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8q21.11微缺失致矮小症一例
编辑人员丨4天前
患者 女,12岁,因身材矮小就诊。患者系孕40周顺产,出生体重3.25 kg,身长不详,因缺氧住院治疗3天,Apgar评分不详。走、爬时间较晚,8个月出牙,3岁会说话、独立行走,平素运动协调差,不能独立完成跳绳等运动,学习成绩差。自幼身高增长缓慢,视力欠佳,半月前月经初潮,近1年身高增长约7 cm。查体:身高131.7 cm(< 第3百分位),体重31 kg,圆脸,脸颊饱满,面部多痣,睑下垂,低耳位,短人中,嘴角向下,小下颌,牙齿不整齐,双乳Tanner分期Ⅱ ~ Ⅲ期,无腋毛,阴毛Tanner分期Ⅰ期,心肺查体未见明显异常,双手远端指间关节屈曲。生化及影像学检查:骨龄约12岁;性激素:雌二醇74.39 pg/mL,促黄体生成素3.56 mIU/mL,卵泡刺激素4.33 mIU/mL;生长激素峰值5.44 ng/mL;IGF-1 361 ng/mL,其余生化及影像学检查均未见异常。患儿染色体核型为46,XX。全外显子测序结果为46,XN,del(8q21.11-q21.12-q21.13).seq[GRCh37/hg19](77 188 701-82 355 132)×1即8q21.11-q21.13区存在5.17 Mb的杂合缺失,其父母未发现相同变异。拷贝数变异测序(copy number variation sequencing,CNV-Seq)结果为chr8:g.77 183 731-82 378 196del,证实存在5.19 Mb片段缺失,ClinGen CNV评分≥ 0.99,提示为致病性,缺失区涉及 ZFHX4、PEX2、PKIA、IL7、STMN2等15个蛋白质编码基因(图1)。
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编辑人员丨4天前
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基于生物信息学分析构建铁死亡基因的肝癌预后评估模型
编辑人员丨4天前
目的:探讨铁死亡基因(FRGs)和肝癌预后的关系,构建FRGs的肝癌预后评估模型。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)及国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库下载肝癌的转录组及临床数据,应用R和Perl软件对数据进行分析整理。TCGA肝癌数据集中,采用Wilcoxon检验获取肝癌和正常组织差异表达的FRGs,单因素Cox回归和最小绝对值收敛和选择算子(Lasso)分析挑选与生存相关的基因并构建肝癌预后模型。根据模型评分将患者分为高低评分两组,Wilcoxon检验获取两组间的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,同时进行单样本基因集富集分析(ssGSEA)探究预后差异的可能机制。在ICGC肝癌数据集中验证模型的可靠性。生存数据比较采用Kaplan-Meier法和Log-Rank检验,独立 t检验比较高低评分组间的免疫细胞浸润。 结果:对比肝癌和癌旁组织,从292个FRGs中,筛选8个(AURKA、LOX、FOXM1、G6PD、MAPT、SLC7A11、NQO1和STMN1)与肝癌患者总生存时间(OS)显著相关,基于此构建了肝癌预后评估模型。高评分组患者OS明显短于低评分组患者(3.148年比5.838年, χ2=15.307, P<0.01),且模型[风险比( HR)=3.02,95%可信区间( CI):2.15~4.23, P<0.05]能独立于患者性别,年龄,肿瘤分级及分期,预测肝癌患者的预后。模型预测患者1,2,3年生存率的受试者工作特征(ROC)曲线下面积在测试集和验证集中分别为0.794,0.726,0.691和0.740,0.772,0.766。