为了查明高寒地区建植一年生禾本科人工草地的土壤节肢动物群落动态,2019年4月在青藏高原东缘红原县境内建植了黑麦草和燕麦两种一年生单播人工草地,并以天然草地为对照.2019-2022年每年9月下旬对土壤节肢动物群落、植物群落和土壤理化性质开展观测.结果表明:1)土壤节肢动物的群落组成结构在3种草地及年际间差异显著;2)土壤节肢动物密度、类群数、Shannon指数和均匀度指数在3种草地间差异不显著;3)随着年限增加,3种草地的土壤节肢动物密度显著波动;黑麦草和燕麦草地土壤节肢动物类群数和Shannon指数显著降低,均匀度指数仅在第4年显著降低;天然草地的Shannon指数呈显著波动,均匀度指数无明显变化;4)草地的地上和地下生物量、土壤全磷、全钾、有效氮含量是影响土壤节肢动物群落的主要因子.研究表明,在高寒地区种植一年生禾本科牧草对土壤节肢动物群落的组成结构有显著影响,对密度及多样性指数影响不显著;种植年限对群落组成结构、密度和多样性指数影响显著.

为进一步推进现代蓝藻分类系统单系化发展,研究对从宁夏沙坡头的土壤结皮样本中分离纯化得到CHAB7530和CHAB7535两株丝状蓝藻进行了研究.该藻株在形态学上与束鞘丝藻类(Coleofasciculus-like)和微鞘藻类(Microcoleus-like)的物种相似,基于16S rRNA 基因的序列分析表明,CHAB7530和CHAB7535与帕斯结席藻(Crustifilum hispaliculae Moreira-Fernandes,Giraldo-Silva,D.Roush&Garcia-Pichel 2021)的序列相似性达99.7%—99.9%,系统发育分析表明它们与结席藻属(Crustifilum)聚集并形成支持度良好的进化分支.此外还补充了该物种的ITS二级结构数据.结合分子、形态学和生态学数据的多相方法分析表明CHAB7530和CHAB7535为帕斯结席藻(C.hispaliculae),该属种是中国新记录属种.文章还结合系统发育分析结果,对先前从Microcoleus steenstrupii 复合体中独立出来的部分属(例Parifilum)进行了分类学的修改建议讨论.

南洋鼠(Chiromyscus langbianis)是亚洲特有的一种树栖鼠类,其属级分类一直存在争议,不同的分类系统将其归入白腹鼠属(Niviventer)或费氏树鼠属(Chiromyscus),影响了对其生物学特性的认识.本研究旨在通过测定和分析南洋鼠的线粒体基因组,探讨其线粒体基因组结构特征,并利用近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)和最大似然法(maximum likeli-hood method,ML)构建22个近缘物种线粒体基因组的系统发育树,厘清南洋鼠的属级分类关系.结果表明,南洋鼠线粒体基因组总长度为16 288 bp,包含22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和一段非编码区(non-coding region,NCR),线粒体基因组碱基组成为 A 36.6％、T 28.9％、G 15.0％和 C 19.5％,AT 偏斜(AT-skew)为 0.092,GC 偏斜(GC-skew)为-0.337.在22个tRNA基因中,除tRNASer(AGY)缺少D环外,其余的21个tRNA基因均能够折叠成典型的三叶草结构.同时,部分tRNA基因,如tRNAPhe出现了A-A,tRNAVa1、tRNALeu、tRNAI1e出现了C-U等非经典配对,以维持tRNA二级结构的稳定性.基于近邻相接法和最大似然法构建的系统发育树表明,南洋鼠与费氏树鼠属的亲缘关系更近.进一步基于线粒体Cytb和Cox1构建的系统发育树及遗传距离分析结果,均支持南洋鼠划入费氏树鼠属.本研究为南洋鼠的分类地位和系统发育关系提供了分子证据,也为其种群遗传学的研究提供了数据参考.

