肠道菌群是由许多细菌及其代谢产物组成的复杂生态系统,对人体消化、营养吸收、能量供应、脂肪代谢、免疫调节等诸多方面发挥着不可替代的作用.探索肠道菌群的结构与功能、关键基因与代谢产物,将有助于实现疾病的早期诊断与辅助诊断,发现新的治疗靶点与药物治疗效果评价,更好地指导抗生素的使用.肠道菌群的鉴定在临床诊疗及药物研发等领域都具有重要作用,因此,有必要对这一迅速发展的领域进行全面回顾.传统的鉴定方法无法全面捕捉肠道微生物多样性.随着分子生物学的快速发展,肠道菌群的分类鉴定也从最初的表型鉴定和化学鉴定演变到了分子水平鉴定.本综述整合了肠道菌群的主要鉴定方法及其应用评价,特别关注于分子生物学方法的研究进展,并重点介绍了高通量测序技术在肠道菌群鉴定中的应用,这种革命性的肠道菌群鉴定方法预示着人类对微生物世界认识的全新篇章.

目的:探讨基于脂代谢相关基因（LMRG）预测局部晚期直肠癌（LARC）新辅助放化疗疗效的价值。方法:于基因表达数据库获得接受新辅助放化疗的LARC的全基因组表达数据GSE46862，进行差异表达分析以获得差异表达基因。于分子标签数据库（MSigDB数据库）搜集LMRG并与差异表达基因取交集获得差异表达的LMRG。基于最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归、支持向量机递归特征消除（SVM-RFE）、随机森林（RF）三种机器学习算法筛选获得候选LMRG。采用基因本体论（GO）与京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析进行功能富集分析以获得潜在的功能与作用通路。采用受试者操作特征（ROC）曲线分析评估候选LMRG预测LARC新辅助放化疗疗效的准确性。结果:共筛选出8个候选LMRG（ ALOX5AP、 FADS2、 GALC、 PLA2G12A、 AGPAT1、 AACS、 DGKG、 ACSBG2），这些LMRG主要涉及脂质代谢相关生物进程，并参与调控多个重要的脂质代谢相关信号通路。此外，这8个候选LMRG拥有较高的预测LARC新辅助放化疗疗效的曲线下面积（AUC）值。 结论:基于3种机器学习算法鉴定出的8个LMRG拥有较高的预测LARC新辅助放化疗疗效的准确性，可为寻找LARC术前新辅助放化疗疗效评估的分子标志物及潜在的治疗靶点提供线索。

目的:从阔褶水蛙皮肤分泌物中发现新型蛙皮素多肽，并鉴定其对胰岛细胞的促胰岛素分泌作用。方法:通过电刺激法提取阔褶水蛙皮肤分泌物，以分子克隆大量制备蛙皮素多肽单链并测序。通过固相合成法合成已知序列多肽QUB2995，并以反相高效液相色谱(HPLC)纯化合成多肽，通过基质辅助激光解析飞行时间质谱(MALDI-TOF)确认合成多肽是否为之前发现的新型多肽QUB2995。用qPCR以及ELISA检测QUB2995对小鼠胰岛细胞MIN6及大鼠胰岛细胞INS-1的促胰岛素分泌作用。结果:通过分子克隆技术，在亚洲阔褶水蛙的皮肤分泌物中发现了一种新型蛙皮素多肽，命名为QUB2995(GAFGDFLKGAAKAGALKILSIAQCKLSGTC)。该蛙皮素多肽对小鼠胰岛细胞MIN6及大鼠胰岛细胞INS-1具有显著的促进胰岛细胞增殖以及胰岛素分泌作用，在10 -5 mol/L浓度下效果最为显著。 结论:从阔褶水蛙中发现了新型蛙皮素多肽并命名为QUB2995，其对小鼠胰岛MIN6及大鼠胰岛INS-1细胞具有显著促胰岛素分泌作用，显示出作为治疗糖尿病药物的潜在价值。

