目的:探讨拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-seq)在产前诊断中的应用价值。方法:对2018年5月至2020年12月期间采用单核苷酸多态性微阵列(single nucleotide polymorphism array, SNP-array)进行羊水染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis，CMA)的结果进行重分析，对具有临床意义的CNVs以及非整倍体低比例嵌合的样本进行CNV-seq检测。结果:对16 488例羊水CMA结果进行分析，选取343例存留羊水的DNA样本进行CNV-seq检测，检测成功率为100%。与CMA检测结果相比，完全符合314例(91.5%)，部分符合4例(1.2%)，漏检25例(7.3%)。对部分符合和漏检的病例的分析提示，CNV-seq的检测盲区为 SHOX基因及 AZFc区域。 结论:CNV-seq在产前诊断中具有准确度高、基因组覆盖度好的特点，可稳定检测低比例嵌合，适宜在临床推广，但应充分了解其局限性，针对不同人群选择最适合的产前诊断方法。

Léri-Weill软骨骨发育不良(Léri-Weill dyschondrosteosis，LWD)是由于SHOX基因的单倍体不足导致，具有典型的三联征：肢体中部短小、身材矮小和手腕部马德隆畸形，还包括体重指数增高等临床特点。而身材矮小和体重指数增高既是代谢综合征、2型糖尿病、心血管疾病的危险因素，也是自身免疫性甲状腺疾病的危险因素。但成人LWD患者的代谢紊乱以及甲状腺疾病尚未得到充分关注。本文报道2例成年就诊于内分泌代谢科的LWD患者，通过介绍其临床特点，基因类型，诊断方法和治疗过程，加深临床医生对LWD的认识，提高识别和诊断能力，并关注患者的代谢性疾病和甲状腺疾病的伴随情况，以期达到早期预防和治疗。

Turner综合征（Turner syndrome，TS）并发马德隆畸形、复杂短指症在临床上是很少见的，再合并强直性脊柱炎（ankylosing spondylitis，AS）则更为罕见。报告1例36岁女性患者，因反复腰背、髋、膝疼痛11年，加剧1个月，以"强直性脊柱炎"收住入院，入院后因身高矮小、第二性征发育不良、肢体畸形等，行染色体核型示"46，X，i（Xq）"，从而确诊Turner综合征，进一步检查发现双侧马德隆畸形及以第4掌骨短缩、多发中节指骨缺失、短缩为特征的复杂短指症。通过复习相关文献，考虑Turner综合征患者应排除合并AS等自身免疫性疾病，Turner综合征加重AS的炎症反应，但Turner综合征合并AS更可能是偶然事件。马德隆畸形患者应注意排除Turner综合征，马德隆畸形及第4掌骨短缩主要与 SHOX基因的单倍体不足有关，而多发中节指骨缺失、短缩为特征的短指症可能是Turner综合征，尤其46，X，i（Xq）核型的一个新的临床表现，X染色体短臂上可能存在相关基因调控手指的数量、生长及发育。早期的雌激素替代治疗可使患者得到极大的获益。

目的:鉴定肾透明细胞癌(ccRCC)甲基化生物标志物，并构建ccRCC甲基化预后分子标签。方法:提取TCGA数据库中ccRCC患者的临床数据以及ccRCC甲基化数据，筛选出ccRCC癌组织和正常肾组织中甲基化差异基因，然后将差异基因经过LASSO-Cox回归分析筛选ccRCC预后相关的基因并构建ccRCC预后分子标签。结果:首先筛选出485例ccRCC癌组织和正常肾组织中甲基化差异基因798种，差异基因结合ccRCC生存数据经过单因素Cox分析得到492种与ccRCC预后相关的甲基化差异基因( P<0.05)；再将325例肿瘤组织样品数据按30%和70%随机分为两组，70%组为训练组用于筛选预后分子标签，30%组为测试组用于测试筛选出的分子标签预测预后效果。采用LASSO-Cox回归分析从中筛选出5种与ccRCC预后相关的甲基化差异基因，分别为CMTM3、HAND2、HIST1H3E、MIR4425、SHOX2。利用5种基因联合多因素COX回归系数构建分子标签：-5.36342273779505×DML CMTM3+3.260844271×DML HAND2+4.995985347×DML HIST1H3E-1.84339230384795×DML MIR4425+3.323857473×DML SHOX2代入相关数据后，计算分子标签分值。训练组、测试组、全部数据组的分子标签值与ccRCC患者生存期显著相关，分子标签值越高患者预后越差。 结论:通过对TCGA数据库的挖掘，发现影响ccRCC预后的有5种基因，且联合5种基因构建的分子标签与ccRCC患者的预后有显著性关联，构建的ccRCC预后模型有望应用于临床。

