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两样本孟德尔随机化分析炎性因子与前列腺癌因果关系
编辑人员丨4天前
目的:采用两样本孟德尔随机化方法来评估 91 种炎性因子与前列腺癌的潜在因果关系.方法:选取91 种炎性因子的全基因组关联分析(GWAS)汇总统计数据(n=14 824)结合FinnGen最新第9 版数据库中选取前列腺癌作为结局进行孟德尔随机化分析.通过逆方差加权法(IVW)、MR-Egger回归、简单中位数法(SM)、加权中位数法(WM)、加权中值法(WME)等回归模型的OR值和95%CI评估炎性因子与前列腺癌的因果关系,其中IVW法得出的因果关系相对稳定,作为本研究的主要统计方法.进一步采用贝叶斯分析法对孟德尔分析结果进行验证.使用Cochran's Q检验评估遗传工具变量的异质性,使用MR-Egger截距检验评估多效性,使用留一法评估作为工具变量的单核苷酸多态性(SNPs)对暴露和结局因果关系影响的敏感性.结果:IVW法结果显示,91 种炎性因子中白介素-22 受体 A1(IL-22RA1)、磺基转移酶 1A1(ST1A1)与前列腺癌发病风险呈正向因果关联:IL-22RA1:IVW[OR(95%CI):1.12(1.00~1.25),P=0.04];ST1A1:IVW[OR(95%CI):1.08(1.00~1.16),P=0.03].趋化因子配体 11(CXCL11)、白介素 17A(IL-17A)与前列腺癌发病风险呈反向因果关联;CXCL11:IVW[OR(95%CI):0.88(0.81~0.95),P=0.00];IL-17A:IVW[OR(95%CI):0.91(0.84~0.98),P=0.02].MR-Egger截距分析未检测到潜在的水平多效性(P 均>0.05,IL-22RA1=0.885,ST1A1=0.949,CXCL11=0.391,IL-17A=0.884).MR-PRESSO 未检测到偏倚 SNPs(P 均>0.05,IL-22RA1=0.479,ST1A1=0.629,CXCL11=0.326,IL-17A=0.444),未发现异质性(P均>0.05,IL-22RA1=0.543,ST1A1=0.677,CXCL11=0.336,IL-17A=0.494),留一法敏感性分析结果图提示无个别单核苷酸多态性位点对整体因果关系预测产生明显影响,故分析结果可靠.结论:91 种炎性因子中IL-22RA1、ST1A1 与前列腺癌有正向因果关系,随着这些因子的水平增加,前列腺癌发病的风险升高;CXCL11、IL-17A与前列腺癌有反向因果关系,即随着这些因子的水平增加,前列腺癌发病风险降低.
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编辑人员丨4天前
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基于肾主骨理论探讨肾病与骨质疏松症因果关系的孟德尔随机化分析
编辑人员丨5天前
目的 探索中医肾主骨理论下,肾病与骨质疏松症(osteoporosis,OP)的因果关系.方法 使用孟德尔随机化方法,从全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)数据库筛选肾病相关单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)作为工具变量,应用固定效应逆方差加权及多种敏感性分析以评估肾病与OP之间的因果关系.结果 5种孟德尔随机化分析结果显示,膜性肾病(OR=1.000 6,95%CI:1.000 2~1.000 9,P=0.001 0)、慢性肾小球肾炎(OR=1.000 8,95%CI:1.000 1~1.001 5,P=0.038 0)、糖尿病肾病(OR=1.001 0,95%CI:1.000 1~1.002 0,P=0.031 6)、血清肌酐升高(OR=1.013 0,95%CI:1.000 0~1.026 0,P=0.050 8)可显著增加OP风险,估计的肾小球滤过率升高则与OP风险降低相关(OR=0.997 0,95%CI:0.995 3~0.998 6,P=0.000 3).多重敏感性分析证实了结果的稳健性,未发现明显的多效性(MR-Egger截距P>0.05)和异质性(Cohran's Q检验P>0.05).结论 肾病与OP间存在正向因果关系,佐证肾主骨理论,为肾病相关OP预防和治疗提供新证据.
