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影响胶质母细胞瘤生物学行为的靶基因预测
编辑人员丨1周前
目的:探索胶质母细胞瘤(GBM)发生发展过程中发生差异表达的基因并初步探讨其功能及作用,以明确影响GBM生物学行为的靶基因。方法:应用GEO2R在线分析从基因表达综合数据库(GEO)中获取的GSE70231数据集的原始基因表达谱,从而得到差异表达基因;应用DAVID数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;应用STRING数据库构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,然后应用Cytoscape中的插件cytoHubba和MCODE分析PPI网络,从而获取靶基因;应用基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库中样本数据的GEPIA在线分析靶基因在GBM组织中的表达情况及其对患者总生存期的影响,最后应用人体组织的RNA-seq数据集GSE50021验证筛选出来的靶基因。结果:共筛选出520个GBM组织与正常脑组织间的差异表达基因,包含305个上调基因和215个下调基因。GO功能富集分析显示,差异表达基因的生物学过程主要富集在信号转导、细胞粘附、细胞增殖的正调控等方面,细胞学组分主要为细胞外外泌体、细胞质、细胞质膜等,分子功能显著富集在蛋白质结合率方面。KEGG通路富集分析显示,差异表达基因主要富集于丝裂原活化蛋白激酶信号通路、癌症中的蛋白多糖信号通路、催产素信号通路、钙信号通路。应用插件cytoHubba和MCODE从差异表达基因的PPI网络中共获取到17个靶基因,靶基因功能分析及临床样本验证显示8个基因( VCAM1、 SPP1、 ITGB1、 CTGF、 VIM、 ITGAV、 COL1A1、 BCL2A1)为影响GBM生物学行为的靶基因,其中 BCL2A1、 COL1A1、 ITGAV这3个靶基因与GBM的关系报道尚少,GSE50021数据集验证显示这3个靶基因在GBM组织中的表达明显高于正常脑组织,差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:本研究分析得出的8个靶基因尤其是 BCL2A1、 COL1A1、 ITGAV可能是未来探寻GBM发病机制及其诊断治疗的重要研究靶点。
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编辑人员丨1周前
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LAMA3 DNA甲基化对卵巢上皮性癌铂耐药及预后影响的生物信息学和临床分析
编辑人员丨1周前
目的:探讨层粘连蛋白α3(LAMA3)DNA甲基化对卵巢上皮性癌(卵巢癌)铂耐药及预后的影响及可能的机制。方法:(1)通过数据库中生物信息学数据分析LAMA3 DNA甲基化水平与卵巢癌铂耐药的关系。(2)选取2000年1月至2012年12月在广西医科大学附属肿瘤医院诊治的卵巢癌患者共67例(包括铂耐药组35例和铂敏感组32例),采用焦磷酸测序技术检测两组卵巢癌组织中LAMA3 DNA甲基化水平,探讨其对卵巢癌患者铂耐药及预后的诊断效能,并进一步分析其对卵巢癌铂耐药患者化疗效果及预后的影响。结果:(1)从基因互作检索平台(STRING)数据库中筛选出与LAMA3高度互作的10个蛋白,包括层粘连蛋白β(LAMB)3、层粘连蛋白γ(LAMC)3、整合素α(ITGA)6、整联蛋白β4(ITGB4)、ITGA3、LAMC1、LAMB2、肌营养不良蛋白关联糖蛋白1(DAG1)、LAMB1、17型胶原蛋白α1链(COL17A1)蛋白;京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析显示,LAMA3及其相关互作蛋白通过细胞凋亡、细胞周期、DNA损伤反应、上皮间质转化(EMT)、雄激素受体(AR)、雌激素受体(ER)、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)、大鼠肉瘤癌基因(RAS)/有丝分裂原活化蛋白激酶(MAPK)、受体酪氨酸激酶(RTK)、结节性硬化症蛋白复合体(TSC)/雷帕霉素靶蛋白(mTOR)等信号通路,参与恶性肿瘤发生、发展过程的调控,其表达水平与卵巢癌顺铂等化疗药物的敏感性相关。(2)本院临床数据分析发现,铂耐药组、铂敏感组卵巢癌组织中LAMA3 DNA甲基化水平分别为71%(25/35)、69%(22/32),两组比较,差异无统计学意义( χ2=0.057, P=0.811);LAMA3 DNA甲基化水平判断卵巢癌铂耐药的曲线下面积(AUC)为0.601,预测患者预后的AUC值为0.686。LAMA3 DNA高甲基化铂耐药卵巢癌患者(24例)的化疗效果较低甲基化铂敏感患者(15例)更差[有效率分别为50%(12/24)和15/15; χ2=10.833, P=0.001],且LAMA3 DNA甲基化水平对卵巢癌患者的无进展生存时间和总生存时间均有显著影响( P均<0.05)。 结论:LAMA3 DNA甲基化水平对卵巢癌患者的铂耐药及预后具有一定的诊断和预测价值,可能与卵巢癌的调控机制、铂耐药及预后存在密切联系。
