目的:分析淮南市2016年度外环境标本中H7N9禽流感病毒基因组特征。方法:采集活禽市场禽类粪便、笼具、台面或砧板、脱毛机、禽类饮水、污水等标本，选取H7N9、H9亚型PCR检测阳性标本( Ct值≤30)，鸡胚分离培养后提取RNA，扩增8个基因节段进行基因序列测定、分子特征与进化分析。 结果:2016年150份淮南市外环境标本检出H7N9亚型46份、H9亚型71份、H5亚型38份；2份H7N9亚型分离成功。基因进化分析显示，淮南市2株H7N9禽流感毒株血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因均处于长三角分支内，其余6个内部基因无明显地域分布聚类；HA氨基酸受体位点出现G186V、Q226L位点变异，NA茎区缺失了"QISNT"序列，R294K、E119V耐药位点没有发生突变；聚合酶发生PA基因I550L，PB1基因I368V，PB2基因I504V突变；NS1基因出现增强致病力的位点N205S、P42S改变；耐药相关位点出现M1基因N30D、T215A，M2基因S31N突变。结论:2016年淮南市活禽市场禽流感病毒高度流行，H7N9亚型感染人类的能力有所增强，M2离子通道抑制剂耐药，NA抑制剂仍为敏感有效药物。

艰难拟梭菌是一种普遍存在于人体肠道中的条件致病菌。当机体在各种诱因下出现菌群失调时，艰难拟梭菌可通过释放其特有的毒素而诱发肠道炎症反应，使患者出现从单纯的腹泻到致命的感染性休克等多种轻重不等的临床症状。近几年，我国多地陆续从患者的粪便样本中检测到BI/NAP1/027型艰难拟梭菌。该型菌株能产生更高水平的毒素和更难杀灭的芽孢，一旦暴发传播，将给全球公共卫生安全带来巨大的威胁和挑战。结合目前国内外已有的研究成果和病例报道，对BI/NAP1/027型高产毒艰难拟梭菌的流行病学特征、毒力与致病机制、分子诊断技术和治疗方式等进行归纳总结，并展望了领域内未来的研究热点和努力方向，并为日后更深入地解析其致病机制和更科学地拟定其防治方案提供了理论依据。

目的:分析2017—2020年广东省副溶血弧菌暴发事件的基本流行病学及病原特征。方法:对2017—2020年广东省87起副溶血弧菌暴发事件的基本流行病学特征进行统计分析，对分离株进行血清分型，并运用PFGE进行分子分型。结果:广东省副溶血弧菌暴发事件分布在16个地市，44.8%（39/87）和37.9%（33/87）的暴发事件发生在宾馆饭店和学校单位食堂，食品加工存储不当（40.2%，35/87）和生熟不分引起的交叉污染（25.3%，22/87）是引起副溶血弧菌的食源性疾病暴发的主要原因。患者来源菌株主要血清型为O3：K6（87.5%）和O4：KUT（22.5%）。PFGE谱型提示O3：K6型分离株间的相似值为65.5%~100.0%，O4：KUT型分离株的PFGE谱型相似值为66.5%~100.0%。结论:2017—2020年广东省副溶血弧菌引起的食源性暴发事件广泛分布，需加强对宾馆、饭店、学校、单位食堂食品正确处理方面的宣传与教育。O3：K6和O4：KUT血清型是暴发事件的主要血清型，流行菌株之间存在遗传多样性。

