目的:应用高通量测序和生物信息学分析技术，从一起经货轮输入的新冠肺炎(COVID-19)聚集性病例标本中直接测定新型冠状病毒(2019 novel coronavirus，2019-nCoV)全基因组序列，并从全基因组水平分析2019-nCoV的基因组变异特征，追溯病毒的潜在来源。方法:采用2019-nCoV全基因组靶向扩增结合Ion S5二代测序的技术，对来源于同一艘货轮的8例COVID-19确诊病例咽拭子标本进行病毒全基因组测序。应用在线分析平台，判断病毒型别，分析病毒突变位点。利用进化分析软件，构建系统发育树，结合病例流行病学资料，推测病毒的来源。结果:成功测序获得8条长度为29 822~29 865 bp的2019-nCoV全基因组序列，平均测序深度为11 928×~33 588×，基因组覆盖度为99.73%~99.87%；Pangolin分型结果显示8个2019-nCoV基因组均属于VOC/Delta(B.1.617.2)进化分支；全基因组突变分析显示，与武汉参考株(NC_045512.2)相比，8个2019-nCoV基因组序列核苷酸突变的中位数为35个(31个~38个)，氨基酸突变的中位数为26个(24个~28个)，突变位点分布于8个编码区(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、M、ORF7a、ORF8、N)；进一步分析发现8个2019-nCoV基因组中含有23个属于2019-nCoV Delta(B.1.617.2·AY.2)变异株的特征性突变位点；但因8个2019-nCoV基因组间的突变位点并非完全重合，且流调报告显示货轮中途经停多个口岸且有人员更替，故推测该起聚集性COVID-19疫情可能有不同传播来源；进化分析显示，8个2019-nCoV序列共同处于B.1.617.2进化分支的AY.2子分支上，同Pangolin分型及突变分析结果一致。结论:本研究从一起经货轮输入的COVID-19聚集性疫情病例标本中测序获得8个Delta变异株全基因组序列，本研究所构建的测序方法和分析结果可在COVID-19防控中为2019-nCoV的变异分析和病例溯源提供参考。

目的:基于上海市双生子人群，探讨胰岛素抵抗（IR）与全基因组DNA甲基化之间的关联。方法:于2012-2013、2017-2018和2022-2023年招募上海市成年同卵双生子（MZ）作为研究对象，通过问卷调查、体格测量和实验室检测收集相关信息，进行甲基化检测，采用广义线性混合效应模型分析单个位点DNA甲基化水平与稳态模型2胰岛素抵抗指数（HOMA2-IR）之间的关联，并采用非配对和配对设计分析DNA甲基化水平与IR表型之间的关联，对筛选出的阳性位点进行聚类分析得到位点簇，通过广义线性回归评估甲基化模式。结果:本研究纳入100对MZ，发现cg10535199-2q23.1（ β=0.74%， P=1.51×10 -7， OR=1.06，95% CI：1.03~1.09）和ch.17.49619327- SPOP（ β=0.23%， P=7.54×10 -7， OR=1.17，95% CI：1.08~1.28）位点高甲基化超过有建议意义的关联水平，经多重比较校正后，未发现位点达到基因组显著性水平，配对分析结果无统计学意义。识别出2个HOMA2-IR位点簇，位点簇1甲基化下调（ β=-0.39%， P<0.001），位点簇2甲基化上调（ β=0.47%， P<0.001）。 结论:IR与DNA甲基化之间存在关联，遗传因素可能在关联中发挥作用。