Background::Preeclampsia (PE) is a serious complication that affects maternal and perinatal outcomes. However, the mechanisms have not been fully explained. This study was designed to analyze longitudinal gut microbiota alterations in pregnant women with and without PE in the second (T2) and third trimesters (T3).Methods::In this nested case-control study, which was conducted at Nanjing Maternity and Child Health Care Hospital, fecal samples from 25 PE patients (25 fecal samples obtained in T2 and 15 fecal samples obtained in T3) and 25 matched healthy controls (25 fecal samples obtained in T2 and 22 fecal samples obtained in T3) were collected, and the microbiota were analyzed using 16S rRNA gene sequencing. The diversity and composition of the microbiota of PE cases and controls were compared.Results::No significant differences in diversity were found between the PE and control groups ( P > 0.05). In the control group, from T2 to T3, the relative abundances of Proteobacteria (median [Q1, Q3]: 2.25% [1.24%, 3.30%] vs. 0.64% [0.20%, 1.20%], Z = -3.880, P < 0.05), and Tenericutes (median [Q1, Q3]: 0.12% [0.03%, 3.10%] vs. 0.03% [0.02%, 0.17%], Z= -2.369, P < 0.05) decreased significantly. In the PE group, the relative abundance of Bacteroidetes in T2 was lower than in T3 (median [Q1, Q3]: 18.16% [12.99%, 30.46%] vs. 31.09% [19.89%, 46.06%], Z= -2.417, P < 0.05). In T2, the relative abundances of mircrobiota showed no significant differences between the PE group and the control group. However, in T3, the relative abundance of Firmicutes was significantly lower in the PE group than in the control group (mean ± standard deviation: 60.62% ± 15.17% vs. 75.57% ± 11.53%, t= -3.405, P < 0.05). The relative abundances of Bacteroidetes, Proteobacteria, and Enterobacteriaceae were significantly higher in the PE group than in the control group (median [Q1, Q3]: 31.09% [19.89%, 46.06%] vs. 18.24% [12.90%, 32.04%], Z=-2.537, P < 0.05; 1.52% [1.05%, 2.61%] vs. 0.64% [0.20%, 1.20%], Z=-3.310, P < 0.05; 0.75% [0.20%, 1.00%] vs. 0.01% [0.004%, 0.023%], Z = -4.152, P < 0.05). Linear discriminant analysis combined effect size measurements analysis showed that the relative abundances of the phylum Bacteroidetes, class Bacteroidia and order Bacteroidales were increased in the PE group, while those of the phylum Firmicutes, the class Clostridia, the order Clostridiales, and the genus unidentified Lachnospiraceae were decreased in the PE group; and these differences were identified as taxonomic biomarkers of PE in T3. Conclusion::From T2 to T3, there was an obvious alteration in the gut microbiota. The gut microbiota of PE patients in T3 was significantly different from that of the control group.

