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基于癌症基因组图谱数据库肺腺癌预后风险模型的建立
编辑人员丨1周前
目的:构建基于微小RNA(miRNA,miR)表达量的肺腺癌预后列线图风险模型,研究其对肺腺癌患者生存的预测价值。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载获取肺腺癌miRNA表达数据,包括miRNAseq和临床数据。应用R 3.6.2软件中的edgeR包筛选肺腺癌组织和正常肺组织的差异基因,以│logFC│>2, P<0.05为筛选条件。应用单因素回归分析、LASSO回归分析、多因素Cox回归分析筛选与预后明显相关的miRNAs,建立风险评分(risk score)方程,构建列线图模型。应用内部验证法和图像校准法、受试者工作特征曲线(ROC)评价模型的特异性和敏感性。通过风险评分及生存曲线对患者进行生存分析。分析miRNAs在各种族表达差异。 结果:识别127个差异miRNA,下调16个,上调111个。单因素回归分析得到14个与预后相关的miRNAs,LASSO回归分析得到13个与预后相关的miRNAs( P<0.05)。多因素回归分析结果显示hsa-miR-1293、hsa-miR-450a-1、hsa-miR-5571、hsa-miR-3189、hsa-miR-490、hsa-miR-142、hsa-miR-31、hsa-miR-548v是显著的预测因素( P<0.05)。应用这8个miRNA构建列线图模型,Concordance值(0.701)及图像校准显示该列线图预测能力较好。1、3、5年曲线下面积(AUC)为0.721、0.748、0.733。生存分析结果显示高风险组较低风险组生存率低( P<0.05),随着风险评分数值的升高,死亡人数增多。KM生存曲线显示hsa-miR-1293、hsa-miR-5571、hsa-miR-490、hsa-miR-142、hsa-miR-31、hsa-miR-548v与肺腺癌生存预后相关( P<0.05)。另外这8个miRNAs表达种族差异无统计学意义( P>0.05)。 结论:成功构建基于miRNAs表达预测肺腺癌预后的列线图模型,其预测准确性较高。
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编辑人员丨1周前
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miR-3189-3p在肾癌组织中的表达及对肾癌细胞增殖和侵袭的影响
编辑人员丨1周前
目的:探讨miR-3189-3p在肾癌组织和癌旁组织中的表达差异及其对肾癌细胞生物学功能的影响。方法:通过实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测miR-3189-3p在肾癌组织及癌旁组织、肾癌细胞株(Caki-1、ACHN、A498、OS-RC-2)和正常肾小管上皮细胞HK-2中的表达。分别转染miR-NC或miR-3189-3p mimics至miR-3189-3p表达最低的肾癌细胞,分别为miR-NC组和miR-3189-3p组。通过CCK-8法和Transwell迁移实验分别检测miR-3189-3p对肾癌细胞增殖和侵袭的影响。miRanda和miRTarBase软件预测miR-3189-3p的下游基因。双荧光素酶报告基因实验验证miR-3189-3p的下游基因。qRT-PCR和Western blotting法检测miR-3189-3p下游基因的表达。计量资料以均数±标准差( ± s)表示,组间比较采用 t检验。 结果:miR-3189-3p在肾癌组织和癌旁组织中的相对表达量分别为1.97±0.61和6.19±0.73,miR-3189-3p在肾癌组织的相对表达量低于癌旁组织( P<0.01)。miR-3189-3p在肾癌细胞株的相对表达量均低于HK-2细胞( P<0.05),OS-RC-2细胞中相对表达量最低( P<0.01)。miR-NC组和miR-3189-3p组OS-RC-2细胞中miR-3189-3p的相对表达量分别为1.01±0.11和9.27±1.43,miR-NC组miR-3189-3p的相对表达量明显低于miR-3189-3p组( P<0.01)。与miR-NC组相比,高表达miR-3189-3p的OS-RC-2细胞增殖能力明显降低( P<0.05)。miR-NC组和miR-3189-3p组穿膜细胞数分别为(165.40±17.02)个和(41.07±6.36)个,miR-3189-3p组OS-RC-2细胞侵袭能力明显降低( P<0.01)。miR-3189-3p的靶基因是水通道蛋白3( AQP3),miR-3189-3p可靶向结合AQP3 mRNA( P<0.01)。与miR-NC组相比,高表达miR-3189-3p细胞中 AQP3基因在mRNA水平和蛋白水平的表达均明显降低( P<0.01)。 结论:miR-3189-3p在肾癌中表达下调,高表达miR-3189-3p可显著抑制肾癌OS-RC-2细胞的增殖和侵袭,其分子机制是miR-3189-3p靶向抑制 AQP3基因的表达。
