目的:比较在 H. pylori根除治疗同时或之后添加嗜酸乳杆菌对肠道菌群的影响，从肠道菌群角度为探索合适的益生菌使用时机提供依据。 方法:纳入2018年8月至2019年8月在南京市第一医院消化内科门诊进行 H. pylori根除治疗的患者30例，分成单用四联组、四联同时用嗜酸乳杆菌组、四联后用嗜酸乳杆菌组，每组10例。主要通过16S rRNA高通量测序技术，在第8周末治疗结束时，检测3组患者肠道菌群的α多样性指数PD_whole_tree和Shannon，主要分析相对丰度>1%的优势菌门、优势菌属的相对丰度和增长或减少的趋势。采用Kruskal-Wallis秩和检验、平均秩多重比较和Bonferonni校正进行统计学分析。 结果:在第8周末治疗结束时，单用四联组和四联同时用嗜酸乳杆菌组的PD_whole_tree指数均低于四联后用嗜酸乳杆菌组[22.43(21.39，23.45)和22.86(20.93，24.46)比24.93(24.17，27.00)]，单用四联组优势菌属柯林斯菌的相对丰度低于四联后用嗜酸乳杆菌组[0.00(0.00，0.01)比0.02(0.01，0.05)]，差异均有统计学意义( t＝-3.200、-2.667、-3.581， P＝0.004、0.023、0.001)；单用四联组与四联同时用嗜酸乳杆菌组的PD_whole_tree指数，四联同时用嗜乳杆菌组与四联后用嗜乳杆菌组的优势菌属柯林斯菌的相对丰度比较差异均无统计学意义( P均>0.05)；单用四联组、四联同时用嗜酸乳杆菌组、四联后用嗜酸乳杆菌组的Shannon指数，优势菌门厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门的相对丰度，优势菌属拟杆菌属、链球菌属、布劳特菌、肠杆菌属、栖粪杆菌属、毛圈瘤胃球菌属、克雷伯菌属、活泼瘤胃球菌属、霍氏真杆菌属、双歧杆菌属、乳杆菌属、 Fusicatenibacter的相对丰度比较差异均无统计学意义( P均>0.05)。优势菌属中，有益菌属栖粪杆菌属、双歧杆菌属、乳杆菌属均表现正性增加趋势，而潜在致病菌属肠杆菌属、克雷伯菌属、链球菌属均呈负性减少趋势。相对丰度差折线图显示，第8周末治疗结束时，四联同时用嗜酸乳杆菌组与单用四联组的致病菌或有益菌属的相对丰度差大于四联后用嗜酸乳杆菌组与单用四联组的相对丰度差。 结论:在含铋剂四联 H. pylori根除后添加嗜酸乳杆菌方案更有利于提高肠道菌群多样性，而根除同时添加嗜酸乳杆菌的方案较后添加方案在调节有益菌增长、减少潜在致病菌方面的效果可能更佳。

目的 对变栖克雷伯菌进行全基因组测序及大蜡螟毒力实验,为变栖克雷伯菌分子毒力特征研究提供参考.方法 收集江南大学附属中心医院2021年1-12月从患者血液中分离的变栖克雷伯菌共3株,进行菌种鉴定及全基因组测序;通过大蜡螟感染模型中大蜡螟幼虫lgLD50的差异来进行变栖克雷伯菌毒力分析.结果 3株变栖克雷伯菌均可通过Vitek MS V3.2完成菌种鉴定,质谱图谱的8 250 m/z处均有特征峰.黏液丝实验显示wxkv2055黏液丝实验阳性.wxkv2055和wxkv2031仅对氨苄西林耐药,对其他抗生素均敏感,wxkv2096对氨苄西林、环丙沙星、左氧氟沙星、阿米卡星、庆大霉素、甲氧苄啶-磺胺甲噁唑耐药.全基因组测序显示,3株菌的GC含量为56.8％～57.2％,荚膜血清型包括KL14、KL16、KL34,O抗原分型包括O5、O3/O3a,MLST分型包括1169、595、718,wxkv2055携带 1个23.81 kb的IncHI1B型毒力质粒.大蜡螟毒力模型分析显示,wxkv2055的lgLD50低于wxkv2031和wxkv2096,差异均有统计学意义(均P<0.05),wxkv2055的lgLD50与对照高毒力菌NTUH-K2044比较,差异无统计学意义(P>0.05).结论 血液中分离的变柄克雷伯菌的wxkv2055携带毒力质粒,大蜡螟毒力模型提示其毒力较高,3株变柄克雷伯菌分子流行病学与肺炎克雷伯菌存在一定差异.目前基层实验室需提升对变栖克雷伯菌的鉴别能力,对变栖克雷伯菌的致病力和菌株特征进行深入研究,为临床诊疗提供指导.