目的:分析皮肤化脓性感染部位分离的金黄色葡萄球菌（简称金葡菌）耐药、毒力及分子流行病学特征，为临床抗感染用药提供实验依据。方法:收集内蒙古医科大学附属医院2020年5-12月皮肤科住院患者皮肤化脓性感染部位及鼻腔分泌物样本进行细菌分离培养。采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定疑似金葡菌菌落，用微量肉汤稀释法进行药物敏感性试验，PCR扩增金葡菌毒力基因，实时荧光定量PCR检测tsst-1、pvl、hla、clfA 4种毒力基因在不同来源金葡菌菌株中的相对表达量。对金葡菌菌株进行多位点序列分型（MLST）。耐药率及毒力基因检出率比较采用 χ2检验或Fisher确切概率法，计量资料组间比较采用 t检验或曼-惠特尼 U非参数检验。 结果:在210例住院患者中，共分离金葡菌85株，包括皮肤化脓性感染部位54株（病例组），鼻腔部位31株（对照组）。药敏试验结果显示，85株金葡菌中14株为耐甲氧西林金葡菌（MRSA）。85株菌对青霉素耐药率[90.59%（77/85）]最高；对克林霉素和红霉素耐药率分别为60.00%（51/85）、61.18%（52/85），未发现对利福平、万古霉素和利奈唑胺耐药菌株。PCR显示，病例组菌株pvl基因检出率（33.33%，18/54）高于对照组（12.90%，4/31， χ2 = 4.28， P = 0.038）。实时荧光定量PCR显示，对照组菌株clfA相对表达量[3.87（2.30，5.94）]高于病例组[1.63（0.95，2.62）， P = 0.007]。85株金葡菌分型共得到17个ST型别，其中主要优势型别为ST398-甲氧西林敏感金葡菌（20/71）和ST22-MRSA（9/14）。ST22-MRSA菌株毒力基因pvl检出率（14/14）明显高于非ST22型MRSA（0， P < 0.001）。 结论:皮肤化脓性感染部位分离的金葡菌对青霉素、克林霉素和红霉素耐药率较高，这些抗生素不应作为临床经验治疗的首选药；皮肤金葡菌感染性疾病发病可能与毒力基因pvl有关；金葡菌鼻腔定植可能与clfA基因有关。

原发性眼部淋巴瘤根据累及部位分为原发性眼内淋巴瘤（PIOL）和眼附属器淋巴瘤（POAL）。原发性玻璃体视网膜淋巴瘤（PVRL）是PIOL最常见的形式，是一种侵袭性B细胞恶性肿瘤，被认为是原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）的一种亚型。因其眼部症状的非特异性而经常导致误诊。恶性细胞的细胞病理学/组织病理学鉴定是诊断PVRL的金标准。其他辅助检查，如光学相干断层扫描和眼底自发荧光已被应用于PVRL的诊断。细胞因子测量和B细胞克隆性以及突变分子的测定进一步提高了诊断的准确性。目前PVRL的治疗包括局部放疗，玻璃体内化疗（甲氨蝶呤和利妥昔单抗），根据是否累及非眼部组织选择是否进行全身化疗。眼眶淋巴瘤是POAL的主要形式，绝大多数起源于B细胞。组织病理学亚型和疾病的临床分期是预测预后及选择治疗的最佳指标。在治疗孤立性低级别淋巴瘤时，放射治疗是首选治疗方法。对于播散性和高度恶性淋巴瘤，应选择化疗或放疗联合化疗。

目的:应用网络药理学分析方法，从整体水平观察牛黄－靶点－角膜炎的复杂网络关系，探讨牛黄治疗角膜炎的分子作用机制。方法:首先通过DisGeNET在线数据库收集角膜炎相关的基因，构建角膜炎相关蛋白质的互作网络，然后经中药系统药理学分析(TCMSP)平台、中国科学院化学数据库查询，结合文献报道，收集牛黄中分离鉴定的组成成分，导出各成分SMILES结构式信息，利用在线软件SwissTargetPrediction预测作用靶点，进而构建牛黄活性成分－预测靶点网络图，最后将角膜炎相关蛋白质的互作网络与牛黄活性成分－预测靶点网络进行合并，得到牛黄活性成分－潜在靶点网络，系统分析牛黄治疗角膜炎的潜在作用靶点及其在信号通路中的作用，构建成分－靶点－通路网络图，分析牛黄治疗角膜炎的作用机制。结果:共搜索到39个已分离鉴定的牛黄组成成分，角膜炎相关靶点65个，牛黄治疗角膜炎的潜在靶点28个；28个潜在靶点中包含7个直接作用靶点，即肿瘤坏死因子、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶-1、Toll样受体9、C-X-C基序趋化因子配体8、白细胞介素(IL)6、丝裂原活化蛋白激酶8和神经营养受体酪氨酸激酶1。28个潜在靶点可被注释入12项生物过程、18项细胞组分、13个分子功能，经京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，共纳入10条KEGG信号通路，主要涉及人巨细胞病毒感染、阿米巴病、抗叶酸耐受性、PI3K-Akt信号通路、类风湿性关节炎、凋亡、细胞因子－细胞因子受体相互作用、疟疾、非酒精性脂肪肝、IL-17信号通路。结论:牛黄可能通过抗炎、抗菌、抗病毒、免疫调节和炎症调控等作用发挥对角膜炎的辅助治疗作用。

