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罕见的17号染色体臂内反向插入一个家系的光学基因组图谱分析
编辑人员丨5天前
目的:应用光学基因组图谱(OGM)技术探讨1个罕见的17号染色体臂内反向插入家系的遗传学特征。方法:选取2021年10月在杭州市妇产科医院产前诊断中心就诊的1例血清学筛查高风险孕妇及其家系成员作为研究对象。用染色体G显带核型分析、荧光原位杂交(FISH)、单核苷酸多态性微阵列(SNP array)、OGM等技术对该家系的17号染色体异常进行综合分析和验证。结果:羊水染色体核型分析及SNP array检测提示胎儿染色体17q23q25区存在11 Mb重复。孕妇核型分析提示17号染色体结构异常,但SNP array检测未见异常,OGM检测提示其染色体17q23q25区存在臂内反向插入,经FISH检测确认。胎儿父亲核型未见异常。结论:胎儿的染色体17q23q25区重复衍生自其母亲17号染色体的反向插入。OGM技术对于鉴定平衡性染色体结构异常具有一定的优势。
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编辑人员丨5天前
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光学基因组图谱在血液肿瘤精准诊疗中的应用进展
编辑人员丨5天前
光学基因组图谱(OGM)是一种新型非测序的遗传学分析技术,可高精度分析全基因组范围的结构变异,具有独特技术优势,并且技术流程相对简单,易于实施。近年来OGM在血液肿瘤基因组结构变异分析中的应用已经得到广泛验证和认可。越来越多的研究显示,OGM的应用可帮助改进血液肿瘤的遗传学诊断、预后分层和治疗指导。现结合第65届美国血液学会年会的报道对相关研究进展进行阐述。
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编辑人员丨5天前
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基因组光学图谱技术在16p11.2-p12.2微缺失诊断的应用
编辑人员丨5天前
目的:应用基因组光学图谱技术诊断染色体结构异常,为染色体结构异常导致的疾病提供可靠、实用的诊断方法。方法:应用染色体核型分析技术、基因组光学图谱技术和拷贝数变异测序(copy number variation sequencing, CNV-seq)技术对1例患者染色体异常进行诊断与验证。结果:患者核型分析结果为16号染色体可能为未知结构异常或16号染色体与其他染色体相互易位,基因组光学图谱技术和CNV-seq分别诊断和验证为染色体16p11.2-p12.2区杂合性缺失。结论:基因组光学图谱技术可以作为染色体结构变异检测与诊断的新型技术。
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编辑人员丨5天前
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基因组光学图谱技术和纳米孔测序技术检测染色体相互易位的差异分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨基因组光学图谱技术(Bionano)和纳米孔测序技术(Nanopore)分析染色体相互易位的差异。方法:在外周血细胞染色体核型和荧光原位杂交结果的基础上,利用基因组光学图谱技术和纳米孔测序技术检测4例染色体相互易位的断裂区域及其断裂点情况。结果:基因组光学图谱技术能够分析出易位染色体和粗略断裂位点;纳米孔测序技术能够分析出易位染色体和精确断裂位点以及影响的基因。结论:两种技术检测染色体相互易位存在差异性,临床医生和患者可根据需求选择不同的检测方案。
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编辑人员丨5天前
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光学基因组图谱分析技术在不良生育史患者遗传学病因分析中的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨光学基因组图谱分析(OGM)技术在不良生育史患者遗传学病因分析中的价值。方法:选取2022年6月至2023年6月因不良生育史在南通大学附属医院就诊的4例患者(其中女性3例、男性1例)作为观察对象。所有对象均接受了400条带水平的G显带染色体核型分析和单核苷酸多态性微阵列(SNP array)技术检测;采用550条带水平的染色体核型分析对其中1例进行了验证;采用染色体C显带、N显带和荧光原位杂交(FISH)技术共同验证了另1例患者;综合判断得出4例患者均存在染色体结构变异后,采用OGM技术进行回顾性检测分析。结果:OGM技术能够准确识别隐匿性倒位inv(7)(q22.3q21.2)、复杂嵌合型X染色体缺失45,X[77]/46,X,der(X)dup(X)(q28q21.31)del(X)(q28)[32]、Y染色体无精子因子(AZF)基因区域微缺失del(Y)(q11.223q11.23);无法识别人类参考基因组中的空白区域,如核型46,XX,4qh,4qs中的随体及异染色质等。结论:OGM技术能够检测参考基因组空白区和无标记区域以外的平衡和(或)非平衡性的多种染色体畸变,可以作为新型诊断工具来分析不良生育史患者染色体显微及亚显微水平的改变。
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编辑人员丨5天前
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新一代细胞遗传学技术在白血病基因组结构变异分析中的应用
编辑人员丨5天前
