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miR-15a-5p调控Wnt通路在百草枯致肺纤维化中的机制
编辑人员丨4天前
目的 探讨miR-15a-5p调控Wnt信号通路对PQ致肺纤维化的影响及分子机制.方法 构建PQ诱导的16HBE细胞模型,采用高通量miRNA芯片技术和RT-qPCR筛选表达差异明显的miR-15a-5p进行实验.实验分组为:NC组(对照组):无特殊处理;PQ组:50 μmol/L PQ处理细胞72 h;miR-15a-5p组:转染miR-15a-5p过表达慢病毒的16HBE稳转株;miR-15a-5p+PQ组:50 μmol/L PQ处理稳转株细胞72 h.RT-qPCR和Western blot检测Wnt通路相关基因Wnt3 α和β-catenin、成纤维细胞标记基因Collagen I、Vimentin和α SMA,上皮细胞标记基因Occludin和CK18表达情况.构建PQ诱导的肺纤维化小鼠模型,采用Western blot、HE染色和免疫组织化学检测蛋白表达及肺组织损伤情况.数据以均数±标准差((x)±s)表示,采用独立样本t检验分析两组间数据.结果 细胞损伤模型中,Wnt3α、β-catenin、成纤维细胞标记基因Collagen I、Vimentin和α SMA表达显著上调(P<0.05),上皮细胞标记基因Occludin和CK18显著下调(P<0.05),过表达miR-15a-5p可靶向抑制Wnt3α表达并缓解PQ诱导的EMT进程.动物模型中,Wnt3α、β-catenin、成纤维细胞标记基因Collagen I、Vimentin和α SMA蛋白水平显著升高(P<0.01),肺组织结构紊乱并发生纤维化,过表达miR-15a-5p可抑制Wnt3 α蛋白表达水平(P<0.05)且改善肺组织损伤.结论 miR-15a-5p可通过调控Wnt3 α/β-catenin信号通路改善PQ导致的肺损伤,从而抑制肺纤维化的发生发展.
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编辑人员丨4天前
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强直性脊柱炎患者外周血环状RNA的表达谱研究
编辑人员丨4天前
目的:筛选AS患者PBMCs中差异表达的环状RNA(circRNA),分析其表达谱以探讨circRNAs在AS发病中的作用。方法:采用circRNA微阵列芯片技术检测3例AS活动期(ASA)患者,3例AS稳定期(ASS)患者和3名健康对照者(HC)PBMCs中circRNAs的表达并通过倍数变化(FC)和 P值进行筛选,找到差异表达的circRNAs;从差异表达靠前的circRNAs中随机选择4个circRNAs,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)验证芯片结果;对差异表达的circRNAs进行基因本体论(GO)分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,并通过微RNA(miRNA)靶标预测软件对circRNA/miRNA相互作用关系进行预测。采用 t检验和Mann-Whitney U检验等方法对数据进行统计分析。 结果:芯片结果显示,ASA组较HC组共有800个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中466种上调,334种下调;ASS组较HC组共有1 149个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中589种上调,560种下调;ASA组较ASS组间共有233个显著差异表达的circRNAs(FC>1.5, P<0.05),其中145种上调,88种下调。RT-qPCR验证结果提示,4个差异表达的circRNAs表达趋势与芯片结果一致。GO分析结果提示,这些差异表达的circRNAs主要参与无义介导的mRNA衰变、Rho GTPase酶结合等过程;KEGG分析结果在辅助性T细胞(Th)17细胞分化、趋化因子信号通路等处得到富集;miRNA靶标预测软件结果提示差异表达的circRNAs可能靶向结合miR-650、let-7b-5p等miRNAs发挥作用。 结论:和HC组相比AS患者PBMCs中存在差异表达的circRNAs,推测这些circRNAs可能参与AS的发病。
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编辑人员丨4天前
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睑板腺癌差异表达miRNA筛选及miR-3907功能机制研究
编辑人员丨4天前