目的:探讨菌群移植（FMT）受体与供体选择的关系，以及不同有效率供体间肠道菌群及代谢产物的特征。方法:采用回顾性病例对照研究方法，收集同济大学附属第十人民医院肠道微生态诊疗中心2018年10月至2019年12月期间，治疗病例数≥30例的粪便捐献者（供体）的资料。收集每位供体对应受体（患者）的FMT治疗后随访8周的疗效，依据每位供体的疗效，将供体分为高效组（有效率>60%，10例）、中效组（有效率30%~60%，6例）和低效组（有效率<30%，4例）3组，检测并比较每组供体菌群结构及粪便短链脂肪酸的含量，分析每组供体疗效与并发症发生率，以及供体与受体疗效的关系。FMT疗效的评价指标包括客观临床有效和（或）主观有效，客观有效=临床治愈+临床改善，主观有效指通过问卷随访为显效+中等疗效。结果:全组20名供体，共治疗病例总数为1 387例，治疗病种包括慢性便秘749例，慢性腹泻141例，炎性肠病（IBD）107例，肠易激综合征（IBS）121例，自闭症83例，其他疾病包括放射性肠损伤、假性肠梗阻、麻痹性肠梗阻、功能性腹胀和过敏性疾病等共186例。高效组、中效组及低效组分别治疗829例、403例及155例患者，3组治疗患者基线资料的比较，差异均无统计学意义（均 P>0.05）。不同有效率供体组间菌群丰度（OTU）的比较，高效组最高（330.68±57.28），中效组次之（237.79±41.89），低效组OTU最低（160.60±49.61）；差异有统计学意义（ F=16.910， P<0.001）。菌群多样性（Shannon指数）的比较，高效组和中效组最高（分别为2.96±0.36和2.67±0.54），低效组较低（2.09±0.55）；差异有统计学意义（ F=5.255， P=0.017）。3组间丁酸含量的比较，高效组最高[（59.20±9.00）μmol/g]，中效组次之[（46.92±9.48）μmol/g]，低效组OTU最低[（37.23±5.03）μmol/g]；差异有统计学意义（ F=10.383， P=0.001）。而乙酸和丙酸3组间差异均无统计学意义（均 P>0.05）。全组1 387例患者行FMT治疗，总体不良反应事件418例（30.1%）。低效组、中效组及高效组不良反应发生率分别为40.6%（63/155）、30.0%（121/403）及28.2%（243/829），差异具有统计学意义（χ 2=9.568， P=0.008）。低效组、中效组及高效组腹泻发生率分别为7.1%（11/155）、4.0%（16/403）及2.8%（23/829），差异具有统计学意义（χ 2=7.239， P=0.027）。其余各类不良反应发生率的比较，差异均无统计学意义（均 P>0.05）。FMT治疗结束8周后进行随访，总随访率为83.6%（1 160/1 387），总有效率为58.3%（676/1 160）。各类疾病的有效率分别：慢性便秘54.3%（328/604），慢性腹泻88.5%（115/130），IBD 56.1%（55/98），IBS 55.1%（59/107），自闭症61.6%（45/73），其他疾病50.0%（74/148）。3组间在治疗慢性腹泻的疗效差异无统计学意义（均 P>0.05）；治疗IBD、IBS和自闭症有效率与供体疗效存在正相关趋势，但差异未达到统计学意义（均 P>0.05）。在治疗慢性便秘和其他疾病上，高效组的治疗有效率最高[分别为65.0%（243/374）和63.2%（55/87）]，中效组次之[分别为49.4%（86/174）和38.1%（16/42）]，而低效组最差[16.1%（9/56）]，差异均有统计学意义（均 P<0.05）。 结论:不同供体对不同疾病有效率存在差异，慢性便秘、放射性肠损伤等需要选择供体疗效较高的供体，IBD、IBS和自闭症的疗效也可能与供体有效性有关，而慢性腹泻症疗效与供体无关。供体有效率与并发症的发生率成负相关，肠道菌群丰度和多样性及丁酸含量可能影响供体的疗效。