模型的高低评分组间DEGs的GO富集主要与免疫功能相关;KEGG分析主要富集于白细胞介素(IL)-17信号通路,肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。ssGSEA分析提示高评分组高于低评分组的肿瘤浸润的免疫细胞有树突状细胞(DC,0.627比0.602, t=-4.522, P<0.01)、巨噬细胞(0.753比0.727, t=-4.944, P<0.01)、Th2细胞(0.537比0.506, t=-3.733, P<0.01),Treg细胞(0.777比0.766, t=-4.719, P<0.01),而高评分组低于低评分组的肿瘤浸润免疫细胞有NK细胞(0.510比0.544, t=4.121, P<0.01);在免疫功能中,高评分组的免疫检查点(0.656比0.641, t=-2.880, P<0.01)及HLA-Ⅰ类抗原(0.978比0.973, t=-4.382, P<0.01)高于低评分组。 结论:FRGs预后评估模型可独立预测肝癌患者预后,其可能机制是免疫抑制的肿瘤微环境。
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编辑人员丨4天前
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PEG3、STMN1基因在非小细胞肺癌的表达及其与临床病理特征、血管生成相关性研究
编辑人员丨2024/6/15
目的 探讨父系表达基因3(PEG3)、抑微管装配蛋白1(STMN1)基因在非小细胞肺癌(NSCLC)的表达及其与临床病理特征和血管生成的关系.方法 收集宁夏医科大学总医院肿瘤医院2021年1月—2023年1月经病理证实的96例NSCLC患者癌组织及癌旁组织,采用实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测和免疫组织化学检测癌组织与癌旁组织PEG3、STMN1、VEGF及CD105 mRNA的表达;比较不同临床病理特征NSCLC患者癌组织PEG3、STMN1的阳性表达率;采用Pearson法分析PEG3、STMN1与VEGF及CD105关系;采用受试者工作特征(ROC)曲线分析PEG3、STMN1对NSCLC的诊断价值.结果 与癌旁组织比较,PEG3在NSCLC组织中表达降低(P<0.05),STMN1、VEGF及CD105在NSCLC组织中表达升高(P<0.05);NSCLC组织中STMN1、VEGF及CD105阳性率分别为62.50%、69.79%和72.92%,分别高于癌旁组织5.21%、10.42%和13.54%(P<0.05),NSCLC组织中PEG3阳性率为8.33%低于癌旁组织73.96%(P<0.05);不同年龄、性别及肿瘤类型NSCLC患者的PEG3及STMN1表达水平比较,差异无统计学意义(P>0.05),不同TNM分期、淋巴结转移及分化程度NSCLC患者的PEG3及STMN1表达水平比较,差异有统计学意义(P<0.05);NSCLC组织的PEG3与STMN1、VEGF及CD105均呈负相关(P<0.05),NSCLC组织的STMN1与PEG3呈负相关(P<0.05),与VEGF及CD105均呈正相关(P<0.05);PEG3诊断NSCLC的曲线下面积为0.750(95%CI:0.453,0.936)、敏感性为73.66%(95%CI:0.650,0.937)、特异性为79.62%(95%CI:0.590,0.956);STMN1诊断NSCLC的曲线下面积为0.796(95%CI:0.540,0.942)、敏感性为80.30%(95%CI:0.744,0.978)、特异性为81.12%(95%CI:0.612,0.996);PEG3+STMN1联合诊断的曲线下面积为0.935(95%CI:0.753,0.995)、敏感性为92.33%(95%CI:0.751,0.930)、特异性为77.12%(95%CI:0.735,0.948).结论 NSCLC组织PEG3降低、STMN1升高,与肺癌TNM分期、分化程度相关,其可以加快肿瘤血管生成,能够一定程度提高疾病诊断价值.