目的:筛选睑板腺癌(MGC)差异表达微小RNA(miRNA)并探究微小RNA-3907(miR-3907)对MGC增殖和迁移的影响及作用机制。方法:实验研究。收集2011年7月至2019年1月于天津医科大学眼科医院经组织病理学确诊的MGC患者的癌组织样本及癌旁组织样本。应用miRNA芯片对其中5份MGC与癌旁组织差异表达的miRNA进行筛选。选取MGC中表达显著上调的miR-3907为观察对象,通过生物数据库和双荧光素酶实验预测并鉴定miR-3907靶基因。采用免疫组织化学染色法测定18份MGC组织及6份癌旁组织样本中靶基因的蛋白表达水平。在培养的MGC原代细胞中分别进行miR-3907过表达、miR-3907敲减、靶基因敲减、miR-3907敲减+靶基因敲减转染并分别设组,采用荧光定量PCR和Western印迹法检测转染后各基因mRNA和蛋白的表达水平,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和划痕实验评估转染后MGC细胞的增殖和迁移能力,并进行比较。统计学方法主要为Fisher确切概率检验、独立样本 t检验、双因素重复测量方差分析。 结果:与癌旁组织样本相比,MGC样本共筛选出表达上调的miRNA 22个,表达下调的miRNA 5个,其中miR-3907表达显著上调。生信数据库与双荧光素酶报告显示血小板凝血蛋白酶1(THBS1)为miR-3907的下游靶基因。癌旁组织中THBS1蛋白阳性表达率(6/6)显著高于MGC组织(5/18),差异有统计学意义( P=0.003)。与对照组比较,miR-3907过表达组48、72 h细胞增殖能力显著增强( F=3.70、2.65);24 h后细胞迁移率显著增高(54.6%±3.4%与34.2%±0.6%比较; t=8.34);miR-3907敲减组24、48、72 h细胞增殖能力降低( F=3.10、2.17、3.09)、24 h细胞迁移率显著降低(40.8%±2.8%与69.7%±2.7%比较; t=10.42);THBS1敲减组24、48和72 h细胞增殖能力增强( F=3.84、3.79、2.24)、24 h后细胞迁移率显著增加(82.5%±1.9%与37.6%±5.1%比较; t=11.74);miR-3907敲减+THBS1敲减组24、48 h细胞增殖能力增强( F=3.97、3.31)、24 h细胞迁移率显著增高(56.9%±2.2%与41.9%±4.3%比较; t=3.53);差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:MGC与癌旁组织之间存在差异表达miRNA,其可能与MGC发生和发展有关;其中差异显著的miR-3907可以促进MGC增殖和迁移,并主要通过抑制THBS1表达发挥作用。
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编辑人员丨4天前
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微小RNA-494对促进脊髓损伤后功能恢复和抑制细胞凋亡的研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-494在脊髓损伤中的作用及其意义。方法:应用脊髓表面挫伤的方法建立大鼠脊髓损伤模型。分为1个假损伤对照组和5个脊髓损伤组,每组5只大鼠(购自复旦大学实验动物中心)。用miRNA芯片分析脊髓损伤后不同时间miRNA的表达。用agomiR-494鞘内治疗后,评定大鼠运动功能。正态性采用Shapiro-Wilk正态检验,组间差异采用单因素方差分析和双侧 t检验。 结果:与假损伤对照组比较,有14个miRNA上调,有46个miRNA下调2倍,而miR-494是最显著下调的miRNA之一。与单纯SCI组比较,agomiR-494鞘内治疗后的SCI+agomiR-494组,大鼠运动功能明显改善,剩余组织(甲酚紫染色评估)增多,TUNEL阳性细胞减少。agomiR-494对miR-494的上调可促进脊髓损伤后大鼠的功能恢复,减小病变大小并抑制凋亡细胞。脊髓组织中miR-494的表达与第10号染色体上缺失与张力蛋白同源的磷酸酯酶基因(PTEN)的表达呈负相关( r=-0.834, P<0.05)。此外,miR-494通过直接靶向BV-2细胞中的3’端非编码区(3’UTR)来抑制蛋白激酶B(Akt)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)途径的负调节剂PTEN。 结论:在大鼠脊髓损伤模型中miR-494的过表达通过抑制PTEN的表达来激活Akt/mTOR信号通路,对脊髓损伤具有保护作用。
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编辑人员丨4天前
