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贵州榕江发现井冈两头蛇
编辑人员丨3天前
2023年6月,在贵州省黔东南苗族侗族自治州榕江县采集到两头蛇属(Calamaria)物种1号雄性个体,标本具有以下形态学特征:背鳞13-13-13行,光滑;尾末端背鳞数为5行;上唇鳞4枚,下唇鳞5枚;眶前鳞1枚,眶后鳞1枚;颔片2对,后颔片间接触广泛;腹鳞158枚,尾下鳞20对.生活时头、体背面褐色,具5条细的黑褐色纵线纹,最外侧两行背鳞橙红色,体、尾腹面均匀橙红色.榕江县采集的标本与井冈两头蛇(C jinggangensis)原始描述中提供的形态学鉴定依据相符.线粒体Cyt b基因序列分析显示,本次采集的标本与已知井冈两头蛇样本的遗传距离约为0.85%.综合形态特征比较和系统发育分析,鉴定此次采集的两头蛇属标本为井冈两头蛇,为贵州省爬行动物分布新记录种.
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编辑人员丨3天前
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南洋鼠线粒体基因组结构特征及其属级分类关系的分子证据
编辑人员丨3天前
南洋鼠(Chiromyscus langbianis)是亚洲特有的一种树栖鼠类,其属级分类一直存在争议,不同的分类系统将其归入白腹鼠属(Niviventer)或费氏树鼠属(Chiromyscus),影响了对其生物学特性的认识.本研究旨在通过测定和分析南洋鼠的线粒体基因组,探讨其线粒体基因组结构特征,并利用近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)和最大似然法(maximum likeli-hood method,ML)构建22个近缘物种线粒体基因组的系统发育树,厘清南洋鼠的属级分类关系.结果表明,南洋鼠线粒体基因组总长度为16 288 bp,包含22个tRNA基因、13个蛋白编码基因、2个rRNA基因和一段非编码区(non-coding region,NCR),线粒体基因组碱基组成为 A 36.6%、T 28.9%、G 15.0%和 C 19.5%,AT 偏斜(AT-skew)为 0.092,GC 偏斜(GC-skew)为-0.337.在22个tRNA基因中,除tRNASer(AGY)缺少D环外,其余的21个tRNA基因均能够折叠成典型的三叶草结构.同时,部分tRNA基因,如tRNAPhe出现了A-A,tRNAVa1、tRNALeu、tRNAI1e出现了C-U等非经典配对,以维持tRNA二级结构的稳定性.基于近邻相接法和最大似然法构建的系统发育树表明,南洋鼠与费氏树鼠属的亲缘关系更近.进一步基于线粒体Cytb和Cox1构建的系统发育树及遗传距离分析结果,均支持南洋鼠划入费氏树鼠属.本研究为南洋鼠的分类地位和系统发育关系提供了分子证据,也为其种群遗传学的研究提供了数据参考.