目的:探讨2例 SHOX基因杂合缺失胎儿的临床表型及产前诊断。 方法:选择2022年6月24日和2022年7月27日就诊于南京大学医学院附属鼓楼医院的2名孕妇及其发育迟缓胎儿作为研究对象。采集胎儿的羊水样品，提取基因组DNA，进行单核苷酸多态性微阵列(SNP array)检测和/或 FGFR3基因变异检测。 结果:排除 FGFR3基因变异影响后，胎儿1的Xp或Yp末端存在约883 kb的杂合性缺失，胎儿2的Xp末端存在约5.75 Mb的杂合性缺失，2个缺失片段均包含 SHOX基因。其中胎儿1的缺失片段来源未知，胎儿2的缺失片段遗传自母亲。胎儿1足月娩出，外观未见异常；胎儿2尚在妊娠中。 结论:结合超声提示异常、亲代表型及SNP array结果，可解释胎儿的宫内发育迟缓的表型及预测出生后的表型，有助于产前诊断。

孕妇，女，29岁，孕10 w在外院进行唐氏筛查，结果显示21-三体综合征风险率为1：647，B超提示NT：0.08 cm，头臀径：8.8 cm。孕19 w于济南市妇幼保健院进行遗传咨询，复查B超，未见胎儿结构和超声软指标异常；孕22 w行羊水产前诊断。本研究符合《世界医学协会赫尔辛基宣言》。

