目的:对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5，CVB5）病毒株进行全基因组测序，并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法:通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株，应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定，采用MEGA、RDP4及SimPlot软件，解析病毒基因组学特征。结果:分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%，属GⅠ.C1分支，与国内大多其他CVB5流行株相似度低（≤90.3%），揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变（T246A和T275A），但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株，重组位点发生在P1区VP4（940）和P2区2A（3 540）。结论:本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型，存在特异的核苷酸分歧，也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作，持续追踪病毒进化规律，不断提高相关疾病防控工作的精准性。

目的:了解上海市松江区2019年手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病原中A组肠道病毒(enterovirus, EV)VP1基因特征。方法:使用实时荧光逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction, RT-PCR)检测HFMD疑似病例的标本，EV阳性标本接种人横纹肌肉瘤细胞(rhabdomyosarcoma cells, RD)培养病毒。分离到的A组EV毒株经VP1区基因测序后使用MEGA X软件进行系统进化分析及核苷酸、氨基酸同源性分析。结果:2019年共检测207份HFMD标本，其中188份检出EV，柯萨奇病毒(coxsackievirus, CV)-A6、CV-A16、CV-A10、CV-A4阳性分别为47.34%(89/188)、41.49%(78/188)、3.72%(7/188)、2.66%(5/188)，其他EV阳性为4.79%(9/188)，未检出EV-A71。HFMD夏季流行高峰(5~7月)多检出B1基因亚型的CV-A16，B1a和B1b进化分支共同流行，秋冬季的次高峰(9~12月)检出D3a进化分支的CV-A6较多。CV-A10和CV-A4散在发病，均为C2基因亚型。与原型株相比，CV-A6、CV-A16、CV-A10、CV-A4 VP1基因核苷酸(氨基酸)序列同源性分别为79.22%~81.78%(95.97%~97.19%)、62.70%~65.54%(90.10%~91.30%)、81.76%~82.65%(91.63%~92.03%)、81.09%~81.79%(97.27%~97.67%)。结论:HFMD病原体流行的多样性及复杂性增加了HFMD防控难度。EV监测项目的拓展及分子流行病学的研究有助于防控HFMD。

目的:对2018年青海省一例流感样病例中分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)分离株QH/CVB5/2018进行全基因组测序及遗传特性分析。方法:采用二代高通量测序对QH/CVB5/2 018分离株进行全基因组序列测定，利用SPAdes、DNAStar 7.1、MEGA 6.0、Simplot 3.5.1以及RDP4软件对病毒进行全基因组序列拼接以及遗传进化、基因重组和氨基酸突变分析。结果:QH/CVB5/2018全基因组核苷酸序列长度为7 369 bp，编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白。基于基因组的序列同源性和系统进化分析，显示QH/CVB5/2018与417/JS/CHN/2013同源性最高，核苷酸序列一致性为96.9%(氨基酸序列同源性为99.5%)；基于VP1序列的系统进化分析显示QH/CVB5/2018处于CVB5-C基因型；重组分析显示QH/CVB5/2018可能为CHN_SH/CVB5/2008和CHN_YN-CVB3/2009的重组株，重组发生在6 114～7 199 bp；氨基酸突变位点分析显示，相比于其他CVB5毒株，139S、864S、1086R、1693C、1814D和1819N为QH/CVB5/2018特异突变位点。结论:QH/CVB5/2018分离株属于柯萨奇病毒B组5型的C组基因型，可能为重组株。