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编辑人员丨3天前
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凋亡通路基因的遗传变异与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应有关
编辑人员丨3天前
目的:探讨凋亡通路相关基因的遗传变异与直肠癌患者术后同步放化疗不良反应的关系。方法:选择362例接受术后同步放化疗的Ⅱ~Ⅲ期直肠癌患者,同步放化疗前抽取静脉血,采用Sequenom MassARRAY检测凋亡通路中的Fas细胞表面死亡受体(FAS)、Fas配体(FASL)、凋亡蛋白活性因子1(APAF1)、Bcl-2相关X蛋白(BAX)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体(TRAIL)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体受体1(TRAILR1)、肿瘤坏死因子相关凋亡诱导配体受体2(TRAILR2)和半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶7(CASP7)基因共29个标签单核苷酸多态位点(htSNP)的基因型,分析基因型与放化疗不良反应之间的关系。基因型与放化疗不良反应的关联分析采用非条件Logistic回归模型。结果:362例患者接受全直肠系膜切除手术后,行照射总剂量为50 Gy、化疗方案为卡培他滨单药的同步放化疗。106例(29.3%)发生≥2级骨髓抑制,FAS rs1468063 ( OR=1.51,95% CI为1.07~2.15, P=0.020)、APAF1 rs11296996( OR=0.69,95% CI为0.49~0.98, P=0.039)、BAX rs4645904( OR=0.69,95% CI为0.50~0.97, P=0.030)与该不良反应发生有关。161例(44.5%)患者发生≥2级的腹泻,APAF1 rs11296996( OR=1.42,95% CI为1.02~2.00, P=0.040)和rs74619561( OR=2.16,95% CI为1.27~3.68, P=0.005)、CASP7 rs12263370( OR=1.67,95% CI为1.05~2.66, P=0.029)和rs12247479( OR=1.85,95% CI为1.12~3.08, P=0.017)、TRAIL rs112822654 ( OR=0.68,95% CI为0.48~0.96, P=0.027)与该不良反应发生有关。其余位点与直肠癌放化疗不良反应的发生无关(均 P>0.05)。直肠癌患者的性别与中重度骨髓抑制的发生有关( P=0.046);手术方式、病灶距齿状线距离与中重度腹泻的发生有关(均 P<0.001),也与中重度放射性皮炎的发生有关(均 P<0.05)。 结论:凋亡通路相关基因FAS、APAF1、BAX、TRAIL和CASP7遗传变异与直肠癌患者接受术后同步放化疗不良反应的发生有关,可能作为直肠癌个体化治疗的潜在遗传生物标志物。
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编辑人员丨3天前
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云南省艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型毒株 gag基因的变异特征
编辑人员丨3天前
目的:调查云南省4个艾滋病主要流行地区人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)毒株 gag基因序列的变异特征。 方法:利用完全随机抽样法抽取2019年1月至2020年12月云南省昆明市、德宏傣族景颇族自治州、红河哈尼族彝族自治州和临沧市抗病毒治疗定点机构进行随访治疗的480例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染/艾滋病患者,收集其流行病学信息,采集血浆标本后送至云南省传染病医院进行分析,采用巢式聚合酶链反应扩增HIV-1 gag基因,并进行基因分型,采用MEGA 6.06软件构建系统进化树,采用VESPA在线分析工具分析特征性氨基酸,采用Distance程序计算 gag,以及gag蛋白不同区段的基质蛋白p17、衣壳蛋白p24、核衣壳蛋白p7及p6蛋白的基因距离。采用SNAP程序分析同义突变频率与非同义突变频率比值(Ks/Ka值)。