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编辑人员丨2024/6/15
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基于单细胞测序数据揭示铁死亡相关差异基因白细胞介素33在肝细胞癌发育早期阶段内皮细胞中的作用
编辑人员丨2023/8/19
目的 基于单细胞测序数据对肝细胞癌(HCC)铁死亡相关预后基因的表达状态进行分析,为HCC的精准治疗提供有效靶点.方法 利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库和铁死亡相关基因数据库获取HCC患者和正常组织样本的铁死亡相关差异基因,采用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析构建风险预后评估模型;利用单细胞测序数据,通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维和Monocle包对预后风险基因在不同发育阶段细胞中的表达情况进行分析,并进一步通过CellChat包对预后风险基因在HCC细胞间的相互作用进行分析.结果 共发现25 个铁死亡相关差异基因与HCC患者的预后相关.筛选出含 5'-核苷酸酶结构域 2(NT5DC2)、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)、微管解聚蛋白 1(STMN1)和白细胞介素(IL)33(IL-33)4 个基因作为HCC预后基因.其中NT5DC2主要在上皮细胞和内皮细胞中表达,IL-33主要在内皮细胞中表达,G6PD和STMN1在细胞中广泛表达;IL-33主要在发育早期阶段的内皮细胞中表达,NT5DC2、G6PD、STMN在不同的发育阶段均有表达;此外IL-33只在发育早期阶段的内皮细胞中与受体存在广泛交互.结论 IL-33作为良性预后基因,在HCC患者发育早期阶段的内皮细胞中特异性表达并发挥作用,提示维持血管内皮细胞的这种原始状态或促进IL-33 介导的原始状态内皮细胞铁死亡可能是有效的HCC治疗靶点.
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编辑人员丨2023/8/19
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影响肝癌预后独立危险因子的信息学分析
编辑人员丨2023/8/6
目的:通过生物信息学调研和分析,探讨对肝癌预后产生影响的独立危险因子及其与肝癌靶向药索拉非尼作用靶点的相互关联特征.方法:从TCGA数据库收集的248例肝癌患者中选取79例死亡患者的基因表达量、生存时间、生存状态数据,以中位生存时间360d为界将这些死亡患者分为2组,用DEseq算法对这2组患者的基因表达量数据进行差异基因筛选.不考虑其他混杂因素,仅考虑差异基因表达单个因素与患者生存时间相关,用Kaplan-Meier法对差异基因进行单因素分析.将分析得到的差异基因表达量和患者生存时间、生存状态整合的矩阵用COX回归模型作生存分析,寻找对肝癌预后产生影响的独立危险因子.以STRING数据库为基础,将得到的差异基因与肝癌靶向药索拉非尼的作用靶点结合构建蛋白互联网络,探寻索拉菲尼作用靶点与差异基因的关系.结果:DEseq算法初筛得到52个有可能对肝癌预后产生影响的差异基因.Kaplan-Meier法分析得到26个与患者生存时间相关的差异基因.COX分析最终确认3个差异基因(SQSTM1、ANXA10和STMN1)为影响肝癌预后的独立危险因子.其中ANXA10为负向影响因素,而STMN1与SQSTM1为肝癌患者预后的正向影响因素.蛋白质相互作用网络显示,肝癌靶向药索拉非尼的作用靶点与多个差异基因密切相关.ANXA10参与钙离子结合和钙依赖性磷脂结合,STMN1和SQSTM1在多种信号通路中起重要作用.结论:ANXA10、STMN1和SQSTM1可能是对肝癌预后产生影响的独立危险因子,可作为未来开发靶向药物的作用靶点或患者预后预测指标.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR-140-5p对口腔鳞状细胞癌细胞增殖及凋亡的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的:研究miR-140-5p对口腔鳞状细胞癌(OSCC)增殖及凋亡的影响.方法:实时定量RT-PCR检测miR-140-5p在OSCC细胞系Tca8113、Cal27、SCC25中以及正常人口腔黏膜成纤维细胞系(hOMF)的表达;MTT法检测miR-140-5p mimic转染对Tca8113细胞增殖的影响;流式细胞仪检测miR-140-5p mimic转染对Tca8113细胞凋亡的影响;双荧光素酶报告基因检测miR-140-5p与微管解聚蛋白1(STMN1)的靶向关系;Western blot法检测hOMF和三种OSCC细胞中STMN1的表达,以及miR-140-5p mimic转染对Tca8113细胞中STMN1、音猬因子(Shh)、Smoothened(Smo)、Ptch、胶质母细胞瘤转录因子(Gli1)等的表达.结果:miR-140-5p在三种OSCC细胞系中的表达显著下调;过表达miR-140-5p可显著抑制Tca8113细胞增殖,促进细胞凋亡.双荧光素酶报告基因表明STMN1为miR-140-5p的靶向调节基因.STMN1在OSCC细胞中的表达显著上升,过表达miR-140-5p可显著抑制STMN1、Shh、Smo、Ptch、Gli1等的表达.结论:miR-140-5p可通过抑制STMN1的表达,抑制Hedgehog信号通路,来抑制OSCC细胞增殖,促进细胞凋亡.
