目的:探讨核型分析及基于二代测序技术的基因组拷贝数变异测序(copy number variation sequencing，CNV-Seq)对于超声异常胎儿的诊断价值。方法:采用CNV-Seq及核型分析技术检测201例超声异常胎儿的羊水标本。结果:在201例样本中，染色体核型分析检出17例异常核型(8.46%)，包括非整倍体异常15例(7.46%)，其中21三体7例、18三体4例、其他4例。71.43%的21三体胎儿超声表现为不同程度的脑室扩张或合并其他超声异常，75%的18三体胎儿超声表现为脉络丛囊肿；两种检测方法有17.64%(3/17)的染色体异常结果存在差异，均为非整倍体的嵌合体。在184例核型分析正常的标本中，CNV-Seq额外检出了11例CNVs(5.98%)，包含6例明确致病性CNVs，5例致病性未知(variants of unknown significance，VOUS)CNVs。结论:不论是胎儿超声软指标高风险还是结构异常，核型分析及CNV-Seq技术相结合的方法进行产前诊断是准确且有效的方法。

目的:了解和评价北京市不同医院病理科结直肠癌病理报告规范性程度及诊断差异，寻找解决方法。方法:通过结直肠癌规范化病理报告调查问卷、结直肠癌及相关癌前病变病理答题及上传结直肠癌取材报告3部分综合评估。结果:本次质控项目完整完成所有问卷的有54家，其中三甲医院34家，三乙医院15家，二甲医院5家。一共有42家医院病理科（77.8%，42/54）使用了规范化报告，在规范化报告要求的14项诊断指标中，所有单位均报告了结直肠癌组织学类型及肿瘤浸润深度；90%以上的单位均报告了肿瘤部位，且使用三径描述肿瘤大小，报告中均描述了切缘及脉管受累情况；但仍有62.2%的病例未报肿瘤出芽情况，22.7%的病例未报告神经侵犯情况。所有病例中，90.1%的病例均使用免疫组织化学方法检测了错配修复（MMR）蛋白缺失的状态；使用PCR及二代测序检查微卫星不稳定（MSI）状态的病例占比分别为7.1%及6.1%，同时检测MMR和MSI的病例数占比9.2%。结直肠癌及相关病变的病理诊断答题结果显示，对于绒毛管状腺瘤伴高级别异型增生、无蒂锯齿状病变、幼年性息肉的诊断正确率分别为85.2%、79.6%及90.7%。直肠乙状结肠交界处大息肉的内镜黏膜切除术（EMR）切除标本，诊断、浸润癌级别、浸润深度、肿瘤出芽级别、脉管癌栓状况、基底切缘加侧切缘状况正确率分别为98.2%、94.4%、72.2%、85.2%、88.9%、90.7%。升结肠癌根治标本，诊断、环周切缘、肿瘤出芽级别、脉管癌栓（血管及淋巴管癌栓）、神经侵犯及癌结节正确率分别为96.3%、57.4%、72.2%、20.4%、53.7%、87.0%。54家参评单位中，45家单位上传的3份不同部位及分期的结直肠癌取材报告均为规范格式的取材报告。结论:北京市各级医院病理科大多数均已具备了结直肠癌规范化取材和报告的能力，然而部分医院仍需进一步加强室内质控，减少科室内报告水平的差异，提高科室整体水平。格式化报告的推广及针对本次质控问题组织统一的业务学习可能是解决目前问题的有效方案。

目的:对呼吸道标本中新型冠状病毒进行二代测序(NGS)，获取基因组序列并分析测序影响因素。方法:2020年1月，收集广东省新型冠状病毒感染病例的上呼吸道和下呼吸道标本共计8份，运用RNA建库的方法进行测序，获得新型冠状病毒的基因组序列，采用生物信息学软件包(CLC Genomics Workbench 12.0)对基因组序列进行分析比较。结果:从8例呼吸道标本中获得5个新型冠状病毒基因组序列，其中2份来自下呼吸道标本。与新冠病毒的核苷酸同源性为97.74%～99.90%。Ct值低的样本，测序深度、覆盖度和相对丰度高。结论:标本中新型冠状病毒的Ct值低，测序质量好。

