目的:分析湖南省吡嗪酰胺耐药结核病的流行情况及危险因素，描述相应结核分枝杆菌分离株的基因型分型和成簇特征。方法:收集湖南省胸科医院（湖南省结核病防治所）2016年1月至2018年12月，3 862例完成包括吡嗪酰胺在内的五种一线抗结核药物（吡嗪酰胺、异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇）药敏测试的患者基本信息和药敏结果，计算吡嗪酰胺耐药结核病的流行率，并采用单变量和多变量的logistic回归分析对其进行危险因素分析；选取2017年6月至2018年6月212株吡嗪酰胺耐药结核分枝杆菌分离株，对其进行24位点的MIRU-VNTR分型，用遗传差异值（h值）和Hunter-Gaston指数（HGI）进行位点分辨率的评价，运用BioNumerics 5.0软件对MIRU-VNTR结果进行成簇分析；并进一步对簇内的菌株进行 pncA测序分析。 结果:湖南省结核病患者的吡嗪酰胺耐药率为14.7%（566/3 862），耐多药结核病（MDR-TB）患者的吡嗪酰胺耐药率为60.5%（511/844）。多变量logistic回归分析结果显示，相比抗结核药物全敏感（异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇均为敏感）的结核病患者，单耐异烟肼、MDR-TB患者产生吡嗪酰胺耐药的风险更高，调整OR值（95% CI）分别为：13.08（5.67~30.18）、298.41（164.88~540.08）， P值均<0.01。成簇性分析结果显示：65株菌株形成19个簇，成簇率为30.7%（65/212），8个簇至少存在两株菌株具有相同的 pncA突变类型，其中4号簇的4例患者、6号簇的3例患者和16号簇的2例患者均居住在同一个县。至少有47.6%［101（47例初治患者+54例复治成簇患者）/212］的吡嗪酰胺耐药结核病患者提示是由传播导致的。 结论:湖南省吡嗪酰胺耐药结核病的流行形势较严峻，对任意一线抗结核药物耐药的结核病患者，尤其是MDR-TB患者，需尽快进行吡嗪酰胺药敏测试从而确定治疗方案；近一半结核病患者产生吡嗪酰胺耐药是由于传播导致，吡嗪酰胺耐药结核病的防治策略是重点做好患者的规范化治疗和管理的同时，加强对传染源的发现和控制。

羧基酯脂肪酶(CEL)通常由胰腺分泌并转移到十二指肠参与水解消化脂肪、胆固醇酯和脂溶性维生素，是人体内重要的消化酶。近年来，研究发现该基因在胰腺疾病的发病中起重要作用，尤其是慢性胰腺炎和青少年发病的成人型糖尿病。该基因致病的相关变异主要包括两类：可变数量串联重复区(VNTR)数量的改变及内部突变；与CEL高度同源的假基因(CELP)发生重组形成CEL-HYB杂合变异。CEL相关变异通过胞内自噬和内质网应激等机制参与胰腺疾病的发生。

目的 探讨新疆维吾尔自治区南疆地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)分子流行病学特点,分析MTB菌株成簇的影响因素,为新疆南疆地区结核病防治提供科学依据.方法 随机抽取2018年和2020-2022年新疆南疆地区耐药监测点的结核分枝杆菌,提取菌株DNA,采用24位点可变串联重复序列分型方法对菌株进行基因分型,对结核分枝杆菌进行位点多样性及分辨力检测,分析新疆南疆地区菌株的成簇率并比较其传播差异.结果 116株结核分枝杆菌分90个基因型,其中独立基因型76种,其余的菌株成14簇,每簇2～7株,共40株,成簇率34.48%,传播率22.41%.分辨指数最高的为QUB-11b位点,分辨力指数为0.801;分辨指数最低的位点是MIRU2,分辨力指数为0.北京基因型在新疆南疆地区结核分枝杆菌中占44.83%(52/116).菌株是否成簇与是否异烟肼耐药、利福平耐药差异有统计学意义(χ2=6.798,P=0.009;χ2=15.544,P<0.001).结论 新疆南疆地区结核分枝杆菌基因型呈高度多态性,但北京基因型仍是优势菌株,新疆南疆地区结核分枝杆菌的成簇率较高,这提示近期传播在新疆南疆地区结核病的流行中占有一定比例.新疆南疆地区北京基因型相对于非北京基因型、利福平耐药菌株相对于非利福平耐药菌株、乙胺丁醇耐药菌株相对于非乙胺丁醇耐药菌株更容易成簇.

