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弗氏枸橼酸杆菌中发现介导 blaKPC-2传播的新型质粒及比较基因组学分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨来自弗氏枸橼酸杆菌的产碳青霉烯酶的新型不相容群组质粒pNY2385-KPC的耐药机制及基因结构特征。方法:从宁波市医疗中心李惠利医院急诊病房的发热患者尿液样本中获得1株多药耐药菌。采用16S rRNA基因扩增和平均核苷酸一致性(ANI)进行菌种鉴定;采用全自动细菌鉴定及药敏分析系统检测细菌MIC值;通过“三代”测序方法获得基因组序列,然后通过BLASTP/BLASTN、RefSeq、ConservedDomains、ResFinder、Isfinder等对基因功能进行详细注释及比较基因组学分析。结果:弗氏枸橼酸杆菌NY2385携带的质粒pNY2385-KPC为一种新型不相容群组质粒,包含 blaKPC-2,具有接合转移(Ⅳ型分泌系统)基因,可发生接合转移。NCBI中共检索到同型质粒15个,来源于弗氏枸橼酸杆菌、黏质沙雷菌、大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、肺炎克雷伯菌和植生拉乌尔菌等细菌,为泛宿主质粒。通过对来自弗氏枸橼酸杆菌中6个该新型质粒进行序列比较分析,发现该新型质粒结构具有一定的保守性,具有携带 blaKPC-2的Tn 6296变体结构,而且质粒pCF1807-3同时具有 repApNY2385-KPC和 repAIncX8。 结论:弗氏枸橼酸杆菌中的pNY2385-KPC型质粒均携带 blaKPC-2耐药基因,分为 repApNY2385-KPC单复制子和 repApNY2385-KPC/ repAIncX8双复制子两种亚型,属于泛宿主质粒,作为可移动遗传元件促进了 blaKPC-2的传播。
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编辑人员丨6天前
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食管癌根治术后病原菌分布情况及发生肺部感染的影响因素分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨食管癌根治术后病原菌分布情况及发生肺部感染的影响因素。方法:采用回顾性病例对照研究方法。收集2021年1月至2022年12月长治医学院附属和平医院收治的555例行食管癌根治术患者的临床资料;男344例,女211例;年龄为(64±8)岁。观察指标:(1)术后发生肺部感染及病原菌分布情况。(2)术后发生肺部感染影响因素分析。正态分布的计量资料以 x±s表示,组间比较采用 t检验。计数资料以绝对数或百分比表示,组间比较采用 χ2检验,等级资料比较采用非参数检验。单因素分析根据资料类型采用对应的统计学检验方法。多因素分析采用Logistic逐步回归模型前进法。 结果:(1)术后发生肺部感染及病原菌分布情况。555例患者中,91例术后发生肺部感染,发生率为16.40%(91/555)。91例术后发生肺部感染的患者中,共分离培养细菌59株,其中革兰氏阴性菌53株,革兰氏阳性菌 3株,真菌3株,包括多重耐药菌20株。53株革兰氏阴性菌中,鲍曼不动杆菌18株(12株多重耐药),肺炎克雷伯菌18株(3株多重耐药),铜绿假单胞菌6株(2株多重耐药),大肠埃希菌、阴沟肠杆菌、流感嗜血杆菌各2株(2株大肠埃希菌和1株阴沟肠杆菌多重耐药),粘质沙雷菌、克氏柠檬酸杆菌、纹状棒杆菌、奇异变形菌、产酸克雷伯菌各1株。3株革兰氏阳性菌中,金黄色葡萄球菌2株,肺炎链球菌1株。3株真菌均为白色假丝酵母菌。18株鲍曼不动杆菌中,对亚胺培南、头孢曲松、头孢他啶、头孢哌酮或舒巴坦、环丙沙星、阿米卡星、左氧氟沙星的耐药情况分别为12、12、11、9、8、6、5株;18株肺炎克雷伯菌的上述指标分别为0、1、1、1、2、0、2株。(2)术后发生肺部感染影响因素分析。多因素分析结果显示:肿瘤病理学分期为Ⅱ期和Ⅲ期、术前住院时间≥6 d、手术时间≥240 min、手术方式为开胸手术、围手术期抗菌药物使用种类≥3种、术后抗菌药物使用时间≥5 d是患者术后发生肺部感染的独立危险因素( P<0.05)。 结论:食管癌根治术后肺部感染病原菌主要为鲍曼不动杆菌和肺炎克雷伯菌。肿瘤病理学分期为Ⅱ期和Ⅲ期、术前住院时间≥6 d、手术时间≥240 min、手术方式为开胸手术、围手术期抗菌药物使用种类≥3种、术后抗菌药物使用时间≥5 d是患者术后发生肺部感染的独立危险因素。
