目的 对2022年浙江省湖州市某幼儿园一起急性胃肠炎疫情进行病原鉴定,并对检出的札如病毒进一步做基因分型.方法 采用多重荧光聚合酶链式反应(PCR)的方法对送检的标本进行轮状病毒、诺如病毒、札如病毒、星状病毒和肠道腺病毒的核酸检测.札如病毒阳性标本进一步采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)方法对其进行RdRp区和VP1区部分片段的扩增和测序,采用系统进化树分析判定病毒基因型别.结果 送检的14份肛拭子样本和5份物表样本中检出札如病毒核酸阳性4份,其他样本均为阴性.4份阳性样本均测序成功.系统进化分析结果显示,本次疫情检出的札如病毒RdRp区和VP1区均为G Ⅱ.3型,未发生重组.结论 该起幼儿园急性胃肠炎疫情是由G Ⅱ.3型札如病毒感染所致,相关机构应加强对札如病毒的感染监测,为胃肠炎的防控提供实验室技术支持.

目的 将二代测序(next generation sequencing,NGS)技术应用至Sabin株脊髓灰质炎灭活疫苗(Vero细胞)(Sabin strain inactivated poliomyelitis vaccine,sIPV)生产质量监控中,以期确保疫苗的安全性和批间一致性.方法 将脊髓灰质炎病毒(poliovirus,PV)Sabin株Ⅰ型、Ⅱ型和Pfizer株Ⅲ型工作种子批分别接种至生物反应器微载体培养的单层Vero细胞上,33 ℃培养3～4d,获得疫苗代次病毒液,每个型别制备3批.提取各型别工作种子批毒种和疫苗代次病毒液RNA,用NGS技术分析基因突变频率、神经毒力决定位点、突变热点及批间一致性.结果 3种型别PV工作种子批毒种经培养后,Sabin株Ⅱ型和Pfizer株Ⅲ型比Sabin株Ⅰ型更易发生突变,非编码区神经毒力决定位点突变频率明显上升(t=3.21～5.83,P均＜0.05),编码区神经毒力决定位点突变频率变化较小(t=1.29～2.34,P均＞0.05)或明显下降(t=6.01～9.62,P均＜0.05);Sabin株Ⅱ型毒株的nt869位点及Pfizer株Ⅲ型毒株的nt2 493位点各发生1个突变热点,突变方式均为C→T,其中nt2493既是神经毒力决定位点,也是突变热点.3种型别各3批疫苗代次病毒液均具有良好的批间一致性,基因组VP1区域各核酸位点突变频率批间拟合R2为0.947～0.995.结论 NGS技术可高效检测sIPV生产过程中PV基因组的突变,且稳定可靠,可用于该疫苗的质量控制.

目的:了解河南省漯河市2017—2022年急性呼吸道感染（ARIs）病例中鼻病毒（RV）的感染状况及其分子型别组成。方法:于2017年10月至2022年6月，收集河南省漯河市中心医院2 270例ARIs病例的临床和流行病学资料，并采集病例咽拭子标本，采用实时荧光定量聚合酶链式反应（qPCR）筛选RV阳性标本，随后对阳性标本使用巢式逆转录聚合酶链式反应（nested RT-PCR）扩增VP1区全长，并使用MEGA软件结合国际病毒分类委员会推荐的169条RV参考株序列构建系统进化树以确定RV分型。结果:2 270例ARIs病例中，男性病例1 283例（56.52%）；年龄 M（ Q 1， Q 3）为3（1，6）岁，5岁以下人群占68.59%（1 557/2 270）；137例病例（6.04%）检出RV，其中68例病例（49.64%）与其他病毒合并检出，与肠道病毒的合并检出最常见，占14.60%（20/137）。0~4岁、5~14岁、15~59岁和≥60岁年龄组中RV检出率分别为6.42%（100/1 557）、4.69%（21/448）、3.80%（6/158）和9.35%（10/107），差异无统计学意义（ χ2=5.310， P=0.150）。新型冠状病毒感染疫情前（2017—2019年）和期间（2020—2022年），RV总体检出率差异无统计学意义（ χ2=1.823， P=0.177）。共获得109条VP1序列，包含62个型别，其中RV-A、RV-B和RV-C三个种分别检出42、3和17个型别。 结论:RV为2017—2022年河南省漯河市ARIs病例中主要流行的病原体之一，存在多个RV型别共流行，无明显优势型别。