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miR-223-3p靶向RIPK3调控胶质瘤微环境中巨噬细胞恶性转化的实验研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨miRNAs介导的胶质瘤肿瘤微环境(TME)中巨噬细胞(Mφ)的恶性转化及其机制。方法:应用集落刺激因子诱导表达绿色荧光蛋白(GFP)的小鼠骨髓来源细胞(BMDCs)分化,获得Mφ-GFP。将胶质瘤干细胞(GSCs)与Mφ-GFP体外共培养,筛选具备无限增殖潜能的Mφ-GFP,即恶变巨噬细胞(t-Mφ)。通过miRNAs芯片分析获取t-Mφ与正常Mφ的miRNAs差异表达谱。分别比较目标miRNA在中国脑胶质瘤基因组图谱计划(CGGA)不同世界卫生组织(WHO)分级胶质瘤组织、来源于手术切除的10例胶质瘤组织与瘤旁组织、t-Mφ与正常Mφ中的表达水平,并分析目标miRNA表达水平与患者生存期的相关性。采用流式细胞术、实时荧光定量PCR(qRT-PCR)、蛋白质免疫印迹法(WB)及荧光素酶活性实验探讨目标miRNA调控TME中Mφ恶变的分子机制。结果:通过建立双色荧光示踪共培养体系,成功获得具备无限增殖潜能的单克隆GFP +细胞,并表达Mφ标志物F4/80和CD11b。miRNAs芯片差异表达谱和qRT-PCR结果证实,与正常Mφ相比,miR-223-3p在t-Mφ中的表达显著升高。临床分析中,胶质瘤组织样本中miR-223-3p的表达水平显著高于配对的瘤旁组织( P<0.01)。对CGGA的分析结果发现,胶质母细胞瘤中的miR-223-3p表达水平显著高于低级别胶质瘤(WHO 2/3级)( P<0.001)。生存分析结果提示,低表达miR-223-3p胶质瘤患者的总体生存期显著优于高表达组( P<0.01)。下调miR-223-3p可促进t-Mφ的凋亡( P<0.01)。生物信息学分析显示,受体相互作用蛋白激酶(RIPK3)基因3′-UTR区存在miR-223-3p潜在的结合位点。荧光素酶活性实验结果显示,与共转染miR-223-3p模拟物对照和RIPK3-WT的细胞相比,共转染miR-223-3p模拟物和RIPK3-WT的t-Mφ细胞荧光强度显著降低( P<0.01)。qRT-PCR和WB实验结果证实,miR-223-3p下调的t-Mφ中RIPK3的表达水平显著高于对照组( P<0.01),而miR-223-3p过表达的t-Mφ中RIPK3的表达水平显著低于对照组( P<0.05)。此外,miR-223-3p抑制剂/RIPK3抑制剂组t-Mφ的凋亡细胞比例显著低于miR-223-3p抑制剂组( P<0.01)。 结论:GSCs可诱导TME中Mφ的恶性转化,而miR-223-3p可靶向抑制t-Mφ中RIPK3的表达,进而抑制t-Mφ的细胞凋亡。
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编辑人员丨4天前
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微小RNA-151-5p通过转化生长因子-β通路参与骨折愈合的早期调控过程
编辑人员丨4天前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-151-5p在骨折愈合方面的作用。方法:建立标准的大鼠股骨干骨折愈合模型(郑州大学动物中心),基因芯片分析血浆miRNA的表达。应用生物信息学方法模拟miRNA与靶基因配对,并寻找相关的靶通路。细胞实验验证miR-151-5p对成骨细胞(大鼠颅骨提取)的影响。最后,再次建立骨折愈合模型,给予miR-151-5p模仿物和抑制物,利用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测转化生长因子-β(TGF-β)通路主要蛋白的表达。正态分布数据应用student- t检验,miRNA数据应用Benjamini & Hochberg方法进行比对。 结果:在大鼠骨折模型血浆结果显示miR-151-5p在骨折愈合7 d时显著高于对照组(对照比7 d为58.16±8.17比201.40±7.23, F=25.09, P<0.01),GSE93083数据集中骨折患者miRNA-151-5p表达量较健康组明显升高(骨折患者比健康人为12.25±0.17比12.00±0.19, t=2.446, P<0.01)。通过生物信息学分析,miR-151-5p的靶基因参与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路,胰岛素信号通路,上皮细胞间质转型(EMT)信号通路,Ras信号通路以及TGF-β信号通路的调控。文献分析富集结果提示,miR-151-5p的靶基因主要参与TGF-β信号通路的调控。细胞实验提示miR-151-5p可以抑制成骨细胞增值活性,并抑制成骨细胞TGF-β通路表达。骨折愈合模型中,miR-151-5p模仿物PLCG1(miR-151-5p模仿物比抑制物组为3.99±2.06比10.36±2.87, q=4.596, P<0.05)和MAPK8(miR-151-5p模仿物比抑制物组为4.93±1.543比17.49±5.328, q=4.533, P<0.01)较抑制物组显著增高。 结论:miR-151-5p是通过TGF-β参与骨折愈合的早期调控过程。