为实现"终止结核病"的目标，及时、准确地检测结核分枝杆菌对结核病的治疗和预防至关重要，故有必要加快推动结核病实验室诊断技术的发展。近年来，结核病的实验室诊断技术发展迅速，如基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry)、基于聚合酶链反应的各种分子药物敏感检测技术、测序技术等，均在结核病的实验室诊断方面具有较好的临床应用前景。本研究从结核分枝杆菌的菌种鉴定、药物敏感性检测、免疫学诊断方法，以及各种组学用于结核病诊断的进展等方面予以述评。

目的:利用分子分型及基质辅助激光解析串联飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术对现有的荚膜组织胞浆菌( Histoplasma capsulatum)和球孢子菌属( Coccidioides sp.)复核鉴定并聚类分析。 方法:通过多位点序列分型(multilocus sequence typing, MLST)对10株荚膜组织胞浆菌进行系统发育分析；利用特异性片段( Coi区)明确7株球孢子菌的种归属；MALDI-TOF MS技术建立荚膜组织胞浆菌和球孢子菌的MALDI-TOF MS自建数据库，并从蛋白质指纹图谱角度对两类真菌进行同源性分析。 结果:通过MLST分析，可以将10株荚膜组织胞浆菌分为3个进化支：欧洲型(Eurasia clade)、澳洲型(Australia clade)和北美2型(North American class 2 clade)，且质谱聚类分析亦将10株荚膜组织胞浆菌分为3个簇；利用特异性片段( Coi区)鉴定7株球孢子菌为波萨达斯球孢子菌，同时MALDI-TOF-MS蛋白质指纹图谱同源性分析将其归为两个簇。两类真菌MALDI-TOF MS建库后验证符合率为100%。 结论:分子鉴定后所有球孢子菌明确为波萨达斯球孢子菌，与美国流行情况一致；国内分离的荚膜组织胞浆菌归于欧洲型、北美2型和澳洲型这3个型别；MALDI-TOF MS建库数据可靠且质谱同源性分析可作为分子分型的补充，成为荚膜组织胞浆菌和波萨达斯球孢子菌鉴定和溯源的另一手段。

对海南省2021年临床分离的4株血清型2型猪链球菌进行了培养纯化、基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱仪和生化分析鉴定、药敏试验、耐药基因检测和多位点序列分型。菌株1和菌株2为ST7型，菌株3为ST1型，菌株4为ST2302型；4株菌株对左氧氟沙星、青霉素、美罗培南、利奈唑胺、头孢曲松、头孢吡肟和达托霉素均敏感，3株对四环素、红霉素和阿奇霉素具有耐药性，2株对克林霉素和氨苄西林耐药，1株对氯霉素和万古霉素耐药，提示海南省多个地区可能存在猪链球菌感染源，猪链球菌ST分子分型呈现多样化。

目的:应用超高效液相色谱串联四级杆飞行时间质谱（UPLC-Q-TOF/MS）技术，筛选对结核病诊断有辅助意义的代谢性生物标志物。方法:回顾性病例对照的临床研究。随机选取2017年1月至2018年1月就诊于上海市肺科医院和上海市东方医院的102例结核病患者［男49例，女53例，年龄为40.0（24.0，48.5）岁］、100例就诊于上海市东方医院经结核分枝杆菌γ干扰素释放试验（TB-IGRA）检测为阳性者［男55例，女45例，年龄为44.0（37.0，52.0）岁］和96名健康体检者［男55例，女41例，年龄为43.0（32.2，52.8）岁］。采用UPLC-Q-TOF/MS技术分别检测其血浆中的小分子代谢物，结合多元统计方法变量投影重要性（Variable Importance Projection，VIP）及单变量统计分析 t检验方法筛选活动性结核病患者血浆中主要的差异代谢物，并对代谢差异物进行单变量受试者工作特性（ROC）曲线分析，计算曲线下面积值及用于结核病诊断的特异度和敏感度。 结果:所有样本检测得到10 266个变量，经人类代谢组数据库检索定性，初步鉴定出1 153种物质。3组样本两两比较后，将同时满足VIP>1和 P<0.05的差异代谢物绘制韦恩图，得到的交集中含有38种主要差异代谢物。ROC曲线评估38个主要差异代谢物对活动性结核病的诊断效能，发现乳酸、多巴胺、9-十五碳烯酸及12，13-二羟基亚油酸在诊断活动性结核病时，其曲线下面积分别是0.92、0.98、0.94和0.94，特异度均大于90%，敏感度均大于80%，4种代谢标志物联合诊断活动性结核病的特异度和敏感度均为94%。 结论:筛选出的4种代谢标志物乳酸、多巴胺、9-十五碳烯酸及12，13-二羟基亚油酸对结核病的诊断具有良好的诊断效能。