目的 揭示轻度无症状钩虫感染对中老年人群肠道菌群与代谢的影响,为蠕虫-肠道菌群相互作用的研究提供参考.方法 以2022年10月-11月安徽省黄山市祁门县、黄山区乡村土源性线虫病监测点居民检出钩虫感染者(改良加藤厚涂片法钩虫虫卵阳性)为感染组,以钩虫虫卵阴性者为对照组.采集受检者新鲜粪样,提取肠道菌群DNA,扩增16S rRNA基因并测序.计算基于丰度的覆盖估计值(ACE)、PD-wholetree、Chao指数和Shannon指数等多样性指数,采用主坐标分析(PCoA)和不加权算术平均对方法(UPGMA)层次聚类分析的β多样性分析,比较感染组和对照组肠道菌群分布的差异,通过指示值分析筛选两组的指示性菌群.用甲醇-水萃取粪样中的代谢物,进行气相色谱-质谱(GC-MS)和液相色谱-质谱(LC-MS)双平台非靶向测序的代谢组学分析,用正交偏最小二乘方判别分析(OPLS-DA)建立筛选感染组与对照组差异代谢物的模型,制作火山图.根据P值、变量权重值和差异倍数筛选差异代谢产物.通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库检索差异代谢物的相关代谢通路,对差异代谢物进行富集分析.两个代谢物之间的线性相关程度采用Pearson相关分析.结果 研究对象共22人,其中感染组11人,对照组11人.感染组平均年龄72.2岁,均为轻度无症状带虫者;对照组平均年龄53.1岁.测序共获得1 755 649条16SrRNA序列,经序列质控和拼接后聚类为1 245条扩增序列变体.共鉴定出15个门22个纲58个目94个科191个属389个菌种.多样性指数分析结果显示,感染组肠道菌群多样性的ACE、PD-wholetree、Chao和 Shannon指数分别为 188.768、16.533、192.667 和 5.195,对照组分别为 167.829、15.294、157.371 和 4.898,两组间差异均无统计学意义(t=1.266、0.952、1.266、0.962,均P＞0.05).PcoA分析结果显示,感染组与对照组的肠道菌群有不同程度的重叠,但仍可分为两个不同的类群.UPGMA层次聚类分析结果显示,感染组和对照组均先在本组中聚类,再与另一组聚类,两组间仅有1例重叠.多元变量统计分析显示,感染组的优势菌群有7个,分别为普雷沃菌、普氏粪杆菌、变栖克雷伯菌、Parasutteralla、粪球菌、梭菌UCG-014和肠杆菌;对照组的优势菌仅1种,为普通拟杆菌.指示值分析结果显示,感染组指示值居前的菌群依次是普雷沃菌、克雷伯菌、拟杆菌、小杆菌、肠杆菌、粪球菌、UCG-002、粪杆菌;对照组则依次为变形菌门的Clade_Ⅰ a和Clade_Ⅲ、布劳特菌、另枝菌、Lachnoclostridium、嗜胆菌和苏黎世杆菌.建立的OPLS-DA模型能有效区分感染组和对照组的粪样代谢物,共鉴定出400个有差异粪样代谢物,其中156个显著上升,244个显著下降.KEGG富集分析结果显示,差异粪样代谢物显著富集在蛋白质的消化与吸收(P=0.000)、中心碳代谢(P=0.000)、矿物质吸收(P=0.000)、氨酰基-tRNA合成(P=0.000)、神经活性的配体-受体相互作用(P=0.003)等代谢通路上.粪样代谢物中delta 2-三己胺与(22E)-3β-经基-5α-胆甾-7,22-二烯酸(r=0.935,P＜0.01)等15对代谢物呈正相关关系,棕榈酰溶血磷脂酰乙醇胺与氨基戊酸甜菜碱(r=-0.500,P＜0.05)等9对代谢物呈负相关关系.结论 安徽省黄山市乡村中老年人群无症状钩虫感染可影响肠道菌群的组成和代谢,有利于营造有益菌的共生和定植环境.