目的:探讨SHOX2和RASSF1A基因启动子区甲基化检测对早期肺腺癌筛查及诊断的价值。方法:下载癌症基因组图谱（TCGA）数据库中471例肺腺癌患者的mRNA测序数据及相应的413例甲基化数据分别计算两基因启动子区甲基化水平，分析正常肺组织与肿瘤组织的甲基化水平差异。回顾性分析2018年1月至2019年1月南京大学医学院附属鼓楼医院接受手术的54例早期肺腺癌及31例肺良性肿瘤患者临床资料，检测肿瘤组织及正常肺组织（距肿瘤>5 cm）（称为：临床样本）SHOX2及RASSF1A甲基化状态，以任一基因启动子区甲基化阳性为两基因联合甲基化阳性。以病理诊断为金标准，绘制受试者工作特征（ROC）曲线，分析基因甲基化阳性诊断早期肺腺癌的效能。筛选出石蜡样本中肿瘤细胞比例>80%的患者，对其肿瘤组织及正常肺组织进行mRNA高通量测序。分析两基因甲基化阳性与患者临床病理特征的关系，采用Spearman法分析临床样本和TCGA数据库样本中两基因启动子区甲基化水平与mRNA表达水平的相关性。采用基因集变异分析（GSVA）法分析两基因甲基化阳性临床肺腺癌样本和对应的甲基化阴性肺腺癌样本间京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集通路的差异。结果:在TCGA数据库中，SHOX2启动子区甲基化岛包含6个被测序的甲基化位点，其中位点cg04532033、cg01557547甲基化水平在肺腺癌组织中均高于正常肺组织（均 P<0.05）；RASSF1A基因启动子区甲基化岛包含11个被测序的甲基化位点，其中6个位点的甲基化水平在肺腺癌组织中均高于正常肺组织（均 P<0.05）；与正常肺组织比较，SHOX2启动子区甲基化水平在Ⅰ、Ⅱ期肺腺癌组织中升高（均 P<0.05）；RASSF1A启动子区甲基化在肺腺癌各期中均处于较高水平（均 P<0.001）。在临床54例早期肺腺癌患者中，癌组织SHOX2启动子区甲基化阳性28例，RASSF1A启动子区甲基化阳性21例，两基因联合甲基化阳性40例；31例良性肺结节SHOX2、RASSF1A甲基化均为阴性。ROC曲线分析示，SHOX2启动子区甲基化阳性诊断早期肺腺癌的灵敏度高于RASSF1A启动子区甲基化阳性诊断（51.8%比38.9%），两基因联合甲基化阳性诊断的曲线下面积（AUC）均高于单独以SHOX2或RASSF1A甲基化阳性诊断（0.870比0.759、0.694）。Ⅰ、Ⅱ期肺腺癌SHOX2及RASSF1A甲基化实时荧光定量聚合酶链反应（qRT-PCR）检测的循环阈值（Ct）均低于正常肺组织（均 P<0.05）；与两基因甲基化均阴性患者相比，两基因联合甲基化阳性患者具有年龄更高、肿瘤长径更长、病理分期更晚的特点（均 P<0.05）。在临床Ⅰ~Ⅱ期肺腺癌样本中，SHOX2及RASSF1A启动子区甲基化qRT-PCR检测的Ct与其mRNA相对表达水平均呈负相关（ r=-0.43， P=0.003； r=-0.48， P=0.001）；TCGA数据库Ⅰ~Ⅱ期肺腺癌样本中，SHOX2启动子区甲基化水平与其mRNA相对表达量呈负相关（ r=-0.23， P<0.001），RASSF1A启动子区甲基化水平与其mRNA相对表达量也有负相关趋势，但无统计学意义（ r=-0.05， P=0.310）。两基因启动子区甲基化阳性肺腺癌样本中与叶酸代谢及DNA稳定性相关的通路上调，与血管收缩、细胞生长分化等相关的通路的下调。 结论:SHOX2及RASSF1A启动子区甲基化联合检测可作为早期肺腺癌筛查、诊断的指标。两基因启动子区甲基化异常可能影响多个肿瘤相关通路，促进早期肺腺癌的发生、发展。

目的:基于多重PCR方法针对Turner综合征患者，建立快速检测Y染色体特有序列的多重PCR方法。方法:在Y染色体不同区域选择9个基因设计引物，其中Y染色体短臂特有基因为 SRY、TBL1Y、TSPY，长臂特有基因为 DDX3Y、HSFY1、RPS4Y2、CDY1，以及X和Y染色体拟常染色体区(PAR)短臂的 SHOX和长臂的 SPRY3基因。建立并优化Y染色体9个基因的多重PCR方法，通过使用基因组DNA不同用量对多重PCR进行灵敏性测试，并对确诊的36例Turner综合征患者(2例患者核型携带mar，1例患者核型为45，X[40]/47XYY[21])以及1例核型为46，X，+mar的男性矮小症患者进行检测。 结果:优化多重PCR反应体系(50 μL)结果，每对引物上下游的终浓度为0.1 μM时，9对引物的多重PCR反应扩增出与理论大小一致的目的条带，无非特异性扩增，条带清晰易区分。在灵敏性试验中，多重PCR反应体系的基因组DNA用量低至1 ng时条带仍清晰可见。使用该方法检测36例Turner综合征患者，1例核型为45，X[40]/47XYY[21]的Turner综合征患者扩增出Y染色体特有目的基因，35例Turner综合征患者只扩增出 SHOX和 SPRY3两个目的基因，而无Y染色体特有的7个基因，与患者临床表现一致。 结论:本研究建立的9个基因多重PCR反应体系可快速准确的筛查Turner综合征患者是否携带Y染色体物质，具有检测成本低、操作简便、特异性强、检测周期短等优点，可供临床及时检出携带Y染色体物质的Turner综合征患者，为是否预防性切除性腺而防止恶性性腺肿瘤的发生提供诊断依据。