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编辑人员丨5天前
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干扰素治疗慢性乙型肝炎预后与降钙素基因相关肽及受体活性蛋白1基因多态性的关联研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨降钙素基因相关肽(CGRP) rs155209和受体活性蛋白1(RAMP1)rs3754701两个基因位点突变是否与干扰素治疗慢性乙型肝炎(乙肝)预后有关。方法:采用调查问卷的方法收集317例研究对象的一般资料,收集其抗凝血,提取DNA,用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱实验平台进行SNPs分型,使用单因素及多因素logistic回归方法分析CGRP及RAMP1基因多态性与干扰素治疗慢性乙肝预后的关系。结果:携带RAMP1基因rs3754701T者更容易出现DNA应答和ALT应答( OR=2.277,95 %CI:1.386~3.741, P=0.001; OR=1.694,95 %CI:1.073~2.675, P=0.024),而携带CGRP基因rs155209C者更不易出现DNA应答和ALT应答( OR=0.150,95 %CI:0.083~0.271, P<0.001; OR=0.583,95 %CI:0.367~0.925, P=0.022)。 结论:在中国北方汉族人群中,CGRP基因的rs155209和RAMP1基因的rs3754701位点与干扰素治疗慢性乙肝预后有关,rs3754701T在干扰素治疗后的DNA应答和ALT应答中起保护作用,而rs155209C携带者不易出现DNA应答和ALT应答。
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编辑人员丨5天前
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凋亡通路基因的遗传变异与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应有关
编辑人员丨5天前
目的:探讨凋亡通路相关基因的遗传变异与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应的关系。方法:选择362例接受术后同步放化疗的Ⅱ~Ⅲ期直肠癌患者,同步放化疗前抽取静脉血,采用Sequenom MassARRAY检测凋亡通路中的Fas细胞表面死亡受体(FAS)、Fas配体(FASL)、凋亡蛋白活性因子1(APAF1)、Bcl-2相关X蛋白(BAX)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体受体1(TRAILR1)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体受体2(TRAILR2)和半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶7(CASP7)基因共29个标签单核苷酸多态位点(htSNP)的基因型,分析基因型与放化疗不良反应之间的关系。基因型与放化疗不良反应的关联分析采用非条件Logistic回归模型。结果:362例患者接受全直肠系膜切除手术后,行照射总剂量为50 Gy、化疗方案为卡培他滨单药的同步放化疗。106例(29.3%)发生≥2级骨髓抑制,FAS rs1468063 ( OR=1.51,95% CI为1.07~2.15, P=0.020)、APAF1 rs11296996( OR=0.69,95% CI为0.49~0.98, P=0.039)、BAX rs4645904( OR=0.69,95% CI为0.50~0.97, P=0.030)与该不良反应发生有关。161例(44.5%)患者发生≥2级的腹泻,APAF1 rs11296996( OR=1.42,95% CI为1.02~2.00, P=0.040)和rs74619561( OR=2.16,95% CI为1.27~3.68, P=0.005)、CASP7 rs12263370( OR=1.67,95% CI为1.05~2.66, P=0.029)和rs12247479( OR=1.85,95% CI为1.12~3.08, P=0.017)、TRAIL rs112822654 ( OR=0.68,95% CI为0.48~0.96, P=0.027)与该不良反应发生有关。其余位点与直肠癌放化疗不良反应的发生无关(均 P>0.05)。直肠癌患者的性别与中重度骨髓抑制的发生有关( P=0.046);手术方式、病灶距齿状线距离与中重度腹泻的发生有关(均 P<0.001),也与中重度放射性皮炎的发生有关(均 P<0.05)。 结论:凋亡通路相关基因FAS、APAF1、BAX、TRAIL和CASP7遗传变异与直肠癌患者接受术后同步放化疗不良反应的发生有关,可能作为直肠癌个体化治疗的潜在遗传生物标志物。
