目的:采用定量蛋白质组学技术分析高度近视患者房水中的蛋白质组谱。方法:纳入2019年1—8月在天津医科大学眼科医院于白内障手术中用1 ml注射器采集伴或不伴高度近视的年龄相关性白内障患者房水标本各34例34眼(每例100 μl)，分别作为高度近视白内障组和单纯白内障组。各组分别选取16例16眼房水标本，采用BCA法进行蛋白定量并比较，采用非标记液相色谱串联质谱分析得到2个组的差异表达蛋白。进一步将生物大数据用基因本体功能富集和京都基因与基因组百科全书通路富集分析差异表达蛋白的功能和信号转导通路。各组分别选取18例18眼房水标本采用酶联免疫吸附实验(ELISA)进行质谱检测结果的扩大样本量验证。结果:高度近视白内障组房水标本平均蛋白质量浓度为(1 134.91±104.78)ng/L，明显高于单纯白内障组的(706.71±85.43)ng/L，差异有统计学意义( t＝11.977， P<0.01)。2个组患者房水标本中共鉴定出463个可定量蛋白质，其中86个差异表达蛋白质，包括49个表达上调蛋白和37个表达下调蛋白。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、细胞外基质蛋白、载体蛋白、细胞间信号分子、蛋白质修饰酶等，分别占32.70%、14.50%、9.10%、9.10%和7.30%。生物信息学分析表明，86个差异表达蛋白主要富集在补体激活及其调节、急性炎症反应、细胞外基质组织重塑等生物学过程。其中21个差异表达蛋白富集于补体和凝血级联通路，15个差异表达蛋白富集于细胞外基质-受体相互作用通路，8个差异表达蛋白富集于PI3K-Akt信号通路。ELISA结果表明，随机选取的3个差异表达蛋白在2个组之间表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果一致。 结论:高度近视白内障与单纯白内障之间房水蛋白质表达谱有显著变化，高度近视与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。

目的:分析剥脱综合征(XFS)患者房水蛋白质的表达差异。方法:收集2020年6月至2021年1月在和田地区人民医院拟行手术治疗的维吾尔族年龄相关性白内障患者和XFS伴白内障患者各10例，分别作为白内障组和XFS组。术中借助超声乳化手术通道吸取前房中部50～100 μl房水。通过非标记定量蛋白质组学质谱分析技术对房水中提取的蛋白进行分析，以白内障组作为对照组，并根据 P<0.05、差异倍数>1.5的标准筛选得到XFS组的差异表达蛋白。通过基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析来探讨XFS组差异表达蛋白的功能及调控信号通路。 结果:与白内障组相比，XFS组共鉴定出25个差异表达蛋白，这些蛋白主要涉及细胞黏附、受体、水解酶、分子运输等。表达下调的蛋白有14个，包括补体H因子相关蛋白1(CFHR1)、内质网分子伴侣BiP(HSPA5)、双糖链蛋白多糖(BGN)、FRAS1相关的细胞外基质蛋白2(FREM2)、血红蛋白亚基δ(HBD)、血红蛋白亚单位γ1(HBG1)、棕榈酰蛋白水解酶2(PPT2)等。表达上调的蛋白有11个，包括转化生长因子结合蛋白2(LTBP2)、极低密度脂蛋白受体、层粘连蛋白亚基α2(LAMA2)、凝血因子Ⅸ(F9)等。其中，FREM2为XFS组差异表达最显著的蛋白，其在XFS组个体样本中表达水平基本一致。GO分析显示，这些差异蛋白主要定位于胶原蛋白的细胞外基质、结合珠蛋白－血红蛋白复合物、血浆脂蛋白颗粒和溶酶体腔；分子功能和生物学过程显示，HBD和HBG1参与细胞解毒过程，PPT2参与水解酶活性，BGN和LTBP2参与糖胺聚糖结合。KEGG信号通路分析显示，CFHR1和F9参与补体和凝血级联通路；FREM2和LAMA2参与细胞外基质相互作用通路。结论:XFS的进展可能与细胞外基质蛋白的改变、血－房水屏障破坏以及潜在的炎症反应有关。显著下调的FREM2可能作为XFS潜在的生物学标志物。