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编辑人员丨1周前
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miRNA-143-3p通过调控ITGB5表达影响人瘢痕疙瘩成纤维细胞增殖、迁移和侵袭机制的研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨miRNA-143-3p对瘢痕疙瘩成纤维细胞(keloid fibroblasts, KFB)增殖、迁移和侵袭的影响及作用机制。方法:分离培养KFB和正常皮肤成纤维细胞(normal skin fibroblast,NFB),RT-qPCR法检测KFB和NFB中miRNA-143-3p和整合素β5(integrin β5, ITGB5)的mRNA表达水平,Western blot检测ITGB5的蛋白质表达水平。MTT法、Transwell法、RT-qPCR和Western blot检测过表达miRNA-143-3p或抑制ITGB5表达对KFB细胞增殖、迁移和侵袭及相关蛋白质表达的影响。双荧光素酶报告基因试验验证miRNA-143-3p和ITGB5的靶向关系。结果:与NFB相比较,KFB中miRNA-143-3p表达下调,ITGB5的mRNA和蛋白质表达水平上调。过表达miRNA-143-3p或抑制ITGB5表达均抑制了KFB的增殖、迁移和侵袭。miRNA-143-3p可负向调控ITGB5表达,ITGB5过表达逆转了miRNA-143-3p过表达对KFB增殖、迁移和侵袭的作用。结论:miRNA-143-3p通过下调ITGB5表达抑制KFB的增殖、迁移和侵袭。
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编辑人员丨1周前
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基于网络药理学及分子对接探讨散风通窍滴丸治疗鼻咽癌的分子机制
编辑人员丨1周前
目的:采用网络药理学和分子对接方法探讨散风通窍滴丸治疗鼻咽癌的潜在作用机制。方法:在BATMAN-TCM数据库中寻找散风通窍滴丸的潜在作用通路,并从TCMSP及UniProt数据库筛选出散风通窍滴丸各活性成分可能存在的靶点,GeneCards数据库挖掘鼻咽癌相关靶点基因,通过STRING数据库、Cytoscape软件、EVENN网站、BATMAN-TCM数据库进行网络可视化,最后采用PubChem化合物、RCSB蛋白质数据库、AutoDockTools、Autodock Vina以及PyMoL软件进行分子对接进一步探究其相互作用的可能性。结果:散风通窍滴丸可以对癌症起作用,经筛选在鼻咽癌中发现13个治疗的潜在靶点:NCOA1、NCOA2、HSP90AA1、BAX、PTGS2、JUN、PIK3CG、DPP4、BCL2、PGR、CASP3、CHRNA7和NOS2;对应的靶蛋白为CREBBP、ITGB1、RAC1、HDAC1、STAT1和JAK2,作用通路主要涉及雌激素信号通路,白细胞介素17信号通路和一些凋亡信号通路;多维网络分析结果提示散风通窍滴丸治疗鼻咽癌的3个靶基因为PTGS2、NCOA1、PIK3CG,有6条代谢途径参与该过程,代谢途径主要与凋亡和抗炎症反应相关。分子对接结果提示治疗靶点PTGS2和NCOA2与药物潜在活性成分紧密结合。结论:散风通窍滴丸可能通过参与调节激素分泌、促进肿瘤细胞凋亡、抑制肿瘤细胞增殖、抗炎症反应等治疗鼻咽癌。
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编辑人员丨1周前
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ITGB4基因变异致大疱性表皮松解症伴幽门闭锁一个家系的遗传学分析
编辑人员丨1周前
26岁,体格与智力发育均正常,G 4P 3。第1胎生育1子,健康,第2胎与第3胎均因羊水过多早产,表现为右下肢皮肤缺损,未排便,反复呕吐、腹胀,于出生后1周夭折。孕妇夫妇系非近亲婚配,否认家族遗传病史。本次妊娠为自然受孕,孕期无不良接触史与服药史,要求评估胎儿再发风险。本研究通过了钦州市妇幼保健院医学伦理委员会的审查(L20220116),孕妇夫妇均签署了知情同意书。
