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基于网络药理学探讨温胆汤治疗高血压分子机制
编辑人员丨4天前
目的:运用网络药理学探讨温胆汤治疗高血压的分子机制。方法:通过TCMSP和中医药整合药理学研究平台(TCMIP)筛选温胆汤的潜在活性成分和作用靶点,通过药物靶标数据库(TTD)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、GeneCards数据库收集高血压疾病靶点,STRING数据库进行蛋白相互作用分析,采用Cytoscape v3.7.1构建网络,再用ClueGO进行GO功能和KEGG通路富集分析,最后以适合的分子和靶点进行分子对接。结果:共筛选出温胆汤141个潜在活性成分和108个潜在治疗靶点;通过cytoHubba中MCC算法筛选出排位前20的核心靶点,GO分析包含164条显著性条目,包括生物过程133条、分子功能24条、细胞定位7条。KEGG通路富集筛选出7条枢纽通路,且活性成分与靶点间对接良好。结论:温胆汤可通过多途径、多靶点治疗高血压,可为其临床应用提供数据。
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编辑人员丨4天前
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基于UPLC-Q/TOF-MS整合网络药理学的刺五加注射液治疗缺血性脑卒中作用机制研究
编辑人员丨4天前
目的:运用超高效液相色谱-飞行时间质谱联用技术(UPLC-Q/TOF-MS)整合网络药理学研究刺五加注射液治疗缺血性脑卒中的物质基础及潜在作用机制。方法:利用UPLC-Q/TOF-MS鉴定刺五加注射液的化学成分,通过Swiss Target Prediction、GeneCards和OMIM数据库预测刺五加注射液治疗缺血性脑卒中的潜在作用靶点,利用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,通过Omicshare平台对治疗靶点进行GO和KEGG富集分析,运用Autodock软件进行分子对接。结果:分析鉴定了刺五加注射液中53种成分,并以此为基础得到刺五加注射液治疗缺血性脑卒中的相关靶点189个及10个核心靶点,反向筛选发现刺五加注射液中的25个成分可能是治疗缺血性脑卒中的主要有效成分;KEGG富集结果显示,刺五加注射液可能主要通过调节PI3K-Akt信号通路来治疗缺血性脑卒中。结论:刺五加注射液治疗缺血性脑卒中的作用机制可能与抑制炎症反应、抗氧化应激、促进血管新生和保护神经细胞等作用有关。
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编辑人员丨4天前
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基于网络药理学的柴芩清宁胶囊治疗上呼吸道感染的机制
编辑人员丨4天前
目的:使用网络药理学分析柴芩清宁胶囊治疗上呼吸道感染的机制。方法:以柴芩清宁胶囊的主要成分黄芩苷、柴胡、人工牛黄为研究对象,在中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)和中国中药整合数据库(TCMID)筛选活性成分,通过Drugbank和TCMSP数据库进行靶点预测分析;通过Genecards、人类在线孟德尔遗传平台(OMIM)、MalaCards数据库筛选出上呼吸道感染疾病相关基因;采用omicshare平台对药物靶点和疾病靶点进行匹配;使用Uniprot数据库和Cystoscope软件构建蛋白质相互作用网络;用Cystoscope软件构建"化合物-靶点-作用通路"网络图,对柴芩清宁胶囊关键作用靶点进行生物功能及代谢通路分析。结果:柴芩清宁胶囊20个化合物对应的215个靶标,上呼吸道感染相关基因102个,化合物对应靶点与疾病相关靶点取交集,共得到18个共有靶基因,柴芩清宁胶囊治疗上呼吸道感染的互作网络靶标合集,56个靶点共形成986条蛋白互作关系。其中673条互作关系≥0.9,为置信度高的互作对。对潜在靶点进行拓扑学参数分析发现,共18个基因为柴芩清宁胶囊治疗上呼吸道感染的靶点。通过对这些关键基因进行KEGG通路富集分析发现,这些基因主要富集到免疫系统活化、应激反应、炎症因子释放、凋亡进程、细胞增殖、胞内氧化代谢等相关的信号通路中。结论:柴芩清宁胶囊通过多成分、多靶点、多通路影响免疫系统活化、应激反应、炎症因子释放、凋亡进程、细胞增殖、胞内氧化代谢等信号通路及病理生理学进程,从而起到治疗上呼吸道感染的作用。
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编辑人员丨4天前
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基于网络药理学和实验验证探究角药"黄芩-知母-石膏"治疗流感病毒性肺炎的机制
编辑人员丨4天前