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编辑人员丨6天前
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粪菌移植治疗肾移植后复杂性难治性泌尿系感染1例
编辑人员丨6天前
西安交通大学第一附属医院肾移植科收治1例肾移植术后因耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌(CRKP)引起复杂性难治性泌尿系感染的受者,给予多种抗感染方案治疗仍多次复发,效果欠佳;后通过改行粪菌移植(FMT)辅助治疗取得良好疗效,随访时间>3个月,期间体温正常,尿培养阴性,无腹泻、腹痛、恶心、尿路刺激及其他部位感染等不适,移植肾功能稳定。
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编辑人员丨6天前
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基于宏基因组学比较分析乙型肝炎肝硬化伴或不伴腹水患者肠道菌群的分布特征
编辑人员丨6天前
目的:采用宏基因组测序比较乙型肝炎肝硬化伴或不伴有腹水患者肠道菌群物种及代谢通路差异,并探讨差异菌群与临床指标及代谢通路间相关性。方法:在前期16S rRNA研究样本中选择20例乙型肝炎肝硬化(HBLC)患者[10例无腹水(HBLC-WOA),10例伴腹水(HBLC-WA)]及5名健康人作为健康对照(HC),对其肠道菌群样本进行宏基因组测序。采用Kruskal–Wallis秩和检验及Spearman检验发现差异菌群及代谢通路并分析其相关性。结果:(1)3组间肠道菌群的总体结构存在显著差异( R = 0.19, P = 0.018);在门水平上,HC组厚壁菌门的丰度最高,而变形菌门的丰度较低;肝硬化患者伴随腹水的出现,厚壁菌门丰度显著下降( Pfdr < 0.01),而变形菌门丰度显著增加( Pfdr < 0.01);(2)LEfSe分析表明29个菌属(HBLC-WA组18个,HBLC-WOA组11个)在疾病组中发挥主要作用。肠道菌群与临床变量的相关性分析结果显示,HBLC-WA组的未分类肠杆菌、克雷伯菌属以及HBLC-WOA组的肠杆菌属与Child-Turcotte-Pugh(CTP)评分、凝血酶原时间、国际标准化比值评分呈正相关,与白蛋白、血红蛋白水平呈负相关( P值均< 0.05);且HBLC-WA组的埃希菌属和志贺菌属与CTP评分呈正相关( P < 0.05);(3)关键差异KEGG通路与29个特定菌属相关性分析结果显示,在脂质代谢通路中,肠杆菌科菌属与花生四烯酸、α-亚麻酸、甘油脂代谢及脂肪酸降解呈正相关;在氨基酸代谢通路中,多数肠杆菌科菌属与支链氨基酸降解正相关,与芳香族氨基酸生物合成呈负相关。 结论:肠杆菌科细菌在HBLC-WA患者肠道中明显增加,影响肝脏的储备功能,并与脂质、氨基酸代谢通路密切相关。因此,对乙型肝炎肝硬化患者尤其是伴有腹水的患者应注意调节肠道菌群,预防并发症,改善患者的预后。
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编辑人员丨6天前
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耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的临床分布及耐药特征
编辑人员丨6天前
探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的临床分布及耐药特征,为预防CRKP的感染和治疗提供参考依据。回顾性分析2017年1月至2021年12月临床分离的510株CRKP菌株,应用 MALDI-TOF质谱仪和VITEK-2 Compact微生物药敏分析仪进行菌种鉴定和药敏试验,采用碳青霉烯酶抑制剂增强试验对CRKP菌株进行碳青霉烯酶表型检测,通过免疫显色法对CRKP菌株进一步分型并用聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)进行基因检测。结果显示,510株CRKP菌株主要来源于痰液302株(59.2%)、尿液127株(24.9%)、血液47株(9.2%);科室主要分布于重症医学科231株(45.3%),其次为呼吸内科108株(21.2%)和神经外科79株(15.5%);药敏试验结果显示对常用抗菌药物的耐药率均较高,仅对替加环素和头孢他啶/阿维巴坦保持很好的敏感性,但对替加环素的耐药率逐年上升,从2017年的1.0%上升到2021年的10.1%,差异有统计学意义( χ2=14.444, P<0.05)。