目的:通过非标记蛋白质组学技术研究肺腺癌中蛋白质表达。方法:选取北京大学人民医院5例未经治疗的肺腺癌患者，提取肿瘤组织和配对癌旁组织的总蛋白，通过高效液相色谱-质谱联用技术进行质谱分析。质谱原始数据使用Maxquant软件进行查库和非标记定量分析。Maxquant所得的查库文件使用Perseus软件进行分析。肺腺癌肿瘤组织与配对癌旁组织进行配对 t检验，筛选出差异表达蛋白后并对差异蛋白进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，以 P<0.05为差异有统计学意义。 结果:通过数据库比对获得11 295条多肽，分别对应于908个蛋白，其中312个蛋白在肺腺癌中存在显著差异表达，110个蛋白表达上调，212个蛋白表达下调。肺癌中上调倍数最高的为铁蛋白，下调倍数最高的为COL6A3。GO分析提示肺腺癌中差异表达的蛋白主要富集的分子功能为RNA binding。KEGG通路分析也证实剪接体通路在差异表达蛋白中显著富集。结论:通过非标记蛋白质组学技术发现312个在肺腺癌中显著差异表达的蛋白质。

目的:观察病理性近视（PM）患者房水标本中蛋白质表达谱的变化。方法:横断面研究。2019年1~8月在天津医科大学眼科医院收集32例老年性白内障患者的房水样本进行质谱检测。其中，男性11例，女性21例；年龄58~76岁，平均年龄（68.41±6.09）岁。将合并PM的16例作为PM组，不合并近视的16例作为对照组。所有患者在白内障手术操作之前从手术眼收集100~150 μl前房水。采用蛋白定量和非标记液相色谱串联质谱分析，得到差异表达蛋白。随机选取5个差异蛋白进行ELISA验证。然后用基因注释功能富集、京都基因和基因组百科全书通路富集等生物信息学分析方法分析差异表达蛋白的功能。结果:两组房水标本中共鉴定出583个可定量蛋白质，其中101个蛋白存在差异表达，包括63个上调蛋白和38个下调蛋白。ELISA验证结果显示，5个差异表达蛋白在PM组和对照组之间的表达变化趋势均与非标记定量蛋白质组学分析结果相一致。这些差异表达蛋白的分类主要包括蛋白结合活性调节因子、防御／免疫蛋白、蛋白质修饰酶、代谢物间转换酶、细胞外基质蛋白等。生物信息学分析表明，PM与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。结论:PM患者房水标本中蛋白质表达谱较对照组有明显变化，这些差异变化提示PM与炎症和免疫相互作用以及细胞外基质的重塑密切相关。

目的:通过蛋白质组学对噪声性隐性听力损失机制进行初步探索。方法:于2022年10月，按照单纯随机抽样的方法将64只SPF级雄性C57BL/6J小鼠分为对照组和噪声暴露组，每组32只。噪声暴露组在声压级100 dB、2 000~16 000 Hz宽频噪声下暴露2 h，构建小鼠隐性听力损失模型。采用听性脑干反应（ABR）测试小鼠噪声暴露后第7天的听力阈值变化情况，免疫荧光观察基底膜毛细胞损伤情况，4D-Label-free定量蛋白组学鉴定并分析各组小鼠内耳差异表达蛋白质，并用蛋白印迹（Western blotting）法进行验证，采用方差分析和 t检验对结果进行统计分析。 结果:噪声暴露后第7天，短声（click）、8 000 Hz声刺激时两组小鼠听力阈值差异均无统计学意义（ P>0.05），16 000 Hz声刺激时噪声暴露组小鼠听力阈值明显高于对照组（ P<0.05）；共聚焦免疫荧光显示噪声暴露组小鼠耳蜗组织基底膜毛细胞排列整齐，但中回和底回突触前膜C末端结合蛋白2抗体（CtBP2）相对表达均明显少于对照组（ P<0.05）。GO富集分析显示，差异表达蛋白功能主要集中在膜电位调节、配体门控通道活性、配体门控离子通道活性等。KEGG通路富集分析发现，差异表达蛋白明显富集的通路包括磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、NOD样受体信号通路、钙信号通路等。Western blotting结果显示，噪声暴露组小鼠肌醇1，4，5-三磷酸受体3型（Itpr3）表达量升高，溶脂载体家族38成员2（2Slc38a2）表达量降低（ P<0.05）。 结论:在构建的小鼠噪声性隐性听力损失模型中，通过蛋白质组学分析、筛选并验证差异表达蛋白Itpr3和Slc38a2，初步证实以Itpr3和Slc38a2为代表的谷氨酸能突触相关通路可能参与了隐性听力损失的发生。