基因组结构变异(SV)是血液肿瘤中一组重要的遗传学异常形式。目前常用的细胞遗传学和基因检测技术在SV检测方面具有显著的局限性。基因组光学图谱技术提供了超长片段、高分辨率、自动化、高通量和全基因组范围分析SV的能力,又被称为新一代细胞遗传学(NGC)技术。近年来已有将NGC技术用于白血病基因组SV分析的研究报道。现结合第62届美国血液学会年会的报道对相关研究进展进行介绍。
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编辑人员丨5天前
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光学基因组图谱技术在染色体结构变异检测中的应用
编辑人员丨5天前
目的:探讨光学基因组图谱(OGM)技术在检测环状染色体、平衡易位、插入易位等染色体结构异常中的应用。方法:收集2022年1月至10月因染色体结构异常在中山大学附属第六医院生殖医学中心接受胚胎植入前遗传学检测并进行OGM和染色体微阵列检测的4例患者的资料进行回顾性分析,同时对部分患者样本采用荧光原位杂交技术进行验证。结果:1例疑似为平衡易位的患者通过OGM检测出平衡易位,并对断裂点进行了精确定位;2例染色体插入易位的患者中,1例3号染色体插入6号染色体的患者通过OGM检测获得了比核型分析更精细的断裂点位置并确定了染色体片段的插入方向,另1例8号染色体插入Y染色体的患者未能检测到染色体插入的信号;1例环状染色体嵌合体患者未检测到成环信号。结论:OGM技术准确检测出4例患者是否存在染色体异常,为家系遗传咨询提供依据。
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编辑人员丨5天前
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利用全基因组光学图谱检测多发性骨髓瘤细胞遗传学异常
编辑人员丨5天前
多发性骨髓瘤(MM)是一种以单克隆浆细胞在骨髓中异常增殖为特征的血液肿瘤,MM细胞具有复杂的染色体数目异常和结构异常,这些异常对于患者的危险度分层以及疗效评估具有重要的意义。全基因组光学图谱(OGM)是一项新型的细胞遗传学检测技术,目前在肿瘤、辅助生殖、发育异常等领域已经显示出一定的应用前景,本研究首次利用OGM技术对5例新发MM患者的细胞遗传学异常进行检测,并将其与传统细胞遗传学检测技术进行了比较,从而评估该技术对染色体异常的检出能力以及在MM中的临床应用价值。
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编辑人员丨5天前
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光学基因组图谱技术在染色体结构变异检出的效能及初步应用评估
编辑人员丨5天前
探讨光学基因组图谱技术(OGM)在检测染色体结构变异方面的效能和应用价值。在复杂性遗传性疾病的高精度染色体结构变异分析的临床研究中,回顾性分析2021年1至12月于北京协和医院妇产科及内分泌科就诊进行染色体核型分析检测的病例。对10例染色体核型技术检出异常的样本,进行OGM技术检测,部分样本行FISH、SNP array芯片或CNV-seq验证。结果显示,利用OGM技术,在9例样本中检出结构变异,其中3例为非平衡性结构变异,6例为平衡性结构变异,包括5例易位和1例臂内倒位,检测结果与核型、芯片等技术一致,并能精细化断裂点位置、确定重复或插入的片段方向。另有1例断裂和重接位点位于着丝粒的易位样本未被检出。综上所述,光学基因组图谱技术作为一种新型分子检测技术,不仅能够发现拷贝数变异等非平衡性结构变异以及易位、倒位等平衡性结构变异,更重要的是能够精细化断裂点位置以及确定重复或插入片段的方向,有助于遗传病的诊断,预防出生缺陷的发生。但目前该技术还无法检测断裂点位于着丝粒等空白区域的平衡性结构变异。
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编辑人员丨5天前
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慢病毒载体整合位点检测方法的系统适应性对照品初步研究
编辑人员丨5天前
目的:评估8E5细胞和CD19-CAR-Jurkat细胞作为慢病毒载体整合位点检测方法的系统适应性对照品的可行性。方法:选择8E5细胞和CD19-CAR-Jurkat细胞,通过有限稀释法挑选单克隆;建立数字PCR法检测8E5细胞内HIV-1的拷贝数和CD19-CAR-Jurkat细胞内CAR的拷贝数;采用高通量测序技术(全基因组重测序法、改良的基因组测序法和探针杂交捕获法)对8E5细胞和CD19-CAR-Jurkat细胞的整合位点进行检测,并采用光学基因组图谱技术(optical genome mapping,OGM)对整合位点进行确认。结果:经有限稀释法,挑选出3个8E5细胞克隆和6个CD19-CAR-Jurkat细胞克隆。通过数字PCR及流式细胞术检测基因拷贝数,确定8E5-D8和CD19-CAR-Jurkat 2-6作为候选细胞,并扩增冻存。数字PCR检测结果显示,8E5-D8细胞含有约1拷贝/细胞,CD19-CAR-Jurkat 2-6细胞含有约13拷贝/细胞;高通量测序结果显示,8E5-D8细胞有1个整合位点,CD19-CAR-Jurkat 2-6细胞有13个整合位点,与拷贝数检测结果一致。这些整合位点均通过OGM法在染色体亚显微水平进一步得到确认。结论:对8E5-D8细胞和CD19-CAR-Jurkat 2-6细胞的插入拷贝数及整合位点的鉴定结果表明,其可作为进一步研制CAR-T细胞慢病毒载体整合位点检测方法的系统适应性对照品。
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编辑人员丨5天前