目的 调查云南省昭通地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)临床分离株的遗传多样性和耐药分子特征.方法 2022年9月—2023年8月从昆明医科大学附属昭通医院收治的298例涂阳肺结核患者中共采集了MTB 298株,用MeltPro TB测定法通过荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)熔解曲线法鉴定所有分离株.用多色熔解曲线分析技术进行间隔区寡核苷酸分型(interval oligonucleotide typing,Spoligotyping).用分枝杆菌散布重复单元(mycobcterial interspersed repetitive units,MIRU)-可变数目串联重复序列分型(variable number of tandem repeat typing,VNTR)(MIRU-VNTR)24位点分型法进行基因分型.使用PCR和靶向测序检测耐药基因突变.结果 北京菌株占所有MTB菌株的69.80％(208/298).其他谱系包括T、LAM、MANU2、CAS、NEW-1和SITVITWEB数据库中未发现的孤儿型,分别占5.70％(17/298)、3.36％(10/298)、0.67％(2/298)、0.34％(1/298)、8.39％(25/298)及11.74％(35/298).北京菌株对左氧氟沙星的耐药率略高于非北京菌株(P=0.042),而北京菌株与非北京菌株2种基因型菌株对异烟肼、利福平、乙胺丁醇、链霉素、吡嗪酰胺、卡那霉素耐药率差异无统计学意义(P>0.05).MIRU-VNTR 24位点分型分析结果显示,33个菌株可分为13株聚类,其聚类率为39.39％.每个等位基因的Hunter-Gaston指数在0～0.814之间,其中18个位点对非北京菌株具有中高鉴别能力.但只有10个位点对北京菌株具有中高鉴别能力.结论 MTB菌株在中国云南省昭通地区表现出较高的遗传多样性,北京菌株是MTB和耐药结核病菌株的优势谱系.

目的:分析河南省胞内分枝杆菌临床分离株的耐药及基因分型.方法:收集68 株2019 年河南省部分地市结核病专科医院痰标本分离的胞内分枝杆菌,采用微孔板法测定其对16 种药物的敏感性,用16 位点VNTR方法进行基因分型,并用BioNumerics软件对分型数据进行聚类分析.结果:68 株对克拉霉素、利福布汀和甲氧苄啶/磺胺甲恶唑的耐药率分别为11.76%(8/68)、5.88%(4/68)、8.82%(6/68).克拉霉素、利福布汀和甲氧苄啶/磺胺甲恶唑的抑制50%胞内分枝杆菌的最低抑菌浓度(MIC50)和MIC90分别为2 和32 mg/L、0.5 和2mg/L以及0.25/4.75 和2/38 mg/L.16 位点VNTR将 68 株分为 45 个基因型,包括来自 11 个簇的 34 株和 34 个独特模式的分离株,Hunter-Gaston分辨力指数为 0.978.成簇菌株利奈唑胺和阿米卡星耐药率高于非成簇菌株(58.82%vs 23.53%;44.12%vs 14.71%)(P<0.05).结论:克拉霉素、利福布汀和甲氧苄啶/磺胺甲恶唑等对河南省胞内分枝杆菌临床分离株具有较好的抗菌活性.VNTR分型方法对胞内分枝杆菌具有较好的分型能力.成簇菌株中利奈唑胺和阿米卡星的耐药率高于非成簇菌株.

目的 通过基因分型探讨重庆市结核分枝杆菌分子流行病学特点,建立适合重庆市结核病基因分型的体系.方法 复苏培养2019-2021年重庆市丰都县、奉节县2个国家级耐药监测点结核病患者痰培养菌株268例,提取菌株DNA,采用24位点可变串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)分型方法对菌株进行基因分型,并对成簇的菌株进行流行病学调查,分析2个监测点菌株的成簇率并比较其传播差异.结果 2个地区菌株中奉节县的分辨率指数(Hunter-Gaston index,HGI)HGI指数从0到0.85,HGI 0.6以上的位点有10个;0.3≤HGI≤0.6的位点有11个;HGI＜0.3的位点有3个.分辨力最高的位点为MIRU31,分辨力最低的位点为MIRU24.丰都县的HGI指数从0到0.81,HGI0.6以上的位点有12个;0.3≤HGI≤0.6的位点有9个;HGI＜0.3的位点有3个.分辨力最高的位点为MIRU26,分辨力最低的位点为MIRU23.在成簇性分析中,丰都县140例菌株中成簇的样本为10例,成簇数目为4簇,最大的1簇为4例样本,成簇率为4.1％.奉节县128例菌株中成簇的样本数为10例,成簇的数目为5簇,成簇率为4.2％.结论 重庆市丰都县、奉节县发病的主要人群为独立的基因型,近期传播率较低.患者发病主要是内源性复燃即潜伏感染者发展为活动性肺结核,防控机构在对结核病患者进行规范化管理的同时,还应加大2个监测点潜伏感染者的筛查力度,对潜伏感染者进行预防性治疗,这是降低两地结核病疫情发病率的关键.