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编辑人员丨4天前
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miR-519d通过靶向 CCR-7基因表达抑制非小细胞肺癌增殖作用及其机制的研究
编辑人员丨4天前
目的:探究miR-519d对非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)细胞增殖作用的影响及其潜在的作用机制。方法:通过对芯片GSE19945的中NSCLC癌和癌旁组织中不同miRNA的差异表达,Starbase(http://starbase.sysu.edu.cn)数据分析CC趋化因子受体7(CC chemokine receptor 7, CCR-7)在NSCLC患者中的表达,预后miR-519d以及CCR-7两者的相关性。生物信息方法miR-519d与CCR-7潜在的结合位点。实时定量PCR检测A549细胞中转染miR-519d后miR-519d的表达;通过CCK-8检测不同表达miR-519d对于A549细胞活性的影响,克隆形成以及Ki67检测过表达或者低表达miR-519d后对于A549细胞增殖能力的影响。荧光素酶报告验证 CCR-7与miR-519d的靶向作用。采用应用免疫蛋白印迹(Western blot)检测不同表达miR-519d后A549细胞中PCNA、Bax以及CCR-7蛋白的表达。 结果:对于芯片GSE19945结果分析,发现miR-519d在癌症组织中明显低表达( P=0.045),在NSCLC中miR-519d表达明显高于正常组织;低表达miR-519d的患者生存率明显高于高表达miR-519d的NSCLC患者( P=0.009),同时,CCR-7在NSCLC患者组织中的表达明显升高,低表达CCR-7的患者生存率明显高于过表达CCR-7的NSCLC患者,且miR-519d与CCR-7在NSCLC患者中表达呈负相关。高表达miR-519d后,A549细胞活性相对于阴性对照组明显降低( P=0.043),而低表达miR-519d后活性明显升高( P=0.031)。过表达miR-519d后A549细胞增殖能力相对于阴性对照组明显降低。生物信息学结果显示miR-519d与CCR-7有潜在的结合位点。Western blot结果表明,不同表达的miR-519d能够影响增殖相关蛋白PCNA以及Bax表达( P=0.029、0.031)。过表达miRNA-519d后CCR-7表达相对于阴性对照组明显降低( P=0.038、0.027),而低表达miRNA-519d后,CCR-7表达明显升高( P=0.043、0.030),同时荧光素酶报告结果显示,CCR-7是miRNA-519d的直接作用靶点( P=0.031)。 结论:miR-519d能通过靶向调控 CCR-7基因的表达进而调控NSCLC细胞增殖,同时miR-519d也是NSCLC患者预后的一个相关因子,本实验结果为miR-519d成为预防、诊断和治疗NSCLC的潜在靶点提供了理论依据。
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编辑人员丨4天前
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基于血清小分子核糖核酸的阿尔茨海默病诊断模型构建与验证
编辑人员丨4天前
目的:基于血清小分子核糖核酸(microRNA,miRNA)构建阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)预测诊断模型。方法:从高通量基因表达数据库下载1 021例AD患者和288名健康对照者血清miRNA芯片数据,共1 309个样本。按年龄匹配AD患者和健康对照者,筛选出494例样本用于训练和验证诊断模型。将miRNA表达值从高到低排序选取前1 000个探针进入下一步研究。按照7∶3的比例将494例样本分为训练组和验证组。采用LASSO回归筛选miRNA,结合性别、载脂蛋白E4基因型和miRNA数据,采用逐步回归进一步筛选自变量并构建多因素诊断模型。采用受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic,ROC)和校准曲线,在训练组、验证组、训练组+验证组以及1 309例总样本中验证模型的准确性,并绘制诺莫图进行实际案例预测。结果:多因素诊断模型在训练组、验证组、训练组+验证组以及1 309例总样本的ROC曲线下面积分别为0.870、0.831、0.842和0.826,具有较高的预测效力。诺莫图显示,1例男性患者的预测值总分521分( P=0.022 8),提示该样本为AD,和实际结果一致。 结论:基于11个血清miRNA、性别以及载脂蛋白E4 基因型的诊断模型能较好地预测AD。