目的 分析人基底神经节各核团的分子标志物以及不同核团间、不同性别、疾病相关的差异表达,探讨差异表达基因的生物学功能.方法 针对来源于10具人尸脑45个基底神经节核团样本,按是否有神经疾病分为对照组和帕金森病组,对照组按性别分为女性和男性组,提取各样本RNA进行高通量转录组测序.生物信息学分析鉴定对照组各核团的分子标志物、不同核团间、不同性别以及帕金森病相关的差异表达基因,并对差异表达基因进行基因富集分析和功能注释.结果 测序分析发现,top差异表达基因包含尾状核的DRD1、FOXG1、FAM 183A;黑质的 SLC6A3、EN1、SLC18A2、TH;苍白球的 MEPE、FGF10;底丘脑的 SLC17A6、PMCH、SHOX2 等.其中,壳核top差异表达基因与尾状核存在部分重叠,如DRD1、FOXG1等.对照组不同核团间鉴定出大量差异表达基因,尾状核与苍白球间存在数量最多的差异表达基因(9321),其次是壳核与苍白球间(6341),尾状核与黑质间(6054).黑质与底丘脑间存在数量最少的差异表达基因(44).基因富集分析发现,尾状核与苍白球间下调基因显著富集在神经元髓鞘形成、细胞迁移调节等;壳核与苍白球上调基因富集在化学突触传递、膜电位调节、金属离子转运、神经递质转运等,而下调基因富集在神经元髓鞘形成、细胞黏附等;尾状核与黑质上调基因富集在化学突触传递、轴突传导等,而下调基因富集在神经元髓鞘形成等.另外,尾状核、壳核、黑质、苍白球和底丘脑分别鉴定到性别差异上调基因468、548、1402、333和341个,以及下调基因756、988、2532、444和1372个.基因富集分析发现,上调基因大多富集在免疫反应相关通路,下调基因富集在化学突触传递等.最后,尾状核、壳核、黑质、苍白球和底丘脑分别鉴定出帕金森病特异上调基因709、852、276、507和416个,以及下调基因830、2014、1218、836和1730个.基因富集分析发现,上调基因大多富集在凋亡信号调节,下调基因大多富集在化学突触传递、动作电位调节等.结论 我们发现并分析了人基底神经节不同核团的分子标志物、核团间差异、性别差异和帕金森病的相关差异.

目的 联合矮小同源盒基因2(Short stature homeobox gene 2,SHOX2)、RAS相关结构域家族 1 亚型 A(RAS association domain family 1,isoform A,RASSF1A)及癌胚抗原(Carci-noembryonic antigen,CEA)构建预测肺癌发生的列线图模型,并确定该模型的预测价值.方法 选择2020年1月至2022年12月在新疆医科大学第一附属医院就诊的88例肺癌患者及肺良性肿瘤患者219名.比较两组患者的人口统计学和临床特征信息以及支气管肺泡灌洗液(Bron-choalveolar lavage fluid,BALF)中SHOX2和RASSF1A基因的甲基化水平.进行单因素分析及多因素Logistic回归分析筛选出影响肺癌发生的变量构建列线图,并评估其预测效能.结果 肺癌患者中SHOX2阳性36例(41.4％),RASSF1A阳性30例(34.5％).肺癌患者CEA、细胞角蛋白 19 片段(Cytokeratin 19 fragment,CYFRA21-1)、鳞状上皮细胞癌抗原(Squamous cell carcino-ma antigen,SCCA)、胃泌素释放肽前体(Pro-gastrinreleasing peptide,Pro-GRP)水平与肺良性肿瘤患者比较差异有统计学意义(P＜0.05).Logistic回归分析显示,SHOX2、RASSF1A和CEA为肺癌发生的独立危险因素(P＜0.05),基于上述独立风险因素所构建的列线图模型显示出良好的区分能力(AUC=0.926),具有较好的一致性且获益良好.结论 联合SHOX2、RASSF1A和CEA构建的列线图模型对肺癌发生具有较高的预测价值,可为肺癌的早期诊断提供依据.