目的:分析我国即食食品中单核细胞增生李斯特菌的分子流行病学特征。方法:将2017年食品安全风险监测即食食品中分离的单核细胞增生李斯特菌作为研究菌株，共239株，分离自27个省份。对菌株进行全基因组测序，分析其谱系、克隆群（CC）、序列分型（ST）和血清群；通过VFDB和BIGSdb-Lm数据库获得其毒力基因分布；采用微量肉汤稀释法检测菌株对8种抗生素的敏感性；采用核心基因组多位点序列分型方法（cgMLST）进行分子分型。结果:实验菌株分属在3个谱系，以谱系Ⅱ为主，共155株（64.9%）；血清群以Ⅱa为主，共133株（55.6%）；分为23个CC型，以及1个未分CC型的ST619，其中CC8、CC101和CC87为优势CC型，共占49.4%（118株）；仅4.6%（11株）的菌株携带耐药基因，主要为甲氧苄啶耐药基因（7株，2.9%）。所有菌株均携带单核细胞增生李斯特菌毒力岛（LIPI）1，携带LIPI-3和LIPI-4的菌株分别占13.8%（33株）和14.2%（34株），ST619同时携带LIPI-3和LIPI-4。51.5%（123株）的菌株携带应激生存岛（SSI）1，10株CC121菌株均携带SSI-2。核心基因组多位点序列分型方法能将不同谱系、血清群和CC型的菌株明显分开，共分为24个亚群，与CC型基本保持一致。结论:我国即食食品中菌株以Ⅱa型血清群为主，CC8、CC101和CC87为优势CC型，其中，CC87为流行性高毒菌株。基于全基因组测序的分型方法cgMLST分辨力高，可用于我国食源性疾病的监测和暴发识别。

目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum， Cft)的分子流行病学特征。 方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序，结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析；MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构；核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树，rhierBAPS确定其种群结构；CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因； E-test法进行药敏试验，并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。 结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析，共纳入全球41株 Cft基因组信息，其中人类来源24株，动物来源13株，未知来源4株。流行病学资料显示，24株人类来源菌株中，20株感染对象为黄种人，1例为白种人(配偶是亚裔)，其余未知，差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物，包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示，中国分离株以ST46为主要序列型，美国则以ST15为主要序列型；Grapetree显示，中国分离株的遗传多态性高于美国分离株；通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群，中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切；美国分离株相对较集中(SC3)，且以ST15克隆传播为主；毒力基因分析显示，与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%，而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中；15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明， Cft对环丙沙星耐药率为46.67%，对红霉素敏感性为100.00%。 结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病，其感染可能与食入或接触爬行类动物有关；本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别，应引起我们的关注。

目的:了解深圳地区2019—2021年诺如病毒暴发分子流行特征。方法:收集2019年1月至2021年12月诺如病毒暴发信息及标本，应用实时荧光反转录聚合酶链式反应样本进行诺如病毒检测，阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析；对其中3株GII.2[P16]进行基因组扩增和序列分析。结果:2019年1月至2021年12月，共报告诺如病毒暴发246起，主要发生在幼儿园（132，53.66%）和小学（52，21.14%）。每起暴发发病数范围为3~130，中位数为8。每年11月至次年3月为诺如病毒暴发的流行高峰。211起暴发分型成功，GI和GII分别检出7种和11种基因型，78起（36.97%）诺如病毒暴发由GII.2[P16]引起。对GII.2[P16]基因组分析表明，深圳2020年暴发株仍属于GII.2[P16](2016-2017)亚群，在非结构蛋白P22（L777S）和3C蛋白酶（A1047V和P1074T）上出现氨基酸变异。结论:GII.2[P16]是2019年1月至2021年12月引起深圳市诺如病毒暴发的流行株，主要发生在学校和幼儿园，持续监测和基因组分析有助于发现流行株的变异和新毒株的出现。

目的:了解浙江省衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒(Echovirus, ECHOV)优势血清型与变迁并分析ECHOV VP1基因分子特征。方法:采集53例病毒性脑炎患儿脑脊液标本进行病毒分离培养。采用荧光RT-PCR和PCR分别检测脑脊液标本中人肠道病毒(human enterovirus，HEV)包括ECHOV、柯萨奇病毒(coxsackie virus，CV)和新型肠道病毒(enterovirus，EV)，以及流行性乙型脑炎病毒(japanese encephalitis virus, JEV)、腮腺炎病毒(mumps virus, MuV)、西尼罗病毒(west nile virus，WNV)、基孔肯雅病毒(chikungunya virus，CHIKV)、单纯疱疹病毒(herpes simplex virus，HSV)和巨细胞病毒(cytomegalovirus，CMV)。HEV阳性脑脊液标本采用RT-PCR法扩增HEV-B组全长VP1基因序列，测序后用多种生物信息学软件分析ECHOV VP1基因型、基因重组和遗传进化特征。结果:RD细胞分离培养出6株毒株，但Hep-2细胞分离培养结果均阴性。11份标本HEV通用荧光RT-PCR结果阳性，但其他病毒检测结果均阴性。11份HEV阳性标本中6份检出ECHOV，与分离培养结果一致，分别为4株ECHO6、1株为ECHO7和1株ECHO30血清型，柯萨奇病毒和EV检测结果均阴性。4株ECHO6病毒属于ECHO6-C2基因亚型，但分为ECHO6-41/46和ECHO6-45/48两个流行克隆，ECHO7和ECHO30分别属于ECHO7-C和ECHO30-C基因型。ECHO6与ECHO30病毒在进化过程中存在VP1基因重组。结论:ECHOV是该地区儿童病毒性脑炎主要病原体，且可能存在局部暴发流行。ECHO6与ECHO30病毒VP1基因存在重组可能性，ECHO6有成为ECHOV优势血清型的可能。