多组间统计学比较采用方差分析。 结果:404例患者成功获得 gag基因序列,其中以男性居多(250例,61.9%),年龄为40~59岁者占59.7%(241/404),传播途径主要为异性性传播(61.4%, 248/404)。主要流行的HIV-1亚型依次为流行重组型(circulating recombinant form, CRF)08_BC 155例(38.4%),CRF01_AE 74例(18.3%),独特重组型(unique rebombinant form,URF)52例(12.9%)、CRF07_BC 39例(9.7%),C亚型34例(8.4%),其他亚型28例(6.9%),B亚型22例(5.4%)。构建系统进化树发现,CRF08_BC亚型形成了2个主要传播簇,2个传播簇间共有8个位点的特征性氨基酸分布存在显著差异,分别为第79、93、121、122、151、363、395和396位点。CRF01_AE、CRF07_BC和CRF08_BC的 gag基因距离分别为0.090±0.004、0.088±0.004和0.078±0.002,差异有统计学意义( F=118.33, P<0.001)。3种主要亚型中, gag区段的Ks/Ka值分别为4.003±1.309、4.141±0.860和4.514±1.215,差异有统计学意义( F=1.35, P<0.001);p17区段的Ks/Ka值分别为2.590±0.186、2.831±0.496和2.936±0.475,差异有统计学意义( F=1.59, P<0.001);p24区段的Ks/Ka值分别为12.579±1.116、10.185±0.494和8.522±0.595,差异有统计学意义( F=1.61, P<0.001);p7区段的Ks/Ka值分别为10.850±0.711、9.717±0.932和8.522±0.026,差异有统计学意义( F=4.24, P<0.001);p6区段的Ks/Ka值分别为3.122±0.134、3.040±1.498和4.841±0.353,差异有统计学意义( F=10.68, P<0.001)。 结论:云南省4个地区中主要流行的亚型为CRF08_BC亚型,CRF08_BC的不同传播簇形成了不同的氨基酸组成模式,不同亚型 gag基因不同区段的变异程度不同,应加强对HIV变异毒株的监测,控制其流行蔓延。
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编辑人员丨3天前
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降低斑马鱼cntnap2表达建立注意缺陷多动障碍遗传模型
编辑人员丨3天前
目的:通过降低斑马鱼接触蛋白相关蛋白基因2(contact protein-related protein gene 2, cntnap2)表达,建立注意缺陷多动障碍(attention-deficit/hyperactivity disorder,ADHD)遗传模型。方法:以注射剪接抑制型吗啉代寡聚核糖核酸降低cntnap2表达的斑马鱼作为实验组( n=48),注射随机寡核苷酸片段的斑马鱼作为对照组( n=48),通过原位杂交观察斑马鱼神经递质系统相关基因th、dbh、gad1b、glyt2、vglut2表达的变化,使用实时荧光定量PCR检测神经递质系统及神经元发育相关基因表达量变化。使用斑马鱼行为轨迹跟踪系统记录(Noldus行为仪)检测cntnap2表达降低后多动/冲动行为及托莫西汀对多动/冲动行为的改善作用。 结果:原位杂交实验结果显示实验组较对照组神经递质系统相关基因dbh表达减少,gad1b表达增加;th、glyt2、vglut2表达未见明显差异。实时荧光定量PCR显示实验组较对照组神经递质系统相关基因dbh表达降低( t=5.772, P=0.005),snap25、dat、gad1b表达增高( t=14.310、22.210、22.090,均 P<0.01);神经元发育相关基因shha、epha4b、netrin1b、noi及神经递质系统相关基因drd4、th、vglut2、glyt2表达差异均无统计学意义。6 dpf时药物未处理实验组较药物未处理对照组幼鱼游动总距离长 [143.12(98.56, 212.22) cm 与99.03(80.54, 133.96) cm, Z=-3.547, P<0.01],平均游动速度快[0.050(0.041, 0.067) cm/s与0.033(0.025, 0.042) cm/s, Z=-5.495, P<0.01];经托莫西汀处理后,实验组药物处理较药物未处理幼鱼游动总距离减少[106.59(95.28, 120.10) cm与143.12(98.56, 212.22) cm, Z=-3.591, P<0.01],平均游动速度减慢[0.031(0.028, 0.037) cm/s与0.050(0.041, 0.067) cm/s, Z=-7.035, P<0.01]。 结论:cntnap2表达降低斑马鱼可通过改变dbh、snap25、dat、gad1b表达量而产生多动/冲动表型,托莫西汀可有效缓解多动/冲动表型,cntnap2表达降低斑马鱼可作为ADHD遗传模型。