目的:分析糖尿病性认知功能障碍（DACD）大鼠脑白质差异蛋白质组学。方法:20只SD大鼠分为对照组（10只）和2型糖尿病（T2DM）组（10只），对照组喂养标准饲料，T2DM组利用高脂高糖饮食联合腹腔注射链脲霉素建立T2DM模型。利用Morris水迷宫检测大鼠认知功能，使用弥散张量成像技术评价大鼠脑白质病变（WML）程度。通过蛋白质非标记定量技术（Label-free）进行脑白质差异蛋白质组学分析，对筛选出的差异蛋白质进行生物信息学分析，最后选取一些差异蛋白质进行Western blot验证。组间差异的比较采用独立样本 t检验或Wilcoxon检验。 结果:共筛选到38种差异蛋白质：24个蛋白表达上调（差异倍数>2.0且 P<0.05），14个蛋白表达下调（差异倍数<-2.0且 P<0.05）。差异蛋白质主要分布在细胞膜、细胞质、外泌体等，主要参与神经系统发育、负向调控神经细胞的凋亡以及化学突触传递等生物学过程。差异蛋白质主要富集在4个信号通路上，且以脑源性神经营养因子、一氧化氮合酶1、神经调节素（GAP43）、囊泡谷氨酸转运蛋白1（SLC17A7）、动力蛋白1、代谢型谷氨酸受体5和氨基酸转运蛋白等蛋白为核心骨架，形成蛋白相互作用信息网络。 结论:差异蛋白质同时参与认知功能障碍及WML相关的多条信号通路，GAP43和SLC17A7可能是WML发病机制的关键靶点。

目的:探讨双肾上腺素皮质样激酶1(DCLK1)在胰腺癌中促进细胞迁移、侵袭与增殖的分子机制。方法:基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库与基因型-组织表达(GTEx)数据库，分析DCLK1与Hippo通路的相关性并采用胰腺癌组织芯片荧光染色进一步证实。细胞水平上，通过细胞爬片免疫荧光染色以及Western blot实验验证DCLK1对Hippo通路下游效应分子yes相关蛋白1(YAP1)是否具有调控作用，实时荧光定量聚合酶链反应分析YAP1结合转录因子TEA-DNA结合蛋白(TEAD)以及下游促恶性行为分子CYR61、EDN1、AREG、CTGF的表达。利用Hippo通路抑制剂Verteporfin处理细胞，采用Transwell实验检测DCLK1过表达细胞的迁移、侵袭能力是否受到抑制，采用实时无标记细胞分析实验检测细胞增殖指数的变化。结果:TCGA和GTEx数据库数据分析显示，胰腺癌组织中DCLK1和YAP1的表达水平高于癌旁正常组织(均 P<0.05)。相关性热图提示，DCLK1与YAP1所在的Hippo通路有关，其中LATS1( r＝0.53)、LATS2( r＝0.34)、MOB1B( r＝0.40)等均与DCLK1表达呈正相关(均 P<0.05)。胰腺癌患者组织芯片经多色荧光染色显示，胰腺癌DCLK1高表达患者伴随YAP1表达上调。胰腺癌AsPC-1与PANC-1细胞中DCLK1呈低表达，过表达DCLK1可促进YAP1进入细胞核。过表达DCLK1上调YAP1结合转录因子TEAD的表达并增加下游促迁移、侵袭、增殖分子mRNA的表达。使用Hippo通路抑制剂Verteporfin则可降低DCLK1高表达介导的细胞迁移、侵袭、增殖能力增加。AsPC-1 DCLK1过表达细胞的迁移数为(68.33±7.09)个，Verteporfin处理后的细胞迁移数为(22.00±4.58)个，差异有统计学意义( P<0.05)。PANC-1对照组细胞的迁移数为(37.00±6.00)个，DCLK1过表达细胞的迁移数为(65.66±8.73)个，Verteporfin处理后两组细胞迁移数为(19.66±3.05)个和(32.33±9.61)个，差异均有统计学意义(均 P<0.05)。DCLK1过表达胰腺癌细胞侵袭数高于DCLK1对照组细胞以及Verteporfin处理后的DCLK1过表达细胞(均 P<0.05)。实时无标记细胞分析实验证实DCLK1过表达的AsPC-1细胞增殖指数为0.66±0.04，高于AsPC-1对照细胞的增殖指数(0.38±0.01， P<0.05)，高于Verteporfin处理后的DCLK1过表达AsPC1细胞(0.05±0.03， P<0.05)。而PANC-1 DCLK1过表达细胞的增殖指数为0.77±0.04，高于Verteporfin处理后的DCLK1过表达PANC1细胞(0.14±0.05， P<0.05)。 结论:DCLK1与Hippo通路显著相关且通过激活Hippo通路促进胰腺癌细胞迁移、侵袭与增殖。

