER）、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）、大鼠肉瘤癌基因（RAS）/有丝分裂原活化蛋白激酶（MAPK）、受体酪氨酸激酶（RTK）、结节性硬化症蛋白复合体（TSC）/雷帕霉素靶蛋白（mTOR）等信号通路，参与恶性肿瘤发生、发展过程的调控，其表达水平与卵巢癌顺铂等化疗药物的敏感性相关。（2）本院临床数据分析发现，铂耐药组、铂敏感组卵巢癌组织中LAMA3 DNA甲基化水平分别为71%（25/35）、69%（22/32），两组比较，差异无统计学意义（ χ2=0.057， P=0.811）；LAMA3 DNA甲基化水平判断卵巢癌铂耐药的曲线下面积（AUC）为0.601，预测患者预后的AUC值为0.686。LAMA3 DNA高甲基化铂耐药卵巢癌患者（24例）的化疗效果较低甲基化铂敏感患者（15例）更差［有效率分别为50%（12/24）和15/15； χ2=10.833， P=0.001］，且LAMA3 DNA甲基化水平对卵巢癌患者的无进展生存时间和总生存时间均有显著影响（ P均<0.05）。 结论:LAMA3 DNA甲基化水平对卵巢癌患者的铂耐药及预后具有一定的诊断和预测价值，可能与卵巢癌的调控机制、铂耐药及预后存在密切联系。

目的:探究整合素α7(ITGA7)在骨肉瘤中的表达，及其在骨肉瘤肺转移过程中的作用及其机制。方法:利用基因表达数据库(GEO)数据库(52例骨肉瘤组织和12例对照)和细胞系(HOS细胞和hFOB 1.19细胞)明确骨肉瘤中ITGA7的mRNA和蛋白表达水平。采用慢病毒转染技术对HOS细胞中ITGA7进行敲减和过表达后，细胞球漂浮培养条件下比较6组独立样本的HOS细胞球生长。采用RNA-seq技术检测3组独立样本的HOS细胞过表达ITGA7后下游基因变化。两组间连续变量比较采用非配对的 t检验，3组间比较采用单因素方差分析。 结果:GEO数据库结果显示骨肉瘤组织中ITGA7的mRNA水平较对照组织显著降低(7.45±0.10比7.61±0.04， t＝9.64， P<0.01)，骨肉瘤细胞系中ITGA7在mRNA水平(0.59±0.16比1.02±0.25， t＝3.59， P<0.01)和蛋白水平(1.32±0.28比2.34±0.40， t＝5.03， P<0.01)均表达下调。敲减ITGA7后骨肉瘤细胞球直径显著大于对照组[(310.21±32.62) μm比(230.84±21.66) μm， t＝4.96， P<0.01]，而过表达ITGA7后细胞球直径显著小于对照组[(116.03±12.91) μm比(230.84±21.66) μm， t＝11.12， P<0.01]。RNA-seq结果显示过表达ITGA7组391个基因表达显著上调，293个基因显著下调，其中37个失巢凋亡相关基因表达上调，12个失巢凋亡相关基因表达下调。进一步通过定量聚合酶链反应(qPCR)结果证实过表达ITGA7组B细胞淋巴瘤/白血病-2相关X蛋白(bax)(1.74±0.30比0.92±0.15， t＝5.98， P<0.01)和Bak1(3.52±0.57比1.06±0.21， t＝9.82， P<0.01)的表达水平显著上调，而B细胞淋巴瘤/白血病-2(bcl-2)(0.43±0.22比1.09±0.24， t＝4.85， P<0.01)的表达水平显著下调。 结论:ITGA7在骨肉瘤中表达下调，过表达ITGA7促进骨肉瘤失巢凋亡。骨肉瘤中低水平的ITGA7对于维持其失巢凋亡抵抗能力具有重要作用，并可能在骨肉瘤肺转移过程中发挥重要作用。

