土壤消毒是一种防治土传病害的有效措施.化学熏蒸和生物熏蒸是目前常用的土壤消毒技术.然而,关于化学熏蒸和生物熏蒸对土壤微生物群落影响异同性的研究仍鲜有报道.研究以未熏蒸土壤为对照,向土壤中添加0.1％、0.2％和0.5％(质量分数)芥菜籽粕和0.1％(质量分数)威百亩,探究芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸下土壤微生物群落的变化及二者之间的差异.结果表明:芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸对土壤微生物群落的影响具有相似性也有差异性.芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸会显著改变土壤细菌及真菌群落结构(P＜0.01),熏蒸材料的种类和用量而不是熏蒸时间对土壤细菌和真菌群落结构产生了显著影响(P＜0.01).在杀灭有害微生物方面,0.5％芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸能够降低土壤中镰刀菌属(Fusarium)的相对丰度.在富集有益微生物方面,芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸能够富集土壤中芽孢杆菌属(Bacillus)和马杜拉放线菌属(Actinomadura),其中0.5％芥菜籽粕熏蒸能够富集藤黄色单胞菌属(Luteimonas)和野野村氏菌属(Nonomuraea),威百亩熏蒸能够富集小单胞菌属(Micromonospora)和青霉菌属(Peniclillium).在微生物功能方面,0.5％芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸增强了土壤细菌化能异养和需氧化能异养功能,减弱了土壤真菌病害相关功能,0.5％芥菜籽粕熏蒸还增强了土壤细菌硝酸盐还原和碳氢化合物降解功能.综上,芥菜籽粕熏蒸和威百亩熏蒸能够通过富集芽孢杆菌属和马杜拉放线菌属等有益微生物和消减镰刀菌属有害微生物来调控土壤微生物群落,使土壤具有预防土传真菌病害和促进作物生长的潜力.

目的:观察青海省青藏高原喜马拉雅旱獭分离的布鲁氏菌的多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable-number tandem repeat analysis，MLVA）分型，探讨其与既往青海省布鲁氏菌分离菌株间的亲缘关系。方法:2019年3月至2020年10月，采集青海省青藏高原喜马拉雅旱獭全血样本，对虎红平板凝集试验（rose bengal test，RBT）布鲁氏菌抗体阳性样本进行病原体分离培养，采用传统生物学方法和分子生物学方法（BCSP31-PCR和AMOS-PCR方法）进行菌株鉴定。同时，应用MLVA方法对分离菌株进行基因分型，并结合既往青海省不同宿主分离的70株布鲁氏菌的基因型，应用聚类分析方法探讨菌株间的亲缘关系。结果:共采集青藏高原喜马拉雅旱獭全血样本1 466份，从其中64份RBT阳性样本中分离培养出2株布鲁氏菌，分别命名为QH2013054、QH2013062，经传统生物学和分子生物学方法鉴定为羊种布鲁氏菌生物Ⅲ型。MLVA分型结果显示，QH2013054与QH2013062菌株在Bru16位点有差异，为不同的MLVA基因型。聚类分析结果显示，QH2013054菌株与7株菌株具有相同的MLVA基因型，其中6株来自共和县同一个家庭的3名农民和3只羊，1株来自门源回族自治县农民；QH2013062菌株与4株菌株具有相同的MLVA基因型，其中3株来自门源回族自治县的3名农民，1株来自互助土族自治县农民。结论:从青海省青藏高原喜马拉雅旱獭中分离的布鲁氏菌与在本省人、羊中分离的部分布鲁氏菌具有相同的MLVA基因型，推测宿主人、羊、青藏高原喜马拉雅旱獭可能具有共同的传染源。