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编辑人员丨2023/8/6
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siRNA沉默STMN1基因抑制肺癌细胞增殖与侵袭的机制探讨
编辑人员丨2023/8/6
目的:观察下调肺癌细胞中STMN1基因的表达对癌细胞增殖、侵袭及PI3K/AKT信号通路的影响.方法:以人正常肺细胞MRC-5作为对照,通过Western bloting检测人肺癌A549、SPC-A1和H322细胞中STMN1的蛋白表达;STMN1的siRNA转染A549细胞为实验组,另设空白组和阴性组,转染48 h后,Western bloting检测转染效果;CCK8法及Transwell小室分别检测细胞的增殖及侵袭能力;Western bloting检测增殖细胞核抗原(PCNA)、基质金属蛋白酶2(MMP-2)、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)、磷酸化的丝氨酸苏氨酸激酶(p-AKT)的蛋白表达.结果:STMN1在肺癌A549、SPC-A1和H322细胞中的蛋白表达均显著高于在MRC-5细胞中的表达(P<0.05),选择A549细胞为研究对象.转染STMN1 siRNA的A549细胞STMN1的蛋白表达显著低于空白组(P<0.05).与空白组比较,实验组细胞增殖及侵袭能力均显著降低,PCNA、MMP-2、PI3K、p-AKT蛋白表达均显著降低(P<0.05).结论:siRNA沉默STMN1的表达通过下调PI3K/AKT信号通路降低肺癌细胞增殖及侵袭能力.
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编辑人员丨2023/8/6
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STMN1在宫颈癌中表达的临床意义及抑制其表达对宫颈鳞癌SiHa细胞活力和凋亡的影响
编辑人员丨2023/8/6
目的:探讨微管解聚蛋白1(STMN1)在宫颈癌中表达的临床意义及抑制其表达对宫颈癌细胞增殖和凋亡的影响.方法:Western blot法检测宫颈癌组织中STMN1的蛋白表达,并分析其表达与宫颈癌临床指标的关系;将靶向STMN1基因的小干扰RNA(siRNA)转染宫颈鳞癌SiHa细胞,转染48 h后通过Western blot法检测各组细胞中STMN1及信号转导与转录激活因子3(STAT3)信号通路中STAT3、p-STAT3和survivin的蛋白水平;MTT法检测细胞活力;流式细胞术检测细胞凋亡;2',7'-二氯二氢荧光素二乙酸酯( DCFH-DA)探针检测细胞活性氧簇(ROS)的水平.结果:STMN1在宫颈癌组织中表达显著高于癌旁组织(P<0.01),其表达水平与宫颈癌患者年龄和组织学分型无关,而与临床分期、组织学分化程度及淋巴结转移相关(P<0.01);STMN1-siRNA转染可显著降低宫颈鳞癌SiHa细胞中STMN1的表达;与未经处理细胞比较,STMN1-siRNA转染的细胞活力显著降低,凋亡率增加,ROS含量升高,p-ATAT3和survivin蛋白水平均下调(P<0.01),STAT3的蛋白水平与未经处理细胞的差异无统计学显著性.结论:STMN1在宫颈癌中高表达,其表达与临床分期、组织学分化程度及淋巴结转移相关,抑制其表达可通过下调STAT3信号通路降低肿瘤细胞的活力及诱导凋亡.
