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全外显子组测序筛查食管鳞状细胞癌放疗抵抗相关基因研究
编辑人员丨1天前
目的:比较食管鳞状细胞癌(ESCC)术后放疗后不同预后患者的基因谱差异,筛选与放疗抵抗相关的遗传变异。方法:选择2015年1月至2019年12月在南通大学附属医院接受根治性手术及术后辅助放疗的32例ESCC患者为研究对象,根据1年内是否出现照射野内复发分为复发组(放疗抵抗组, n=16)和稳定组(放疗敏感组, n=16)。分别提取患者的基因组DNA,利用全外显子组测序(WES)技术进行高通量测序。应用Trimmomatic、BWA、Picard生物信息学分析软件处理数据,通过GATK对比获得比对文件,然后利用Vardict软件从测序数据中筛选出两组的各类遗传变异。采用Kaplan-Meier法估算患者无瘤生存期(DFS)、总生存期(OS)。Cox比例风险回归模型分析影响ESCC患者DFS和OS的独立危险因素。 结果:经样本数据质量控制,本研究最终纳入26例患者进行后续分析,复发组和稳定组各13例。全组非沉默肿瘤突变负荷中位数为0.95个/Mb,突变碱基替换类型均以C>T的转换为主,其次为C>G的颠换;发生频率最高的遗传变异依次是单核苷酸多态性(SNP)(75.1%)、缺失突变(13.7%)、插入突变(10.5%);复发组中肿瘤特有突变数目较稳定组稍高(中位突变数分别为36、34),且两组突变频率前十的基因谱明显不同。复发组中检测到392个特有突变基因,前5个分别为:MUC19、NPIPA5、EPPK1、FLG和FOXG1。稳定组检测到192个特有突变基因,前5个分别为TCHH、WNK1、AIM1L、COL6A5和DPCR1。复发组中位DFS和中位OS分别为15.0个月(95% CI为10.1个月~未达到)和26.2个月(95% CI为19.8个月~未达到),稳定组患者均未出现复发或转移。单因素分析发现,GRIK2( χ2=6.81, P=0.009)、MUC4( χ2=4.25, P=0.039)、MUC5B( χ2=4.03, P=0.045)、PRRG1( χ2=5.15, P=0.023)基因突变、3p缺失( χ2=4.16, P=0.041)和14q缺失( χ2=7.09, P=0.008)与DFS相关;FLG( χ2=6.41, P=0.011)、NPIPA5( χ2=4.57, P=0.033)、PKD1L2( χ2=6.41, P=0.011)、FOXG1( χ2=4.57, P=0.033)基因突变、3p缺失( χ2=3.88, P=0.049)、14q缺失( χ2=5.66, P=0.017)和18p缺失( χ2=3.85, P=0.050)与OS相关。多因素分析发现,14q缺失( HR=3.65,95% CI为1.18~11.32, P=0.025)是影响术后辅助放疗ESCC患者DFS的独立危险因素,FLG( HR=8.94,95% CI为1.52~52.74, P=0.016)、NPIPA5( HR=6.36,95% CI为1.23~33.03, P=0.028)基因突变和14q缺失( HR=3.82,95% CI为1.18~12.31, P=0.025)是影响术后辅助放疗ESCC患者OS的独立危险因素。 结论:WES结果提示,术后辅助放疗ESCC复发组与稳定组的基因突变类型和突变率基本一致,但两组的基因突变谱明显不同。FLG、NPIPA5基因突变和14q缺失可作为预测术后辅助放疗ESCC患者预后的分子标志物。
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编辑人员丨1天前
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一个假性醛固酮减少症Ⅱ型家系临床和基因分析并文献复习
编辑人员丨1天前
收集1个假性醛固酮减少症Ⅱ型(pseudohypoaldosteronism type II, PHA2)家系患者临床资料、化验检查及基因突变结果。先证者,1岁7个月,发现血钾6.69 mmol/L(参考范围3.5~5.3 mmol/L,下同)、血压110/68 mmHg(<106/61 mmHg, 1 mmHg=0.133 kPa)、血氯111.5 mmol/L(99~110 mmol/L)、血HCO 3- 17.1 mmol/L(22~29 mmol/L)、估算的肾小球滤过率128.5 mL·min -1·(1.73 m 2) -1[>90 mL·min -1·(1.73 m 2) -1]、血肾素浓度0.30 μIU/mL(4.2~45.6 μIU/mL);其母亲、外祖父也有肾功能正常情况下高血钾、高血压、高血氯、代谢性酸中毒、低肾素。3例患者基因结果显示,无赖氨酸激酶4(WNK4)基因第7号外显子存在1个杂合错义变异(c.1685A>G,p.E562G);氢氯噻嗪治疗均有效。通过文献复习,将本文E562G家系与其他WNK4变异型进行了比较,提示WNK4突变型的临床表型异质性。对于不明原因的高钾血症,尤其合并高血压,要警惕PHA2,尽早进行基因筛查,避免PHA2漏诊误诊。
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编辑人员丨1天前
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儿童以矮身材为首发表现的假性醛固酮减少症Ⅱ型的临床和分子遗传学研究
编辑人员丨2023/8/6
分析1例假性醛固酮减少症Ⅱ型患儿的临床特点及基因突变结果.患儿为11岁女童,发现身材矮小10年,无其他阳性症状及体征,血压监测提示高血压.实验室检查显示高钾血症、高氯血症、代谢性酸中毒,血浆肾素活性卧位0.0 ng/ml(参考值0.1~0.8 ng/ml),立位0.2 ng/ml(参考值0.9~6.6 ng/ml),肌酐清除率未见异常.基因检测发现患儿及其母亲丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶中WNK4基因杂合突变,位点为c.1682C>T(p.P561L),确诊为假性醛固酮减少症Ⅱ型.