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编辑人员丨3天前
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肱骨髁上突的影像学特征分析
编辑人员丨3天前
目的:探讨肱骨髁上突的影像学特征。方法:回顾性分析2013年7月—2019年4月扬州大学附属医院放射科14例肱骨髁上突患者的影像学资料,男11例、女3例,年龄2~86[33(22,48)]岁,髁上突位于左侧肱骨8例、右侧肱骨6例。14例患者均行数字化X线摄影(DR),其中6例行多层螺旋CT(MSCT)检查。测量和计算肱骨髁上突的相对长度比(肱骨侧位DR片髁上突长度与髁上突根部肱骨横径比值)、距肱骨内上髁的相对距离比(肱骨髁上突距肱骨髁上的距离绝对值与髁上突根部肱骨横径比值)、体部与肱骨干远端的夹角,观察基底宽或窄、尖端指向以及有无骨髓腔与软骨帽。结果:14例患者变异侧肱骨下段前内侧见骨性棘状物突起,相对长度比为0.44±0.13,距肱骨内上髁相对距离比为1.87±0.28,体部向肘关节倾斜或与肱骨干垂直,体部与肱骨干远端的夹角为63.60°±21.20°。14例肱骨髁上突均为宽基底,前端尖细、指向内上髁,骨性突起的境界清楚,密度略低于或基本等同于骨皮质密度,未见软骨帽及骨髓腔。结论:肱骨髁上突的特征性影像学表现为距肱骨内上髁3~8 cm处肱骨下段前内侧,起源于肱骨骨皮质的鸟嘴状或棘状骨性突起,基底较宽,尖端较细并指向肘关节方向,体部向肘关节倾斜或与肱骨干垂直,无骨髓腔与软骨帽。
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编辑人员丨3天前
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NIPT-PLUS检测7-三体假阳性合并18-三体假阴性的遗传学分析
编辑人员丨3天前
目的:探讨1例扩展性无创产前检测(NIPT-PLUS)提示7-三体和产前诊断提示18-三体结果不一致的原因。方法:选取2020年7月5日于焦作市妇幼保健院进行遗传咨询的1例孕妇为研究对象。对孕妇进行NIPT-PLUS检测、系统超声检查及介入性产前诊断。引产后分别取脐带中间段、母亲面胎盘中心、母亲面胎盘边缘、胎儿面脐带根部、胎儿面胎盘边缘及胎儿面胎盘中心6个位置组织,行拷贝数变异测序(CNV-seq)检测进行验证。结果:NIPT-PLUS结果提示胎儿为7-三体,系统超声提示胎儿房室间隔缺损、马蹄肾、摇椅足等多发畸形,羊水QF-PCR、核型分析和CNV-seq结果均提示胎儿为18-三体,证实胎儿为NIPT-PLUS检测7-三体假阳性合并18-三体假阴性。引产后胎盘验证结果显示脐带中间段为18-三体,胎儿面胎盘中心为7-三体,胎盘其他位置均呈现7-三体和18-三体嵌合现象,且距离脐带越远,18-三体嵌合比例越低。结论:本研究NIPT-PLUS检测7-三体假阳性合并18-三体假阴性由胎盘嵌合所致。当NIPT-PLUS检测提示非整倍体时,需进行严格产前诊断以排除胎盘嵌合对误诊的影响。
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编辑人员丨3天前
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云南省大理白族自治州亚洲带绦虫线粒体Cytb基因遗传多样性分析
编辑人员丨3天前
目的:了解云南省大理白族自治州(简称大理州)亚洲带绦虫线粒体细胞色素b(Cytb)基因的遗传多样性。方法:2019年5月至2021年8月,在大理州血吸虫病防治研究所收治的绦虫病患者中,共采集131份带绦虫样本,涉及大理市(58份),巍山彝族回族自治县(简称巍山县,14份),弥渡县(18份),漾濞彝族自治县(简称漾濞县,24份),洱源县(17份)5个地区(即5个群体)。基于线粒体Cytb基因序列设计引物,采用PCR法扩增Cytb基因部分序列,并进行测序及同源性比对;使用MEGA 7.0、DNASP 5.10.01软件对测得序列进行分析,得到碱基组成、遗传距离、遗传多样性参数、遗传分化指数、基因流等数据。