目的:评估缺氧缺血(HI)自我复苏的新生SD大鼠模型外周血微小RNA(miRNA)指标。方法:3只孕鼠所产幼鼠按窝别分为3组，A组为空白对照组，B组为HI组，C组备用。采用高通量深度测序方法比较对照组和HI组新生4日龄SD大鼠外周血中miRNA的表达谱。应用生物信息学分析研究这些差异表达的miRNA。采用基因本体论(GO)和京都基因与基因组学百科全书(KEGG)分析方法预测相关的细胞信号通路和功能。通过miRBD预测miRNA及与缺氧缺血性脑病(HIBD)相关的靶基因。应用HE染色观察脑组织病理变化。结果:经外周血深度测序后可得到成熟miRNA序列为1 049种。A组miRNA种类为525种；HI组miRNA种类为524种；其中A组有27种miRNA与HI组存在差异，且2组间miRNA种类呈高度相关。HI新生大鼠外周血中有38个miRNA表达异常，并存在显著差异表达(2 -ΔΔCt值>2.5， P< 0.05),其中21个miRNA显著过表达，17个显著低表达。KEGG通路富集分析和GO分析显示这些差异的miRNA与谷氨酸能突触通路、髓鞘脂类代谢、神经活性配体-受体相互作用和血管上皮生长因子(VEGF)信号通路与缺氧/缺血诱导的脑损伤有关，并且过度活化。2组间幼鼠脑组织未见皮质及胼胝体下白质病变、脑室扩大、灰质神经元排列紊乱和明显凋亡。 结论:HI自然复苏模型大鼠外周血中miRNA差异表达提示，miRNA对缺氧缺血有积极的应答。存在高度显著差异的miR-200家族、miR-471家族、miR-429、miR-216和miR-871，与神经系统损伤分子生物学机制有关，有望成为HIBD或HI新的生物学诊断指标，对HI新的治疗靶点的研究探索是有益的。

目的:应用高通量测序和生物信息学分析技术，从一起经货轮输入的新冠肺炎(COVID-19)聚集性病例标本中直接测定新型冠状病毒(2019 novel coronavirus，2019-nCoV)全基因组序列，并从全基因组水平分析2019-nCoV的基因组变异特征，追溯病毒的潜在来源。方法:采用2019-nCoV全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术，对来源于同一艘货轮的8例COVID-19确诊病例咽拭子标本进行病毒全基因组测序。应用在线分析平台，判断病毒型别，分析病毒突变位点。利用进化分析软件，构建系统发育树，结合病例流行病学资料，推测病毒的来源。结果:成功测序获得8条长度为29 822~29 865 bp的2019-nCoV全基因组序列，平均测序深度为11 928×~33 588×，基因组覆盖度为99.73%~99.87%；Pangolin分型结果显示8个2019-nCoV基因组均属于VOC/Delta(B.1.617.2)进化分支；全基因组突变分析显示，与武汉参考株(NC_045512.2)相比，8个2019-nCoV基因组序列核苷酸突变的中位数为35个(31个~38个)，氨基酸突变的中位数为26个(24个~28个)，突变位点分布于8个编码区(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、M、ORF7a、ORF8、N)；进一步分析发现8个2019-nCoV基因组中含有23个属于2019-nCoV Delta(B.1.617.2·AY.2)变异株的特征性突变位点；但因8个2019-nCoV基因组间的突变位点并非完全重合，且流调报告显示货轮中途经停多个口岸且有人员更替，故推测该起聚集性COVID-19疫情可能有不同传播来源；进化分析显示，8个2019-nCoV序列共同处于B.1.617.2进化分支的AY.2子分支上，同Pangolin分型及突变分析结果一致。结论:本研究从一起经货轮输入的COVID-19聚集性疫情病例标本中测序获得8个Delta变异株全基因组序列，本研究所构建的测序方法和分析结果可在COVID-19防控中为2019-nCoV的变异分析和病例溯源提供参考。