目的:揭示角药"黄芩-知母-石膏"治疗流感病毒性肺炎可能的作用机制。方法:通过传统中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systematic pharmacology,TCMSP)、中药分子机制生物信息学分析网络(Bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of traditional Chinese medicine,BATMAN-TCM)、基因和化学物质相互作用预测数据库(search tool for interacting chemicals,STITCH)筛选黄芩、知母和石膏的活性成分并进行靶点预测,通过人类基因数据库(GeneCards)获取流感病毒性肺炎的疾病靶点。将药物与疾病的共同靶点导入蛋白相互作用数据库(STRING)进行蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,利用Cytoscape 3.9.1软件构建药物-活性成分-靶点网络和核心靶点网络,利用注释及可视化整合分析工具(database for annotation,visualization and integrated discovery,DAVID)进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,随后构建流感病毒性肺炎动物模型,通过苏木素-伊红(Hematoxylin-Eosin,HE)染色观察肺组织病变情况,实时荧光定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)法验证网络药理学分析所得靶点。结果:研究共获取黄芩、知母、石膏的活性成分51个,相关靶点305个,其中与流感病毒性肺炎靶点重合的靶点有80个,关键靶点包括白细胞介素-6(interleukin 6,IL6)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、白细胞介素-1β(interleukin 1β,IL1B)、骨髓趋化因子2(C-C motif chemokine ligand 2,CCL2)等。GO富集共得到432个富集结果,KEGG富集分析共获得143个富集结果。动物实验表明,"黄芩-知母-石膏"能够显著改善流感病毒性肺炎小鼠的肺指数,减轻肺组织炎症,调节IL6、TNFA、IL1B、CCL2、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAC-alpha serine/threonine-protein kinase,AKT1)、胱天蛋白酶3(Caspase-3,CASP3)等关键基因表达。结论:角药"黄芩-知母-石膏"可以通过调控细胞凋亡、减轻炎症反应改善流感病毒性肺炎,本研究为该药物组合的深入研究和临床推广提供了依据。
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编辑人员丨4天前
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诃子-珍珠干预脑卒中"解毒"机制分子对接研究
编辑人员丨4天前
目的:通过网络药理学方法及分子对接技术,分析蒙药嘎日迪十三味丸中诃子-珍珠干预脑卒中的药效物质基础、作用靶点及作用通路,为理解其"解毒"机制奠定基础。方法:利用中医药整合药理学研究平台(TCMIP)、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具(BATMAN-TCM)预测诃子-珍珠成分靶点,利用GeneCards数据库检索脑卒中相关靶点。将2个平台的重叠靶点导入Metascape软件,进行GO生物过程分析、KEGG通路分析。应用LEDOKE进行关键分子及靶点的分子对接。结果:共收集诃子-珍珠活性成分22个,预测得到与脑卒中相关靶点217个。其中1-O-没食子酰基-葡萄糖、铜、鞣花酸、诃子鞣酸、科里拉京等为诃子-珍珠发挥"解毒"作用的关键物质,IL6、TNF、热休克蛋白90 AA1 (HSP90AA1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、CASP3、孕烷X受体(NR1I2)、维生素K环氧化物还原酶复合体亚单位1(VKORC1)、Na +/K +ATP酶A1亚基(ATP1A1)等靶点为其"解毒"关键靶点。这些靶点显著富集在有机环状化合物的细胞反应、体液水平调节、止血、对类固醇激素的反应、类固醇代谢过程、凝血等生物过程及氮代谢、IL-17信号通路等通路。分子对接从计算机模拟层面上验证了前期预测结果的准确性。 结论:诃子-珍珠干预脑卒中的过程与清除有害代谢产物、平息体内的炎症反应密切相关,与现代医学对脑卒中的病理过程的研究结论相符,也与蒙医理论对"邪毒"的阐释相符。
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编辑人员丨4天前