探讨2021—2022 年期间儿童急性呼吸道感染（ARI）患者的8种常见呼吸道病原体的情况。回顾性研究选取2021年9月至2022年8月在甘肃省妇幼保健院就诊的8 710例ARI患者作为研究对象，患者年龄为0~17岁，其中男性患儿5 048例，女性患儿3 662例。采用间接免疫荧光法对8种常见呼吸道病原体包括甲型流感病毒（FluA）、乙型流感病毒（FluB）、副流感病毒（PIV）、呼吸道合胞病毒（RSV）、腺病毒（ADV）、肺炎支原体（MP）、肺炎衣原体（CP）、柯萨奇病毒B组（CoxB）IgM抗体进行检测，采用 χ2检验对结果进行分析。结果显示，8 710例ARI患儿中共检出阳性1 497例，阳性检出率为17.19%。在8种常见呼吸道病原体中MP检出率为11.34%，占比为66.0%，其次依次为FluB、CoxB、PIV、RSV、ADV、FluA和CP，占比分别为13.83%、9.55%、6.01%、2.61%、1.47%、0.40%和0.13%。其中呼吸道病毒（FluA、FluB、RSV、ADV、PIV、CoxB）占比为33.86%。不同性别患儿之间PIV、ADV 和MP检出率比较，差异有统计学意义（ χ2=6.814、5.154、17.784， P<0.05）。学龄期患儿（6~17岁）检出率最高，占比33.27%（184/553）。ARI患者8种常见呼吸道病原体检出率在春季、冬季较高，夏季和秋季较低。综上，2021—2022 年期间本院ARI患者以MP和FluB感染为主，8种常见呼吸道病原体感染的高峰期是春季、冬季，6~17岁年龄段ARI患者8种常见呼吸道病原体检出率最高。

目的:了解青海省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)患者中肠道病毒流行情况和基因型特征。方法:采集青海省HFMD患者的咽拭子标本，进行病毒分离和特异性引物聚合酶链反应(RT-PCR)，对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析，并参考NCBI部分毒株序列构建基因进化树。结果:采集临床诊断HFMD阳性病例标本1 738份，其中人肠道病毒A组71型(EV-A71)型326例，占18.76%、人肠道病毒柯萨奇A16型(CV-A16)型237例，占13.64%、人肠道病毒柯萨奇A6型(CV-A6)型628例，占36.13%，4年间不同基因型别间存在差异，具有统计学意义(EV-A71， χ2＝245.315, P<0.001; CV-A16， χ2＝27.680, P<0.001; CV-A6， χ2＝702.713, P<0.001)，用RD细胞分离后共得到到317株细胞培养物，测序后选取2017年和2018年典型基因型的VP1区核酸序列进行序列分析，全部基因型VP1区核酸序列间同源性在59%~100%之间，19株EV-A71VP1序列间核苷酸同源性分别在93%~100%之间，20株CV-A16型核酸VP1序列的同源性在92%~100%之间，6株CV-A6型VP1核酸序列的同源性在97%~99%之间。从进化树图上看，青海省流行的EV-A71毒株序列全都在进化树图的C4a分支上；CV-A16型分离到20个毒株序列出现在进化树图上的分为两个基因型别，18株为B1b，2株为1D基因型；CV-A6型分离到5个毒株为D3基因型，1株属于B1型。 结论:青海省2015—2018年HFMD的流行基因型别由EV-A71向CV-A16和CV-A6转变，青海省流行的EV-A71型一直是C4a基因型，CV-A16和CV-A6存在不同的基因型别，不同基因型间核酸序列差异性较大，同一基因间序列变异较小。

目的:观察肝功能异常患儿的临床特点，分析其病因，为临床诊治提供参考。方法:选取杭州市儿童医院2017年4月至2019年2月收治的2个月至13岁肝功能异常患儿176例作为研究对象，采用荧光定量法对患儿分泌物标本进行病原检测，采集血液检测其乙型病毒性肝炎抗体和丙型病毒性肝炎抗体及甲型病毒性肝炎抗体，并采用血培养法检测和鉴定细菌，同时还进行血遗传代谢和凝血功能等筛查。根据患儿年龄将其分为婴儿组、幼儿组、学龄前组及学龄组。结果:176例患儿中，婴儿组肝功能异常者最多，为93例(52.84%)，其次为幼儿组43例(24.43%)。发病原因：原发疾病为感染性疾病者138例(78.41%)、非感染性疾病者8例(4.55%)、未检出病原者30例(17.04%)；感染性疾病致患儿肝功能异常138例中，病毒感染者为123例(89.13%)、细菌感染者8例(5.80%)、支原体感染6例(4.35%)、弓形虫感染者1例(0.72%)。病毒感染致肝功能异常123例中，巨细胞病毒感为62例(50.41%)，其次为EB病毒38例(30.89%)，轮状病毒10例(8.13%)，肠道病毒71型(EV71)5例(4.07%)，肠道通用病毒4例(3.25%)，呼吸道合胞病毒2例(1.63%)，单纯疱疹病毒和柯萨奇A16病毒各1例(0.81%)。学龄前及以上者均以EB病毒感染为主；年龄>1岁肝功能异常因巨细胞病毒所致比例为37.10%(23/62)、EB病毒感染所致比例为92.11%(35/38)，与年龄2个月至1岁的62.90%、7.89%比较，差异有统计学意义(χ 2＝29.27， P＝0.00)。8例细菌感染致肝功能异常：金黄色葡萄球菌3例、肺炎链球菌2例、大肠杆菌2例、铜绿假单胞菌1例。遗传代谢病共3例，其中肝豆状核变性2例，糖原累积症1例。小儿肝功能异常特点：患儿临床主要表现为黄疸、脾肿大和肝脏肿大、咳嗽、腹泻等；转归：治愈98例(55.68%)、好转60例(34.09%)，加重17例(9.66%)、死亡1例(0.57%)。 结论:婴幼儿肝功能异常以病毒感染为主，尤其是巨细胞病毒；早期无明显症状，重度者可表现为黄疸和肝脾肿大，主要以轻度为主，预后较好。

