目的:分析湖南省人源和水产动物源环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌的分子流行特征。方法:对湖南省食源性疾病散发病例粪便样本和水产品样本中分离的汤卜逊沙门菌进行环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药菌株的筛选与鉴定，使用肉汤稀释法对11种抗菌药进行体外药敏试验，并利用全基因组测序技术分析菌株的耐药机制以及进化关系。结果:从粪便样本和水产品样本中共分离到19株汤卜逊沙门菌，其中9株菌对环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药。进一步分析发现8株菌检出IncC质粒，携带质粒介导的喹诺酮类药物耐药基因 qepA- qnrS1、β-内酰胺酶耐药基因 blaCMY-2和大环内酯类耐药基因 mph（A）；1株检出IncR质粒，携带 qnrB4- aac（6 ′） -Ib-cr、 blaOXA-10和 mph（A）耐药基因。遗传环境分析发现 qnrS1、 qepA、 mph（A）和 blaCMY-2基因可能分别通过插入序列IS Kra4、IS91、IS6100和IS Ecp1整合到耐药菌的基因组上。基于核心基因组生成的系统发生树表明，人源和水产动物源环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌属于同一进化分支，具有较近的遗传进化关系。 结论:湖南省人源和水产动物源样本中检出对环丙沙星-头孢噻肟-阿奇霉素共耐药汤卜逊沙门菌，提示此类多重耐药菌已在人和水产动物之间传播。

目的:分析致血流与腹腔共同感染大肠埃希菌（CoECO）的表型和基因型特征，为经验性抗感染治疗提供线索。方法:回顾性分析2010至2020年解放军总医院第一医学中心检验科自血液和腹腔标本中分离出的大肠埃希菌菌株。使用质谱鉴定仪鉴定菌种。使用全自动细菌鉴定药敏仪测定最小抑菌浓度。采用2×150 bp双末端测序策略对大肠埃希菌进行高通量测序。基因组序列经拼接后，使用kSNP3软件对菌株序列进行单核苷酸多态性（SNP）分析，以明确菌株间的同源关系；若分离自两部位的菌株具有较高同源关系，视为同一菌株，则该病例为CoECO感染病例。使用PubMLST网站确定多位点序列型（MLST），使用CARD网站筛选耐药基因。结果:共筛选出70例CoECO感染病例，其中男45例，女25例，年龄（59.2±16.3）岁。每例CoECO感染病例选取1株大肠埃希菌进行后续分析，共计70株，分属于35种ST型，菌株数量较多的ST型包括：ST38（ n=6）、ST405（ n=6）、ST1193（ n=6）、ST131（ n=5），其他ST型所含菌株均少于5株。菌株间同源关系比较分散，整体呈现散发趋势，仅有个别菌株引起了小规模爆发。药敏结果显示：大肠埃希菌对氨苄西林的耐药率最高（91.4%，64/70），其次为氨苄西林/舒巴坦（74.3%，52/70）、头孢曲松（72.9%，51/70）、环丙沙星（71.4%，50/70）、左氧氟沙星（71.4%，50/70）；对哌拉西林/他唑巴坦、碳青霉烯类和阿米卡星保持较高敏感性。耐药基因携带数量最多的是tet（A/B）（70.0%，49/70），其次分别为bla TEM（58.6%，41/70）、sul1（55.7%，40/70）、sul2（54.3%，38/70）、bla CTX-M-14（25.7%，18/70）、bla CTX-M-15（17.1%，13/70）、bla CTX-M-55（15.7%，11/70）、bla CTX-M-64/65（5.7%，4/70）、bla CTX-M-27（4.3%，3/70）、mcr-1（4.3%，3/70）、bla NDM-5（2.9%，2/70）。 结论:CoECO整体呈散发分布，无明显优势克隆，未发现具有明显优势的基因型；菌株虽然对部分抗菌药物耐药率较高，但携带耐药基因比例较低，对部分一线抗菌药物有较高敏感性。