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编辑人员丨1周前
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新生儿血小板无力症1例并文献复习
编辑人员丨1周前
目的:探讨新生儿血小板无力症的临床特征和基因变异特点。方法:对南京医科大学附属苏州医院新生儿科收治的1例新生儿血小板无力症患儿的临床资料进行回顾性分析。以“新生儿”、“血小板无力症”、“neonate”、“newborn”、“glanzmann thrombasthenia”为检索词对中国知网、万方数据库、维普、中华医学期刊网、PubMed、Embase数据库收录的文献进行检索,分析总结该病的临床特征和遗传学特点。结果:本例患儿为足月男婴,生后半小时出现头颅包块伴瘀斑瘀点,渐出现帽状腱膜下出血、重度贫血,血小板计数、血小板体积、凝血功能正常,血小板聚集试验提示花生四烯酸和二磷酸腺苷诱导的血小板聚集率下降,基因检测发现患儿ITGA2B基因存在c.886G>A(p.Gly296Arg)、c.2855dup(p.Phe953Valfs*83)两个杂合变异。共检索到42篇文献,结合本例,共44例血小板无力症患儿,其中33例(75.0%)在生后1 d出现皮肤瘀斑、瘀点;13例患儿有详细资料记录,5例重度贫血,均予输注悬浮红细胞和血浆,其中1例输注血小板,发生基因纯合变异、复合杂合变异各4例,10例有随访记录,2例随访期间无出血,其余8例出血程度轻重不一,无死亡病例。结论:对生后早期以瘀斑、瘀点为主要表现的新生儿,应考虑到血小板无力症可能;符合输血指征时,输血为新生儿期治疗的较佳选择。
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编辑人员丨1周前
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腺相关病毒基因修饰后间充质干细胞来源的外泌体免疫调节功能的研究
编辑人员丨1周前
目的:验证天然状态间充质干细胞来源的外泌体(MSC-exosome)治疗小鼠急性移植物抗宿主病(GVHD)的效果和可能机制,探索并建立定向基因修饰MSC-exosome的方法并验证修饰后MSC-exosome的功能。方法:构建小鼠急性GVHD模型,观察比较不同剂量MSC-exosome组和MSC组的生理指标评分、生存和体重减低程度;进而通过体外T细胞活化实验和体内OVA抗原特异性T细胞活化实验检测比较组间活化T细胞的增殖水平。构建重组表达载体,获得携带PD-L1和PD-L1-ITGB1的AAV2YF3突变体,进而感染人MSC,分离获得其外泌体。检测比较天然状态和修饰后MSC-exosome在体外和体内对活化T细胞的增殖水平和调节性T细胞(Treg)比例的影响。结果:①MSC-exosome(300 μg×3次)和小鼠MSC(1×10 6×3次)均能够有效改善急性GVHD小鼠的生理指标评分、生存和体重减低程度。②相比IL-2对照组,10、25、50 μg人MSC-exosome和1×10 6人MSC体外共孵育处理均能够抑制活化T细胞的增殖,增殖比例分别为86.0%(IL-2)、40.0%、39.6%、42.8%和41.0%;相比PBS对照组,50、100、200 μg小鼠MSC-exosome和1×10 6小鼠MSC在体内均能够抑制抗原特异性活化的OT-1细胞的增殖,增殖比例分别为42.6%、33.1%、14.2%、10.6%和14.6%。③携带PD-L1和PD-L1-ITGB1的AAV2YF3突变体定向修饰人MSC-exosome的表达率分别超过40%和60%。④相比天然状态,PD-L1和PD-L1-ITGB1定向修饰后MSC-exosome在体内对抗原特异性活化的OT-1细胞具有更好的增殖抑制效果;在体外亦能明显抑制活化T细胞的增殖,并诱导提高Treg的比例。 结论:MSC-exosome具有与MSC相似的免疫调节作用。经过PD-L1和PD-L1-ITGB1修饰后的MSC-exosome能够有效抑制活化T细胞的增殖,并且能够诱导提高Treg的比例。
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编辑人员丨1周前
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应用生物信息学的方法筛选验证胃癌预后相关的关键基因
编辑人员丨1周前
