目的:分析2015—2019年北京市麻疹病毒(measles virus, MV)分子流行病学特征，为消除麻疹提供实验室依据。方法:通过北京市麻疹实验室网络收集2015—2019年麻疹病毒阳性咽拭子标本，提取病毒核酸后采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增麻疹病毒N基因C末端450个核苷酸片段，对扩增产物进行核苷酸序列测定，获得基因序列同WHO麻疹病毒基因型代表株、中国和其他国家D8基因型参考株构建系统进化树，分析核苷酸和氨基酸同源性；对D8和B3基因型麻疹病例进行描述性分析。结果:2015—2019年全市麻疹病毒基因型鉴定株546株，其中H1a基因型531株，疫苗株5株，B3基因型1株，D8基因型9株，其中8株为2019年流行株。本土株H1a基因型MV核苷酸和氨基酸同源性为91.5%～100.0%和73.6%～100.0%。2019年8例D8基因型麻疹病例均为成人，其中2例为一起暴发疫情，其余6例为散发病例。结论:输入性D8基因型成为2019年北京市MV主要流行基因型；2015—2019年随着麻疹发病下降，本土基因型H1a已经不占优势，而其他不同基因型输入，形成混合流行的趋势，建议在消除麻疹工作中，不仅要努力阻断本土麻疹病毒传播，更要防控非本土基因型病毒输入和持续传播，避免其逐渐演化为优势毒株而建立本土传播的风险。

目的:分析湖南省人源和水产动物源环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌的分子流行特征。方法:对湖南省食源性疾病散发病例粪便样本和水产品样本中分离的汤卜逊沙门菌进行环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药菌株的筛选与鉴定，使用肉汤稀释法对11种抗菌药进行体外药敏试验，并利用全基因组测序技术分析菌株的耐药机制以及进化关系。结果:从粪便样本和水产品样本中共分离到19株汤卜逊沙门菌，其中9株菌对环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药。进一步分析发现8株菌检出IncC质粒，携带质粒介导的喹诺酮类药物耐药基因 qepA- qnrS1、β-内酰胺酶耐药基因 blaCMY-2和大环内酯类耐药基因 mph（A）；1株检出IncR质粒，携带 qnrB4- aac（6 ′） -Ib-cr、 blaOXA-10和 mph（A）耐药基因。遗传环境分析发现 qnrS1、 qepA、 mph（A）和 blaCMY-2基因可能分别通过插入序列IS Kra4、IS91、IS6100和IS Ecp1整合到耐药菌的基因组上。基于核心基因组生成的系统发生树表明，人源和水产动物源环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌属于同一进化分支，具有较近的遗传进化关系。 结论:湖南省人源和水产动物源样本中检出对环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌，提示此类多重耐药菌已在人和水产动物之间传播。

目的:了解北京市肠道门诊散发腹泻病例中札如病毒的基因型别及特征。方法:收集2019年北京市肠道门诊散发腹泻病例的粪便样本，应用实时荧光RT-PCR对样本进行札如病毒核酸检测，对阳性样本应用不同种RT-PCR方法进行札如病毒衣壳蛋白VP1区和聚合酶RdRp区部分基因片段扩增，对扩增阳性产物进行测序，应用BioEdit 7.0.9.0软件对序列进行比对，应用Mega 6.06软件构建进化树进行分析。结果:札如病毒总检出率为2.89%（44/1 522），<5岁病例的检出率为3.34%（18/539），≥5岁病例的检出率为2.64%（26/983）。衣壳蛋白VP1区基因测序成功23株，包括8个基因型（GⅠ.2型6株、GⅠ.1型和GⅡ.3型各5株，GⅠ.3型和GⅡ.5型各2株，GⅠ.5型、GⅡ.1型和GⅣ.1型各1株）；≥5岁病例占16株，GⅠ.2型构成比最高（37.50%，6/16），<5岁病例占7株，GⅠ.1型和GⅡ.3型构成比最高（均为42.86%，3/7）；每个基因型内部相似性为95.5%~100.0%，与不同年份、不同国家的人源或污水源的51株参考株相似性为92.2%~100.0%。聚合酶RdRp区测序成功25株8个基因型（9株GⅡ.P3型，4株GⅠ.P3型，GⅠ.P1型、GⅠ.P2型和GⅡ.P1型各为3株，GⅠ.P5型、GⅡ.P5型和GⅣ.P1型各为1株）；≥5岁病例占15株，GⅡ.P3型构成比最高（40.00%，6/15），<5岁病例占10株，GⅠ.P1型、GⅡ.P1型和GⅡ.P3型构成比最高（均为30.00%，3/10）；每个基因型内部相似性为94.0%~100.0%，与不同年份、不同国家的人源或污水源的39株参考株相似性为90.2%~99.1%。结论:札如病毒是北京市散发腹泻病例的病原之一，主要基因组为GⅠ和GⅡ，基因型多样且分散；≥5岁和<5岁人群腹泻病例主要基因型不同。