目的:对一个ITGA2B基因复合杂合突变导致的遗传性血小板无力症家系进行表型及基因型研究，并探索其分子致病机制。方法:使用二磷酸腺苷、胶原、肾上腺素、花生四烯酸及瑞斯托霉素等诱聚剂进行血小板聚集试验，检测先证者及家系成员的血小板聚集率。通过流式细胞术检测血小板表面CD41（αⅡb）、CD61（β3）、CD42b（GPⅠb）的表达。采用基因测序技术进行基因鉴定。利用RT-PCR检测ITGA2B基因mRNA剪接情况，qRT-PCR检测ITGA2B基因mRNA相对水平。生物信息学分析评估突变位点的致病性及对蛋白结构和功能的影响。通过Western blot检测分析血小板总αⅡb、β3的表达。结果:除瑞斯托霉素外其他4种诱聚剂均无法使先证者血小板聚集。流式细胞术检测先证者血小板表面αⅡb的表达仅为0.25%，β3弱表达为9.76%，而GPⅠb表达相对正常，其余家系成员膜糖蛋白表达基本正常。基因测序结果显示先证者存在ITGA2B基因c.480C>G与c.2929C>T复合杂合突变，其中c.480C>G突变遗传自其母亲，c.2929C>T遗传自其父亲。RT-PCR及测序结果表明c.480C>G突变导致先证者及其母亲发生c.476G-574A（p.S160-S192）共99个碱基缺失的mRNA剪接。qRT-PCR检测发现c.2929C>T突变导致先证者及其父亲ITGA2B基因mRNA水平减低。生物信息学分析提示c.480C>G突变形成了与hnRNP A1蛋白结合序列，产生了5'SS剪接位点。αⅡb亚基的蛋白三维结构模型显示，p.S160-S192缺失的β-propeller结构域第2 blade缺失两条β链和一个α螺旋；c.2929C>T无义突变使得翻译提前终止产生p.R977-E1039缺失的截短型蛋白，包括胞质域（CD）、跨膜域（TM）以及胞外Calf-2结构域一条β链的缺失。Western blot检测先证者血小板总αⅡb表达缺失、β3的相对表达量为正常人的11.36%。结论:ITGA2B基因第4外显子c.480C>G与第28外显子c.2929C>T的复合杂合突变是本家系遗传性血小板无力症的致病原因。

目的:探讨新生儿血小板无力症的临床特征和基因变异特点。方法:对南京医科大学附属苏州医院新生儿科收治的1例新生儿血小板无力症患儿的临床资料进行回顾性分析。以“新生儿”、“血小板无力症”、“neonate”、“newborn”、“glanzmann thrombasthenia”为检索词对中国知网、万方数据库、维普、中华医学期刊网、PubMed、Embase数据库收录的文献进行检索，分析总结该病的临床特征和遗传学特点。结果:本例患儿为足月男婴，生后半小时出现头颅包块伴瘀斑瘀点，渐出现帽状腱膜下出血、重度贫血，血小板计数、血小板体积、凝血功能正常，血小板聚集试验提示花生四烯酸和二磷酸腺苷诱导的血小板聚集率下降，基因检测发现患儿ITGA2B基因存在c.886G>A（p.Gly296Arg）、c.2855dup（p.Phe953Valfs*83）两个杂合变异。共检索到42篇文献，结合本例，共44例血小板无力症患儿，其中33例（75.0%）在生后1 d出现皮肤瘀斑、瘀点；13例患儿有详细资料记录，5例重度贫血，均予输注悬浮红细胞和血浆，其中1例输注血小板，发生基因纯合变异、复合杂合变异各4例，10例有随访记录，2例随访期间无出血，其余8例出血程度轻重不一，无死亡病例。结论:对生后早期以瘀斑、瘀点为主要表现的新生儿，应考虑到血小板无力症可能；符合输血指征时，输血为新生儿期治疗的较佳选择。