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编辑人员丨4天前
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支气管肺发育不良中新型miRNA-TF-mRNA共调控网络的鉴定
编辑人员丨4天前
目的:筛选与新生儿支气管肺发育不良(BPD)发病相关的关键转录因子(TF)、微小核糖核酸(miRNA)和信使核糖核酸(mRNA),并构建了调控网络。方法:从高通量基因表达数据库GEO获取mRNA芯片数据集GSE108756,筛选出的差异表达基因(DEGs)进行京都基因和基因百科全书(KEGG)、基因本体注释(GO)功能富集分析;参照HumanTFDB数据库获取与DEGs对应的TF后利用cytoHubba插件筛选出degree值前10的Hub TF;通过hTFtarget数据库找出Hub TF中7个TF所对应的靶基因;在GSE108756中获取7个TF及其靶基因所对应的探针表达量后做相关性分析,筛选出最终纳入研究的6个Hub TF及所对应的正相关TF-mRNA关系队;利用Targetscan Human数据库获取靶向调控6个Hub TF的miRNAs,并与miRNA芯片数据集GSE166762差异miRNAs取交集后匹配出负向调节的miRNA-TF关系队,最后构建BPD患儿潜在miRNA-TF-mRNA调控网络,进一步筛选出关键miRNA、mRNA。结果:共筛选出201个差异表达基因,KEGG富集结果主要涉及B细胞受体信号通路、造血系统、原发免疫缺陷等作用,GO功能富集分析主要富集在B细胞增殖活化及免疫应答调节细胞表面受体等生物学过程中。与Hub TF(EBF1、TCF4、JUN、BCL11A、SPIB、E2F1)表达谱强关联的正相关下游靶基因有159个,负相关的上游miRNA有120个。BPD患儿发病潜在的关键miRNA-TF-mRNA网络包括has-miR-217-TCF4-Pou2AF1、has-miR-150-5p-E2F1-ADM。结论:本研究构建了新生儿BPD的miRNA-TF-mRNA共调控网络,从转录调控的崭新视角为揭示BPD发病机制奠定理论基础。
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编辑人员丨4天前
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非小细胞肺癌顺铂耐药相关微小RNA的生物信息学分析
编辑人员丨4天前
目的:筛选非小细胞肺癌(NSCLC)顺铂耐药相关微小RNA(miRNA,miR)并分析其生物学功能。方法:从高通量基因表达数据库(GEO)中搜索并下载与非小细胞肺癌顺铂耐药相关的miRNA芯片数据,并通过Targetscan和miRanda预测miRNA的靶基因,对靶基因行基因本体(GO)生物学进程分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,并构建蛋白与蛋白相互作用网络图(PPI);进一步对KEGG通路行网路分析,并结合与顺铂耐药存在显著相关性的miRNA,构建miR-KEGG网路。组间数据比较采用 t检验。 结果:共筛选到GSE84200、GSE43249和GSE56036 3个数据库,总计23个与顺铂耐药相关的miRNA。Targetscan和miRanda共同预测的靶基因共计914个。GO功能富集分析表明这些基因主要以蛋白结合,信号传导和正性调节基因转录等生物学过程相关。KEGG通路分析显示这些基因主要参与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)和磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)等信号通路。PPI网路分析结合关键基因分析显示p53为关键基因。miR-KEGG网络分析显示miR-195-5p和miR-424-5p在顺铂耐药中发挥重要作用。结论:miR-195-5p和miR-424-5p可能在顺铂耐药中发挥重要作用,生物学分析预测有助于进一步认识miRNA在非小细胞肺癌顺铂耐药中的功能。
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编辑人员丨4天前