本文报道1例主要表现为消瘦、发热、全血细胞减少、脾肿大及多发淋巴结肿大的患者，疑诊恶性淋巴增殖性疾病，常规骨髓及淋巴结检查均无异常淋巴细胞克隆证据。进一步排查发现患者多种免疫球蛋白升高、直接库姆实验阳性、多项细胞因子水平升高，仍提示免疫异常相关疾病。实验室进一步完善流式细胞学检测CD3 +CD4 -CD8 -双阴性T淋巴细胞升高，基因突变二代测序提示FAS基因热点突变，明确诊断自身免疫性淋巴细胞增生综合征（ALPS）。ALPS为罕见病，常规检查仍不能确诊患者，CD4 -CD8 -双阴性T淋巴细胞流式检测及深度二代基因测序可提供帮助。该患者经激素治疗后症状好转，血象恢复正常，激素减量病情平稳。

目的:探讨宏基因二代测序技术检测尿路感染患者尿液中多瘤病毒的临床价值。方法:2018年9月至2020年4月复旦大学附属中山医院收治的送检尿液宏基因二代测序的尿路感染患者共33例。采用随机扩增法、脱氧核糖核酸纳米球、华大基因公司BGI-500测序平台及BWA算法为基础的比对法等技术对尿液标本的核酸提取物进行二代测序分析，以尿标本中多瘤病毒核酸序列数>100为入选标准，分析检出多瘤病毒的类型、深度、覆盖度、丰度及序列数等参数。采用Taq Man探针实时定量聚合酶链反应（PCR）法验证并检测多瘤病毒DNA载量。结果:30.3%（10/33）的患者尿标本中检出JC多瘤病毒，其中1例合并检出BK多瘤病毒。所有患者在检测前均使用抗菌药物治疗，但仅一例尿培养阳性。JC多瘤病毒检出的深度均值为35.9，覆盖度均值96.8%，相对丰度均值92.6%，唯一比对序列数均值为3 154。实时定量PCR法检测10例患者尿中JC多瘤病毒DNA载量在5.84×10 3~6.55×10 8拷贝/ml，均值为6.82×10 7拷贝/ml，其中9例患者（均为免疫受损者）的病毒载量超过5×10 4拷贝/ml，与宏基因二代测序结果基本相符。每1 M数据中的严格比对序列数（RPM）与CD4 +T细胞计数存在线性负相关（ R2=0.84， P=0.004）。其中1例患者经西多福韦治疗后症状及尿检指标好转，随访尿液宏基因二代测序检查JC多瘤病毒的序列数及RPM值明显下降，实时定量PCR法证实尿中病毒DNA载量亦下降。 结论:宏基因二代测序技术在病毒性尿路感染的诊断中有着重要意义。西多福韦可能是治疗多瘤病毒尿路感染的一个选择。