目的:基于生物信息学的方法分析胃癌的基因表达谱,探讨可能参与胃癌发生发展及影响其预后的差异表达基因(DEGS)。方法:从基因表达综合数据库(GEO)数据库下载3个mRNA芯片数据集GSE33651、GSE54129和GSE118916进行分析,获得基因表达谱,以差异倍数[|log Fc(foldchange)|]>1、校正后 P值(adj P)<0.05作为标准筛选差异基因,然后应用在线工具维恩图(venn)获得3个数据集的共有差异基因,获得192个上调基因和65个下调基因。通过STRING和Cytoscape构建了DEGs的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,筛选分值最高的10个差异基因为关键基因。京东基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)用于功能富集分析。使用GEPIA、Oncomine和Kaplan-Meier在线网站来分析核心基因的表达和总体生存率(OS),以 P<0.05为差异有统计学意义。 结果:通过3个数据集交集获得257个DEGs,其中包括192个上调基因和65个下调基因,这些基因生物学功能主要富集在糖衍生物结合、受体结合及大分子络合物结合,主要参与局部粘连、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路及细胞外基质受体相互作用的调节。在PPI网络中筛选出10个关键基因,Kaplan-Meier生存曲线显示,在胃癌患者中纤维连接蛋白1(FN1)、细胞表面跨膜糖蛋白分子44(CD44)、α1-Ⅰ型胶原基因(COL1A1)、α2-Ⅰ型胶原基因(COL1A2)、整联蛋白αM(ITGAM)、基质金属肽酶-2(MMP-2)、整联蛋白β2(ITGB2)高表达与更差预后明显相关,而重组人趋化因子8(CXCL8)高表达与更好预后相关。其中,FN1、COL1A1、CD44、COL1A2、ITGB2和CXCL8均在胃癌组织中高表达。结论:FN1、COL1A1、CD44、COL1A2、ITGB2与胃癌的发生及预后明显相关。
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编辑人员丨1周前
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高尔基体磷蛋白3通过整合素信号通路调控肝内胆管癌干细胞特性
编辑人员丨1周前
目的:探究高尔基体磷蛋白3(GOLPH3)对肝内胆管癌干细胞特性的影响及其机制。方法:利用TCGA数据库(35例胆管癌组织和9例正常组织)分析GOLPH3在胆管癌中的表达。免疫组织化学分析25例胆管癌根治手术患者癌组织和癌旁组织中GOLPH3的表达模式。将GOLPH3敲低质粒和对照质粒转入肝内胆管癌细胞系(HuCCT1),荧光显微镜和蛋白质印迹法(Western blot)验证转染效率。集落形成实验检测细胞增殖能力。肿瘤球形成实验和Western blot检测干细胞样特性。样本数据采用非配对 t检验。 结果:TCGA数据库中胆管癌组织的GOLPH3表达高于正常组织(P< 0.001)。敲低GOLPH3抑制了HuCCT1细胞的增殖能力和干细胞特性,对照组的细胞克隆数目高于敲低组[(175.72±16.04)个比(67.33±5.69)个, t=11.024, P<0.01];对照组的肿瘤球平均直径高于敲低组[(244.43±38.82) μm比(131.32±19.86) μm, t=4.593, P<0.01];单层细胞中对照组的SOX2蛋白表达水平高于敲低组(0.75±0.07比0.39±0.08, t=4.304, P<0.05);单层细胞中对照组的CD44蛋白表达水平与敲低组比较,差异无统计学意义(0.31±0.11比0.23±0.09, t=0.916, P>0.05);球形细胞中对照组的SOX2蛋白表达水平高于敲低组(0.85±0.04比0.54±0.02, t=12.357, P<0.01);球形细胞中对照组的CD44蛋白表达水平高于敲低组(0.81±0.09比0.57±0.06, t=7.841, P<0.05)。京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析和基因本体论(GO)注释提示GOLPH3的致癌作用与整合素通路激活有关。GOLPH3敲低后整合素(ITG)/局部黏着斑激酶(FAK)通路活性下降,单层细胞中对照组的ITGA2蛋白表达水平高于敲低组(0.70±0.07比0.42±0.09, t=30.404, P<0.01);单层细胞中对照组的ITGB1蛋白表达水平高于敲低组(0.68±0.10比0.42±0.04, t=6.735, P<0.05);单层细胞中对照组的p-FAK蛋白表达水平高于敲低组(0.61±0.04比0.39±0.04, t=22.084, P<0.01);球形细胞中对照组的ITGA2蛋白表达水平高于敲低组(0.82±0.08比0.56±0.05, t=13.485, P<0.01);球形细胞中对照组的ITGB1蛋白表达水平高于敲低组(0.85±0.06比0.64±0.03, t=6.672, P<0.05);球形细胞中对照组的p-FAK蛋白表达水平高于敲低组(0.77±0.11比0.51±0.08, t=9.019, P<0.05)。 结论:GOLPH3在肝内胆管癌中高表达,其致癌机制可能与整合素通路激活有关。