目的:采用孟德尔随机化（MR）方法探讨饮茶与恶性肿瘤发病之间的关联。方法:利用中国慢性病前瞻性研究中100 639名具有全基因组基因分型数据的研究对象，剔除基线时患有恶性肿瘤的个体，最终纳入分析100 218名。饮茶信息为基线自报，按是否每日饮茶、每日饮茶杯数、每日饮茶克数分别进行分析。采用二阶段最小二乘回归模型计算3个饮茶变量与随访期间新发的全部恶性肿瘤及多种类型恶性肿瘤（胃癌、肝和肝内胆管癌、结肠直肠癌、气管/支气管和肺癌以及女性乳腺癌）的关联。为控制饮酒行为的影响，进一步采用多变量MR法或限制在不饮酒人群中进行分析。利用逆方差加权、加权中位数法、MR-Egger法等进行敏感性分析。结果:分别使用54、42、28个SNP位点构建非加权遗传风险评分作为上述3个饮茶变量的工具变量。研究对象随访（11.4±3.0）年，期间确定新发的恶性肿瘤6 886名。模型中调整年龄、年龄 2、性别、地区、芯片类型及12个遗传主成分后，MR分析的结果显示，饮茶与全部恶性肿瘤以及各种类型的恶性肿瘤的发病无统计学关联。相比于非每日饮茶者，每日饮茶者的全部恶性肿瘤及部分亚型（胃癌、肝和肝内胆管癌、结肠直肠癌、气管/支气管和肺癌以及女性乳腺癌）的发病风险比（ HR）值（95% CI）分别为0.99（0.78~1.26）、1.17（0.58~2.36）、0.86（0.40~1.84）、0.85（0.42~1.73）、1.39（0.85~2.26）以及0.63（0.28~1.38）。控制饮酒的影响以及多种敏感性分析显示类似的结果。 结论:在中国人群中，本研究证据不支持饮茶与恶性肿瘤发病之间的因果关联。

目的:探讨 PAX2基因变异所致的1个慢性肾脏病(CKD)家系的遗传学特征。 方法:选取2018年8月15日至2021年7月5日于大理大学第一附属医院就诊的1个CKD家系4代共10人为研究对象。收集先证者的临床资料，并进行家系调查。应用全外显子组测序(WES)技术和生物信息学分析对先证者进行疑似致病基因筛选，应用Sanger测序进行家系验证。结果:先证者为女性，年龄为41岁，确诊"慢性肾炎"4 +年。尿常规提示尿蛋白(+)，血肌酐1 130 μmol/L，肾穿刺病理结果提示增生硬化性肾小球肾炎、中度肾小管间质病变及肾小动脉硬化。其姐姐、弟弟、妹妹和母亲为CKD 5期患者，除姐姐外均已去世，余家系成员未见异常。基因检测发现先证者及4名家系成员携带 PAX2：c.167G>A错义变异。该变异与局灶节段性肾小球硬化相关，根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南评估为可能致病性变异(PS1+PP3+PP4)。 结论:PAX2：c.167G>A变异可能为该CKD家系的遗传学病因。

目的:探讨成年人慢性肾病与牙周炎是否存在相关性，以及两种疾病的潜在致病机制。方法:下载美国国家健康和营养检查调查数据库（NHANES）1999—2014年慢性肾病与牙周炎相关调查资料数据，筛选出患有慢性肾病或牙周炎的对象，针对人口学和临床检验指标，采用加权的单因素和多因素Logistic回归分析，探讨慢性肾病与牙周炎的危险因素相关性。用公开的慢性肾病与牙周炎全基因组关联研究（GWAS）汇总数据集为结局变量，以OPEN GWAS数据库中731种免疫细胞表型和91种炎症蛋白为暴露因素，运用逆方差加权法进行两样本孟德尔随机化（TSMR）分析。结果:性别、年龄、种族、教育水平、婚姻状况、收入和健康等7项人口学指标与慢性肾病和牙周炎的发病率有关，其中高龄（≥60岁）、贫困（贫困收入比<1.3）、离婚或丧偶、男性比例在慢性肾病与牙周炎共病组［分别为67.12%（833/1 241）、36.83%（457/1 241）、34.41%（427/1 241）和57.78%（717/1 241）］均显著高于非共病组［分别为23.71%（4 179/17 623）、29.17%（5 141/17 623）、18.16%（3 200/17 623）和48.73%（8 587/17 623）］（均 P<0.001），高学历（大学及以上）、自评健康状况为极好者在共病组占比较少［分别为14.10%（175/1 241）、8.22%（102/1 241）］。肾功能检测指标存在异常的人群（包括肾小球滤过率、尿蛋白/肌酐比值、血肌酐、血尿酸、血尿素氮）牙周炎患病率上升。单因素Logistic回归分析显示，牙周炎与慢性肾病的发病率呈显著正相关［优势比（ OR）=2.14，95%置信区间（95% CI）为1.90~2.42， P<0.001］，多因素Logistic回归分析也显示，慢性肾病与牙周炎互为潜在风险因素（牙周炎对慢性肾病： OR=1.22，95% CI为1.07~1.40， P=0.004；慢性肾病对牙周炎： OR=1.19，95% CI为1.04~1.37， P=0.012）；根据人口学指标对模型进行调整后，慢性肾病与牙周炎仍存在显著相关性（ P=0.010）。在机制上，TSMR分析结果支持慢性肾病与牙周炎之间存在免疫细胞介导的共同风险因素，即CD64在多种单核细胞上的表达介导慢性肾病和慢性牙周炎的发生，CD64 +单核细胞是关键的调控细胞。 结论:慢性肾病与牙周炎的发病率呈正相关，两者共同的发病机制涉及循环系统中CD64 +单核细胞，可针对CD64分子或单核细胞亚群开展有针对性的疾病干预。