由于香菇菌糠纤维素含量过高,作为菌肥难以被农作物直接利用,为了更好地解决香菇菌糠降解缓慢的问题,本研究以菌株酶活力和菌糠失重率为指标对 8 株真菌和 6 株细菌菌株进行香菇菌糠降解优选菌株的筛选,确定了降解能力较高的 2 株真菌和 2 株细菌,分别为桦褶孔菌 Lenzites betulina和一色齿毛菌Cerrena unicolor,无丙二酸柠檬酸杆菌Citrobacter amalonaticus和变栖克雷伯氏菌Klebsiella variicola;在此基础上研究这4株菌在降解香菇菌糠过程中降解酶活、纤维素、半纤维素、木质素以及主要营养成分的动态变化和肥力测定.研究结果显示,桦褶孔菌对木质素降解效果显著,降解率达到 56.35%;无丙二酸柠檬酸杆菌对半纤维素降解效果良好,达到 61.51%.通过对全碳、全氮的测定,发现 4 种菌株降解后的菌糠氮含量均高于对照组,表明加入菌剂后在一定程度上缓解了氮元素的损失量,增加了菌糠肥力.本研究通过比较研究不同类型的微生物对菌糠降解的理化特征,明确真菌和细菌在菌糠降解过程中具有不同的功能特征,为今后对香菇菌糠发酵堆肥、制备微生物复合菌剂研究方面提供重要的参考价值.

目的 探讨Wilson病(Wilson's disease,WD)认知功能障碍与肠道菌群的关系,以期为临床治疗WD合并认知功能障碍提供理论基础.方法 选取38例WD伴认知功能障碍的患者作为观察组,同时选取32例WD不伴认知功能障碍的患者为对照组,取大便样品进行16 S rRNA基因测序技术分析,通过检测两组患者肠道菌群的组成及其丰度,探讨两者之间的相关性.结果 在门水平上,与对照组比较,观察组拟杆菌门和放线菌门丰度明显升高(P<0.05),厚壁菌门和变形菌门丰度明显降低(P<0.05);在科水平上,与对照组比较,观察组双歧杆菌科、紫单胞菌科、拟杆菌科、产碱杆菌科、理研菌科、乳酸菌科、韦荣氏球菌科丰度明显升高(P<0.05),梭菌科、科里杆菌科、未分类拟杆菌、肠杆菌科、毛螺菌科、乳球菌科、普氏菌科、链球菌科丰度明显降低(P<0.05);在属水平上,与对照组比较,观察组乳酸菌属、小杆菌属、乳球菌属、柯林斯氏菌属、另枝菌属、拟杆菌属、双歧杆菌属、帕拉斯氏菌属丰度明显升高(P<0.05),直肠真杆菌属、布劳特氏菌属、克雷伯氏菌属、栖粪杆菌属、普雷沃氏菌属、链球菌属丰度明显降低(P<0.05).结论 WD认知功能障碍与肠道菌群之间存在一定的相关性.

肺炎克雷伯菌临床分离株是一种有荚膜的革兰阴性粗短杆菌,是临床上重要的机会致病菌.肺炎克雷伯菌临床分离株基因间存在差异,依据系统发育树可分为肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,Kp Ⅰ)、类肺炎克雷伯菌(Klebsiella qua si pneumoniae,Kp Ⅱ)和变栖克雷伯菌(Klebsiella variicola,KpⅢ),三者生态分布、基因型、耐药性、毒力特征以及致病性存在显著差异,为感染性疾病精准治疗带来新的挑战.本文对KpⅠ、KpⅡ、KpⅢ的鉴定、流行特点及致病特点的最新研究进展进行综述.