目的:分析致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌（CoECO）的表型和基因型特征，为经验性抗感染治疗提供线索。方法:回顾性分析2010至2020年解放军总医院第一医学中心检验科自血液和腹腔标本中分离出的大肠埃希菌菌株。使用质谱鉴定仪鉴定菌种。使用全自动细菌鉴定药敏仪测定最小抑菌浓度。采用2×150 bp双末端测序策略对大肠埃希菌进行高通量测序。基因组序列经拼接后，使用kSNP3软件对菌株序列进行单核苷酸多态性（SNP）分析，以明确菌株间的同源关系；若分离自两部位的菌株具有较高同源关系，视为同一菌株，则该病例为CoECO感染病例。使用PubMLST网站确定多位点序列型（MLST），使用CARD网站筛选耐药基因。结果:共筛选出70例CoECO感染病例，其中男45例，女25例，年龄（59.2±16.3）岁。每例CoECO感染病例选取1株大肠埃希菌进行后续分析，共计70株，分属于35种ST型，菌株数量较多的ST型包括：ST38（ n=6）、ST405（ n=6）、ST1193（ n=6）、ST131（ n=5），其他ST型所含菌株均少于5株。菌株间同源关系比较分散，整体呈现散发趋势，仅有个别菌株引起了小规模爆发。药敏结果显示：大肠埃希菌对氨苄西林的耐药率最高（91.4%，64/70），其次为氨苄西林/舒巴坦（74.3%，52/70）、头孢曲松（72.9%，51/70）、环丙沙星（71.4%，50/70）、左氧氟沙星（71.4%，50/70）；对哌拉西林/他唑巴坦、碳青霉烯类和阿米卡星保持较高敏感性。耐药基因携带数量最多的是tet（A/B）（70.0%，49/70），其次分别为bla TEM（58.6%，41/70）、sul1（55.7%，40/70）、sul2（54.3%，38/70）、bla CTX-M-14（25.7%，18/70）、bla CTX-M-15（17.1%，13/70）、bla CTX-M-55（15.7%，11/70）、bla CTX-M-64/65（5.7%，4/70）、bla CTX-M-27（4.3%，3/70）、mcr-1（4.3%，3/70）、bla NDM-5（2.9%，2/70）。 结论:CoECO整体呈散发分布，无明显优势克隆，未发现具有明显优势的基因型；菌株虽然对部分抗菌药物耐药率较高，但携带耐药基因比例较低，对部分一线抗菌药物有较高敏感性。

目的:追溯新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)病例的感染来源及病毒传播路径，证实经长途货车司机跨省远距离传播COVID-19事件。方法:采用全基因组靶向扩增结合二代测序技术，对2022年3月福建省泉州市本土疫情暴发期间漳州市报告的5例货车司机COVID-19病例鼻咽拭子标本进行新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)全基因组测序，应用在线分析平台判定病毒型别及突变位点，利用进化分析软件构建系统发育树，结合流行病学调查数据，综合分析病例的感染来源及传播路径。结果:成功从5例病例中获得2019-nCoV全基因组序列，序列长度为29 770~29 839 bp，基因组平均覆盖度为99.53%；病毒分型结果显示5株病毒均为Omicron变异株，但分属3种BA.2亚分支；序列分析结果显示3例病毒与2022年3月福建省泉州市本土疫情流行的两种进化分支病毒高度相似，另2例病毒则与该起疫情流行的病毒存在差异较大(核苷酸突变位点差异7~14个、氨基酸突变位点差异5~7个)；进化分析结果表明3例病毒与福建省泉州市本土疫情病毒高度同源，2例病毒因亲缘关系较远可排除其与泉州市疫情关联；结合病例的个案调查资料，可以推断至少有2例长途货车司机病例系福建省外感染后返回的散发病例。结论:2019-nCoV全基因组序列分析提示5例COVID-19货车司机病例至少存在3个感染来源，并推测部分病例系省外感染并跨省长距离传播。

目的:分析烟台市5起伤寒病原学特征及分子流行病学关联。方法:2018年自烟台市5例伤寒确诊病例样本和流行病调查样本分离获得6株伤寒沙门菌菌株，病例发病时间自2018年5月26日至7月24日，分别分布于烟台牟平区水道镇、烟台蓬莱区登州街道、烟台龙口东莱街道、烟台牟平区文化街道、烟台芝罘区福莱山街道。采用常规细菌分离方法和XbaⅠ/BlnⅠ双酶切脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对伤寒杆菌进行溯源分析，同时开展viaB毒力基因检测和27种临床常用抗生素敏感试验对伤寒杆菌进行病原学研究。结果:6株伤寒杆菌经PFGE-XbaⅠ和PFGE-BlnⅠ电泳分为4个PFGE模式，其中3株菌同源性100%；1株多耐药菌（外籍患者），1株单耐药菌（外省滞留史患者），1株完全敏感菌，同一PFGE模式的3株菌药敏表型一致，除对氨基糖甙类和喹诺酮类部分抗生素中介外，对其他抗生素均敏感； 除外籍患者标本分离株viaB基因阴性外，其他菌viaB基因均阳性。结论:烟台寒杆菌对临床常用抗生素敏感性良好，仍需重视伤寒散发病例发生和伤寒输入感染。