结果:131份带绦虫样本的Cytb基因扩增片段大小均为235 bp,经同源性比对均为亚洲带绦虫,A、T、G、C碱基的平均含量分别为23.8%、42.3%、24.0%、9.9%。131份亚洲带绦虫样本,共定义12个单倍型,单倍型多样性和核酸多样性分别为0.295 9和0.006 0;5个群体间的遗传分化指数和基因流范围分别为- 0.053 00~0.050 40和4.710 31~162.087 66。5个群体间的遗传距离范围为0.003 5~0.009 0,其中弥渡县与巍山县的遗传距离最大,大理市与漾濞县的遗传距离最小。结论:大理州亚洲带绦虫线粒体Cytb基因具有丰富的遗传多样性,各群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。
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编辑人员丨3天前
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基于rbcL序列的辽宁省苍术药材DNA条形码研究
编辑人员丨3天前
目的:采用rbcL序列对辽宁采集北苍术根茎进行鉴定,为保证辽宁省道地药材栽培可行性提供依据。方法:收集辽宁省10个地区栽培的北苍术根茎共30份,提取总DNA,采用PCR筛选DNA条形码,并对样本的rbcL序列进行扩增、测序,计算扩增成功率和测序成功率;使用MEGA 7.0软件进行序列比对;使用邻接法(NJ)构建系统聚类树。结果:北苍术根茎DNA提取成功率均为93.3%,PCR扩增和测序成功率均为100%。辽宁省30个北苍术样本中,2个样本存在种内变异,其余北苍术的碱基序列均完全相同。北苍术与菊科近缘种苍术属药材距离较近,与菊科其他属植物之间遗传距离较远。NJ树可区分北苍术及其近缘种药材。结论:辽宁省北苍术栽培品质量基本相似,rbcL序列可作为北苍术DNA条形码鉴定的有效序列片段。
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编辑人员丨3天前
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浙江省北部区域人类免疫缺陷病毒1型的分子传播特征
编辑人员丨3天前
目的:通过构建浙江省北部区域(嘉兴市和湖州市)人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)流行株的分子传播网络,探索HIV-1在该区域的传播特征。方法:以2017年嘉兴市和湖州市新诊断的371例人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染者/艾滋病(acquired immunodeficiency syndrome,AIDS)患者为研究对象,采集其血样并收集其基本人口学及流行病学信息。从血浆中提取RNA,运用反转录聚合酶链反应和巢式聚合酶链反应扩增HIV-1 pol区基因序列,构建进化树判定亚型。计算两两序列间的基因距离,筛选最佳基因遗传距离阈值,构建分子传播网络。统计学方法采用 χ2检验。 结果:成功获得336份样本的 pol区基因序列,共检出11种亚型,以流行重组型(circulating recombinant form,CRF)07_BC亚型[40.8%(137/336)]和CRF01_AE亚型[31.2%(105/336)]为主。以1.0%的基因遗传距离阈值绘制HIV-1分子传播网络,119例患者共形成38个分子簇(簇内患者数为2~28例),以男性为主[82.4%(98/119)] ,以年龄≥40岁者居多[52.9%(63/119)],主要感染CRF07_BC亚型[57.1%(68/119)]和CRF01_AE亚型[24.4%(29/119)],其中CRF07_BC入网率[49.6%(68/137)]高于CRF01_AE入网率[27.6%(29/105)],差异有统计学意义( χ2=5.27, P=0.022);存在2个较大分子簇C1(含28例患者)和C2(含11例患者),C1中男男同性传播占60.7%(17/28),C2中男男同性传播有7例。高传播风险病例普遍通过手机交友软件在本地或邻近城市寻找性伴侣,所感染的HIV-1序列多与其他经济发达地区(广东省、北京市和杭州市等)的HIV-1毒株序列存在较高同源性。 结论:浙江省嘉兴市和湖州市的HIV-1亚型多样,以CRF07_BC和CRF01_AE为主。该地区HIV-1传播网络特征复杂,其中高传播风险病例可能是导致浙江省北部区域HIV-1流行的关键因素,因此亟需深化传播网络监测体系,及时制订精准干预和防治策略。
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编辑人员丨3天前