[目的]细菌性肠道病是家蚕Bombyx mori主要病害之一.本研究旨在探究广谱性抗菌肽SAAP-148对家蚕细菌性肠道病病原细菌的抑制效果,为进一步采用抗菌肽替代抗生素预防家蚕细菌病提供参考.[方法]采用qRT-PCR检测家蚕抗菌肽基因在健康和感染细菌性肠道病5龄第4天幼虫中肠中的表达量;分离感染细菌性肠道病家蚕5龄第4天幼虫中肠中的菌群,采用最大似然法构建系统发育树;采用添食法(1 × 1010和1 × 1014 CFU/mL菌悬液)和穿刺法(2 × 108和2 ×109 CFU/mL菌悬液)检测分离的8种细菌及4种常见细菌病病原细菌粪肠球菌Enterococcus faecalis、黑胸败血芽孢杆菌Bacillus bombyseptieus、苏云金芽孢杆菌B.thuringiensis和灵杆菌Serratia marcescens对5龄健康家蚕幼虫的致病性;采用琼脂平板扩散法分析抗菌肽SAAP-148对分离的肠道病病原细菌和黑胸败血芽孢杆菌等其他常见细菌病病原细菌的抑制效果.[结果]测定的家蚕抗菌肽基因的表达量在感染细菌性肠道病的家蚕5龄第4天幼虫中肠中较健康个体中均显著上调,表明家蚕自身抗菌肽在抵抗细菌性肠道病的过程中发挥了 一定的作用;感染细菌性肠道病的家蚕5龄第4天幼虫中肠中共分离出8种病原细菌,即松鼠葡萄球菌Mammaliicoccus sciuri、嗜水气单胞菌 Aeromonas hiydrophila、生癌肠杆菌 Enterobacter cancerogenus、布甘氏肠杆菌 E.bugandensis、霍氏肠杆菌E.hormaechei、弗劳地枸橼酸杆菌Citrobacter freundii、肺炎克雷伯菌Klebsiella pneumoniae和变栖克雷伯菌K.variicola;穿刺结果显示8种细菌均具有致病性,其中松鼠葡萄球菌、嗜水气单胞菌、生癌肠杆菌和布甘氏肠杆菌致病性较强,霍氏肠杆菌、弗劳地枸橼酸杆菌、肺炎克雷伯菌和变栖克雷伯菌致病性较弱.抗菌肽SAAP-148对分离出的8种病原细菌和家蚕其他4种常见细菌病病原细菌均具有体外抑制效果,且抑制效果随SAAP-148浓度增大而增强.[结论]抗菌肽SAAP-148不仅对可能引起家蚕细菌性肠道病的病原细菌具有明显抑制效果,对引起家蚕黑胸败血症、灵菌败血症、细菌性中毒症的病原细菌和对氨苄青霉素已经产生抗性的霍氏肠杆菌等也具有抑制效果,可作为理想的抑菌剂用于预防家蚕细菌病的发生.

目的 分析临汾市中心医院肺炎克雷伯菌临床分离株的分子分群和流行病学特征(荚膜血清型、耐药基因和毒力基因),为临床诊疗提供参考.方法 收集2021年1月—2022年1月临汾市中心医院143株肺炎克雷伯菌非重复临床分离株.采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱进行菌种鉴定,采用全自动微生物分析系统结合纸片扩散法检测菌株的耐药性,采用聚合酶链反应(PCR)结合基因测序技术分析Kp分子分群和荚膜血清型,采用PCR分析肺炎克雷伯菌耐药基因和毒力基因携带情况.结果 143株肺炎克雷伯菌中有肺炎克雷伯菌(KpⅠ)135株、变栖克雷伯菌(KpⅢ)4株、类肺炎克雷伯菌(KpⅡ)4株.KpⅠ主要荚膜血清型为K1、K2和K57,KpⅡ主要为K1,KpⅢ无特定血清型.KpⅢ和KpⅡ仅携带SHV、OKP、LEN基因,KpⅠ携带多种耐药基因,耐药性较强.所有肺炎克雷伯菌菌株均检出毒力基因,3群菌株fimH、mrkD、ENT毒力基因携带率均>95%.KpⅡ和KpⅢ的KFU毒力基因携带率(100.00%)高于KpⅠ(73.33%),KpⅠ、KpⅡ、KpⅢ的YBT毒力基因携带率分别为54.81%、25.00%、0%.结论 临汾市中心医院肺炎克雷伯菌临床分离株以KpⅠ为主,不同分子分群肺炎克雷伯菌菌株血清型分布、毒力基因和耐药基因携带情况存在差异.