目的:分析烟台市5起伤寒病原学特征及分子流行病学关联。方法:2018年自烟台市5例伤寒确诊病例样本和流行病调查样本分离获得6株伤寒沙门菌菌株，病例发病时间自2018年5月26日至7月24日，分别分布于烟台牟平区水道镇、烟台蓬莱区登州街道、烟台龙口东莱街道、烟台牟平区文化街道、烟台芝罘区福莱山街道。采用常规细菌分离方法和XbaⅠ/BlnⅠ双酶切脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对伤寒杆菌进行溯源分析，同时开展viaB毒力基因检测和27种临床常用抗生素敏感试验对伤寒杆菌进行病原学研究。结果:6株伤寒杆菌经PFGE-XbaⅠ和PFGE-BlnⅠ电泳分为4个PFGE模式，其中3株菌同源性100%；1株多耐药菌（外籍患者），1株单耐药菌（外省滞留史患者），1株完全敏感菌，同一PFGE模式的3株菌药敏表型一致，除对氨基糖甙类和喹诺酮类部分抗生素中介外，对其他抗生素均敏感； 除外籍患者标本分离株viaB基因阴性外，其他菌viaB基因均阳性。结论:烟台寒杆菌对临床常用抗生素敏感性良好，仍需重视伤寒散发病例发生和伤寒输入感染。

目的:了解浙江省猪链球菌2型( Streptococcus suis type 2，SS2)的分子分型特征。 方法:对浙江省2005年1月至2021年7月29株散发SS2人源分离株进行基因分型检测，采用脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis, PFGE)、多位点序列分型(multilocus sequence typing，MLST)，以及最小核心基因组(minimum core genome，MCG)群方法，分别进行分型检测。结果:29株菌株经PFGE得到10种PFGE图谱带型，3个主要分支簇群，其中21株(72.41%)被分成2个主要分支群，8株(27.59%)呈遗传多样性，相似性为49.7%~94.7%。29株菌株经MLST得到3种序列型，其中ST7型25株(86.21%)，ST1型3株(10.34%)，ST25型1株(3.45%)。29株菌株得到3个MCG基因型，其中E型12株(41.38%)，Group1型16株(55.17%)，Group4型1株(3.45%)。结论:浙江省SS2主要流行两大克隆群高致病株，少数菌株传播过程中可能存在遗传变异，进化分析呈遗传多样性。

目的:了解山西省食源性疾病主动监测中鼠伤寒沙门菌的耐药谱及分子分型，为鼠伤寒沙门菌的防控、溯源及合理使用抗生素提供科学依据。方法:对2015—2019年山西省食源性疾病主动监测病例中分离到的鼠伤寒沙门菌进行血清学分型、药物敏感性试验以及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型。结果:2015—2019年共分离到鼠伤寒沙门菌63株，其中37株抗原式为[4，5，12，：i：-]，是鼠伤寒沙门菌主要血清型。63株鼠伤寒沙门菌对14种抗生素有不同程度的耐药性。对亚胺培南全部敏感(100%)，对头孢西丁、头孢他啶、头孢噻肟、阿奇霉素、庆大霉素的敏感率大于92.00%，对四环素的耐药率最高(82.54%)。40株为多重耐药株。结论:山西省鼠伤寒沙门菌耐药情况比较严重，仍需要加强对沙门菌多重耐药的监测。而PFGE带型呈现出多样性的同时，又具有显著的优势带型，说明山西省鼠伤寒沙门菌存在高度散发和聚集性暴发的流行特征。