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编辑人员丨1周前
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miR-3189-3p对结直肠癌患者预后的影响及作用机制探讨
编辑人员丨2024/5/11
目的 探讨miR-3189-3p对结直肠癌(CRC)患者预后的影响及作用机制.方法 基于CancerMIRNome数据库和ENCORI数据库数据分析miR-3189-3p在CRC组织和正常组织中的表达差异,探讨miR-3189-3p表达水平对患者生存预后的影响.分别将hsa-miR-3189-3p mimics、miR-3189-3p NC转染至LOVO细胞,通过Western blot实验探讨miR-3189-3p对LOVO细胞上皮细胞-间充质转化(EMT)关键蛋白[波形蛋白(vimentin)和N钙黏蛋白(N-cadherin)]表达水平的影响,通过划痕实验和Transwell实验探讨miR-3189-3p对LOVO细胞迁移和侵袭能力的影响.结果 CRC组织的miR-3189-3p表达水平显著高于正常组织(P<0.05).miR-3189-3p高表达CRC患者的生存预后较低表达者更好(P<0.05).过表达miR-3189-3p后,LOVO细胞的迁移和侵袭能力显著减弱(P<0.05),vimentin和N-cadherin蛋白表达水平显著降低(P<0.05).结论 miR-3189-3p可能通过调控CRC细胞的迁移、侵袭以及EMT对患者的生存预后造成影响.
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编辑人员丨2024/5/11
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益脉降脂汤含药血清对THP-1源性泡沫细胞模型miRNA差异表达分析
编辑人员丨2024/3/16
目的:探讨益脉降脂汤含药血清干预THP-1源性泡沫细胞模型后差异表达miRNA及相关生物功能、信号通路.方法:实验分为巨噬细胞组、泡沫细胞模型组、益脉降脂含药血清组,以佛波酯对THP-1细胞诱导为巨噬细胞,经诱导分化的巨噬细胞给予ox-LDL建立泡沫细胞模型,以益脉降脂汤大鼠血清干预泡沫细胞.提取各组细胞Total RNA进行miRNA测序,筛选差异表达miRNA,预测相关靶基因后进行GO分析、KEGG分析,建立蛋白互作网络、miRNA-靶基因互作网络,RT-qPCR验证改善动脉粥样硬化可能信号通路.结果:空白组与模型组差异 miRNA 为 hsa-miR-302c-3p、hsa-miR-302d-3p、hsa-miR-30d-3p、hsa-miR-3189-3p、hsa-miR-374b-5p、hsa-miR-423-5p、hsa-miR-4781-3p、hsa-miR-663a;模型组和益脉降脂含药血清组差异miRNA为hsa-miR-3150a-3p、hsa-miR-7704、hsa-miR-877-3p、hsa-miR-150-5p、hsa-miR-423-5p、hsa-miR-374c-3p、hsa-miR-374b-5p;模型组与益脉降脂含药血清组差异miRNA预测靶基因显示主要富集于MAPK信号通路、ErbB信号通路、Hippo信号通路、Wnt信号通路等信号通路;SCN1A、PRKACA、MECP2、EIF4E、SRSF1、MBNL1、PRKCA、PPARGC1A可能是益脉降脂汤含药血清向THP-1源性泡沫细胞发挥作用潜在关键靶标.结论:hsa-miR-374c-3p、hsa-miR-423-5p、hsa-miR-374b-5p是益脉降脂汤含药血清作用于泡沫细胞重要的miRNAs,差异表达显著的miRNA以及显著富集的相关信号通路可为诊断和治疗动脉粥样硬化提供新的思路.
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编辑人员丨2024/3/16