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编辑人员丨2023/8/6
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Pseudohypoaldosteronism Type Ⅱ Caused by CUL3 Mutation Presented with Visual Impairment
编辑人员丨2023/8/6
To the Editor:Pseudohypoaldosteronism Type Ⅱ (PHAⅡ),also known as Gordon syndrome,is a rare autosomal disease,caused by mutations in WNK1,WNK4,CUL3,or KLHL3 genes.Hitherto,about 200 individuals and families have been reported with PHAⅡ;of these,26 were caused by CUL3 mutation.[1,2] In pediatrics,hyperkalemia-complicated hypertension is rare,and PHAⅡ should be considered in this condition.
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编辑人员丨2023/8/6
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成纤维细胞生长因子23在肾脏和慢性肾脏病及其并发症中的作用及其机制
编辑人员丨2023/8/6
成纤维细胞生长因子23(FGF23)是一种骨源性激素,它作用于其主要靶器官-肾脏,参与调节磷、钙和钠的重吸收以及活性维生素D(1,25(OH)2D)的合成.在近端肾小管,FGF23通过激活胞外信号调节激酶-1/2(ERK1/2)和血清/糖皮质激素调节激酶-1(SGK1)级联信号传导,使Na+/H+交换调节辅因子(NHERF)-1磷酸化,随后导致钠磷协同转运蛋白(NaPi)-2a内在化和降解,从而抑制磷重吸收;FGF23通过下调1α-羟化酶表达,同时上调24-羟化酶表达,从而抑制1,25(OH)2 D合成.在远端肾小管,FGF23通过激活赖氨酸缺陷型蛋白激酶-4(WNK4),上调上皮钙离子通道TRPV5(瞬时性受体阳离子电位通道亚家族V成员5)和Na+:Cl-协同转运蛋白(NCC)的顶膜表达,从而促进钙和钠的重吸收.临床中发现,由于遗传性和获得性原因导致的血FGF23浓度异常与慢性肾脏病(CKD)及其并发症密切相关.
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编辑人员丨2023/8/6
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无赖氨酸激酶WNK4基因表达调控的研究进展
编辑人员丨2023/8/6
丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶WNK(with no lysine kinase)家族中,WNK4基因第7/17外显子突变可导致遗传性家族性高血压(familial hyperkalemic hypertension),临床主要表现为高血压和高血钾.此外,WNK4通过调节组织、器官的钠、钾、氯、钙等多个离子通道的表达和活性,参与维持机体水、电解质平衡和血压稳定.本文对WNK4的结构、分布、生物学功能以及基因表达调控机制作一综述.
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编辑人员丨2023/8/6
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无赖氨酸激酶4在小鼠气管上皮细胞液体转运中的作用
编辑人员丨2023/8/6
该研究探讨了无赖氨酸激酶4(with no lysine kinase 4,WNK4)对于小鼠气管上皮细胞液体转运中的调节作用.在原代培养的小鼠气管上皮细胞中,应用siRNA特异性沉默WNK4基因,半定量PCR和Western blot实验验证沉默效率;随后应用尤斯灌流装置和Western blot实验记录该激酶的低表达对小鼠气管上皮细胞的短路电流及钠离子通道α-亚基蛋白表达水平的影响.半定量PCR和Western blot结果显示,该研究选用的siRNA序列可以沉默WNK4的表达.尤斯灌流和Western blot结果显示,沉默该激酶后,小鼠气管上皮细胞的阿米洛利敏感性电流和钠离子通道α-亚基蛋白表达明显增加.该研究表明,降低WNK4基因表达能增加小鼠气管上皮细胞的上皮钠离子通道α-亚基蛋白表达,促进钠离子转运,此过程可能参与相关水肿性肺疾患的修复.