目的:探讨整合素α6(ITGA6)蛋白、基因和miR-4484与胃癌病理分期的关系。方法:收集2017年6—9月于四川大学华西医院行手术治疗(未经辅助治疗)的30例原发性胃癌患者的胃癌及癌旁(距离瘤体>5 cm)正常胃黏膜组织。采用实时荧光定量PCR检测miR-4484和ITGΑ6的表达水平，采用Western blot法检测ITGA6蛋白的表达水平，采用双荧光素酶报告基因验证ITGΑ6与miR-4484的关系，采用Spearman相关分析明确miR-4484与ITGA6在胃癌组织中表达水平的相关性。结果:胃癌组织中ITGA6的表达水平(32.30±13.47)高于正常癌旁组织(24.55±10.25， P＝0.015)，受试者工作特征(ROC)曲线下面积为0.660，其诊断敏感度为43.3%，特异度为96.7%。胃癌组织中miR-4484的表达水平(4.11±2.87)低于正常癌旁组织(5.75±2.80， P＝0.029)，ROC曲线下面积为0.690，其敏感度为30.0%，特异度为86.7%。胃癌组织中miR-4484表达水平与ITGA6呈负相关( r＝-0.621， P<0.001)。ITGA6在胃癌组织中的表达水平(0.65±0.19)高于正常癌旁组织(0.26±0.12， P<0.001)。与ITGΑ6 3′UTR野生型+miR-NC组比较，ITGΑ6 3′UTR野生型+miRNA mimics组细胞荧光素酶活性降低(分别为50.69±5.10和34.00±1.19， P<0.001)，ITGΑ6 3′UTR野生型+ASO miR-4484组细胞荧光素酶活性高于ITGΑ6 3′UTR野生型+miR-NC组(分别为82.44±6.37和50.69±5.10， P<0.001)，ITGA6为miR-4484的直接靶基因。T1、T2、T3、T4(4a和4b)期胃癌组织中miR-4484的表达水平分别为9.98±2.24、5.28±2.03、2.92±2.04和4.11±2.87，差异有统计学意义( P<0.001)。N0、N1、N2、N3期胃癌组织中ITGA6的表达水平分别为29.55±8.32、21.71±3.75、24.60±8.79和40.69±15.83，差异有统计学意义( P＝0.022)。N0、N1、N2、N3期胃癌组织中miR-4484的表达水平分别为5.01±3.52、5.48±2.76、5.88±1.83和2.30±1.56，差异有统计学意义( P＝0.032)。M0、M1期胃癌组织中ITGA6的表达水平分别为26.28±7.66和52.08±8.12，差异有统计学意义( P<0.001)。M0、M1期胃癌组织中miR-4484的表达水平分别为4.95±2.74和1.34±0.80，差异有统计学意义( P<0.001)。 结论:ITGΑ6在胃癌组织中呈高表达，miR-4484在胃癌组织中呈低表达，且其表达水平与胃癌的临床病理特征有关。ITGΑ6为miR-4484的直接靶基因，miR-4484可能通过调控ITGΑ6发挥抑制胃癌侵袭转移的作用，miR-4484和ITGΑ6可能作为新的胃癌预后标志物及潜在的治疗靶点。