目的:探究2021年河南省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis, AFP)病例中非脊髓灰质炎肠道病毒(non-polio enterovirus，NPEV)的型别及流行特征。方法:收集2021年河南省报告的529例AFP病例的粪便标本，对其进行病毒分离，其中NPEV阳性毒株进行VP1区域序列测定，使用MEGA5.1软件对序列进行比对并构建遗传进化树。使用Excel2016和SPSS26软件对流行病学数据进行整理和统计学分析。结果:529例AFP病例粪便标本共分离出30株NPEV，分离率为5.67%(30/529)，其中A组和B组病毒各分离出15株，未分离出C组和D组病毒。A组包含6个血清型，以柯萨奇病毒A组(coxsackievirus A，CVA)2型和CVA6为主，B组包含3个血清型，以柯萨奇病毒B组(coxsackievirus B，CVB)3型为主。人群分布中，5岁以内的儿童NPEV的分离率最高，为76.67%(23/30)，男女比例为1.51∶1。地区分布中，A组病毒主要分布在河南省的中部、南部和西南部，以CVA2和CVA4分布最为广泛，B组病毒相对比较集中，主要分布在河南省的中部、北部和西南部，以CVB3为主。时间分布上全年除1~2月以外均能分离出NPEV，整体呈现春夏季高发，秋冬季低发的流行特征，其中A组病毒高峰期在5月份，B组病毒高峰期在6~7月。结论:2021年河南省分离的NPEV以B组CVB3为主要血清型，NPEV的病原谱以及地区分布相比2018—2019年发生了显著变化，后期应当密切关注当前NPEV的流行趋势，为AFP的诊断、监测以及维持河南省无脊髓灰质炎的状态提供理论依据。

目的:了解2002-2018年浙江省病毒性脑膜炎病原学及分子流行病学特征。方法:从设立的监测点医院采集疑似病毒性脑膜炎患者样本2 173份，其中脑脊液1 718份、粪便455份，用荧光定量PCR方法检测脑脊液中人类肠道病毒（HEV）、腮腺炎病毒（MuV）、单纯疱疹病毒（HSV）、巨细胞病毒（CMV）和乙型脑炎病毒（JEV）核酸，粪便样本只检测HEV；用ELISA方法检测脑脊液中上述5种病毒IgM抗体；对HEV核酸阳性样本扩增病毒VP1基因和测序，确定病毒型别并进行进化分析。结果:在2002-2018年2 173份样本中检出HEV核酸阳性871份（40.1 %），其中脑脊液1 718份、阳性654份（38.1 %），粪便455份、阳性217份（47.7 %）；871份HEV核酸阳性样本，VP1扩增测序阳性670份，其中HEV-A 5份、HEV-B 665份，涉及23个病毒血清型，分别为柯萨奇病毒（CV）A组CVA4、CVA6、CVA9、CVA10，CVB组1~5，埃可病毒（EchoV；E）E3、E4、E6、E7、E9、E11、E14、E16、E18、E21、E25、E30、E33和肠道病毒（EV）-71，位于前3位的分别为E30、E6和CVB5，该3个血清型间隔若干年呈现病毒活动性增强的趋势。从2012-2015和2018年795份脑脊液中检出HEV核酸阳性374份、MuV 6份、HSV和CMV均为5份，对其中的368份脑脊液同时检测5种病毒IgM抗体，HEV抗体阳性2份、JEV 6份、MuV 1份。670份HEV中除1份EV-71外，EchoV 517份、CV 152份，两者之比为3.4∶1，两类病毒间隔3~5年存在优势株交替变化的趋势。VP1进化树显示，浙江省HEV位于HEV-A和HEV-B分支上，E30存在h和i基因亚型。 结论:浙江省病毒性脑膜炎的主要病原为HEV-B；EchoV检出率明显高于CV，两类病毒存在交替变化的趋势；优势血清型E30、CVB5和E6间隔若干年呈现病毒活动性增强的趋势；监测点HEV活动强度与病毒性脑膜炎暴发疫情的发生两者之间在时间上有较好的相关性。