目的:通过对1株从1名被海虾刺伤的患者脓液分离的致病菌株JM-1进行准确鉴定、药敏试验和毒力基因分析，为海岸嗜半胱氨酸菌( Cysteiniphilum litorale)作为罕见病原体引起临床相关感染的筛检及改善预后提供实验依据。 方法:对分离株进行生化表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)鉴定、16S rRNA基因测序和系统发育分析，以及基于全基因组序列的平均核苷酸一致性(average nucleotide identity，ANI)、平均氨基酸一致性(average amino acid identity，AAI)分析和系统发育分析，以准确确定其分类学地位；以 E-test法进行药敏试验，并依据CLSI M45-A3土拉弗朗西斯菌解释标准进行结果判读；以VFDB毒力因子数据库对全基因组进行毒力基因注释和分析。 结果:分离株JM-1在哥伦比亚血平板上培养3 d可见灰白色、中等大小、光滑、圆形、凸起的溶血菌落。革兰染色为着色较淡的阴性球杆菌。API NH鉴定结果提示为卡他莫拉菌(生化编码：3010)；Vitek2系统NH卡鉴定无鉴定结果(生物编码：0211002121)。EXS3000质谱仪自建库数据库鉴定为海岸嗜半胱氨酸菌。基于16S rRNA基因和全基因组的系统发育分析均表明该菌株与海岸嗜半胱氨酸菌DSM 101832 T聚类为同一个小的分支，且两者之间的全基因组ANI和AAI值分别为95.07%和95.65%。药敏试验显示分离株JM-1产β-内酰胺酶和青霉素酶，对青霉素耐药，对庆大霉素、链霉素、强力霉素、四环素、环丙沙星、左氧氟沙星、氯霉素敏感。从分离株JM-1基因组注释到了与弗朗西斯菌相似的毒力基因：弗朗西斯菌致病岛(FPI)、Ⅳ型菌毛、荚膜和脂多糖等。 结论:海岸嗜半胱氨酸菌是一种具有弗朗西斯菌毒力相关基因罕见病原体，且其药敏特性亦与弗朗西斯菌相类似。本案例确认了一例由海岸嗜半胱氨酸菌引起的临床感染，自建库的MALDI-TOF质谱系统可用于其快速鉴定。

目的:探究变应性鼻炎（AR）及非变应性鼻炎（nAR）患者的鼻腔菌群特征及差异菌的致病作用。方法:选取2022年2—7月于哈尔滨医科大学附属第二医院鼻科门诊就诊的AR患者35例、nAR患者35例为试验组，选取同期体检的健康人群20名为对照组，合计男性39例，女性51例，年龄8~55岁。利用16SrDNA高通量测序分析3组受试者鼻腔菌群相对丰度特征，使用R软件进行Alpha多样性指数分析，利用LEfSe、Metastats、 t检验进行组间差异分析，同时利用R软件分析菌群的作用及与环境因子的关系。 结果:3组样本的菌群构成存在显著差异，AR组内金黄色葡萄球菌（ P=0.032）、丙曲棒状杆菌（ P=0.032）的相对丰度显著高于nAR组，鼠李乳杆菌、昆可乳杆菌、产碱菌（ P值分别为0.016、0.005、0.001）的相对丰度显著低于nAR组，nAR组内嗜黏蛋白阿克曼菌的相对丰度高于对照组（ P=0.009）。环境因子相关性分析显示昆可乳杆菌与IgE呈负相关关系（ P=0.044），鼠李乳杆菌与年龄呈正相关关系（ P=0.019）。分别构建5个属的AR、nAR随机森林预测模型，AR组肺炎链球菌-FF10、黄体假单胞菌、副氏假单胞菌、熊不动杆菌和固氮杆菌模型的曲线下面积（AUC）为100%（95%CI：100%~100%），nAR组副氏假单胞菌、固氮杆菌、巴拉蒂梭菌、土瑞酸杆菌和黄链球菌模型的AUC为98.4%（95%CI：94.9%~100%）。 结论:AR、nAR患者与健康受试者鼻腔菌群相对丰度显著不同，菌群丰度的改变与AR及nAR的发生具有显著关系。菌群的联合检测具有诊断AR及nAR患者的潜力。

拉萨河流域是西藏农业资源最集中、环境承载压力最大的地区.区域土壤微生物群落结构和数量变化能够反映气候变化和人类活动影响下的土壤生态及环境脆弱特征.本研究利用高通量测序方法,对拉萨河流域天然灌木林、稀疏灌木林、人工灌木林、人工乔木林、天然草地等5种生态系统的土壤微生物群落结构及其环境影响因子进行了分析.结果表明:(1)人工灌木林土壤细菌多样性和真菌多样性均最高.(2)5种生态系统土壤细菌均以变形菌门、放线菌门和酸杆菌门为优势菌群,真菌以子囊菌门、担子菌门、壶菌门及虫霉门为优势菌.(3)在浅层土壤中,天然草地和人工乔木林的细菌群落聚类相似,在深层土壤中,天然灌木林、稀疏灌木林、人工灌木林的细菌群落聚类相似.除天然灌木林外,其余4种生态系统的真菌群落在浅层和深层土壤中均呈现分离趋势.(4)土壤含水率、电导率和速效钾对细菌群落结构影响显著,而真菌群落结构主要受土壤含水率、总氮、有效磷和速效钾含量影响.以上研究结果揭示了拉萨河流域不同生态系统土壤微生物群落结构特征.