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编辑人员丨5天前
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GSR基因多态性与噪声性听力损失易感性的关系
编辑人员丨5天前
目的:探讨谷胱甘肽还原酶(glutathione reductase,GSR)基因多态性与噪声性听力损失(noise-induced hearing loss,NIHL)易感性之间的关系。方法:2019年7月采用1∶1巢式病例对照研究方法,以河南省某钢铁厂的6 297名接触噪声作业工人为队列研究人群中,筛选接触噪声工龄≥3年、双耳高频(3 000、4 000、6 000 Hz)平均听阈≥40 dB的研究对象选择为听力损失组;并按照同性别、同工种、年龄相差≤5岁,接触噪声工龄相差≤2年,听力测试中任一耳语频(500、1 000、2 000 Hz)的任一频段听阈≤25 dB的匹配标准选择为对照组,筛选出听力损失组和对照组各276人。对调查对象进行一般体格检查和问卷调查,进行纯音听力测试和作业场所噪声测量。采用中高通量单核苷酸多态性分型检测技术(SNPscan TM法)对研究对象的GSR基因的3个核苷酸位点的多态性进行检测,并采用条件logistic回归分析不同单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与NIHL的关系,及调整协变量后不同多态位点与NIHL发生风险的关系;以不同累积噪声暴露量(cumulative noise exposure,CNE)分层后,采用条件logistic回归分析不同位点与NIHL发生风险的关系。 结果:研究对象的年龄为(40.28±8.00)岁,接噪工龄为(18.71±8.92)年,研究对象接触噪声水平为80.05~93.35 dB(A),CNE为86.83~107.92 dB(A)·年。与对照组比较,听力损失组、CNE、饮酒和噪声接触水平差异均无统计学意义( P>0.05);而年龄、接噪工龄、吸烟、双耳高频平均听阈和双耳语频平均听阈水平有差异,差异有统计学意义( P<0.05)。在调整吸烟、饮酒、高血压等因素后,在共显性模型下,与携带GG基因型比较,携带rs1002149 GT、rs2251780 GA基因型患NIHL的风险更高( OR=1.558,95% CI:1.028~2.361; OR=1.550,95% CI:1.020~2.355, P<0.05);与携带TT/GT基因型比较,携带rs1002149TT基因型患NIHL的风险更高( OR=1.494,95% CI:1.002~2.228, P<0.05);rs3779647位点基因型与患NIHL风险无关( P>0.05)。在L Aeq,8 h>85 dB(A)分层下,与携带GG基因型相比,携带rs1002149 GT基因型、rs2251780 GT基因型发生NIHL风险更高( OR=1.801,95% CI:1.093~2.967; OR=1.720,95% CI:1.050~2.817, P<0.05)。对rs1002149和rs2251780两个位点进行单体型分析,未发现与NIHL的易感性有关( P>0.05)。 结论:GSR基因多态性可能与NIHL发生的易感性有关。
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编辑人员丨5天前
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AQP7和 AQP9基因多态性与中国汉族人群2型糖尿病的相关性研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨水通道蛋白7(aquaporin 7,AQP7)以及水通道蛋白9(aquaporin 9,AQP9)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与中国汉族人群患2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的相关性。方法:随机纳入1194例T2DM个体和1274例非糖尿病个体(non-diabetic,NDM)进行对照研究,采用MassArray质谱基因分型方法对3个SNP位点( AQP7基因rs3758269、 AQP9基因rs16939881和rs57139208)进行基因分型。评估以上3个SNP位点与T2DM的相关性;探讨NDM组SNP位点处不同基因型与糖脂代谢指标的关联。 结果:AQP7基因rs3758269、 AQP9基因rs16939881和rs57139208的等位基因频率及基因型频率在T2DM组和NDM组中的分布无统计学差异( P > 0.05);且分析结果显示不同遗传模式与T2DM无相关性( P > 0.05)。在NDM组中, AQP7基因rs3758269、 AQP9基因rs16939881和rs57139208的不同基因型与糖脂代谢指标无相关性( P > 0.05)。 结论:AQP7基因rs3758269和 AQP9基因rs16939881和rs57139208与中国汉族人群T2DM遗传易感性无关。