目的:基于生物信息学分析结直肠癌(CRC)中肿瘤相关巨噬细胞(TAM)促进趋化因子C-C基序趋化因子配体3(CCL3)的分泌引导免疫负调节的机制。方法:获取人CRC和正常组织(CON)中的scRNA-seq(单细胞转录组测序)数据进行降维、聚类、细胞注释，分析不同表型TAM、调节T细胞(Tregs)UMAP分布；分析CRC-TAM基因差异表达和富集通路情况。String分析免疫负调控基因的蛋白-蛋白互作(PPI)。分析免疫负调控相关基因之间pearson相关性，基于celltalker和cellphoneDB工具评估TAM分泌CCL3与Tregs之间的相互作用。卡方检验和Wilcoxon检验用于组间差异显著性分析。结果:CRC-TAM中CCL3表达量显著高于CON组(2.566±1.877比0.000±0.000 log 2TPM， P<0.01)，且是免疫负调节途径( P<0.01)的核心基因；与免疫负调控基因包括IRF1(2.550±1.882比0.605±0.802 log 2TPM， t＝13.221， r＝0.82， P<0.05)、TNFAIP3(2.550±1.882比1.037±1.039 log 2TPM， t＝22.419， r＝0.90， P<0.01)、IFI16(0.451±0.671比0.605±0.802 log 2TPM， t＝5.914， r＝0.80， P<0.05)等的表达呈中强正相关。CCL3主要在Mf1(100%，CD14 hiHLA-DR loCD209 loCD163 lo)和Mf2(93%，CD14 hi/loHLA-DR hiCD209 loCD163 lo)表达。CCL3阳性Mf2(CCL3 +Mf2)与Treg表面配体-受体对IL1B-IL1R2/ICAM1-IL2RA/FN1-CD79A/CD14-ITGB1/CD14-ITGA4(R>3， P<0.01)有强相互作用。 结论:CRC中CD14 hi/loHLA-DR hiCD209 loCD163 lo型TAM可能分泌CCL3募集Tregs，诱导免疫负调控。

本研究利用选择信号分析方法在美系杜洛克猪和丹系杜洛克猪中筛选与重要经济性状相关的候选基因.选取健康状态良好、饲养管理水平一致的成年美系杜洛克公猪33头、丹系杜洛克公猪11头,提取DNA并重测序,利用Fst&Pi的联合分析,保留候选区域,对注释基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选与重要经济性状相关的相关候选基因.美系杜洛克猪和丹系杜洛克猪的全基因组重测序平均测序深度在13×以上,测序数据平均效率为99.82％,Q30平均值分别为91.91％、91.93％,G+C含量分别在42.90％-43.83％和42.48％～43.55％,均表明本次测序数据质量较高.以5％为筛选阈值,关联Fst&Pi提取相关候选区域,采用选择性消除方法检测到相应的选择信号区域,美系杜洛克猪和丹系杜洛克猪之间的Fst值为0.268,θπ比值分别为0.495和-1.415,Pi值分别为4.206和3.506.在美系杜洛克猪的选择性消除分析中有557个受选择区域,注释到1 323个基因;丹系杜洛克猪的选择性消除分析中有207个受选择区域,注释到338个基因.GO分析和KEGG通路富集分析发现,在美系和丹系杜洛克群体中初步筛选到ERLIN2、TMCO2、PITX2、SORCS3和SUFU等5个与精子发生、脂肪形成、生殖功能等性状相关的候选基因.在美系杜洛克猪中筛选到ATP1B1、LAMA4、EP300、ELOVL3、ECHS1、THEME5、PIP5K1A、PPT1、UBQLN1、1L2、CNTFR、ITGA10、SEC24D、MAP3K5 和 HSP90B1 等 15 个与肉质、脂肪合成与代谢、精子发生、生长发育、骨发生和饲料效率等性状相关的候选基因.在丹系杜洛克猪中筛选到PDIA3、CBLIN2、CYCS和CDH7等4个候选基因,分别与产奶量、肉质性状、骨骼肌、饲料效率相关;BMI1、LHX8、ELL3、CATSPER2和CSMD1等5个与繁殖性状相关的候选基因.本研究发现美系杜洛克猪群体和丹系杜洛克猪群体间存在较大的遗传分化,为进一步研究杜洛克公猪的遗传特性提供了基因组数据支撑.