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基于网络药理学探讨养阴益气合剂在肺炎恢复期的作用机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨院内制剂养阴益气合剂对不同类型肺炎恢复期的作用机制,以期为肺炎的中药防治提供更多的临床选择。方法:基于异病同治理论,借助中医药整合药理学研究平台(TCMIP)V 2.0,对养阴益气合剂中药有效成分、作用靶点、疾病靶点进行筛选,利用Cytoscape软件构建“疾病-靶点-方药”网络,对关键靶点进行Reactome富集分析。结果:确立了7个不同类型肺炎恢复期临床表现,包括乏力(Fatigue)、气短(Tachypnea)、口渴(Xerostomia)、心悸(Palpitations)、汗多(Hyperhidrosis)、纳差(Poor Appetite)、咳嗽(Cough)。获得养阴益气合剂全方化学成分276个,“疾病-方药”关键核心靶点177个,药物与疾病共有靶点37个,关键靶点与细胞代谢、细胞凋亡、炎症反应及免疫应答、应激反应等相关。合剂中黄精与肺炎恢复期的7个病症有17个共有靶点。Reactome富集分析显示,养阴益气合剂治疗不同类型肺炎恢复期主要症状的核心基因参与的通路主要富集在:通过调控基因与蛋白质翻译,影响病毒或细胞功能;机体免疫调节及炎症反应;调节机体神经系统功能;防止病毒感染型癌变。结论:养阴益气合剂有效成分可能通过干预PIK3CA、MAPK3、BCL2、NFκB2等靶点调节PI3K、IL-4、IL-13、抑制性卡巴蛋白(IκBα)表达,促进肺炎的恢复。本研究可为不同类型肺炎恢复期的中药防治提供理论依据。
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编辑人员丨4天前
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基于数据挖掘与网络药理学探析王雪峰教授运用中药治疗小儿脑瘫用药规律及作用机制
编辑人员丨2024/8/31
目的 运用数据挖掘和网络药理学技术探究王雪峰教授运用中药治疗小儿脑瘫的用药规律和潜在作用机制.方法 通过Excel、OriginPro 2021、IBM SPSS Modeler 18.0等软件整合王雪峰教授近年临床医案,对其进行数据挖掘,总结核心处方及用药规律;将核心处方通过BATMAN-TCM、GeneCards、OMIM、TTD等数据库提取核心药物和疾病的潜在基因靶点,通过Venny 2.1.0提取交集基因,其结果依次进行蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)分析,基因本体分析以及信号通路富集分析,最后通过Cytoscape 3.7.2构建"药物-成分-靶点-通路-疾病"网络.结果 共纳入临床医案97则,涉及辨证论治处方97个,中药126味,其中21味高频中药,性味以温、甘、辛为主,主要归脾、肝、肺经;聚类分析得到5个有效聚类群;关联分析得到113条关联规则,并总结出王雪峰教授治疗脑瘫的核心处方为"白芍-甘草-大枣-黄芪-桂枝-茯苓";核心处方有效活性成分158个,涉及基因靶点621个,疾病靶点974个,药物与疾病交集靶点67个;PPI网络分析共得到67个节点,304条边,平均节点度值9.07;基因本体(gene ontology,GO)分析中涉及生物过程(biological process,BP)229条,细胞组成(cellular component,CC)57条,分子功能(molecular function,MF)59条.京都基因和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析出71条信号通路;复杂网络分析共有793个节点,2107条边,度值阈值为5.314,平均度值2.03.茯苓酸B(Poricoic Acid B)、芍药内酯苷(Albiflorin)以及乳酸菌素(Lactiflorin)可能是治疗脑瘫发挥关键作用的活性成分.结论 王雪峰教授治疗脑瘫从肝脾论治,以补虚扶正、和血通痹为治疗大法,选用黄芪桂枝五物汤为底方临证加减疗效确切,有理可依,有据可循.
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编辑人员丨2024/8/31
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整合网络药理学和体外实验探究夏枯草-半枝莲药对治疗乳腺癌的作用及机制
编辑人员丨2024/8/17
目的 采用网络药理学和体外细胞实验探究夏枯草-半枝莲药对抗乳腺癌的作用机制.方法 运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选出夏枯草-半枝莲药对的有效成分和靶点;利用GeneCards、OMIM数据库找到乳腺癌靶点,进而构建药物-活性成分-关键靶点网络和蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;运用R语言进行GO功能和KEGG通路富集分析以及生存分析;将筛选出的活性成分和核心靶点进行分子对接验证;采用CCK-8法检测细胞活力;EdU、流式实验检测细胞增殖和凋亡情况;Western blot法检测p-AKT1、AKT1、β-catenin和c-MYC的蛋白表达水平.结果 通过数据分析共筛选出有效成分36个,交集靶点105个,其核心成分是槲皮素、木犀草素、山奈酚、汉黄芩素、黄芩素;通过PPI和生存分析得出其关键靶点是AKT1、ESR1、CASP3、MYC;GO分析共包含4 303条富集结果,KEGG分析共包含232条通路;分子对接显示核心成分与关键靶点均具有较强的结合能力.细胞实验证明,核心活性成分槲皮素可以抑制乳腺癌细胞的增殖并促进其凋亡(P<0.05),下调p-AKT1、β-cate-nin和c-MYC蛋白的表达水平(P<0.05).结论 夏枯草-半枝莲药对中活性成分槲皮素可能通过AKT1/β-catenin信号通路来发挥作用,为其治疗乳腺癌的作用机制研究提供了科学参考.