目的:分析并比较2016年浙江省温岭地区EV71型轻、重症手足口病(HFMD)患儿病毒分离株VP1和VP4区基因特征及进化关系。方法:研究对象为2016年浙江省温岭市第一人民医院分离鉴定的EV71型HFMD患儿，随机选取轻、重症HFMD患儿EV71病毒株各6例，进行VP1和VP4区基因扩增和测序，利用DNAStar和Mega 6.0软件对测序结果与美国国立生物信息中心公布的EV71典型基因代表株(A、B1～5、C1～4亚型)进行核苷酸和氨基酸比对分析，并构建系统进化树。结果:轻、重症手足口病患儿性别(χ 2＝14.51， P<0.05)和年龄( t＝2.82， P<0.05)差异无统计学意义。两组EV71分离株的VP1区核苷酸同源性为95.8%～99.6%，氨基酸同源性为99.1%～100%；VP4区核苷酸同源性为95.0%～99.9%，氨基酸同源性为99.0%～100%，轻、重症EV71分离株同源性高。它们与典型C4a基因型代表株最接近，氨基酸同源性为：96.6%～100%(VP1)和94.3%～100%(VP4)。3例EV71型重症HFMD患儿分离株分别出现VP1区V170L突变(缬氨酸→亮氨酸)，VP1区A293S(丙氨酸→丝氨酸)以及VP4区T7A(苏氨酸→丙氨酸)，其他未见明显突变。 结论:2016年浙江温岭地区轻、重症HFMD患儿EV71病毒分离株VP1和VP4区同源性高，且均属于C4a基因亚型。其中几个位点的氨基酸突变可能与浙江温岭地区HFMD患儿疾病危重有关。

目的:对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5，CVB5）病毒株进行全基因组测序，并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法:通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株，应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定，采用MEGA、RDP4及SimPlot软件，解析病毒基因组学特征。结果:分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%，属GⅠ.C1分支，与国内大多其他CVB5流行株相似度低（≤90.3%），揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变（T246A和T275A），但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株，重组位点发生在P1区VP4（940）和P2区2A（3 540）。结论:本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型，存在特异的核苷酸分歧，也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作，持续追踪病毒进化规律，不断提高相关疾病防控工作的精准性。

目的:研究2016年山东省烟台地区手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)的病原谱组成特点，分析烟台HFMD病原谱中柯萨奇病毒A组6型(coxsackie virus A group 6 type, CV-A6)流行株的进化及VP1区重要氨基酸位点的变异情况。方法:采用real-time RT-PCR方法，对2016年烟台地区采集于HFMD患者的738份样品进行肠道病毒(enterovirus, EV)核酸检测和分子定型，统计各型EV阳性标本数量及比例。根据EV的优势型别，选取8株CV-A6进行VP1区扩增，并进行核苷酸序列测定和分析，然后进行系统进化分析。结果:从738份标本中检出EV 460份，主要病原构成为柯萨奇病毒A组16型(coxsackie virus A group 16 type, CV-A16)(56.09%，258/460)、肠道病毒A组71型(enterovirus A group 71 type, EV-A71)(13.48%，62/460)、柯萨奇病毒A组10型(coxsackie virus A group 10 type, CV-A10)(10.65%，49/460)、CV-A6(9.57%，44/460)、柯萨奇病毒A组4型(coxsackie virus A group 4 type, CV-A4)(1.96%，9/460)。其中成功分离到8份CV-A6阳性标本毒株，并进行了全长VP1区核苷酸序列分析，8株CV-A6的序列分析结果表明，其核苷酸相似性为96.12%～100%，氨基酸相似性为97.78%～100%。系统进化分析显示8株CV-A6烟台株均属于D基因型中的D3基因亚型。与参考株CVA6-Gdula-AY421764相比，烟台市CVA16分离株VP1第10、14、174、194、279、283、305位氨基酸出现突变。结论:CV-A16、EV-A71、CV-A10、CV-A6是引起2016年烟台地区HFMD发病的常见病原体，本次分离到的CV-A6均属于D基因型中的D3基因亚型。