目的:探讨子宫内膜癌（EC）患者癌症基因组图谱（TCGA）分子分型与淋巴结转移及其他临床病理特征的关系。方法:收集2016年4月至2022年5月在北京大学人民医院住院行手术治疗且采用二代测序技术进行TCGA分子分型的295例初治EC患者的临床病理资料。EC的TCGA分子分型分为4种，即POLE超突变型（15例）、微卫星不稳定性（MSI-H）型（50例）、低拷贝（CNL）型（175例）和高拷贝（CNH）型（55例）。回顾性分析不同分子分型EC患者的临床病理特征的差异以及淋巴结转移的相关影响因素。结果:295例EC患者的年龄为（56.9±0.6）岁。（1）POLE超突变型、MSI-H型、CNL型和CNH型4种分子分型患者的淋巴结转移率（分别为0、8.0%、10.3%和25.5%）比较，差异有统计学意义（ χ2=12.524， P=0.006）。4种分子分型EC患者的年龄、手术病理分期、病理类型、子宫内膜样癌病理分级、肌层浸润深度、淋巴脉管间隙浸润比例、雌激素受体表达分别比较，差异均有统计学意义（ P均<0.05）；其中，CNH型患者的子宫内膜样癌病理分级为G 3、病理类型为非子宫内膜样癌、肌层浸润深度≥1/2的比例显著高于其他3种分子分型（ P均<0.05）。（2）单因素分析显示，病理类型、子宫内膜样癌病理分级、肌层浸润深度、子宫颈间质浸润、淋巴脉管间隙浸润、孕激素受体表达均为显著影响EC患者淋巴结转移的因素（ P均<0.01）；多因素分析显示，淋巴脉管间隙浸润是影响EC患者淋巴结转移的独立危险因素（ OR=5.884，95% CI为1.633~21.211； P=0.007）。（3）不同分子分型EC患者淋巴结转移的相关影响因素不同。MSI-H型患者中，病理类型为非子宫内膜样癌是影响淋巴结转移的独立危险因素（ OR=29.010，95% CI为2.067~407.173； P=0.012）；CNL型患者中，肌层浸润深度≥1/2（ OR=4.995，95% CI为1.225~20.376； P=0.025）、有淋巴脉管间隙浸润（ OR=14.577，95% CI为3.603~58.968； P<0.001）均是影响淋巴结转移的独立危险因素；CNH型患者中，病理类型为非子宫内膜样癌（ OR=7.451，95% CI为1.127~49.281； P=0.037）、有子宫颈间质浸润（ OR=22.938，95% CI为1.207~436.012； P=0.037）和淋巴脉管间隙浸润（ OR=9.404，95% CI为1.609~54.969； P=0.013）均是影响淋巴结转移的独立危险因素。 结论:分子分型为POLE超突变型的EC患者的淋巴结转移率最低，CNH型患者的淋巴结转移率最高。不同分子分型EC患者的淋巴结转移危险因素不尽相同，根据术前病理检查及影像学检查资料，MSI-H型及CNH型患者中非子宫内膜样癌患者易出现淋巴结转移，CNL患者中肌层浸润深度≥1/2者易出现淋巴结转移。

目的:了解GⅡ.17[P17]型诺如病毒不同基因的发育聚类特征，为GⅡ.17[P17]序列的准确聚类提供依据。方法:收集2023年3月至5月聚集性疫情中的GⅡ.17[P17]阳性标本，二代测序获得全基因组序列，与GenBank下载的参考株序列共同构建进化树，分别对各基因（Nterm、NTP、P22、VPg、Pro、RdRp、VP1和VP2）序列进行系统发育聚类分析及熵值分析。结果:16个G Ⅱ.17[P17]阳性标本中共14个获得了全基因组序列，测序深度及覆盖度均较高。首先构建RdRp及VP1基因的系统发育进化树，发育聚类均为6个簇（Cluster Ⅰ~Ⅵ），其中Cluster Ⅰ~Ⅳ聚类相同，Cluster Ⅴ~Ⅵ聚类有少量差异。2023年的标本株序列位于Cluster Ⅴ。以RdRp聚类为基准，对病毒的8个基因片段进行聚类分析，发现NTP、RdRp和VP1基因聚类效果较好，6个簇均未形成新的分支。此外，这三个基因的熵值位点构成比也处于较低水平。结论:诺如病毒GⅡ.17[P17]型别不同基因的系统发育聚类有一定差异，其中NTP、RdRp和VP1基因聚类效果较好。