碳青霉烯酶抑制剂增强试验结果显示,510株CRKP中产碳青霉烯酶 461株(90.4%),其中丝氨酸酶 450株(88.2%),金属酶 9株(1.8%),既产丝氨酸又产金属酶2株(0.4%);不产酶的有49株(9.6%);免疫显色法进一步分型显示 461株CRKP中分型检测为KPC 450株(97.6%),IMP 2株(0.4%);NDM 7株(1.5%);KPC+NDM 2株(0.4%);PCR基因检测结果:blaKPC 450株(97.6%),blaIMP 2株(0.4%),blaNDM 7株(1.5%),blaKPC+NDM 2株(0.4%)。综上,CRKP菌株主要来源于痰液标本,分布于重症医学科,耐药特征以产碳青霉烯酶中的KPC型为主,临床微生物实验室应加强对CRKP菌株的监测,为预防CRKP的感染,减少细菌耐药的产生提供参考依据。
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编辑人员丨6天前
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三种检测常见碳青霉烯酶型方法的评估研究
编辑人员丨6天前
目的:评估mCIM联合eCIM试验、Carba-5和Carba-R三种方法检测碳青霉烯类耐药细菌(carbapenem-resistant organisms,CRO)中常见碳青霉烯酶型的性能。方法:随机挑选2019年1月至2020年12月浙江大学医学院附属邵逸夫医院临床分离的122株非重复CRO菌株,应用生物梅里埃MALDI-TOF MS全自动快速质谱仪对菌株进行菌种鉴定,分别采用改良碳青霉烯类抗生素灭活试验(mCIM联合eCIM试验)、Carba-5检测条和Carba-R试剂盒对所有菌株进行碳青霉烯酶型检测;以PCR法检测结果为金标准,评价上述3种检测方法的性能。结果:122株CRO菌株属于12个不同菌种,PCR法碳青霉烯酶型检测结果:共112株检测结果阳性,KPC-2型阳性70株,占57%(70/122),其中肺炎克雷伯菌46株,铜绿假单胞菌12株,其他菌株12株;OXA-232型阳性19株占15%(19/122),均为肺炎克雷伯菌;NDM型阳性20株占16%(20/122),其中NDM-1型阳性7株和NDM-5型阳性13株,以大肠埃希菌为主(12/20);IMP-4型阳性2株,分别为肺炎克雷伯菌和阿氏肠杆菌;检测出1株同时产KPC-2和IMP-4的肺炎克雷伯菌;未检测到VIM型碳青霉烯酶;有10株未检出以上5种基因型。与金标准PCR方法相比mCIM联合eCIM试验灵敏度为95.65%(22/23),特异度为100.00%(90/90),阳性预测值(PPV)为100.00%(22/22),阴性预测值(NPV)为98.90%(90/91),诊断准确度为99.11%(112/113);Carba-5和Carba-R试验的灵敏度、特异性、PPV、NPV和诊断准确度均为100%。结论:碳青霉烯耐药肠杆菌目细菌和铜绿假单胞菌临床微生物实验室可以使用Carba-5试验快速、准确地检测常见碳青霉烯酶型,有条件的实验室还可以选择Carba-R试验,并监测患者是否存在碳青霉烯耐药菌的定植;而Carba-5和Carba-R检测结果阴性时,建议结合药敏结果进行mCIM联合eCIM试验检测。
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编辑人员丨6天前
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复杂性肛瘘患者肠道微生态检测及分析
编辑人员丨6天前
目的:通过16S rDNA基因测序检测复杂性肛瘘患者的肠道菌群分布,探讨其与健康人的菌群分布是否存在差异。方法:采用病例对照研究方法,回顾性收集2020年6月至12月期间杭州市第三人民医院接受手术治疗的30例复杂性肛瘘患者临床资料(复杂性肛瘘组),并按1∶1配比选择本院健康体检人群30例作为对照组(健康对照组)。病例纳入标准:(1)符合腺源性肛瘘诊断的标准,且症状持续3个月以上;(2)术前已行电子结肠镜检查排除肠道炎性反应、炎性肠病等;(3)复杂性肛瘘的定义为符合下面情况之一者:瘘管跨越2/3及以上的肛门括约肌;包含两个以上的外口或瘘管;既往已行肛瘘手术后确认复发者。