目的:了解河南省2017-2020年发热伴血小板减少综合征（SFTS）监测病例的流行病学和病原学特征。方法:利用描述流行病学方法对河南省2017-2020年SFTS病例特征进行分析。采集急性期病例血标本，应用实时荧光RT-PCR法检测新布尼亚病毒核酸。对部分分离到的病毒株扩增S片段基因，进行同源性分析，构建系统进化树。结果:2017-2020年河南省共报告SFTS 1 767例（疑似病例1 000例、确诊病例767例），累计死亡11例（疑似病例3例、确诊病例8例），平均病死率为0.62%（11/1 767）；发病呈逐年下降趋势（趋势 χ 2=12.018， P=0.001）。病例分布在6个城市28个县（区），信阳市报告1 681例，占病例总数的95.13%（1 681/1 767）。病例主要发生在4-10月，占病例总数的96.10%（1 698/1 767）。男性发病率（0.38/10万）低于女性（0.54/10万）（ χ2=54.855， P<0.001）；40~84岁占病例总数的93.44%（1 651/1 767）；农民占病例总数的96.10%（1 698/1 767）。发生家庭聚集性疫情1起。共检测标本1 110份，新布尼亚病毒的平均阳性率为39.19%（435/1 110），不同年份的差异有统计学意义（ χ2=25.405， P<0.001）。分离到39株新布尼亚病毒中，S片段核苷酸同源性为94.76%~99.82%。39株病毒株完整S片段遗传进化分析结果显示，34株为A基因型、2株为B基因型，3株为D基因型。 结论:2017-2020年河南省SFTS以散发为主，发病呈逐年下降趋势，发病具有明显的地域性和季节性，发病范围不断扩大，女性、≥40岁和农民多发，不同年份新布尼亚病毒阳性率差异较大，新布尼亚病毒主要流行型别为A基因型，但仍需持续开展病原学监测。

目的:分析2015-2021年北京市霍乱弧菌的病原学和流行特征，为霍乱防控提供参考。方法:对北京市2015-2021年分离到的霍乱弧菌，进行血清分型、毒力基因检测和PFGE实验；对收集的霍乱病例流行病学和临床资料，用描述性流行病学方法分析其流行特征。结果:北京市2015-2021年共分离76株O1群霍乱弧菌（来源分别为人源性61株、环境涂抹10株和水产品5株），包括68株小川型菌株和8株稻叶型菌株，其中6株为O1群小川型菌株 ctxAB基因阳性，均分离自散发病例。PFGE结果显示，76株分为33种带型。北京市2015-2021年共报告霍乱疫情38起，以散发疫情为主（92.11%，35/38）；累计报告病例45例，6-9月占97.78%（44/45）。北京市有9个行政区报告霍乱病例，朝阳区和昌平区分别占42.22%（19/45）和31.11%（14/45）；霍乱病例的年龄分布在19~63岁，44例病例均出现腹泻症状，1例临床症状不详。腹泻次数为3~9次/d的占84.09%（37/44）。临床症状中，出现黄色稀水样便、腹痛、恶心/呕吐和发热的分别占95.45%（42/44）、68.18%（30/44）、40.91%（18/44）和36.36%（16/44）。 结论:2015-2021年北京市分离到的霍乱弧菌以O1群小川型为主，PFGE带型多样；北京市有9个行政区报告霍乱疫情，以散发为主，6-9月为疫情高峰。

目的:了解北京市肯塔基沙门菌临床分离株的流行情况、耐药水平及分子特征。方法:对2010-2020年分离的22株肯塔基沙门菌采用微量肉汤稀释法进行抗生素药物敏感性检测；全基因组测序进行多位点序列分型、基因组岛和耐药基因识别。采用PFGE分析菌株的分子流行病学特征。结果:22株菌对8~22种抗生素耐药，尤其是对环丙沙星、阿奇霉素和头孢菌素类等都表现为超高水平的多重耐药。21株菌超广谱β-内酰胺酶表型阳性。全基因组序列分析显示，22株肯塔基沙门菌均为ST198，携带SGI1-K基因组岛。所有菌株均有耐药基因 tetA、 sul1、 qacE，喹诺酮耐药决定区 gyrA基因存在2个突变位点（S83F、D87 N）、 parC基因存在3个突变位点（T57S、S80I、T255S）。β-内酰胺类相关耐药基因（ blaCTX-M-55、 blaCTX-M-14b、 blaTEM-141、 blaTEM-206、 blaTEM-209、 blaTEM-214、 blaTEM-1B）、氨基糖甙类耐药相关基因［ aac（3） -Id、 aac（3） -IId、 aac（6'） -Iaa、 aadA7、 aadA17、 aph（3'）- Ia、 aph（3''）- Ib、 aph（6）-Id、 rmtB］以及 floR、 dfrA14、 mphA和 qnrS1等基因在不同年代菌株间存在明显差异。PFGE图谱分析显示，22株菌株之间相似性>85%，与全球广泛传播的ST198-X1流行株高度同源，在传播扩散过程中，耐药谱和PFGE图谱都发生了变化，分为两大聚类簇。 结论:北京市流行的肯塔基沙门菌为多重耐药的ST198-X1-SGI-1K国际流行株，自2016年以来保持低水平流行，引起散发感染病例和聚集性腹泻事件。对氟喹诺酮类、ESBL和阿奇霉素等耐药严重，应加强多重耐药肯塔基沙门菌的监测。

