目的:对MATR3基因新发点突变致散发性肌萎缩侧索硬化（sALS）患者临床资料及相关文献进行分析。方法:收集2021年4月就诊于解放军总医院第一医学中心神经内科MATR3基因突变的1例sALS患者的临床资料，并对其行生化、肌电图、头颅磁共振成像（MRI）及基因检测。应用全外显子测序对先证者进行致病基因筛查，并应用Sanger测序技术对其进行突变位点的验证，通过SIFT Pred、Polyphen-2 HVAR Pred、MutationTaster Pred软件进行基因有害性预测。通过数据库检索，总结MATR3基因不同突变位点致ALS的临床特点。结果:先证者为69岁女性，以球肌力弱起病，逐渐累及颞肌、咬肌等颜面肌和四肢肌，体检除有上、下运动神经元受累外，还存在明显的颜面部肌肉萎缩。患者无ALS家族史。血清肌酸激酶、风湿免疫、肿瘤标志物等均正常，头颅MRI未见结构性病变和锥体束走行处异常信号，肌电图提示广泛神经源性损害、重复刺激波幅递减、瞬目反射和皮肤交感反应测定结果异常。基因筛查发现患者MATR3基因存在杂合突变c.1472A>G（p.Y491C），为错义突变，经软件预测为有害突变。结论:MATR3基因c.1472A>G（p.Y491C）位点变异可能为该患者的致病性突变，其临床表现除与经典ALS表现相似外还存在颜面部肌肉受累，肌电图提示皮肤交感反应和瞬目反射异常。

目的 应用生物信息学筛选食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中差异表达的microRNA(miRNA)并预测其靶基因,分析生物学功能.方法 收集西南医科大学附属医院2021年6月—2022年2月期间的20对食管鳞状细胞癌癌组织和癌旁正常配对组织标本.通过GEO数据库下载ESCC miRNA表达谱芯片数据,利用R软件limma包进行归一化,筛选差异表达miRNA;利用在线工具Kaplan-meier Plotter对差异表达miRNA进行生存分析.通过qRT-PCR验证与生存率相关的差异miRNA在ESCC组织中的表达;利用TargetScan和miRDB预测靶基因,应用DAVID对靶基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;通过STRING和Cytoscape构建PPI网络鉴定核心基因并构建miRNA-mR-NA网络图;最后利用UALCAN评估核心基因在食管癌中的表达.结果 与癌旁正常组织相比,hsa-miR-93、hsa-miR-130b、hsa-miR-18a、hsa-miR-23b 在 ESCC 组织中表达上调;而 hsa-miR-1、hsa-miR-133b、hsa-miR-378a 在 ESCC 组织中表达下调.其中3种下调miRNA在ESCC组织中的表达较癌旁正常组织有显著差异(P＜0.01).核心基因HNRN-PK、HNRNPU、DHX15、MATR3、HNRNPA3在食管癌中的表达明显上调,且与hsa-miR-1密切相关.结论 ESCC癌组织中miRNA存在差异表达,miRNA可能通过作用靶基因间接参与调控相关的生物功能和通路,从而影响ESCC的发生发展.

目的 对Xp11.2易位/TFE3基因不同融合类型设计多重PCR引物,证实多重PCR联合Sanger法测序的可行性,旨在探讨引物设计的重要性.方法 选取已通过高通量RNA-Seq测序证实TFE3融合类型的标本23例,其融合类型包括PSF-TFE3 3种,PRCC-TFE3 3种,ASPL-TFE3 2种, FUBP1-TFE3 1种,NONO-TFE3 2种,RBM10-TFE3 1种,MED15-TFE3 1种以及MATR3-TFE3 1种共计14种,对其用设计好的多重PCR引物进行PCR扩增并联合Sanger法测序进行验证,该次实验分4个多重PCR反应,包括14条不同基因的正向引物以及4条TFE3反向引物.结果 23例标本均与高通量RNA-Seq测序结果完全一致,可见所设计的引物通过多重PCR联合Sanger法测序是可行的.结论该方法的优势在于利用4个多重PCR反应便可确定是否存在上述14种TFE3融合类型阳性,并通过反向测序便可确定具体融合类型.因此从试剂成本方面考虑,尤其在大批量标本的TFE3融合类型筛查过程中,该方法较高通量RNA-Seq测序有很大的优势.

