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高通量测序确定肠道病毒A71型感染致宿主细胞miRNA表达谱的改变
编辑人员丨1周前
目的:确定肠道病毒A71型(Enterovirus-A71,EV-A71)感染人扁桃体上皮细胞后miRNA表达谱的改变。方法:EV-A71以感染复数为1感染人扁桃体上皮细胞6 h后,采用Trizol提取总RNA,构建小RNA文库,在Illumina NextSeq 500平台进行高通量测序,处理数据后确定差异表达的已知和新型miRNA种类及其靶基因,进行基因本体和信号途径分析;使用psRNATarget预测具有潜在结合EV-A71基因组的差异表达的miRNA种类。实时定量RT-PCR检测差异表达miRNA的变化倍数。结果:通过高通量测序共鉴定61个已知差异表达的miRNA(下调21个、上调40个)和559个新型miRNA,新型miRNA具有典型的前miRNA的二级发卡结构。实时定量RT-PCR确定hsa-miR-517b-3p和hsa-miR-199a-5p的变化倍数与高通量测序结果基本一致。差异表达miRNA靶基因涉及到不同的生物学过程和信号途径。共鉴定出24个差异表达的miRNA(5个已知miRNA,19个新型miRNA)具有与EV-A71结合的潜在"种子序列"。结论:EV-A71感染人扁桃体上皮细胞后引起miRNA表达谱的显著改变,且差异表达的miRNA可能靶向结合EV-A71基因组进而调控EV-A71复制。
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编辑人员丨1周前
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肠道病毒A71型致人扁桃体上皮细胞系UT-SCC-60B凋亡和S期阻滞的研究
编辑人员丨2023/8/6
肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)是手足口病的重要病原体,为研究EV-A71感染人扁桃体上皮细胞后对细胞凋亡和细胞周期的影响,确定ERK1/2、JNK1/2、PI3K/Akt和含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶(Cysteinyl aspartate specific proteinase,Caspase)的作用,本文以人扁桃体上皮细胞系UT-SCC-60B为细胞模型,CCK-8试剂盒检测EV-A71对UT-SCC-60B的抑制率、流式细胞仪检测EV-A71感染组和抑制剂处理组的凋亡和细胞周期、Caspase活力检测试剂盒测定Caspase-3,Caspase-8,Caspase-9活力.EV-A71以感染剂量和感染时间依赖方式抑制UT-SCC-60B增殖;EV-A71感染致UT-SCC-60B发生细胞凋亡,抑制ERK1/2、JNK1/2和PI3K/Akt能够降低UT-SCC-60B细胞凋亡比例;EV-A71感染UT-SCC-60B后发生S期阻滞,抑制ERK1/2、JNK1/2、PI3K/Akt和Caspase阻止UT-SCC-60B发生S期阻滞;EV A71感染UT-SCC-60B能够活化Caspase-3,Caspase-8,Caspase-9且ERK1/2、JNK1/2和PI3K/Akt调控Caspase-3,Caspase-8,Caspase-9活力.因此,EV A71能够导致人扁桃体上皮细胞UT-SCC-60B发生凋亡和S期阻滞,并且ERK1/2、JNK1/2、PI3K/Akt和Caspase参与凋亡和S期阻滞的调控.
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编辑人员丨2023/8/6
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基于Label-free定量蛋白组学揭示肠道病毒A71型感染致人扁桃体上皮细胞蛋白质组的改变
编辑人员丨2023/8/5
肠道病毒A组71型(Enterovirus-A71,EV-A71)感染引起的手足口病给婴幼儿造成严重的疾病负担,明确EV-A71的致病机制能为有效防控手足口病提供科学依据.为了研究EV-A71感染与人扁桃体上皮细胞的互作,本研究采用Label-free定量蛋白组学技术研究EV-A71感染人扁桃体上皮细胞UT-SCC-60B 6h和12h后蛋白质组的改变情况,并确定EV-A71感染动力学(EV-A71 6h: 12h)过程中蛋白质组的改变情况,并进行差异表达蛋白(Differentially expressed proteins,DEPs)的蛋白互作网络和基因本体(Gene ontology,GO)分析.EV-A71感染6h时共有27个DEPs(下调12个DEPs,上调15个DEPs)发生显著改变;EV-A71感染12h时共有62个DEPs(下调26个DEPs,上调36个DEPs)发生显著改变;EV-A71感染动力学(EV-A71 6h: 12h)过程中共有40个DEPs(下调21个DEPs,上调19个DEPs)发生显著改变.显著发生改变的COX6C、TIMM10、MAP1LC3B、HIST1H1D、DNAJC8、TMED4和ARPC5等DEPs为各组间重叠蛋白.蛋白互作网络和GO分析结果显示,DEPs主要涉及到线粒体及线粒体膜的通透性调节、细胞囊泡形成、细胞凋亡、线粒体介导的凋亡等生物学过程.因此,EV-A71感染使人扁桃体上皮细胞的蛋白表达谱发生改变.
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编辑人员丨2023/8/5
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人鼻病毒1B感染人扁桃体上皮细胞和人肺支气管上皮细胞的比较代谢组学研究
编辑人员丨2023/8/5
人鼻病毒(Human rhinovirus,HRV)是呼吸道感染的主要病原体之一,明确HRV的致病机制能为有效防控该病毒感染提供科学依据.为确定1B型HRV(human rhinovirus type 1B,HRV1B)感染致宿主细胞的代谢组改变及差异性,本文采用非靶向代谢组学技术研究HRV1B感染人扁桃体上皮细胞UT-SCC-60B和人肺支气管上皮细胞BEAS-2B后代谢组的改变情况.HRV1B感染UT-SCC-60B细胞6h和12h分别有21个差异显著代谢产物(differentially significant metabolites,DSMs)(上调13个、下调8个)和51个DSMs(上调42个、下调9个),HRV1B感染UT-SCC-60B和BEAS-2B细胞6h和12h后,比较分析发现分别有303个DSMs(上调69个,下调234个)和324个DSMs(上调88个,下调236个),未知DSMs占据比例较大.脂肪酸、脂质、氨基酸、核苷酸和糖类的比例随着感染时间的延长而增加,7-酮基脱氧胆酸、溶血磷脂酰胆碱、垂盆草甙、组氨酸-甘氨酸、腺苷酸等涉及到胆汁酸代谢、脂肪酸和脂质代谢、糖代谢、氨基酸代谢和核苷酸代谢.因此,细胞水平表明HRV1B感染改变了人上皮细胞的脂肪酸、脂质、氨基酸、核苷酸和糖类的代谢水平.
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编辑人员丨2023/8/5