排除标准:(1)合并有炎性肠病、慢性腹泻或便秘、糖尿病、消化道恶性肿瘤、肝肾功能障碍等;(2)克罗恩病、外伤、特殊感染(如放线菌病和结核病)等引起的肛瘘;(3)近1个月内使用过抗生素、益生元、益生菌等可能影响肠道微生态制剂者;(4)认知缺陷不能配合者。提取研究对象的粪便样本总DNA,扩增细菌16S rDNA基因序列的V4高变区,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序,最后进行操作分类单元(OTU)聚类、进行Alpha多样性和LEfSE数据分析,其中Chao指数或ACE指数越大,表明微生物区系的预期物种丰度越高,Simpson指数越小或Shannon指数越大,表明微生物区系多样性越高。两组间性别、年龄、体质指数(BMI)、饮酒吸烟史基线资料比较差异均无统计学意义(均 P>0.05),说明两组具有可比性。本研究观察指标包括两组的测序和质量控制、Alpha多样性分析和物种及其丰度分析以及LEfSE分析。 结果:复杂性肛瘘组与健康对照组的主要优势菌都是厚壁菌门和拟杆菌门,分别占93.4%±32.0%和87.4%±41.2%;在属水平上,复杂性肛瘘组的普雷沃菌属(4.9%±7.4%比0.1%±1.1%, P<0.001)、巨细胞菌属(3.9%±8.2%比0.5%±4.2%, P<0.05)和毛螺菌属(2.6%±5.7%比0.1%±3.4%, P<0.05)的丰度明显更高,而变形菌属(0.02%±4.2%比9.3%±14.4%, P<0.01)、肠球菌属(0.02%±2.3%比9.3%±19.6%, P<0.05)、拟杆菌属(24.7%±9.9%比29.8%±9.1%, P<0.05)和克雷伯菌属(0.4%±4.2%比3.9%±7.3%, P<0.05)相对更低。与健康对照组相比,复杂性肛瘘组肠道菌群多样性更丰富,表现为ACE指数更高[(293.30±44.00)比(218.75±33.83), t=102.069, P<0.001],Chao指数也更高[(318.40±41.99)比(250.00±46.38), t=77.818, P=0.028],Shannon指数更高[(3.36±0.29)比(2.43±0.34), t=9.657, P=0.001];而Simpson指数更低[(0.103±0.013)比(0.131±0.013), t=5.551, P=0.046],差异均有统计学意义(均 P<0.05)。韦荣菌科、Selenemondales 及厌氧菌纲(均属于厚壁菌门)的菌株总体上对两组样本肠道菌群差异的影响最大(LDA 值均>4)。 结论:与健康对照组相比,复杂性肛瘘患者肠道菌群多样性更丰富,提示某些肠道菌群及其代谢产物可能在肛瘘发病中发挥了一定的作用。
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编辑人员丨6天前
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新生儿骨髓炎56例临床分析
编辑人员丨6天前
目的:分析新生儿骨髓炎的临床特点、病原学检查、治疗及预后。方法:选择2015年5月至2019年10月郑州大学附属儿童医院新生儿科收治的骨髓炎患儿为研究对象,对其临床特点、实验室检查、治疗及预后进行回顾性分析。结果:研究期间共收治56例新生儿骨髓炎患儿,男39例,女17例;起病日龄1~28 d,以14~28 d为主(66.1%)。62.5%(35/56)以局部活动差伴被动活动时哭闹入院;57.1%(32/56)发病部位在股骨,76.8%(43/56)有两个及以上骨部位受累;均有局部症状,表现为局部肿胀(94.6%)、局部压痛(94.6%)和局部皮温增高(83.9%)。40例(71.4%)血白细胞计数呈不同程度升高,28例(50.0%)C反应蛋白呈不同程度升高。血和局部脓液培养结果示金黄色葡萄球菌占比最高,分别为25.0%(3/12)和40.9%(9/22)。骨髓液培养结果示肺炎克雷伯菌占比最高,为33.3%(5/15)。11例(19.6%)使用抗生素保守治疗,45例(80.4%)行手术治疗。随访到48例患儿,出现对位不良1例、患侧下肢长1例、膝外翻1例,其余患儿情况良好。结论:新生儿骨髓炎早期症状不典型,应尽早完善实验室及影像学检查,及早诊断和治疗,减少后遗症的发生。
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编辑人员丨6天前
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糖尿病合并肺炎克雷伯菌肝脓肿患者发生侵袭综合征预测模型的建立与验证
编辑人员丨6天前