目的:探讨不同的错配修复（MMR）蛋白和微卫星不稳定性（MSI）状态检测方法在子宫内膜癌分子分型中的一致性及差异原因。方法:收集2021年1月至2023年4月北京大学第三医院病理科诊断的214例子宫内膜癌患者，对其MMR蛋白的免疫组化（MMR-IHC）检测结果进行复核，通过二代测序（NGS）技术进行MSI状态（MSI-NGS）及多基因体细胞突变、胚系MMR基因突变检测，计算肿瘤突变负荷（TMB）值。对MMR-IHC检测与MSI-NGS检测结果不相符的患者进一步进行MSI-PCR检测和MLH1基因启动子甲基化检测，并结合TMB值综合评估MMR、MSI状态，明确分子分型。结果:（1）214例子宫内膜癌患者中，POLE突变（POLEmut）型22例，错配修复缺陷（MMR-d）型55例，p53异常（p53abn）型29例，无特殊分子改变（NSMP）型108例。其中，MMR-d型患者的中位确诊年龄为54岁、侵袭性病理亚型（包括子宫内膜样癌G 3和非子宫内膜样癌）的比例为40.0%（22/55），均高于NSMP型［分别为50岁、12.0%（13/108）］，两者分别比较，差异均有统计学意义（ P均<0.05）。（2）214例患者中，MMR-IHC检测显示，153例患者判定为错配修复正常（MMR-p），49例判定为MMR-d，12例患者难以直接判读；MSI-NGS检测显示，164例患者判定为微卫星稳定性（MSS；与MMR-p对应），48例患者判定为高度微卫星不稳定性（MSI-H；与MMR-d对应），2例患者因有效测序深度未满足质控标准而无MSI结果。MMR-IHC检测与MSI-NGS检测结果的一致率为94.3%（200/212），12例不符合患者的MMR-IHC检测结果为MMR-d或亚克隆缺失，但MSI-NGS检测均判定为MSS，其中MLH1和PMS2蛋白表达共缺失或亚克隆缺失10例。12例不符合患者中，3例检出POLE基因致病性突变而归为POLE突变型；另外9例患者中，8例有MSI-PCR检测结果的患者中5例为MSI-H、3例为低度微卫星不稳定性（MSI-L），7例TMB值高于10个突变/Mb，6例检出MLH1基因启动子甲基化，综合分析后9例患者均判定为MMR-d。（3）55例MMR-d型子宫内膜癌患者中，15例（27.3%，15/55）确诊为Lynch综合征。15例Lynch综合征相关MMR-d型子宫内膜癌患者的TMB值［（71.5±20.1）个突变/Mb］显著高于40例散发性MMR-d型子宫内膜癌患者［（41.9±24.3）个突变/Mb； t=3.51， P=0.001］；20例MSH2和（或）MSH6蛋白表达缺失患者的TMB值［（71.0±26.2）个突变/Mb］显著高于35例MLH1和（或）PMS2蛋白表达缺失者［（38.2±19.1）个突变/Mb； t=-4.71， P<0.001］。55例MMR-d型子宫内膜癌患者中，突变率排序前10个的基因是PTEN（85.5%，47/55）、ARID1A（80.0%，44/55）、PIK3CA（69.1%，38/55）、KMT2B（60.0%，33/55）、CTCF（45.5%，25/55）、RNF43（40.0%，22/55）、KRAS（36.4%，20/55）、CREBBP（34.5%，19/55）、LRP1B（32.7%，18/55）、BRCA2（32.7%，18/55）基因，其中PTEN、ARID1A、PIK3CA基因共突变率为50.9%（28/55）。 结论:MMR-IHC检测与MSI-NGS检测结果的—致率较高，两种方法检测结果不一致多见于MLH1基因启动子高甲基化状态导致的MLH1和PMS2蛋白表达共缺失或MMR蛋白亚克隆缺失，必要时应结合MLH1基因甲基化、MSI-PCR、MMR基因胚系突变及TMB值综合评估MMR、MSI状态，为子宫内膜癌患者提供精准的分子分型。