多模态组学数据的联合运用在揭示细胞异质性和解析细胞命运调控机制方面具有重要意义,目前已有多种方法被开发,用于处理不同组学模态数据的整合.本研究通过对应用于不同整合任务的多种数据整合方法进行性能评测,为相关领域的研究提供有益参考.使用6个联合测序数据集对16种单细胞多模态配对数据整合方法在2类整合任务上的性能进行测试,再通过4个模拟数据集和1个真实数据集对6种空间转录组反卷积方法的性能进行评估.在RNA和ATAC配对数据整合任务中,MOFA+、SCOIT、Cobolt分别在PBMC、BMMC、SNARE数据集上取得最优表现,SCOIT在3个数据集的汇总得分中均排名前3,MMDVAE、DAE在基于AE的融合算法中表现突出.在RNA和蛋白质配对数据整合任务中,Cobolt、MOFA+、Seurat分别在P5_CITE、BM_CITE、COVID中取得最优表现,totalVI在3个数据集的汇总得分中排名靠前,基于AE的融合算法中以efMMDVAE、lfMMDVAE的表现最好.在空间转录组反卷积方法评测中,Cell21ocation和SPACEL在模拟数据和真实数据中的性能表现均优于其他方法的,其中Cell21ocation在真实数据集中表现最佳,正确地推断了两类心肌细胞在心室的比例.此外,本研究发现在配对数据整合任务中,不同方法对数据的适应性不同.SCOIT和totalVI分别是RNA与ATAC、RNA与蛋白质数据整合中表现稳定优异的方法.Seurat、MOFA+易受数据影响.

目的:基于空间转录组、单细胞转录组和RNA转录组测序数据探讨BICD1基因促进脑胶质瘤恶性进展的分子机制。方法:基于空间转录组公共数据集分析BICD1基因在正常脑组织(样本"248_C")和胶质母细胞瘤组织(样本"275_T")中的空间分布特征。采用R语言软件包分析中国脑胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据库中单细胞测序数据(来源于14例患者的6 148个细胞)，明确BICD1基因在胶质瘤不同细胞类型中的表达差异。基于CGGA数据库中693例脑胶质瘤患者的RNA测序数据，采用京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及基因本体论分析BICD1基因相关基因的生物学功能。结果:BICD1基因在正常脑组织中表达广泛，在胶质母细胞瘤组织中特异性地表达于肿瘤干细胞与肿瘤细胞的分界处。根据单细胞测序数据进行的细胞分群分析表明，BICD1基因主要在星形胶质细胞中高表达。在Neftel分型中，BICD1基因高表达细胞主要分布在星形胶质细胞样细胞群和神经前体样细胞群中。BICD1基因表达水平相关差异基因的KEGG通路富集分析显示，BICD1基因高表达与细胞衰老( P＝0.003)、癌症中的蛋白聚糖( P＝0.004)等癌症相关生物学功能的聚集相关，与肌动蛋白细胞骨架的调节( P＝0.010)等胞内运输过程的功能聚集相关；BICD1基因低表达与核糖体相关功能( P<0.001)及氧化磷酸化( P<0.001)等生物学过程的聚集相关。BICD1基因表达水平相关差异基因的生物学功能聚类分析显示，与BICD1基因表达水平相关性较强的生物学功能有细胞质翻译( P<0.001)、核糖体亚单位装配( P＝0.001)、染色体分离调控( P＝0.004)及染色体分离( P＝0.004)等。BICD1基因的表达水平与多泛素修饰依赖性蛋白结合( P＝0.046)、泛素－泛素连接酶活性( P＝0.033)、蛋白质解聚负调控( P＝0.010)、单泛素化蛋白质去泛素化( P＝0.026)、肌动蛋白丝加帽( P＝0.007)、肌动蛋白丝解聚( P＝0.013)等生物学过程相关。 结论:BICD1蛋白可能在脑胶质瘤前体肿瘤细胞中参与蛋白泛素化降解及细胞骨架相关的胞内运输，调控细胞衰老和细胞分裂等生物学过程，在这些细胞的恶性转变过程中起到关键作用。

肺癌脑转移是导致患者死亡的主要原因，肿瘤微环境在促进肺癌脑转移中的作用及机制已引起广泛关注。本文总结了与肿瘤微环境相关的肺癌脑转移研究最新进展，阐述了肺癌脑转移中特有的中枢神经系统微环境对转移的影响，以及基于单细胞测序、空间转录组学等新兴技术的脑转移微环境全景研究，并分述了脑转移微环境各成分与肿瘤细胞的互作及机制，为肺癌脑转移的微环境靶向治疗提供新的策略。此外，文章还综述了现有靶向微环境的肺癌脑转移临床研究和治疗现状，为肺癌脑转移的精准医疗提供参考。