目的:探讨金属硫蛋白-1G(MT1G)在肝细胞癌(HCC)恶化过程中发挥的调节作用及调节机制。方法:利用无标记定量蛋白质组学技术比较MT1G过表达与参照细胞株之间蛋白质组差异；利用细胞计数试剂盒(CCK-8)、胸腺嘧啶核苷类似物染色试剂盒(EDU法)观察细胞表型变化；利用蛋白质印迹法(Western blot)检测相关信号通路关键因子表达量变化。样本间的比较采用 t检验进行统计分析。 结果:首先成功构建出MT1G过表达细胞株。经质谱(MS)鉴定结果表明与参照细胞比共有182种蛋白在MT1G过表达细胞中出现表达量差异有统计学意义(阈值≥5.0倍或≤0.2倍，且 P<0.05)。GO分析显示这些差异表达蛋白(DEPs)可能参与细胞周期调控和磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路。定量聚合酶链反应(PCR)验证表明与参照细胞比，MT1G在MT1G过表达细胞中上调表达，差异均有统计学意义(294.9±33.3)倍( t＝8.837， P<0.01)；吡多醛激酶(PDXK)上调表达(34.02±2.59)倍( t＝13.148， P<0.01)；UBX结构域蛋白7(UBXN)上调表达(19.08±0.47)倍( t＝40.652， P<0.01)；跨膜蛋白9家族成员4(TM9S4)上调(8.91±0.43)倍( t＝20.485， P<0.01)，这些结果与MS鉴定结果趋势一致，差异均有统计学意义。CCK-8和EDU染色结果揭示MT1G过表达可以显著抑制HCC细胞的增殖，而这种抑制作用是通过抑制Akt和雷帕霉素靶蛋白(mTOR)的磷酸化实现的。 结论:MT1G通过调节PI3K-Akt信号通路活性抑制肝细胞癌细胞的增殖。

目的:观察骨膜微环境下，脂肪脱细胞基质(DAM)在体内向成脂或成骨方向分化的情况。方法:2020年6—12月，将人体吸脂术获取的脂肪组织在全军整形外科研究所制备为DAM，选取6只4～6周雄性SD大鼠，按照同等初始体积植入到大鼠顶骨骨膜下。术后84 d取材，通过大体观察、组织学染色、免疫荧光染色观察DAM支架材料成脂和成骨分化情况；非标记定量蛋白质谱检测DAM中成骨相关蛋白。结果:大体观察显示，DAM支架材料周围血管化丰富。HE和Masson染色观察到DAM脂肪再生和血管化现象，同时OCN免疫荧光染色证实，DAM少部分向成骨方向分化。质谱筛选出了成骨分化相关蛋白。结论:骨膜微环境下，DAM主要向脂肪组织方向分化，但少部分具有向成骨方向分化的潜能，可能与DAM中含有部分成骨相关蛋白有关。

目的:应用蛋白质非标记定量技术和生物信息学分析筛查脊髓损伤（spinal cord injury，SCI）患者血浆外泌体蛋白分子标志物。方法:收集2021年1月至2022年6月南京医科大学第一附属医院SCI患者及健康对照人群血浆标本各50份。使用超速离心法分离血浆外泌体，通过透射电子显微镜、纳米粒子跟踪分析和Western blot对外泌体进行鉴定。利用Label-Free定量蛋白质组学分析血浆外泌体差异表达蛋白（differentially expressed proteins，DEPs），并基于基因本体（Gene Ontology，GO）和基因功能和基因组信息（kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）数据库对DEPs进行表征、注释和富集分析。利用血浆外泌体标本对筛选出的DEPs进行Western blot和酶联免疫吸附试验（enzyme linked immunosorbent assay，ELISA）验证。结果:根据美国脊柱损伤协会脊髓损伤分级：A级14例、B级19例、C级12例、D级5例。SCI患者的血浆外泌体与对照组外泌体均呈现典型的杯状形态，直径30~200 nm。经蛋白质非标记定量技术共鉴定出493种外泌体蛋白，筛选出126种蛋白质差异表达，其中38种上调、88种下调。GO注释显示了DEPs主要参与蛋白质激活级联、补体激活和免疫反应等功能。KEGG富集分析显示了DEPs参与补体和凝血级联反应、蛋白酶体和神经退行性疾病通路等生物学途径。根据蛋白质组学和生物信息学分析初步筛选出2个候选蛋白：APOB和S100A9。Western blot结果显示30份SCI患者血浆外泌体中S100A9蛋白相对表达量（1.62±0.19）较30份对照组（0.86±0.24）升高，差异有统计学意义（ t=8.55， P<0.001），而APOB蛋白相对表达量（1.06±0.13和1.02±0.23）比较差异无统计学意义（ t=0.46， P=0.653）。ELISA试验结果显示S100A9在不同程度SCI患者血浆外泌体中表达[A级（197.7±11.7）pg/ml、B级（151.7±15.2）pg/ml、C级（136.3±14.7）pg/ml]差异有统计学意义（ F=69.94， P<0.001），SCI严重程度越高，S100A9在血浆外泌体中的表达越高（A级与B级， q=13.11， P<0.001；A级与C级， q=15.66， P<0.001；B级与C级， q=4.19， P=0.005）。 结论:S100A9是评估SCI严重程度的潜在有效血浆外泌体分子标志物。