目的:了解浙江省猪链球菌2型( Streptococcus suis type 2，SS2)的分子分型特征。 方法:对浙江省2005年1月至2021年7月29株散发SS2人源分离株进行基因分型检测，采用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)、多位点序列分型(multilocus sequence typing，MLST)，以及最小核心基因组(minimum core genome，MCG)群方法，分别进行分型检测。结果:29株菌株经PFGE得到10种PFGE图谱带型，3个主要分支簇群，其中21株(72.41%)被分成2个主要分支群，8株(27.59%)呈遗传多样性，相似性为49.7%~94.7%。29株菌株经MLST得到3种序列型，其中ST7型25株(86.21%)，ST1型3株(10.34%)，ST25型1株(3.45%)。29株菌株得到3个MCG基因型，其中E型12株(41.38%)，Group1型16株(55.17%)，Group4型1株(3.45%)。结论:浙江省SS2主要流行两大克隆群高致病株，少数菌株传播过程中可能存在遗传变异，进化分析呈遗传多样性。

目的:了解浙江省猪链球菌人源感染株在体外对抗菌药物的耐药性和耐药基因携带状况。方法:收集2005年至2021年浙江省31株猪链球菌人源感染散发株，通过微量稀释法测定15种抗菌药物对所有菌株的最低抑菌浓度，利用聚合酶链反应检测四环素类、大环内酯类和氨基糖苷类等70种耐药基因。结果:31株菌株对头孢吡肟、头孢噻肟、头孢曲松、氯霉素、达托霉素、厄他培南、左氧氟沙星、利奈唑胺、美罗培南、青霉素、万古霉素11种抗菌药物均敏感，敏感率达到96.8%及以上，对四环素、克林霉素、阿奇霉素、红霉素均耐药，特别是对四环素的耐药率达93.5%(29/31)，多重耐药株共14株(45.2%)。70种耐药基因检测中，共检出14种(20.0%)耐药基因。耐药基因检出率高的主要为耐四环素类基因，依次是 tet( O) [58.1%(18/31)]、 tet( M) [48.4%(15/31)]、 tet(40) [35.5%(11/31)]；其次是耐大环内酯类 ermB基因[41.9%(13/31)]；14株(45.2%)同时检出3种以上耐药基因，其中8株(25.8%)检出10种耐药基因。耐药基因结果与序列分型结合分析显示， tet( M)+ST7占35.5%(11/31)， tet( O)+ tet( 40)+ ermB+ mef( A)+ mef( A/ E)+ msrD+ Ant( 6)- Ⅰb+ aph( 3′)- Ⅲa+ aadB+ sat4+ST7占25.8%(8/31)。 结论:浙江省猪链球菌人源感染散发株的抗菌药物耐药情况及耐药基因携带状况均呈地方性特征，主要流行2种特征型的耐药基因遗传克隆。

目的:分析汕头市2018年和2019年登革病毒主要流行毒株的分子特征，探讨两年间该市登革热呈现截然不同的流行态势的内在原因，同时了解病毒的传播特点和途径，为登革热疫情的防控提供决策依据。方法:对2018年和2019年检测到的共872例核酸阳性样本进行病毒核酸含量判定、 E基因扩增和序列测定，并构建系统进化树，从树结构上分析毒株的同源性特点，并推测可能的来源和传播途径。 结果:共获得登革毒株的 E基因序列99条，其中1型序列68条，2型序列31条；2018年的登革热呈现散发态势，系统进化树显示对应的毒株呈现多源性特点，与发现于广州及东南亚地区的毒株密切相关；2019年的登革热呈现暴发态势，对应的流行毒株主要为单一来源特点，毒株来源推测为柬埔寨。 结论:汕头市登革热的本地流行主要为当年的输入性毒株引起的，未见往年本地毒株引起的流行；东南亚地区或为汕头市流行的登革毒株主要发源地，并可通过多种路线传入汕头市。

目的:了解山西省食源性疾病主动监测中鼠伤寒沙门菌的耐药谱及分子分型，为鼠伤寒沙门菌的防控、溯源及合理使用抗生素提供科学依据。方法:对2015—2019年山西省食源性疾病主动监测病例中分离到的鼠伤寒沙门菌进行血清学分型、药物敏感性试验以及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型。结果:2015—2019年共分离到鼠伤寒沙门菌63株，其中37株抗原式为[4，5，12，：i：-]，是鼠伤寒沙门菌主要血清型。63株鼠伤寒沙门菌对14种抗生素有不同程度的耐药性。对亚胺培南全部敏感(100%)，对头孢西丁、头孢他啶、头孢噻肟、阿奇霉素、庆大霉素的敏感率大于92.00%，对四环素的耐药率最高(82.54%)。40株为多重耐药株。结论:山西省鼠伤寒沙门菌耐药情况比较严重，仍需要加强对沙门菌多重耐药的监测。而PFGE带型呈现出多样性的同时，又具有显著的优势带型，说明山西省鼠伤寒沙门菌存在高度散发和聚集性暴发的流行特征。