目的:通过16S rDNA基因测序检测复杂性肛瘘患者的肠道菌群分布，探讨其与健康人的菌群分布是否存在差异。方法:采用病例对照研究方法，回顾性收集2020年6月至12月期间杭州市第三人民医院接受手术治疗的30例复杂性肛瘘患者临床资料（复杂性肛瘘组），并按1∶1配比选择本院健康体检人群30例作为对照组（健康对照组）。病例纳入标准：（1）符合腺源性肛瘘诊断的标准，且症状持续3个月以上；（2）术前已行电子结肠镜检查排除肠道炎性反应、炎性肠病等；（3）复杂性肛瘘的定义为符合下面情况之一者：瘘管跨越2/3及以上的肛门括约肌；包含两个以上的外口或瘘管；既往已行肛瘘手术后确认复发者。排除标准：（1）合并有炎性肠病、慢性腹泻或便秘、糖尿病、消化道恶性肿瘤、肝肾功能障碍等；（2）克罗恩病、外伤、特殊感染（如放线菌病和结核病）等引起的肛瘘；（3）近1个月内使用过抗生素、益生元、益生菌等可能影响肠道微生态制剂者；（4）认知缺陷不能配合者。提取研究对象的粪便样本总DNA，扩增细菌16S rDNA基因序列的V4高变区，利用Illumina Miseq平台进行高通量测序，最后进行操作分类单元（OTU）聚类、进行Alpha多样性和LEfSE数据分析，其中Chao指数或ACE指数越大，表明微生物区系的预期物种丰度越高，Simpson指数越小或Shannon指数越大，表明微生物区系多样性越高。两组间性别、年龄、体质指数（BMI）、饮酒吸烟史基线资料比较差异均无统计学意义（均 P>0.05），说明两组具有可比性。本研究观察指标包括两组的测序和质量控制、Alpha多样性分析和物种及其丰度分析以及LEfSE分析。 结果:复杂性肛瘘组与健康对照组的主要优势菌都是厚壁菌门和拟杆菌门，分别占93.4%±32.0%和87.4%±41.2%；在属水平上，复杂性肛瘘组的普雷沃菌属（4.9%±7.4%比0.1%±1.1%， P<0.001）、巨细胞菌属（3.9%±8.2%比0.5%±4.2%， P<0.05）和毛螺菌属（2.6%±5.7%比0.1%±3.4%， P<0.05）的丰度明显更高，而变形菌属（0.02%±4.2%比9.3%±14.4%， P<0.01）、肠球菌属（0.02%±2.3%比9.3%±19.6%， P<0.05）、拟杆菌属（24.7%±9.9%比29.8%±9.1%， P<0.05）和克雷伯菌属（0.4%±4.2%比3.9%±7.3%， P<0.05）相对更低。与健康对照组相比，复杂性肛瘘组肠道菌群多样性更丰富，表现为ACE指数更高［（293.30±44.00）比（218.75±33.83）， t=102.069， P<0.001］，Chao指数也更高［（318.40±41.99）比（250.00±46.38）， t=77.818， P=0.028］，Shannon指数更高［（3.36±0.29）比（2.43±0.34）， t=9.657， P=0.001］；而Simpson指数更低［（0.103±0.013）比（0.131±0.013）， t=5.551， P=0.046］，差异均有统计学意义（均 P<0.05）。韦荣菌科、Selenemondales 及厌氧菌纲（均属于厚壁菌门）的菌株总体上对两组样本肠道菌群差异的影响最大（LDA 值均>4）。 结论:与健康对照组相比，复杂性肛瘘患者肠道菌群多样性更丰富，提示某些肠道菌群及其代谢产物可能在肛瘘发病中发挥了一定的作用。