中性粒细胞一直被认为是先天免疫系统中一种短寿命的、同质的细胞类型，具有有限的促/抗炎作用。然而最近10年，随着研究的深入，对中性粒细胞的了解正在经历着某种复兴。对中性粒细胞的异质性及其与其他免疫细胞相互作用机制的研究促进了研究者对中性粒细胞生理与病理生理作用的再认识。在接下来的数十年中，随着单细胞测序技术、空间转录组测序技术以及多组学联合测序技术的发展，研究者将对中性粒细胞的生物学行为认识得更为透彻。本文对近年来中性粒细胞的多种生物学行为及其在多种疾病中的作用进行简要评述。

血液系统疾病是一门高度依赖实验诊断的学科，血液系统疾病诊断是一个以传统光镜下血细胞形态学分析为基础，结合流式细胞术免疫表型分析、细胞遗传学和靶向测序基因突变检测的整合诊断过程。诊断分型标准从纯粹以细胞形态学为基础的FAB标准，到现今的细胞遗传学和分子学优先于细胞形态学的第五版造血淋巴组织肿瘤WHO分型和髓系肿瘤和急性白血病国际共识分型（ICC） [1,2]，随着新的技术，如全基因组测序（WGS）、单细胞空间组学等从实验室向临床转化，组学分型（genomic classification）将是未来的发展趋势 [3]，因此，对血液系统疾病病理诊断提出了新的要求，也带来了新的挑战。笔者联系我国血液系统疾病病理学科现况，以及面临的问题和挑战，做了几点思考。

前列腺癌是男性泌尿生殖系统最常见的恶性肿瘤之一，严重威胁着男性生命健康。前列腺癌发生转移或去势抵抗不仅取决于癌细胞自身，也取决于癌细胞所处的肿瘤微环境。肿瘤相关成纤维细胞是前列腺癌肿瘤微环境中的重要组成部分，在调节肿瘤增殖、转移、代谢和免疫逃逸等方面发挥多重作用。近年来单细胞转录组学、空间转录组学及代谢组学等多组学技术深入阐明肿瘤相关成纤维细胞(CAFs)的特征及其在前列腺癌促癌抑癌作用中的调节机制，这让我们进一步了解到CAFs与前列腺癌细胞间信息交流。本文就CAFs的生物学特性及其在前列腺癌中的研究进展与临床价值作一综述，为前列腺癌的临床治疗提供新思路。

目前肺癌的发病率和死亡率位居第一，国内食管癌患者人数占全世界一半以上，胸外科作为这两种疾病的诊治一线正面临前所未有的挑战。以手术为主，化疗、靶向治疗、免疫治疗为辅的治疗模式在不断的更新迭代，随着"空间单细胞多组学"、"更高层次的多模态"、"更深层次的学科交叉融合"等概念的出现，为胸外科的基础研究带来了机遇和挑战。我们胸外科医师应该在时代的潮流中，激流勇进，迎难而上，在基础研究领域深耕细作，促进基础向临床的转化，为胸外科的发展添砖加瓦。

肝癌是我国常见的恶性肿瘤之一，病死率常年居高不下，因此，对肝癌进行科学研究非常必要。本文针对肝癌模型构建新方法与肝癌研究新技术进行总结，肝癌模型构建新方法主要涉及基因工程模型、细胞谱系示踪模型、水动力模型、人源性肝癌模型、肝癌类器官模型；除此之外也阐述了一些新兴前沿实验技术，包括单细胞测序、空间转录组技术、单细胞质谱分析、全外显子组测序和纳米技术，供广大肝癌研究者参考。

血管外科疾病是指除心脑血管之外的全身性血管疾病，随着社会进步和人口老龄化加剧，发病率逐年增加。腹主动脉瘤、主动脉夹层、动脉硬化闭塞症、血栓形成和血管畸形是血管外科疾病中最为常见的几种类型，其发生发展的分子机制尚不十分清楚。单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing，scRNA-seq)联合空间转录组技术(spatial transcriptomics，ST)可以在单细胞水平上识别新型或罕见细胞类型、研究细胞异质性和分析空间位置信息，有助于探究其基因表达水平和三维重建，为研究常见血管外科疾病发生发展机制开辟了一条新途径，对生物医学研究产生了变革性影响。

近年来，新型冠状病毒肺炎、流行性感冒、埃博拉出血热等病毒性疾病呈现愈演愈烈、愈发愈快的趋势。为保障人民健康和国民经济的稳定运行，研究病毒的致病机理与宿主免疫调控机制，解析病毒与宿主的基因表达调控规律，监测病原病毒与防治病毒病的重要性逐渐凸显。转录组测序是一类在RNA水平上关注基因在特定时空状态下表达特征的技术，是分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着分子生物学实验技术的进步和生物信息学分析平台的成熟，转录组学研究向着低成本、低技术门槛的方向发展，逐渐从理论研究领域向临床实验室过渡，改变着临床工作人员对病毒与病毒病的传统认知，被越来越多的用于病毒转录机制、病毒与宿主的免疫互作、追踪疾病进展以及抗病毒药物研发等方面研究。本文主要对宏转录组的技术流程、常用软件以及病毒与病毒病方向的应用场景进行综述，并对细胞群转录组、单细胞转录组、单细胞核转录组以及空间转录组的方法与应用进行简要介绍，以期为病毒转录机制研究与病毒病的防控提供方法学参考。