[背景]加工番茄为新疆种植红色产业重要的作物之一,加工番茄生产中存在传统配料过度施用的问题,"生物肥"逐渐受到人们关注.[目的]探究混合菌剂对加工番茄生长的影响,激发根际土壤功能性微生物种群的变化,为未来微生物菌剂的开发利用提供理论和实践基础.[方法]加工番茄根际施加微生物混合菌剂,测定加工番茄生长发育期间的农艺性状,探究混合菌剂对加工番茄生长的影响,利用 16S rRNA基因扩增子分析技术,探究混合菌剂对根际微生物的群落组成及群落结构的影响.[结果]经过混合菌剂处理后,加工番茄的一些生长状况指标、果实重量、单株结果数及果实含糖量等性状得到改良,影响了果实的品质;施加混合菌剂激发土壤微生物的种群数量、群落组成和群落结构的改变,其中放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度提高,相关性分析表明对加工番茄生长产生了影响.[结论]加工番茄根际施用特基拉芽孢杆菌C-9 与鞘氨醇杆菌A1 制备的水分散混合菌剂,对加工番茄根际功能性微生物群落结构产生影响,一些功能性微生物的相对丰度提高,混合菌剂施加促进了根际微生物与植物的相互作用,使得加工番茄果实品质得到改良.

滇西北高寒地区分布着丰富的黄芪属植物资源,该属植物"根际效应"明显,其根际微生物极具抗菌药用资源研究价值.[目的]认知滇西北高寒特境中甸黄芪根际微生物的物种多样性,探究其可培养菌株次生代谢产物的化学多样性及抗菌、抗生物膜活性.[方法]采用宏基因组和微生物纯培养方法对中甸黄芪植物根际微生物进行物种多样性分析,同时采用高效液相色谱(high performance liquid chromatography,HPLC)、超高效液相色谱-质谱联用法(ultra-performance liquid chromatography-mass spectrometry,UPLC-MS)结合"微量肉汤稀释法""孔板法"等多级联合筛选策略综合评估可培养菌株的抗菌活性药源研究价值.[结果]对中甸黄芪根际土壤样本的微生物分类操作单元(operational taxonomic units,OTU)进行分类注释,得到22门54纲105目187科316属856种微生物,其中优势菌群为慢生根瘤菌属.纯培养共获得27属54种95株可培养菌株,包括20属33种54株细菌和7属21种41株真菌,优势属分别为芽孢杆菌属和青霉属.其中,1株细菌Pseudomonas tolaasii ZTB4 和 3 株真菌 Aspergillus tabacinus ZNF17、Lecanicillium aphanocladii ZNF15、Umbelopsis nana ZTF31的次生代谢产物具有广谱抗菌活性.同时,菌株ZTB4和ZNF17的次生代谢产物也显示出优秀的抗耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)生物膜活性,并已验证这2株菌株的主要活性成分分别为环脂肽类与黄酮类.[结论]中甸黄芪植物根际微生物物种多样性较为丰富,其可培养菌株次生代谢产物有较好的化学多样性和抗菌、抗生物膜活性.研究结果为我国特境特色微生物药用资源的开发利用提供理论依据.