开展HIV传播簇探测，及时、精准实施公共卫生应对和干预，是结束艾滋病流行的重要途径和方法。传播簇风险测量指标可分为基于传播簇既往增长的指标、基于传播簇成员特征分析的指标以及基于传播簇系统进化分析的指标三类。依据传播簇风险测量指标识别风险传播簇，将卫生服务拓展至与传播簇关联的尚未感染HIV者、既往确诊和尚未确诊的HIV感染者，可实现精准干预。本文对现有的HIV分子传播簇风险测量指标及其公共卫生应对措施进行综述，为我国艾滋病精准防控提供参考。

目的:分析5月份广东省某市一起急性出血性结膜炎(acute hemorrhagic conjunctivitis，AHC)疫情中病原体的进化特征及变异情况，为制定新一轮AHC流行防控措施提供科学依据。方法:采集20份AHC患者眼结膜拭子，采用实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR，qPCR)方法，对其进行肠道病毒(enterovirus，EV)、EV70(human enterovirus 70, HEV70)和CVA24v(coxsackievirus A24 variant，CVA24v)核酸检测，并对CVA24v阳性样本的VP1区和3Cpro区进行序列测定，分析其与国内外流行的CVA24v基因进化关系。结果:20份眼拭子标本中，肠道病毒全部显示EV阳性，CVA24v全部阳性，阳性率100%，EV70全部阴性。其中5份样本的CVA24v的VP1和7份样本的CVA24v的3Cpro区基因组成功测序，基于VP1和3Cpro区的分子特征分析发现，本次疫情流行的CVA24v与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v具有最大的核苷酸相似性。3Cpro区和VP1区的系统发育进化树显示本次疫情CVA24v与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v聚为一簇，具有较高亲缘关系。与2010年广东、2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v相比，本次疫情流行的CVA24v在3Cpro区4个氨基酸位点发生替换，在VP1区有1个氨基酸位点发生替换。结论:引起本次疫情病原体为肠道病毒CVA24v，且与2014年泰国和2015年法属留尼群岛流行的CVA24v具有最高相似性，3Cpro区和VP1区序列均出现新的的氨基酸突变。

目的:分析湖南省人源和水产动物源环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌的分子流行特征。方法:对湖南省食源性疾病散发病例粪便样本和水产品样本中分离的汤卜逊沙门菌进行环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药菌株的筛选与鉴定，使用肉汤稀释法对11种抗菌药进行体外药敏试验，并利用全基因组测序技术分析菌株的耐药机制以及进化关系。结果:从粪便样本和水产品样本中共分离到19株汤卜逊沙门菌，其中9株菌对环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药。进一步分析发现8株菌检出IncC质粒，携带质粒介导的喹诺酮类药物耐药基因 qepA- qnrS1、β-内酰胺酶耐药基因 blaCMY-2和大环内酯类耐药基因 mph（A）；1株检出IncR质粒，携带 qnrB4- aac（6 ′） -Ib-cr、 blaOXA-10和 mph（A）耐药基因。遗传环境分析发现 qnrS1、 qepA、 mph（A）和 blaCMY-2基因可能分别通过插入序列IS Kra4、IS91、IS6100和IS Ecp1整合到耐药菌的基因组上。基于核心基因组生成的系统发生树表明，人源和水产动物源环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌属于同一进化分支，具有较近的遗传进化关系。 结论:湖南省人源和水产动物源样本中检出对环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌，提示此类多重耐药菌已在人和水产动物之间传播。