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编辑人员丨2024/8/17
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中药定量药理学的研究实践与思考
编辑人员丨2024/8/17
定量药理学是一门运用数理统计方法定量表征药理作用规律的交叉学科,可通过建模与模拟技术预测药物的药动学、药效学及疾病机制和实验进程等,在化学药/生物药的创新研发中已体现出良好的应用价值.近年来,国内外研究者对于定量药理技术在中药领域的应用也做了有益的尝试,但由于成分复杂、物质基础不明确等原因,中药定量药理学的技术难度较大,仍处于实验探索阶段.通过结合近年来定量药理技术在中药研发中的研究实践,论述了相关模型的特点和适用场景,同时根据中药多组分、多靶点、协同起效、多相代谢等固有特征,认为基于"药代成分群-生物标志物群相关性"的多维整合研究思路是符合中医药特色的研发模式,有助于实现中药的量-时-毒/效数智化创新.为认识定量药理技术在中药研发中的价值,理解中药定量药理研究的特点提供依据,同时为中药新药研发技术指南的制定提供参考.
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编辑人员丨2024/8/17
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基于用药网络、靶点网络和分子对接技术的中药治疗气阴两虚兼血瘀型糖尿病肾病临床用药机制探究
编辑人员丨2024/8/17
目的:通过整合用药网络及靶点网络分析中药治疗糖尿病肾病气阴两虚兼血瘀证的组方规律及其具体药理机制,为临床治疗提供科学依据并为新药研发提供参考.方法:以"糖尿病肾病""气阴两虚""血瘀"为主题词,在中国知网、维普资讯中文期刊服务平台、万方医学网数据库的相关文献中提取符合纳入、排除标准的方药并建立方药数据库,运用古今医案云平台进行数据统计并进行用药网络相关分析,筛选出核心药对及核心处方;通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选出核心处方药物的有效化学成分及其相关靶点、糖尿病肾病的靶点,并取两者的交集靶点.利用Cytoscape 3.9.1 软件及相关插件构建药物-有效活性成分-交集靶点-疾病网络及交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行聚类分析、基因本体(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:最终纳入 229 篇文献,筛选出 172 首方剂,涉及 379 味中药.治疗糖尿病肾病气阴两虚兼血瘀证方药中的高频药物药性多平、寒、微寒、温,药味多辛、甘、苦.常用配伍是丹参与黄芪、泽泻与茯苓、当归与黄芪.用药网络分析得到气阴两虚兼血瘀型糖尿病肾病的核心处方为六味地黄汤合当归补血汤加丹参、金樱子、芡实.核心处方的关键成分为槲皮素、木犀草素、山柰酚、泽泻醇B、芒柄花素等,核心靶点为细胞骨架肌动蛋白(ACTB)、Janus激酶 2(JAK2)、细胞间黏附分子-1(ICAM-1)、血管细胞黏附分子 1(VCAM1)、白细胞介素-4(IL-4)等关键蛋白靶点,可能参与晚期糖基化终产物(AGEs)-晚期糖基化终产物受体(RAGE)信号通路、JAK2-信号传导及转录激活蛋白(STAT)信号通路等.分子对接结果表明,网络药理学所预测的核心靶点中的JAK2、ICAM-1、VCAM1、IL-4 与关键活性成分稳定结合.结论:中医药治疗气阴两虚兼血瘀型糖尿病肾病的核心处方可通过多个活性成分,作用于多靶点、多通路发挥疗效,可为临床治疗糖尿病肾病药物的应用及研发提供参考.
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编辑人员丨2024/8/17