目的:了解北京市某区札如病毒引起的聚集性疫情的流行病学及基因特征分析，为疫情防控提供技术支撑。方法:收集2019—2023年北京市某区急性胃肠炎聚集性疫情流行病学调查资料和病例粪便样本，使用实时荧光PCR对A组轮状病毒、GⅠ组诺如病毒、GⅡ组诺如病毒、札如病毒、肠道腺病毒和星状病毒进行检测，对札如病毒阳性样本进行VP1区的基因测序和系统进化分析。结果:29起急性胃肠炎聚集性疫情中检出了札如病毒，阳性检出率为12.66%。疫情在5—6月和11月有两个高峰，场所主要集中在幼儿园和小学。共检出5个基因型，分别为GⅠ.6、GⅠ.1、GⅡ.3、GⅠ.2和GⅠ.3。结论:GⅠ.6是北京某区聚集性疫情主要流行优势株，应对其进行持续监测，进一步了解札如病毒的分子流行特征。

目的:对一株诺如病毒分离株SD20200267进行鉴定和全基因组序列分析，了解其结构特征。方法:取患者标本进行病毒核酸的提取，对样本核酸进行扩增，将扩增产物进行测序，根据核苷酸序列进行基因分型。采用宏基因组测序技术进行全基因组测序，对测序所得的核苷酸序列进行分析。结果:获得SD20200267株病毒基因组全长，总长度为7 465个核苷酸。SD20200267株在VP1区及RdRp区分别属于GⅡ.12和GⅡ.P16基因型。SD20200267株与其他GⅡ.12[P16]型毒株核苷酸一致性在96.0%～97.3%之间，有15个氨基酸位点变异。该毒株存在重组现象，重组位点位于ORF1与ORF2重叠区域。结论:SD20200267株为GⅡ.12[P16]型毒株，ORF1与ORF2重叠区域存在重组现象。

目的:了解临沂市手足口病病原情况，并对柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10，CV-A10)完整VP1区基因进行基因特征分析。方法:对临沂市2023年手足口病例样本进行检测分型及毒株分离，扩增CV-A10分离株VP1区基因并进行测序，将获得的序列与NCBI数据库中的序列进行比对，构建系统进化树，进行基因特征及分子流行病学分析。结果:2023年全年共采集手足口病样本861例，核酸检测阳性594例(68.99%)，阳性病例中男女比例1.56∶1。5岁以内儿童占81.65%，高发季节为6～8月份(83.84%)。病原体以CV-A6为主(84.51%)，其次为CV-A10(9.93%)。13株CV-A10分离株株间VP1区基因序列核苷酸和氨基酸同源性分别为93.29%～100.00%、97.65%～100.00%，与A型原型株AF081300-Kowalik/USA/1950的核苷酸和氨基酸同源性较低(75.95%～76.62%、91.72%～92.41%)。与C2c代表株的氨基酸和核苷酸同源性最高(94.28%～96.76%、98.28%～100.00%)，遗传距离最近(0.04～0.06)。氨基酸位点变异分析显示，分离株与原型株AF081300-Kowalik/USA/1950相比存在较多位点变异，与C2c代表株相比仅部分分离株发生I80V、E141K、P147S、T219I、E240K、V261I位点突变。遗传进化树显示分离株均与C2c代表株在同一分支，均属C2c基因型，且分离株进一步分为2个较小分支。结论:2023年临沂市手足口病病原以CV-A6为主，其次为CV-A10。CV-A10分离株均为C2c基因型，并可分为2个进化分支，应加强对CV-A10的持续监测和基因特征分析。

目的:调查北京市市售结球生菜诺如病毒(norovirus，NoV)和轮状病毒(rotavirus，RV)污染情况。方法:2015年11月至2016年10月，在北京市某菜市场摊位采集结球生菜54件。用离心法和直接法，分别对应3种洗脱液洗脱菜叶中病毒并浓缩，用荧光PCR法检测NoV和RV核酸。用半巢式RT-PCR方法扩增NoV阳性样本的衣壳蛋白区基因，PCR产物直接测序，用BioEdit7.0. 9.0软件进行序列比对，用MEGA6.06软件构建进化树。结果:54件结球生菜，未检出RV。NoV总检出率为11.1%(6/54)，其中GI组1件、GⅡ组3件、GI/GⅡ组混合2件。春夏秋冬季检出率依次为8.3%(1/12)、0.0%(0/8)、28.6%(4/14)和5.0%(1/20)。1件GⅡ阳性样本测序成功，为GⅡ.3基因型，该毒株与2014年广东省人源毒株KY348698相似性最高100.0%。结论:北京市市售部分结球生菜存在人源NoV污染，生食未洗净结球生菜有引起病毒性急性胃肠炎的风险。