目的 分析碳青霉烯类耐药阴沟肠杆菌复合群(CRECL)的耐药谱和分子流行病学特征,指导临床抗感染治疗.方法 收集丽水市中心医院2012-2022年分离的非重复CRECL菌株,采用VITEK MS全自动快速微生物质谱检测系统进行菌种鉴定,以微量肉汤稀释法检测最小抑菌浓度值(MIC),利用聚合酶链式反应(PCR)扩增bla KPC、bla NDM、bla IMP、bla VIM、bla OXA-48等碳青霉烯酶基因并测序确认.通过接合实验和复制起始子扩增检测分析耐药基因定位及质粒类型;采用多位点序列分析(MLST)确定各菌株ST型,并结合BV-BRC数据库来源的CRECL构建系统发育树和最小生成树,分析CRECL的分子流行病学特征.结果 共收集非重复CRECL菌株22株,分布于14个临床科室,分属于16个ST型;22株菌对美罗培南、头孢他啶、头孢噻肟均100.00％耐药,对左氧氟沙星、氨曲南和多黏菌素的耐药率分别是81.81％、63.63％和31.81％,仅对替加环素100.00％敏感;经测序确认,17株CRECL菌株携带blaNDM基因,占77.27％,且其中15株位于IncX3型质粒,2株位于IncFⅡ型质粒;根据系统发育树和最小生成树分析,CRECL呈散发分布,未发现优势克隆群.结论 CRECL呈散发流行,医院分离菌株主要携带bla NDM基因,IncX3型质粒是介导该基因转移的主要原因.

目的 对2022年陕西省城固县1起霍乱疫情调查溯源.方法 对病例进行个案调查,对现场环境进行卫生学调查,收集当地气温及降水资料.采集病例、同餐人员及同期腹泻患者粪便或肛拭子样本,采集剩余食品、环境水体、水产品样本,进行霍乱弧菌核酸检测及分离培养.对分离到的霍乱弧菌进行血清学和质谱鉴定,利用国家致病菌识别网药物敏感试验指南进行药敏试验,提取菌株DNA进行毒力基因检测,利用二代测序平台进行全基因组测序,用测序拼接数据进行毒力基因及耐药基因预测,与既往分离的霍乱弧菌、pubMLST下载的国内外霍乱弧菌基因组序列进行核心基因组多位点序列分析(cgMLST)及核心基因组单核苷酸多态性分析(cgSNP).结果 本起疫情从1例霍乱病例和1例带菌者中各分离到1株霍乱弧菌,均为O139群,携带ctxAB毒力基因,对磺胺类、碳青霉烯类、三代头孢菌素类、喹诺酮类、β-内酰胺类药物均敏感,而对氯霉素、多粘菌素类、四环素类、氨基糖苷类有抗药性;cgMLST分析结果显示,菌株为大流行菌克隆株序列型(ST)69型,与陕西省既往霍乱菌株无关联.同餐人员及同期腹泻病例共106人均未检出霍乱弧菌.水体样本96份,鱼类样本35份,环境样本7份,畜禽粪便样本7份.经霍乱弧菌核酸检测阳性2份,分别为文川河某处采集的鱼类样本2份中检出霍乱弧菌hlyA、O139群基因核酸阳性,ctxAB毒力基因阴性.结论 本起疫情为霍乱弧菌O139群引起的散发疫情,其病原为国内的大流行菌株,感染来源可能与水产品污染有关,高温、干旱等因素是霍乱发生的原因之一.