[目的]分析西藏不同种植区青稞根际土壤细菌群落结构及其影响因素,揭示特定环境下根际细菌生物标志物,为发掘研究优异根际促生菌及其作用提供参考.[方法]采用16S rRNA基因高通量测序技术和数据统计分析,比较了西藏5个市青稞种植区根际土壤细菌群落组成和结构差异,分析了青稞根际细菌生物标志物及群落结构变化的驱动因素.[结果]通过测序45个根际土壤样品获得10 715个操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs),共43门、1 244属、2 783种,其中放线菌门(Actinobacteriota)、变形菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteriota)、拟杆菌门(Bacteroidota)、厚壁菌门(Firmicutes)、芽单胞菌门(Gemmatimonadota)、粘球菌门(Myxococcota)和髌骨细菌门(Patescibacteria)为优势菌门,相对丰度占比94.92％-96.56％.五个市的根际细菌群落结构存在明显的差异,组间差异大于组内差异(R=0.226 9,P=0.001),其中放线菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、拟杆菌门和髌骨细菌门丰度存在显著性差异(P＜0.05).五个市青稞根际土壤存在潜在生物标志物,拉萨和山南只有3个和6个特有细菌进化支,共现网络更为复杂、OTUs间联系更为紧密.变形菌门、绿弯菌门、放线菌门和酸杆菌门是青稞根际土壤中主要的关键细菌门,内生菌门、Methylomirabilota和蓝细菌分别是林芝市、日喀则市和山南市的特有关键类群.青稞根际细菌群落结构的变化主要与环境因子 pH、全钾(totalpotassium,TK)、速效钾(available potassium,AK)、碳磷比(C:P)和海拔有关,其中TK是影响根际土壤细菌群落最重要的因子(r2=0.621 4,P=0.001).[结论]西藏青稞根际细菌多样性丰富,5市间存在显著差异,且不同生长区青稞根际具有特有的生物标志物,为进一步研究特有根际细菌在青稞生长和环境适应中的作用,发掘优异根际促生菌提供参考.

高寒森林土壤是最脆弱的陆地碳库之一,随着全球气候的变暖,冻融格局受到影响,这将导致土壤微生物群落结构发生变化进而影响土壤微生态过程.以西藏色季拉山不同海拔土壤为研究对象,基于16S rRNA测序技术探究微生物群落结构及多样性对季节性冻融的响应.结果表明:门水平上,冻融现象并未改变土壤细菌和真菌群落的优势菌群,变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)和酸杆菌门(Acidobacteria)为细菌群落的优势菌门,担子菌门(Basidiomycota)和子囊菌门(Ascomycota)为真菌群落的优势菌门;属水平上,冻融前后微生物群落结构和组成差异较大,且细菌群落受冻融影响更剧烈,真菌群落受海拔影响更剧烈;OTU水平上,冻融使各海拔细菌群落和海拔 3500 m、4300 m处真菌群落的α-多样性有较大提升,主要受黏粒和粉粒含量的影响;冻融使微生物群落组成在不同海拔间差异增大,且冻融前后的关键驱动因子不同,冻融前主要受碳氮比、速效钾、碳酸盐、土壤含水率、黏粒和粉粒含量的影响,冻融后主要受pH和有效磷的影响;相比于细菌,真菌群落结构的影响因素在海拔间的差异更大.本研究为深入理解气候暖化背景下不同海拔高寒森林土壤微生物对冻融的响应提供重要依据.

目的 研究我国长白山地区啮齿动物土拉杆菌感染情况和细菌种型,进一步了解该地区土拉杆菌感染分子流行病学特征.方法 收集2012-2014年长白山地区宽甸县、集安市林区及林缘耕地捕获的啮齿动物,从鼠脾组织提取DNA,采用巢式PCR方法检测土拉杆菌fopA基因,计算不同地区和鼠种土拉杆菌阳性率.阳性样本用特异性引物(C1/C4)鉴定细菌亚种,并进行测序和比较分析.结果 共捕获野鼠133只,分属6个鼠种.3个鼠种(黑线姬鼠、林姬鼠、大仓鼠)8份样本PCR检测阳性,总阳性率为6.01％.集安市、宽甸县阳性率分别为7.46％、4.54％,不同地区阳性率差异无统计学意义(x2=0.117,P=0.732).不同鼠种间阳性率差异无统计学意义(x2=0.641,P=0.986).对8份阳性样本进行亚种鉴定,表明均属于土拉杆菌B亚种.选择3份阳性样本的序列(JA56、JA33和JA38)作遗传进化分析,fopA基因序列与土拉杆菌B亚种俄罗斯分离株(CP009694.1,CP044004.1)及我国分离株(HM371344.1,HM371343.1)同聚一个分支,序列相似性在99.21％-99.47％.结论 我国长白山部分地区野鼠存在土拉杆菌(B亚种)感染,提示该地区存在土拉杆菌感染风险.