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编辑人员丨5天前
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双样本双向孟德尔随机化法分析人免疫细胞与增生性瘢痕之间的因果关系
编辑人员丨5天前
目的:运用双样本双向孟德尔随机化法,探讨人免疫细胞与增生性瘢痕(HS)之间的因果关系。方法:该研究基于双样本双向孟德尔随机化(MR)法,分别从全基因组关联分析catalog数据库和FinnGen数据库获取731种人免疫细胞与HS的数据集。设置显著阈值,筛选与免疫细胞及HS显著相关的单核苷酸多态性(SNP)并排除弱工具变量偏倚的影响。采用逆方差加权(IVW)法[同时采用错误发现率(FDR)中的Benjamini-Hochberg法校正其 P值]初步检测免疫细胞与HS的因果关系并筛选与HS有显著因果关系的免疫细胞。进一步地,采用双样本MR分析的5种方法:IVW法、加权中位数法、简单模式法、加权模式法和MR-Egger法绘制散布图检测筛选出的免疫细胞与HS的因果关系。针对符合假设的免疫细胞SNP,进行Cochran Q检验评估异质性,进行MR-Egger回归和MR-PRESSO法排除水平多效性,进行留一法分析来评估显著结果是否由单个SNP决定。采用双样本MR分析中IVW法反向检测HS与免疫细胞之间的因果关系。 结果:731种免疫细胞达到显著阈值的SNP数量从7个到1 786个不等,HS中达到显著阈值的SNP数量有119个,这些SNP的 F值均>10,提示具有弱工具变量偏倚的可能性较小。IVW法分析显示,60种免疫细胞与HS具有潜在因果关系( P值均<0.05),经Benjamini-Hochberg法校正后,仅CD45RA和CD39双阳性调节性T细胞(Treg)与HS具有潜在因果关系( PFDR<0.05)。IVW法(比值比为1.16,95%置信区间为1.08~1.24, P<0.05、 PFDR<0.05)、加权中位数法(比值比为1.16,95%置信区间为1.05~1.28, P<0.05)、加权模式法(比值比为1.14,95%置信区间为1.02~1.27, P<0.05)和MR-Egger 法(比值比为1.18,95%置信区间为1.07~1.30, P<0.05)的散布图均显示,CD45RA和CD39双阳性Treg的14个SNP与HS患病风险存在因果关系;仅简单模式法的散布图显示,CD45RA和CD39双阳性Treg的14个SNP与HS患病风险的因果关系不明显( P>0.05)。Cochran Q检验显示,CD45RA和CD39双阳性Treg与HS的因果关系不存在异质性( P>0.05)。MR-Egger回归、MR-PRESSO法分析显示,CD45RA和CD39双阳性Treg与HS的显著因果关系不存在水平多效性( P>0.05)。留一法分析显示,CD45RA和CD39双阳性Treg与HS的显著因果关系在逐个剔除SNP后结果稳定。双样本反向MR分析显示,HS与731种免疫细胞均无潜在因果关系( P>0.05)。 结论:从遗传学的角度揭示,免疫细胞CD45RA和CD39双阳性Treg可能会增加HS患病风险。
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编辑人员丨5天前
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江苏省25株新型冠状病毒全基因组分析
编辑人员丨5天前
目的:分析江苏省25株新型冠状病毒(2019-nCoV)全基因组序列,研究其进化特征。方法:使用高通量测序技术对确诊病例咽拭子样本进行测序,使用CLC Genomics Workbench 12.0分析单核苷酸多态性(SNP),MEGA5.1分析病毒进化特征。结果:25株病毒共检测到52处碱基突变,进化分析显示25株病毒分成2个进化分支,分支1含有8 782和28 144位置CT连锁SNPs,而分支2此2位置突变为TC,即8 782 (ORF1ab: C8517T,同义突变)和28 144(ORF8: T251C, L84S)。分支2中5株病毒还含有24 034(S:C2 472T,同义突变)、26 729(M:T207C,同义突变)和28 077(ORF8:G184C,V62 L)连锁SNPs,聚成亚组A,不同分支/亚组在人群分布及与疾病关系无显著差异。结论:2019-nCoV出现了SNPs,其对病毒传播力、致病性等影响有待进一步研究。
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编辑人员丨5天前