目的:探讨肠道嗜黏蛋白阿克曼菌(AKK)人群分布特征及其和肥胖关系的剂量效应，为该菌用于肥胖干预提供参考。方法:纳入2008年广东肠道微生物组计划中6 986名包含体重指数、腰围及常见混杂因素包括年龄、性别、舒张压、收缩压、空腹血糖、三酰甘油、总胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇、低密度脂蛋白胆固醇、尿酸的志愿者。根据细菌16S核糖体RNA(16S rRNA)基因测序信息，计算AKK属及其操作分类单元(OTUs)丰度；根据2002年中国肥胖工作组标准，诊断中心性或全身性肥胖。通过多变量 logistic回归，计算AKK菌每升高一个单位，患肥胖风险的 OR(95% CI)值；通过比较AKK菌第1~20分位数 OR值的变化估计AKK对肥胖的剂量效应。 结果:共注释到3种AKK菌(AKK OTU1、AKK OTU2、AKK OTU3)：AKK OTU1及AKK OTU2分布于90%以上人群；AKK OTU3分布于21.7%的人群中；3种OTUs均呈"双峰"分布，但和常见混杂因素的相关性具有差异。AKK OTU1、AKK OTU2及AKK属为肥胖的保护因素，对中心性肥胖的 OR(95% CI)分别为0.95(0.93~0.98)、0.97(0.94~0.99)、0.93(0.91~0.96)，对全身性肥胖的 OR(95% CI)分别为0.88(0.80~0.97)、0.98(0.93~1.02)、0.81(0.74~0.89)；该保护效应在调整常见混杂因素后仍然显著。通过剂量分析可知，AKK菌对中心性肥胖和全身性肥胖的保护效应随其浓度升高而增加，达到显著保护作用的最小剂量分别为1.83%和4.98%。 结论:AKK菌是肥胖的保护因素，但肥胖干预需要考虑AKK菌剂量效应及不同菌种/株水平的差异。

目的:采用rbcL序列对辽宁采集北苍术根茎进行鉴定，为保证辽宁省道地药材栽培可行性提供依据。方法:收集辽宁省10个地区栽培的北苍术根茎共30份，提取总DNA，采用PCR筛选DNA条形码，并对样本的rbcL序列进行扩增、测序，计算扩增成功率和测序成功率；使用MEGA 7.0软件进行序列比对；使用邻接法（NJ）构建系统聚类树。结果:北苍术根茎DNA提取成功率均为93.3%，PCR扩增和测序成功率均为100%。辽宁省30个北苍术样本中，2个样本存在种内变异，其余北苍术的碱基序列均完全相同。北苍术与菊科近缘种苍术属药材距离较近，与菊科其他属植物之间遗传距离较远。NJ树可区分北苍术及其近缘种药材。结论:辽宁省北苍术栽培品质量基本相似，rbcL序列可作为北苍术DNA条形码鉴定的有效序列片段。

目的:基于16S核糖体RNA(rRNA)高通量测序分析特重度烧伤患者肠道菌群的动态变化规律。方法:本前瞻性观察性研究纳入2017年2—6月中国科学院大学宁波华美医院收治的符合入选标准的5例男性特重度烧伤患者(年龄32～48岁)，采集其休克期(伤后3 d内)、急性感染早期(伤后4～14 d)、急性感染中期(伤后15～28 d)、急性感染后期(伤后29 d至出院前1周)及出院前1周内的粪便样本，各时期样本数均为5。使用pH计测定粪便样本的pH值，高通量测序技术对粪便样本的16S rRNA V3、V4区进行测序。QIIME分析软件分析肠道菌群操作分类单元(OTU)数目、α多样性(Chao1指数、Shannon指数)和门、科的相对丰度，非加权组平均法聚类分析肠道菌群β多样性，Tax4Fun预测肠道菌群功能变化。对数据行单因素重复测量方差分析、Bonferroni法、配对样本Wilcoxon秩和检验及Bonferroni校正。结果:(1)本组特重度烧伤患者急性感染早、中期粪便pH值分别为7.40±0.45、7.56±0.45，明显高于休克期的6.68±0.36( P<0.05或 P<0.01)。(2)共获得2 333 584条有效高质量序列，序列长度为415 bp左右，共获得1 209个OTU，所有标本测序覆盖度均达99.0%以上。本组特重度烧伤患者急性感染早、中、后期OTU数目、Chao1指数明显低于休克期( Z值均为2.023， P<0.05)；出院前1周内OTU数目、Chao1指数明显高于急性感染早、中、后期，Shannon指数明显高于急性感染早、中期( Z值均为2.023， P<0.05)。