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编辑人员丨2023/8/6
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小桐子MAPKKKK基因家族的全基因组鉴定及表达分析
编辑人员丨2023/8/6
促分裂原活化蛋白激酶激酶激酶激酶(mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase,MAPKKKK)属Ser/Thr类蛋白激酶,参与典型MAPK级联系统与其它信号转导途径,从而调节植物光周期、花器官生长及抗逆性等生物学过程.本研究基于序列比对的方法,在全基因组水平对小桐子MAPKKKK基因家族进行鉴定,并对其基因结构、系统进化、表达特性及潜在功能进行了解析.结果 表明,小桐子基因组中共鉴定到6个MAPKKKK基因,主要定位细胞核,蛋白序列长度分布在513~812 aa,等电点分布在5.12~6.72.序列比对都发现激酶结构域及保守基序-TFVGTPxWMAPEV-,除JcMAPKKKK4激酶结构域位于序列中部外,其它成员都位于N端.与拟南芥、葡萄MAPKKKK共聚类与系统进化分析显示,MAPKKKK聚类为8个亚组,且各亚组内成员存在蛋白序列长度、外显子数量、等电点特异性.基因结构分析表明,除JcMAPKKKK仅含有1个外显子,其它5个小桐子MAPKKKK基因包含18~22个外显子.表达分析显示,JcMAPKKKK1、JcMAPKKKK2及cMAPKKKK5在叶片中表达量较高,而JcMAPKKKK3与JcMAPKKKK6在根中表达量较高.同时,JcMAPKKKK3与JcMAPKKKK6是响应小桐子抗冷性的主要基因.蛋白互作分析表明,小桐子MAPKKKK与WNK、Mo25及Mob家族蛋白具有广泛的互作关系,并可能参与植物极性生长、细胞分裂及ABA信号转导等过程.以上结果为开展小桐子MAPKKKK基因的功能鉴定与信号转导机制研究提供了参考.
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编辑人员丨2023/8/6
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假性醛固酮减少症 Ⅱ 型的分子遗传学研究进展
编辑人员丨2023/8/6
假性醛固酮减少症Ⅱ型(PHA Ⅱ)是一类罕见的单基因遗传性高血压,以高血钾、高血压为突出表现. PHA Ⅱ通常为染色体显性遗传,染色体隐性遗传少见.目前已克隆与该病有关的基因包括 WNK1 、WNK4 、KLHL3和CUL3基因.临床上由于对该病认识不足,较易漏诊和误诊.该文介绍PHA Ⅱ的分子遗传学研究进展.
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编辑人员丨2023/8/6
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RanBPM对肾小管钠-氯共同转运子的调控作用及对ERK1/2信号通路的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的:观察Ran结合蛋白M(RanBPM)对肾小管钠-氯共同转运子(NCC)蛋白表达及相关ERK1/2信号通路蛋白表达的影响.方法:免疫共沉淀检测RanBPM蛋白与WNK4蛋白是否存在直接相互作用;观察转染RanBPM质粒对EGF诱导细胞ERK1/2磷酸化的影响,通过转染质粒过表达RanBPM蛋白或siRNA抑制RanBPM基因,免疫蛋白印迹法检测细胞内源性NCC蛋白含量和ERK1/2磷酸化水平的变化.结果:免疫共沉淀实验证实WNK4和RanBPM之间存在直接的相互作用.RanBPM可以抑制EGF诱导的ERK1/2磷酸化.RanBPM过表达可使细胞ERK1/2磷酸化减少(1.000±0.074 vs.0.275±0.041,P<0.01),而NCC蛋白表达增加(1.000±0.115 vs.1.470±0.105,P<0.01).siRNA沉默RanBPM基因后,ERK1/2磷酸化增加(1.000±0.194 vs.2.301±0.220,P<0.01),NCC蛋白表达下降(1.000±0.223 vs.0.556±0.132,P<0.01).转染RanBPM可阻止WNK4对ERK1/2信号通路的影响和对NCC蛋白表达的抑制作用.结论:RanBPM通过与WNK4相互作用,影响ERK1/2信号通路对NCC蛋白表达的调控作用.
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编辑人员丨2023/8/5