目的 探索特发性肺纤维化(IPF)中基底膜标志物及潜在治疗药物.方法 在基因表达综合数据库(GEO)下载IPF相关数据集,处理后构建与IPF相关的基底膜基因表达矩阵并筛选基底膜差异基因(DEBMs);将DEBMs进行功能及通路的富集,并对其使用机器学习算法得到候选特征基因,运用接收机工作特性(ROC)曲线确定特征基因并构建列线图;进行ssGSEA分析探究特征基因与免疫细胞及功能相关性;通过特征基因预测了相应微小核糖核酸(RNA)(miRNA)及治疗药物.结果 共提取DEBMs 56 个;富集分析表明,DEBMs主要富集在"细胞外基质组织"、"细胞外结构组织"等,并与"ECM-受体相互作用"和"局部粘着斑"等通路密切相关,机器学习计算到候选特征基因6 个(TIMP3、P3H2、ITGA7、ITGA4、ADAMTS2、COL8A2),经ROC曲线测试均符合特征基因要求,列线图诊断价值突出(AUC=0.991 523);IPF中B cells、Macrophages等与正常组有显著差异.最后,预测到miRNA以 miR-4305、miR-3684 为主,黄体酮,叔丁基过氧化氢等是与IPF相关性较强的治疗药物.结论 特征基因及预测的miRNA可作为IPF诊断新型标志物,预测药物可能成为治疗IPF的潜在药物来源.

利用生物信息学方法筛选与宫颈癌发生、发展和预后相关的血管生成相关基因(angiogenesis related gene,ARG),并进行相关预后风险模型的构建与验证.首先,从TCGA数据库中检索宫颈癌患者的表达谱和临床特征,并提取差异表达的ARG;其次,采用Lasso Cox回归筛选预后ARG,构建相关预后模型;再次,使用GSE52903和GSE44001数据集进行外部验证;最后,利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)探讨宫颈癌预后机制.筛选结果显示,共获得15个预后ARG,分别为EFNA1、ITGA5、EPHB4、NRP1、CDH5、PLAU、BMP6、DLL4、JUN、CA9、MMP1、BAIAP2L1、SERPINF1、F2RL1 和 FGFR2.GSE52903 和 GSE44001 数据集的Ka-plan-Meier 生存曲线显示,高风险组的总生存期(overall survival,OS)(P=0.005)和无病生存期(disease-free sur-vival,DFS)(P＜0.001)显著低于低风险组.受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析结果显示,GSE52903验证集在1年、3年和5年的曲线下面积(area under the curve,AUC)值分别为0.84、0.77和0.73,C-指数为0.72;GSE44001验证集在1年、3年和5年的AUC值分别为0.71、0.72和0.70,C-指数为0.70,说明该模型对患者预后具有很强的预测效能.GSEA分析富集的通路主要涉及DNA复制、细胞外基质(extracel-lular matrix,ECM)受体相互作用、补体和凝血级联等,这些过程与宫颈癌发生、发展紧密相关.以上结果表明,这15个关键ARG可能是宫颈癌预后潜在的生物标志物.

目的 探究创伤后深静脉血栓形成(DVT)的遗传危险因素.方法 采用巢式病例对照研究.纳入50名创伤性下肢骨折后发生DVT患者和50名未发生DVT患者,两组患者的性别、年龄、骨折部位相匹配.创伤患者于术前行静脉造影检查以诊断是否发生DVT.应用全基因组关联分析(GWAS)筛选创伤性下肢骨折后术前DVT的遗传危险因素.用于GWAS的基因组DNA从白细胞中提取.结果 应用GWAS评估144个兴趣基因,包含2 662个单核苷酸变异(SNV),与表型之间的相关性.共发现10个基因与创伤后DVT发生显著相关:止血机制辅因子,包括THBD、F5、SERPIND1、ITGA2,维生素K依赖(VKD)羧化相关因子,包括GGCX、CALU,细胞色素P450家族成员,包括CYP1A1、CYP3A4、CYP2C19、CYP2B6.结论 创伤性下肢骨折后DVT可能受止血机制辅因子、VKD羧化相关因子和细胞色素P450家族成员的调控.