目的 对甘肃省2起传染源不明的人间鼠疫疫情分离菌株进行溯源分析,为针对鼠疫传染源隔离防控提供依据.方法 采用差异区段(DFR)和规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPR)对2017年12月12日和2019年9月27日发生的2起人间鼠疫疫情分离的鼠疫菌进行基因分型.采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)方法确定待测鼠疫菌VNTR位点的重复数,应用BioNumerics 6.6软件中最小生成树法聚类分析确定待测菌株在甘肃省鼠疫疫源地分离鼠疫菌的系统发育树位置.结果 菌株20171212缺失DFR01、DFR02、DFR03、DFR04、DFR13、DFR23,DFR分型为 8 型;CRISPR 间区序列 YPa 为 a1'-a2-a3-a4-a5-a6-a7-a35,YPb 为 b1-b2-b3-b4,YPc 为 c1-c2-c3,基因簇为 Ca35',基因型为26';MLVA聚类分析显示菌株聚在肃北县鱼儿红牧场簇内,并成为独立分支;菌株20190927缺失DFR01、DFR13、DFR23,DFR 分型为 1b 型;CRISPR 间区序列 YPa 为 a1-a2-a3-a4-a5-a6-a7,YPb 为 b1-b2-b3-b4,YPc 为 c1-c2-c3,基因簇为Ca7,基因型为22型;MLVA聚类分析在最小生成树的位置靠近阿克塞县当金山簇,与肃北县鱼儿红牧场簇较远.结论 菌株20171212的DFR和CRISPR基因型与肃北县喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫菌的主基因型一致,证实人间疫情病例由本地自然发生,但最小生成树中聚在肃北县鱼儿红牧场簇内,表明病例最初接触传染源地方不是盐池湾乡,而是肃北县鱼儿红牧场周边范围内.菌株20190927的DFR和CRISPR基因型与阿克塞县喜马拉雅旱獭疫源地鼠疫菌的主基因型一致,且最小生成树位置上更靠近阿克塞县当金山簇,与肃北县鱼儿红牧场簇较远,证实2019年人间疫情病例是放牧地方接触传染源.

目的 了解云南省结核分枝杆菌基因型分布特征、传播及其相关影响因素,为结核病控制提供政策依据.方法 收集云南省 32 耐药监测县(区)于 2016 年至 2019 年分离的分枝杆菌菌株,采用Spoligotyping和 15 个MIRU-VNTR位点技术对结核分枝杆菌进行基因分型.结果 共收集到 846 株结核分枝杆菌,539 株为北京基因型(63.71%),307 株非北京基因型包括 T1(20.69%,175/846)、T3(4.49%,38/846)、T2(2.36%,20/846)等共 16 个基因型以及 42 株(4.96%)新发现或未定义菌株.846 株结核分枝杆菌的成簇率为 25.89%,其中北京基因型的成簇率为 29.68%,非北京基因型成簇率为 19.22%,两者差异有统计学意义(χ2 = 15.14,P<0.001);北京基因型和非北京基因型结核分枝杆菌与耐药无关;Logistic回归分析显示北京基因型成簇风险是非北京基因型的 1.861 倍(P<0.05,95%CI 1.376～2.516),而INH敏感菌株是耐药菌株的 1.869 倍(P<0.05,95%CI 1.129～3.094).结论 云南省结核分枝杆菌基因型呈高度多态性,但北京基因型仍是主要流行株,云南省存在结核病的近期传播,北京基因型和INH敏感是近期传播的影响因素.

目的 通过比较北京部分地区2015年1—6月间与2016年1—6月间儿童肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae,Mp)的阳性检出率及其分子流行特征,获得2015年下半年Mp阳性检出率升高前后两个不同时间Mp感染的流行规律及特征.方法 选取2015年1月至6月及2016年1月至6月首都儿科研究所附属儿童医院呼吸道感染住院患儿呼吸道标本,提取上述标本中病原体DNA后采用real-time PCR法进行Mp repMp1基因检测;阳性标本分别进行改良的多位点可变数目串联重复序列分析[multiple-locus variable-number tandem-repeat(VNTR) analysis,MLVA]及限制性片段长度多态性分析(restriction fragment length polymorphism analysis,P1-RFLP),同时对标本的23S rRNA耐药突变位点进行检测.结果 2015年1—6月间271例肺炎患儿中,50例(18.5%) 经 real-time PCR检测为Mp阳性,2016年1—6月间283例肺炎患儿中,99例(35%) 经real-time PCR检测为Mp阳性;2015年1—6月间50例Mp阳性标本中48例为M4-5-7-2/P1型,仅有2例为M3-5-6-2/P2型,大环内酯类耐药基因突变率为92%(46/50),2016年1—6月间99例Mp阳性标本中82例为M4-5-7-2/P1型,2例为M4-5-7-3/P1型,15例为M3-5-6-2/P2型,大环内酯类耐药率为83.8%(83/99).结论在2015年下半年Mp阳性检出率出现升高趋势后,2016年1—6月间与2015年同期相比,Mp的阳性检出率持续升高;同时M4-5-7-2/P1基因型比例降低,M3-5-6-2/P2基因型升高;大环内酯类耐药基因突变率较前期相比有所下降.