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中国汉族人群中GRM5基因多态性与精神分裂症的关联分析
编辑人员丨5天前
目的:分析中国汉族人群基因GRM5的单核苷酸多态性(SNP)与精神分裂症(SZ)的关联。方法:2005年3月到2008年12月从河南北部募集528例偏执型SZ患者和528名健康对照,对位于GRM5基因的22个SNP进行了分析,另外通过阳性与阴性症状量表(PANSS)评定其中的267例首发SZ患者的临床症状。结果:SZ组男264例,女264例,年龄(27±8)岁;健康对照组男264名,女264名,年龄(28±8)岁。SZ组和健康对照组SNPrs567990和rs12421343的基因型和等位基因频率比较,差异均具有统计学意义(均 P<0.05)。两组间rs504183的等位基因频率比较,差异同样有统计学意义( P = 0.030)。将样本按照性别分类后,在两组女性受试者中,rs12421343的基因型和等位基因频率比较,差异均具有统计学意义(均 P<0.05),rs12422021、rs567990和rs7101540的等位基因频率比较,差异同样具有统计学意义(均 P<0.05)。并且,在女性受试者中,rs567990的AG+GG基因型携带者患SZ的风险高于AA基因型携带者( OR=1.946,95% CI:1.264~2.995)。另外,GRM5与SZ的临床特征关联,rs12422021不同基因型(GG、AA+AG)患者的PANSS总分[(84.8±24.4)分比(75.3±18.6)分]、阳性[(16.2±4.3)分比(14.4±4.2)分]、兴奋[(12.4±5.1)分比(10.2±4.1)分]、认知障碍因子分[(15.2±6.8)分比(13.3±3.9)分]的比较差异具有统计学意义(均 P<0.05),rs504183的AC型与另外两种基因型(AA和CC)患者的阴性因子分[(27.4±9.9)分比(24.7±8.4)分和(23.4±8.1)分]差异具有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:进一步证明了GRM5基因与SZ相关,并且可能存在性别差异。
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编辑人员丨5天前
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GSTP1基因多态性与噪声性听力损失易感性的关系
编辑人员丨5天前
目的:探讨噪声作业工人谷胱甘肽硫转移酶(glutathione S-transferase,GST)P1基因的rs1695和rs6591256位点单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与噪声性听力损失(noise-induced hearing loss,NIHL)易感性的关系。方法:于2019年7月,采用1:2匹配的巢式病例对照研究方法,选择某钢铁厂于2006年1月1日至2015年12月31日完成随访并完成两次以上健康检查和听力测定的6 297名接触噪声作业工人为队列研究的源人群,在该队列中筛选纯音听力测试双耳高频平均听阈≥40 dB者292例作为听力损失组;并按照同性别、同工种、年龄相差<5岁,接触噪声工龄相差≤2年的标准匹配,选择纯音听力测试双耳高频平均听阈<35 dB,且任一耳语频的任一频段听阈均≤25 dB,584例作为对照组。采用高通量SNP分型检测技术(SNPscan TM)法检测GSTP1基因的rs1695和rs6591256位点的多态性,检验对照组人群的哈迪一温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)。应用logistic回归方法探讨基因单个位点SNP与NIHL易感性的关系。 结果:各工种接触噪声的L Aeq,8 h范围为80.2~98.8 dB(A)。rs1695位点携带G等位基因的个体发生NIHL的风险是携带A等位基因的1.291倍(95% CI:1.042~1.598, P<0.05),rs6591256位点携带G等位基因的个体发生NIHL的风险是携带A等位基因的1.390倍(95% CI:1.119~1.728, P<0.05),携带AG+GG基因型的个体发生NIHL的风险是携带AA基因型个体的1.437倍(95% CI:1.057~1.952, P<0.05)。随着接噪工龄的延长,与rs6591256位点携带AA基因型个体比较,携带AG+GG基因型的个体患NIHL的风险高(HR=1.273,95% CI:1.002~1.616, P<0.05)。 结论:GSTP1基因rs1695和rs6591256位点的等位基因G可能是发生NIHL的危险因素。
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编辑人员丨5天前