[背景]联合固氮菌由于不具有宿主专一性,在土壤、叶际中广泛存在,对生态系统氮素供应有着重要贡献,它还可以通过分泌生长激素等间接作用促进植物生长,可作为重要的农业生产菌剂.土壤接种剂由于受土著微生物的竞争和土壤抑菌物质等的影响,接种效果不稳定,难以推广使用.相比于土壤环境,叶际生境相对简单且表面积巨大,进行叶际接种是固氮菌剂推广应用的一个新思路.[目的]优化联合固氮菌菌株W12接种添加剂,制备液体接种剂并研究其在玉米叶际的定殖效果.[方法]对菌株W12进行菌落PCR测序,构建系统发育树并确定分类地位.分别在培养液中添加不同浓度梯度的羧甲基纤维素(Carboxymethyl cellulose,CMC)和甘油(Glycerol,Gly),测量菌株W12生长曲线和固氮酶活性,优化添加剂浓度并制备液体接种剂,对接种剂的有效保存时间进行检测.将接种剂喷洒到玉米叶际,测量其对玉米产量和植株含氮量的影响,并通过低氮培养基进行回收计数.[结果]固氮菌菌株W12的16S rRNA基因序列与变栖克雷伯氏菌(Klebsiella variicola)的相似性高达99％,在培养液中添加CMC和甘油对菌株W12的生长无明显促进和抑制效果,但均提高了固氮酶活性.添加甘油制备的接种剂在盆栽和大田玉米叶面喷施后,在玉米生长末期叶际回收到的W12类似菌分别为4.3× 105 CFU/g叶片和1.7× 105 CFU/g叶片,显著高于未接种的处理;而且大田玉米籽粒、茎部和叶片的含氮量高于不接种的对照处理.经过90 d贮藏后,4℃保存的接种剂剩余活菌数均高于1.0×108 CFU/mL.[结论]羧甲基纤维素和甘油的添加不仅有利于固氮菌液体接种剂在叶片的附着,并能显著提高联合固氮菌菌株W12的固氮酶活性,低温冷藏可保证液体接种剂的有效活菌数;液体接种剂在玉米叶际喷施后,菌株W12能够成功定殖,并显著提高玉米植株和籽粒含氮量.研究结果为固氮菌叶面接种剂的制备和应用,以及实现农业氮肥减施保产的目标提供了借鉴意义.

目的 了解变栖克雷伯菌在临床的流行情况和耐药性,并对碳青霉烯类耐药菌株进行耐药机制研究.方法 基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)鉴定临床分离变栖克雷伯菌.微量肉汤稀释法检测变栖克雷伯菌对常见抗生素的药敏情况,采用特异性PCR检测碳青霉烯类耐药变栖克雷伯菌常见耐药基因,并对其进行多位点序列分型(MLST).对1株分离自脑脊液的泛耐药变栖克雷伯菌进行全基因组测序分析.结果 26株临床分离株证实为变栖克雷伯菌.药敏结果显示,变栖克雷伯菌对碳青霉烯类抗生素的耐药率为15.4％(4/26),对替加环素的不敏感率为11.5％(3/26),对阿米卡星和庆大霉素的敏感率最高,为96.2％(25/26),对第三、四代头孢菌素的耐药率为23.1％(6/26).4株碳青霉烯类耐药变栖克雷伯菌均携带blaIMP-4、qnrA/B和blaTEM基因,其中1株同时携带blaNDM-1基因;在3株耐药菌株中检测到磷霉素耐药基因fosA.MLST分型显示4株分离菌的型别为ST357(3株)和ST1737(1株).对脑脊液分离的泛耐药菌株的全基因组测序分析预测该基因组含有两个质粒,一个约为160 kb的IncFⅡ/FIB(k)型质粒,另一个约为260 kb的IncHⅠ1B/FIB型质粒.两个质粒上除了携带上述耐药基因外,还携带了多种耐药基因,包括氨基糖苷类(strB、strA、armA、aac3-Ⅱd、aadA2),大环内酯类(msrE、mphE),氯霉素类(catA2),磺胺类(sulⅠ),替加环素(tetA突变体),甲氧苄氨嘧啶(dfrA16),但未发现常见毒力基因.结论 变栖克雷伯菌总体耐药情况与肺炎克雷伯菌相近.不同于肺炎克雷伯菌,耐碳青霉烯变栖克雷伯菌的主要ST型为ST357,IMP-4和NDM-1金属β-内酰胺酶是其对碳青霉烯类耐药的主要原因.全基因组测序分析发现该泛耐药变栖克雷伯菌携带多种耐药基因而未检测到毒力基因,可能是菌株耐药进化的结果.