(3)本组特重度烧伤患者休克期样本菌群结构与出院前1周内相似度高，与急性感染早、中、后期相似度低。各个单独样本的分析显示，大部分样本聚类规律与分期样本一致。休克期肠道菌群加权Unifrac距离明显短于急性感染早、中、后期( Z＝3.326、2.570、2.690， P<0.05或 P<0.01)，其他时期肠道菌群加权Unifrac距离相近。(4)门水平上，与休克期比较，急性感染早、中、后期厚壁菌门细菌相对丰度降低，变形菌门和拟杆菌门细菌相对丰度升高；上述3个菌门细菌相对丰度在出院前1周内与休克期相近。伤后不同时期科水平上相对丰度前5的优势菌有较大差异，休克期的前5优势科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期降低。休克期的非优势科如肠杆菌科、链球菌科、拟杆菌科细菌相对丰度在急性感染早、中、后期大幅升高，成为这些时期新的优势科；出院前1周内部分产酸菌科细菌相对丰度恢复至接近休克期水平。(5)急性感染早、中期肠道菌群的某些氨基酸代谢、糖酵解和糖异生、丙酮酸代谢等功能较休克期减弱，急性感染后期肠道菌群某些氨基酸和糖类代谢较休克期增强，休克期与出院前1周内肠道菌群功能基因分布相似。 结论:特重度烧伤患者肠道内环境及菌群结构在急性感染早、中期发生了明显变化，pH值升高，菌群种类及多样性减少，尤其是产酸菌科细菌的相对丰度明显降低，但随着患者治疗结束而恢复。可考虑将粪便pH值和肠道变形菌门及产酸菌科细菌变化作为反映特重度烧伤患者肠道菌群紊乱水平的指标。

目的:探讨头孢噻肟联合左氧氟沙星治疗社区获得性肺炎(CAP)对患者肠道菌群结构和多样性的影响。方法:选择2018年10月至12月浙江省立同德医院感染科收治的CAP住院患者6例，予头孢噻肟注射液2.0 g(1次/8 h)联合左氧氟沙星注射液0.5 g(1次/d)静脉给药治疗，留取患者抗菌药物治疗前和经7 d治疗后粪便样本共12份，采用自身配对设计研究，对治疗前后的粪便样本进行16S核糖体RNA(16S rRNA)测序分析。结果:⑴治疗前和治疗后患者肠道菌群的组成结构：在门水平：厚壁菌门59.2% vs 40.8%，变形菌门18.6% vs 35.5%，拟杆菌门14.8% vs 20.8%，放线菌门5.6% vs 1.2%；在科水平：瘤胃菌科34.5% vs 13.0%、毛螺菌科15.9% vs 9.7%、韦荣球菌科1.8% vs 3.3%、乳杆菌科0.3% vs 8.0%、肠球菌科0.02% vs 5.2%、链球菌科2.9% vs 1.1%、肠杆菌科16.4% vs 34.6%、拟杆菌科13.3% vs 16.8%、紫单胞菌科0.3% vs 3.4%、红蝽杆菌科4.4% vs 0.5%。治疗前后患者肠道菌群的组成结构比较差异无统计学意义( P>0.05)。⑵治疗前和治疗后患者肠道菌群的多样性：OTU值(150.5±59.0) vs (93.2±34.1)， t＝2.72， P＝0.04；Chao1指数(169.25±49.61) vs (117.92±35.06)， t＝3.22， P＝0.02；shannon指数(3.61±0.83) vs (2.31±0.73)， t＝4.54， P＝0.01；simpson指数(0.80±0.10) vs (0.61±0.20)， t＝2.76， P＝0.04。治疗前后患者肠道菌群的多样性比较差异均有统计学意义( P<0.05)。⑶脱硫弧菌为治疗前和治疗后组间差异有统计学意义的菌群，LDA值＝2.03， P＝0.02。 结论:头孢噻肟联合左氧氟沙星治疗一周对CAP患者肠道菌群的多样性有显著影响，治疗后肠道菌群的多样性明显减少，脱硫弧菌是治疗前和治疗后差异有统计学意义的菌种。