目的:分析糖尿病合并肺炎克雷伯菌肝脓肿患者发生侵袭综合征的相关因素,以此构建在线列线图预测模型并进行验证。方法:病例对照研究。回顾性分析2015年1月1日至2021年12月31日在苏州大学附属第三医院治疗的213例糖尿病合并肺炎克雷伯菌肝脓肿患者的临床资料。运用分层随机抽样法按7∶3将患者分为训练集(149例)和测试集(64例)。使用人工少数类过采样法(SMOTE)过采样处理不平衡数据,再运用Lasso回归在训练集中筛选出最优特征变量并利用多因素logistic回归模型构建糖尿病合并肺炎克雷伯菌肝脓肿患者发生侵袭综合征的预测模型,并在训练集及测试集中进行验证。采用受试者工作特征(ROC)曲线、校准曲线及决策曲线分析(DCA)评估模型的预测效能,并构建简易列线图及在线交互动态网页列线图。结果:入选的213例患者中,男60例,女153例,年龄(61.4±12.0)岁。共有25例(11.74%)糖尿病合并肺炎克雷伯菌肝脓肿患者发生侵袭综合征,入肺炎克雷伯菌肝脓肿侵袭综合征(IKPLAS)组,其他188例为未发生肺炎克雷伯菌肝脓肿侵袭综合征(NIKPLAS)组。使用SMOTE算法进行过采样处理,使正负样本比例为1∶1,在过采样后的训练集中基于Lasso回归筛选出5个主要危险因素,分别为空腹血糖( λ=0.063)、血红蛋白( λ=-0.042)、血尿素氮( λ=-0.050)、脓肿大小( λ=-0.025)和序贯性器官功能衰竭评分(SOFA)( λ=0.450)。多因素logistic回归模型结果显示,空腹血糖( OR=1.20,95% CI:0.98~1.48, P=0.006)、血红蛋白( OR=0.90,95% CI:0.86~0.95, P<0.001)、血尿素氮( OR=1.22,95% CI:1.03~1.43, P=0.017)、脓肿直径( OR=0.76,95% CI:0.61~0.94, P=0.010)、SOFA评分( OR=3.08,95% CI:2.18~4.36, P<0.001)为糖尿病合并肺炎克雷伯菌肝脓肿患者发生侵袭综合征的相关因素。训练集中ROC的曲线下面积为0.966(95% CI:0.943~0.989),灵敏度为90.5%,特异度为91.3%;验证集ROC的曲线下面积为0.946(95% CI:0.902~0.991),灵敏度为79.6%,特异度为88.9%。分别在训练集和测试集绘制的校准曲线与理想曲线拟合较好。DCA显示列线图预测模型在预测糖尿病合并肺炎克雷伯菌肝脓肿患者发生IKPLAS风险为0.10~0.40时,有较好的临床净收益。 结论:空腹血糖、血红蛋白、尿素氮、脓肿大小、SOFA评分是糖尿病合并肺炎克雷伯菌肝脓肿患者发生侵袭综合征的相关因素,基于此构建的列线图可有效预测糖尿病合并肺炎克雷伯菌肝脓肿患者发生侵袭综合征的风险。
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编辑人员丨6天前
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2型糖尿病合并败血症患者病原菌分布及药物敏感性分析
编辑人员丨6天前
目的:探讨2型糖尿病合并败血症患者的病原菌种类及其对抗菌药物的敏感性。方法:回顾性分析仪陇县人民医院2017年7月至2020年7月收治的2型糖尿病合并败血症患者139例的临床资料,总结其病原菌分布及其药物敏感性。结果:139例患者中共检测到139株病原菌,其中革兰阴性菌105株[75.5% (105/139)],革兰阳性34株[24.5%(34/139)],真菌0株[0.0%(0/139)]。革兰阴性菌以大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌为主;革兰阳性菌以葡萄球菌属为主,其中以金黄色葡萄球菌、肠球菌、人葡萄球菌亚种多见。医院感染和社区感染常见病原菌均为大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌。常见革兰阴性病原菌对头孢唑林、氨苄西林、头孢他啶、头孢曲松、妥布霉素、复方磺胺甲噁唑的耐药性较高;常见革兰阳性菌对青霉素、红霉素、克拉霉素的耐药性较高。结论:2型糖尿病合并败血症患者病死率较高,病原菌以革兰阴性菌为主,大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌是最常见的病原菌。同时应重视原发感染部位对2型糖尿病合并败血症的影响。
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编辑人员丨6天前