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编辑人员丨2023/8/6
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血清STMN1、Cath-D含量与宫颈癌病灶浸润性生长的相关性
编辑人员丨2023/8/6
目的:研究血清微管解聚蛋白1(STMN1)以及组织蛋白酶D(Cath-D)含量与宫颈癌病灶浸润性生长的相关性.方法:选择在本院妇科接受手术切除的宫颈癌患者和子宫肌瘤患者,分别纳入研究的恶性组和良性组;术前采集血清并测定STMN1 、Cath-D的含量;术后采集恶性组患者的宫颈癌病灶组织和良性组患者的正常宫颈组织,测定STMN1 、Cath-D 、侵袭基因、侵袭信号分子的表达量.结果:恶性组血清中STMN1 、Cath-D的含量以及病灶组织中STMN1 、Cath-D的mRNA 表达量显著高于良性组且恶性组患者血清中STMN1 、Cath-D的含量与病灶组织中STMN1 、Cath-D的mRNA表达量呈正相关;恶性组患者病灶组织中RACK1 、Twist 、MMP9 、mTOR 、S6K1 、Wnt 、β-catenin的mRNA 表达量显著高于良性组,E-cadherin 、GRIM19 、GSK-3β的 mRNA 表达量显著低于良性组且恶性组血清中ST-MN1 、Cath-D的含量与病灶组织中RACK1 、Twist 、MMP9 、mTOR 、S6K1 、Wnt 、β-catenin的mRNA表达量呈正相关,E-cadherin 、GRIM19 、GSK-3β的mRNA表达量呈负相关.结论:宫颈癌患者血清中异常升高的STMN1 、Cath-D能够对病灶浸润性生长做出评估.
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编辑人员丨2023/8/6
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液相芯片技术在胃癌多靶标基因联合检测中的应用
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨采用液相芯片技术联合检测胃癌多靶标基因的应用价值.方法 选取87例拟行手术治疗的胃癌患者为受试者,根据TNM分期分为3组,Ⅰ期19例、Ⅱ期33例、Ⅲ期35例.留取肿瘤组织,采用免疫组织化学染色法检测3类微管蛋白β3(TUBB3)、人表皮生长因子受体2(HER2)、血管内皮细胞生长因子(VEGF)、无催化亚基核酸内切酶ERCC剪切修复基因1(ERCC1)、乳腺癌基因1(BRCA1)、胸苷酸合成酶(TYMS)、亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)、微管不稳定蛋白1(STMN1)的表达,采用Luminex液相芯片技术测定上述靶标基因的mRNA水平;随访2年,绘制无瘤生存曲线.结果 免疫组织化学染色结果显示不同分期胃癌的ERCC1、TYMS、MTHFR和TUBB3蛋白表达强度无明显差异;BRCA1、STMN1、HER2、VEGF蛋白表达强度存在明显差异,TNM分期越高,BRCA1强度越弱,STMN1、HER2、VEGF强度越强.Luminex液相芯片检测结果显示,不同分期胃癌的ERCC1、TYMS和MTHFR mRNA水平无明显差异;BRCA1、STMN1、TUBB3、HER2、VEGFmRNA水平差异明显,TNM分期越高,BRCA1的mRNA水平越低,STMN1、TUBB3、HER2、VEGF的mRNA水平越高.Log-Rank检验分析结果显示,BRCA1、STMN1、HER2及VEGF的mRNA水平影响患者的无瘤生存期,其中BRCA1高表达者的无瘤生存时间长,STMN1、HER2、VEGF高表达者的无瘤生存时间短.结论 多靶标基因联合检测对胃癌患者临床病理分期和预后评估具有一定的指导意义.
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编辑人员丨2023/8/6