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编辑人员丨1周前
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右美托咪定调控miR-490-3p/ITGB1轴抑制非小细胞肺癌HCC-827细胞增殖、迁移和侵袭
编辑人员丨1周前
目的:探讨右美托咪定(Dex)调控微RNA(miRNA)-490-3p(miR-490-3p)/整合素β1(ITGB1)轴对非小细胞肺癌(NSCLC)增殖、迁移和侵袭的影响。方法:将HCC-827细胞分为对照组(无处理)、Dex低剂量组(Dex 25 μg/L处理)、Dex中剂量组(Dex 50 μg/L处理)、Dex高剂量组(Dex 100 μg/L处理)、Dex高剂量+inhibitor NC组(转染inhibitor NC后Dex 100 μg/L处理)和Dex高剂量+miR-490-3p inhibitor组(转染miR-490-3p inhibitor后Dex 100 μg/L处理),每组接种6孔。二苯基四氮唑溴盐(MTT)法在490 nm波长处检测细胞光密度值( D490),5-乙炔基-2'-脱氧尿苷(Edu)实验检测细胞增殖率,流式细胞术检测细胞凋亡率,Transwell小室实验检测细胞迁移和侵袭,实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)检测细胞miR-490-3p、ITGB1信使RNA(mRNA)水平,免疫印迹法(Western blot)检测细胞增殖核抗原(Ki-67)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、B淋巴细胞瘤-2相关X蛋白(Bax)、ITGB1蛋白水平,双萤光素酶报告基因实验验证miR-490-3p和ITGB1的关系。建立20只肿瘤裸鼠模型,将大鼠按随机数字表法分为生理盐水对照组(CK组)和Dex组(每组10只),CK组给予生理盐水,Dex组给予20 μg·kg -1·d -1的Dex。观察肿瘤质量、肿瘤体积,FQ-PCR检测肿瘤组织miR-490-3p、ITGB1 mRNA水平,Western blot检测肿瘤组织Ki-67、MMP-9、Bax、Bcl-2、ITGB1蛋白水平。 结果:与对照组比较,Dex低剂量组、Dex中剂量组、Dex高剂量组、Dex高剂量+inhibitor NC组HCC-827细胞凋亡率、miR-490-3p和Bax蛋白水平较高,细胞迁移个数和侵袭个数较少, D490(24、48 h)、细胞增殖率、ITGB1 mRNA水平和Ki-67、MMP-9、Bcl-2、ITGB1蛋白水平较低(均 P<0.05);与Dex低剂量组比较,Dex中剂量组、Dex高剂量组、Dex高剂量+inhibitor NC组HCC-827细胞凋亡率、miR-490-3p和Bax蛋白水平较高,细胞迁移个数和侵袭个数较少, D490(24、48 h)、细胞增殖率、ITGB1 mRNA水平和Ki-67、MMP-9、Bcl-2、ITGB1蛋白水平较低(均 P<0.05);与Dex中剂量组比较,Dex高剂量组、Dex高剂量+inhibitor NC组HCC-827细胞凋亡率、miR-490-3p和Bax蛋白水平较高,细胞迁移个数和侵袭个数较少, D490(24、48 h)、细胞增殖率、ITGB1 mRNA水平和Ki-67、MMP-9、Bcl-2、ITGB1蛋白水平较低(均 P<0.05);与Dex高剂量+inhibitor NC组比较,Dex高剂量+miR-490-3p inhibitor组HCC-827细胞凋亡率、miR-490-3p和Bax蛋白水平较低,细胞迁移个数和侵袭个数较多, D490(24、48 h)、细胞增殖率、ITGB1 mRNA水平和Ki-67、MMP-9、Bcl-2、ITGB1蛋白水平较高(均 P<0.05)。与miR-NC和ITGB-WT共转染比较,miR-490-3p mimic和ITGB1-WT共转染萤光素酶活性较低( P<0.05)。与CK组比较,Dex组肿瘤质量,肿瘤体积,ITGB1 mRNA水平,Ki-67、MMP-9、Bcl-2、ITGB1蛋白水平较低,miR-490-3p、Bax蛋白水平较高(均 P<0.05)。 结论:Dex可以通过上调miR-490-3p表达、下调ITGB1表达进而抑制HCC-827细胞的增殖、迁移和侵袭。
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编辑人员丨1周前