目的:研究2022年成都东部地区疱疹性咽峡炎的流行病学特征和病原感染情况，为疱疹性咽峡炎的科学防控提供依据。方法:收集2022年1~12月期间成都东部地区哨点监测医院诊断为疱疹性咽峡炎的病例的信息及粪便标本，分析其流行病学特征，采用实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative, RT-PCR)法和半巢式RT-PCR(semi nested RT-PCR, RT-snPCR)检测标本中肠道病毒并分型。结果:236例疱疹性咽峡炎病例中，患儿年龄段主要为0~9岁(99.15%)，其中3岁以下儿童构成比为75.85%，1~岁组儿童构成比最高，为47.88%；2~岁组病毒检出率高于0~岁组( χ2＝5.945， P＝0.015)。男性142例(60.17%)、女性94例(39.83%)；男性组(91.55%)与女性组(78.72%)病毒检出率比较，差异有统计学意义( χ2＝7.938， P＝0.005)。时间分布中，夏季构成比最多(40.25%)，冬季构成比最少(11.86%)，夏季显著高于其他组，差异均有统计学意义( χ2＝10.393、19.199、49.358，均 P<0.001)。夏季组病毒检出率显著高于春季组和冬季组( χ2＝16.951、4.592，均 P<0.05)。RT-PCR结果显示，236例疱疹性咽峡炎患儿病毒阳性例数共204例，检出率为86.44%(204/236)，包括柯萨奇病毒A组(coxsackievirus A，CV-A)6(22.55%)、CV-A16(5.88%)、CV-A2(2.94%)、肠道病毒71型(enterovirus type A71, EV-A71)(2.94%)、其它肠道病毒(65.69%)。RT-snPCR结果显示，其它肠道病毒中共鉴别出5种病毒：CV-A4(8.33%)、CV-A5(6.86%)、CV-A10(12.25%)、CV-A12(24.02%)、柯萨奇病毒B组3(coxsackievirus B3, CV-B3)(6.86%)；另有15份肠道病毒阳性样本未能成功分型。 结论:2022年成都东部地区疱疹性咽峡炎以3岁以下男性儿童最多，且发病月份集中于4~6月，肠道病毒中以CV-A12和CV-A6多见。

目的:掌握2013－2017年河北省其他肠道病毒感染所致手足口病重症和死亡病例的流行病学特征；分析柯萨奇病毒A组6型（CoxA6）的基因特征，进一步阐明其遗传进化特点及规律。方法:利用描述性流行病学方法对2013－2017年河北省其他肠道病毒感染所致手足口病重症和死亡病例的三间分布特征进行分析。运用Mega 5.2软件对CoxA6的VP1区序列进行系统进化树分析。结果:2013－2017年河北省累计报告其他肠道病毒手足口病重症和死亡病例86例（重症84例，死亡2例），占其他肠道病毒手足口病报告病例的1.12%（86/7 698）。每年4月份发病人数逐渐上升，5－7月达到最高峰。人群分布上，1～岁年龄组儿童的5年累计占比65.12%（56/86）。男女性别比为1.39∶1（50/36）。职业分布上，散居儿童占总发病人数的93.02%（80/86）。标本经病毒分离获得阳性毒株39份，阳性分离率为45.35%（39/86）。亲缘进化树显示，CoxA6分离株与D3a和D3b这2种亚型代表株处于同一分支。结论:2013－2017年河北省其他肠道病毒手足口病重症和死亡病例在发病时间上呈现季节性，与手足口病流行的整体趋势一致。CoxA6属于D3基因型，且未出现新的进化分支。