目的 对云南大理地区HIV相关的12株非结核分枝杆菌(non-Tuberculous mycobacteria,NTM)进行鉴定,了解其菌种构成;探讨MLVA法在大理地区HIV相关鸟分枝杆菌(Mycobacterium avium,MAV)基因分型的应用,了解MAV基因型特征和耐药情况. 方法 对初步鉴定的NTM通过16SrRNA、hsp65和rpoB靶基因片段测序分析进行菌种鉴定;对鉴定后的HIV相关MAV进行MLVA基因分型.采用MLVA法选取15个数目可变串联重复序列(VN-TR)特异位点,运用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳技术检测MAV的DNA指纹图谱.运用Quantity One和BioNumerics(6.6)软件对结果进行数字化处理,采用UPGMA法和MST法进行聚类分析;通过比例法对HIV相关MAV进行6种二线抗结核药物的药敏试验. 结果 大理地区12株HIV相关NTM中,9株为MAV,1株为帕拉分枝杆菌,1株为戈登菌,1株为脓肿分枝杆菌.9株HIV相关MAV通过MLVA法进行基因分型,15个VNTR位点呈多态性,不同位点的HGDI值存在差异,其中MATR-14为0.75,MATR-14、MATR-9等13个位点均≥0.5.9株双感MAV经UPGMA法聚类分析分为3个基因群、8个基因型,用MST法聚类分析则分为3个簇;HIV相关MAV对丙硫异烟胺(TH1321)均敏感,阿米卡星(AK)耐药率为100％(9/9),左氧氟沙星(LFX)耐药率为77.8％(7/9),莫西沙星(MFX)耐药率为66.7％(6/9),卷曲霉素(CPM)耐药率为55.6％(5/9),利福布丁(RBU)耐药率为11.1％(1/9). 结论 大理地区12株HIV相关NTM分为MAV、帕拉分枝杆菌和戈登菌,其中以MAV占多数.MATR-VNTR分析,不同MAV菌株同一位点的基因片段差异明显,有多态性.MATR-14、MATR-9等13个位点分辨力高,可作为大理地区HIV相关MAV的基因分型首选位点;MAV对丙硫异烟胺(TH1321)敏感,对阿米卡星耐药率高,而且出现多药耐药.

目的 了解云南省西南地区人类免疫缺陷病毒(HIV)/鸟结核分枝杆菌(MAV)双重感染者MAV的基因型和耐药情况.方法 选取12个可变数目串联重复序列(VNTR)特异性位点,采用分枝杆菌串联重复序列(MATR-VNTR)基因分型法对MAV进行基因分型;采用聚合酶链反应(PCR)扩增菌株DNA后进行琼脂糖凝胶电泳,获得MAV的DNA指纹图谱,再应用Quantity One和BioNumerics 6.7软件对电泳图进行数字化处理并通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析.采用比例法测试44株MAV对10种不同抗菌药物的敏感性.结果 各位点VNTR基因分型的Hunter-Gaston指数(HGDI)存在差异,其中MATR-5最高,为0.68,MATR-1、2、3、4、6、7、9、13、15位点的HGDI值均≥0.5;通过聚类分析,44株MAV分为6个集群.药敏试验结果显示,利福布丁对MAV的体外抗菌活性最好(耐药率为0),其次是乙胺丁醇(耐药率86.4％,38/44),所有菌株对其余8种药物均耐药.结论 选取的12个位点VNTR基因分型法在云南省西南地区具有较高分辨率,来自云南省不同地区的MAV分离株耐药情况严峻.