目的:比较分析5种甲基化年龄加速指标与生活方式和心血管代谢因素间的相关性。方法:基于中国慢性病前瞻性研究中有基线外周血全基因组甲基化检测数据的研究对象980人，计算Horvath时钟、Hannum时钟、DNAm PhenoAge、GrimAge和Li时钟5种甲基化年龄。根据甲基化年龄对实足年龄回归的残差值计算甲基化年龄加速。研究的生活方式因素包括吸烟、饮酒、饮食习惯、体力活动、经BMI和腰围联合定义的体型。心血管代谢因素包括血压、血糖和TC。利用一般线性模型分析生活方式和心血管代谢因素与各甲基化年龄加速指标的相关性［ β值（95% CI）］。 结果:GrimAge加速指标与吸烟、饮酒、体力活动水平及BMI存在关联。与不吸烟、不饮酒或BMI为18.5~23.9 kg/m 2 者相比，吸烟者（每天吸烟1~14、15~24、≥25支者对应的 β值依次为0.71（95% CI：0.57~0.86）、0.88（95% CI：0.73~1.03）、0.99（95% CI：0.81~1.18）、重度饮酒者［每日纯乙醇量≥60 g：0.33（95% CI：0.11~0.55）］、BMI<18.5 kg/m 2者［0.23（95% CI：0.03~0.43）］表现为加速衰老；与体力活动水平低者相比，中、较高、高体力活动者表现为减速衰老［ β值依次为-0.14（95% CI：-0.27~-0.00）、-0.12（95% CI：-0.26~0.02）、-0.13（95% CI：-0.26~0.01）］。随着健康生活方式数量的增加，GrimAge加速指标呈现下降趋势（ P<0.001）；与具有0~1个健康生活方式者相比，具有2、3、或4~5个健康生活方式者的 β值依次为-0.30（95% CI：-0.47~-0.12）、-0.47（95% CI：-0.65~-0.30）、-0.72（95% CI：-0.90~-0.53）。其他4个指标与多数生活方式因素不存在有统计学显著性的关联。5种甲基化年龄加速指标与血压、血糖和TC均不存在关联。 结论:生活方式不健康者表现出表观遗传年龄的加速，即DNA甲基化预测年龄老于实足年龄。

目的:调查我国实验室开展血液标本微生物细胞游离DNA（mcfDNA）宏基因组高通量测序（mNGS）的检测方法及质量保证情况。方法:2020年10月向来自全国的80家实验室发放了mNGS检测血液标本中mcfDNA的调查问卷。问卷内容包括mNGS分析前、分析中、分析后及性能确认开展情况4个部分。（1）分析前：对标本质量的要求，如对标本的采集、储存及运输条件等；（2）分析中：mcfDNA的提取流程、文库的质量要求、测序平台的使用及生物信息学分析软件等；（3）分析后：对mNGS的结果解释标准；（4）性能确认开展情况：对各类病原体的最低检出限。要求各实验室依据实际情况填写调查问卷。对上述调查问卷的回报结果进行统计分析。结果:80家实验室包括20家医疗单位和60家独立医学实验室。80.0%（64/80）的mNGS实验室检测血液中的mcfDNA时表示血浆及血清标本均可使用，其余实验室（16/80，20.0%）只采用血浆标本。参与调查的mNGS实验室所用的测序平台包括illumina 49家（61.3%），华大基因16家（20.0%），Ion Torrent 13家（16.3%），纳米孔测序2家（2.5%）。87.5%（70/80）的实验室使用第三方实验室搭建的集成分析工具，其他实验室（12.5%，10/80）使用开源软件自主搭建了分析平台。实验室间对mNGS结果的解释标准不一，其中标准化后病原体特异性序列数、相对丰度、基因组覆盖率及阴性对照中该微生物的检出情况是实验室考虑的主要因素。大部分实验室（76.3%，61/80）做过mcfDNA测序流程的性能确认实验，各实验室自建mNGS检测流程对革兰阳性菌、革兰阴性菌、真菌、寄生虫及其他病原体的最低检出限主要分布在10~100 拷贝/ml，对DNA病毒的检出限主要分布在500~1 000拷贝/ml。结论:各实验室之间的检测流程具有很大差异，为了确保检测结果的及时准确，需要各实验室积极优化mNGS检测流程，完善质量保证措施，应用于临床前规范开展性能确认工作。

目的:应用全基因组测序（WGS）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型技术鉴别新疆一起疑似聚集性伤寒疫情。方法:通过新疆维吾尔自治区传染病报告系统收集5例伤寒病例，对5例病例的流行病学史进行回顾性调查，重点针对病例的诊断过程以及疑似感染来源进行调查，同时对5株分离到的伤寒沙门菌进行 WGS和PFGE分析和聚类，最后结合流行病学调查结果，判定疫情性质。结果:5株伤寒沙门菌的基因组序列、PFGE图谱、耐药表型和耐药基因高度一致；流行病学调查发现，5例病例曾于同一天在同一家餐馆就餐。结论:结合伤寒最长潜伏期、病原菌分子分型和流行病学调查结果，可初步判定此次疫情为一起通过就餐食物而感染伤寒沙门菌的聚集性疫情。

目的:了解青海省男性成人大骨节病（KBD）患者尿液小分子代谢物变化情况。方法:2017年7月，选取青海省海南藏族自治州KBD病区贵德、兴海县的18岁及以上男性成人作为调查对象。依据《大骨节病诊断》（WS/T 207-2010），将调查对象分为病例组（ n = 7）和对照组（ n = 6）。应用超高效液相色谱-四极杆-轨道阱混合型质谱技术检测尿液小分子代谢物变化，筛选差异代谢物，并通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析筛选富集通路。 结果:病例组与对照组最终筛选出17种差异代谢物，除烟酸甲脂外，其余差异代谢物在病例组中含量均下降。经KEGG通路富集分析，差异代谢物主要涉及氨基糖和核苷酸糖代谢、烟酸和烟酰胺代谢、乙醛酸和二羧酸代谢、三羧酸循环等通路。结论:青海省男性成人KBD患者尿液存在小分子代谢物表达改变，涉及多个代谢通路。

目的:分析携带C基因型HBV的母亲病毒基因组变异情况，探讨其与HBV宫内传播的关系。方法:选取2011-2013年在太原市第三人民医院产科住院的399对携带HBV的母亲及其新生儿，通过问卷调查和病历查阅获得母亲及其新生儿基本情况。采用荧光定量PCR和电化学发光法分别检测母亲及其新生儿血清HBV DNA及HBV血清学标志物。新生儿出生后24 h内且主/被动免疫前，股静脉血HBsAg和/或HBV DNA阳性者判定为HBV宫内传播。按克隆测序要求，母亲HBV DNA载量须≥10 6 IU/ml，在54例发生HBV宫内传播者中，以满足克隆测序要求的22对母亲及其新生儿作为宫内传播组；以随机种子方法选择同等数量未发生宫内传播的母亲及其新生儿为对照组，经PCR扩增HBV DNA、基因克隆、测序，对携带C基因型HBV的母亲进行病毒基因组变异分析。 结果:44例样本中39例（88.63%，39/44）为C基因型，其余2例为B基因型，3例为B与C混合型。将42例携带C基因型HBV的母亲的406条克隆株进行基因变异分析，其中宫内传播组204条，对照组202条。HBV宫内传播组PreS1、S、C、P区碱基置换突变率均明显低于对照组（ χ 2值介于8.67~40.73之间， P<0.05）；HBV宫内传播组PreC和X区碱基缺失突变率低于对照组（ χ 2值分别为17.82和34.78， P<0.001）。X区nt1644~1645和nt1649~1650分别存在31 bp和27 bp的插入突变，且均发生于对照组。 结论:携带C基因型HBV的母亲病毒基因组PreS1、S、C、P区碱基置换突变与HBV宫内传播有关；PreC区的缺失突变、X区的插入和缺失突变可能降低了宫内传播的发生风险。