目的:了解浙江省衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒(Echovirus, ECHOV)优势血清型与变迁并分析ECHOV VP1基因分子特征。方法:采集53例病毒性脑炎患儿脑脊液标本进行病毒分离培养。采用荧光RT-PCR和PCR分别检测脑脊液标本中人肠道病毒(human enterovirus，HEV)包括ECHOV、柯萨奇病毒(coxsackie virus，CV)和新型肠道病毒(enterovirus，EV)，以及流行性乙型脑炎病毒(japanese encephalitis virus, JEV)、腮腺炎病毒(mumps virus, MuV)、西尼罗病毒(west nile virus，WNV)、基孔肯雅病毒(chikungunya virus，CHIKV)、单纯疱疹病毒(herpes simplex virus，HSV)和巨细胞病毒(cytomegalovirus，CMV)。HEV阳性脑脊液标本采用RT-PCR法扩增HEV-B组全长VP1基因序列，测序后用多种生物信息学软件分析ECHOV VP1基因型、基因重组和遗传进化特征。结果:RD细胞分离培养出6株毒株，但Hep-2细胞分离培养结果均阴性。11份标本HEV通用荧光RT-PCR结果阳性，但其他病毒检测结果均阴性。11份HEV阳性标本中6份检出ECHOV，与分离培养结果一致，分别为4株ECHO6、1株为ECHO7和1株ECHO30血清型，柯萨奇病毒和EV检测结果均阴性。4株ECHO6病毒属于ECHO6-C2基因亚型，但分为ECHO6-41/46和ECHO6-45/48两个流行克隆，ECHO7和ECHO30分别属于ECHO7-C和ECHO30-C基因型。ECHO6与ECHO30病毒在进化过程中存在VP1基因重组。结论:ECHOV是该地区儿童病毒性脑炎主要病原体，且可能存在局部暴发流行。ECHO6与ECHO30病毒VP1基因存在重组可能性，ECHO6有成为ECHOV优势血清型的可能。

目的:对天津市1例输入基孔肯雅热病例开展病毒基因分型，确定基孔肯雅病毒（CHIKV）与全球主要流行株的关系。方法:提取临床症状疑似为CHIKV感染患者血清中RNA，采用荧光定量RT-PCR法检测CHIKV核酸。两步RT-PCR法扩增编码CHIKV包膜糖蛋白E1的基因，扩增产物经测序后开展测序分析。将测序结果与全球其他地区流行毒株一同构建系统发生树。结果:天津市输入型CHIKV基因分型属于能够感染白纹伊蚊并在其体内繁殖的东/中/南非基因型印度洋亚型（ECSA-IOL）。系统发生树分析表明，此次输入的CHIKV与2016-2017年在巴基斯坦、意大利、孟加拉国等国家流行的CHIKV毒株高度同源，序列的同源性高达99.4%，并与这些国家流行的CHIKV毒株共同组成1个基因分型簇。结论:此次输入性基孔肯雅热病例感染的毒株更容易在人群中传播，提示应加强对基孔肯雅热输入性病例的防控工作，以防止该蚊媒传染病在我国发生本地聚集性传播。

目的:建立一种实时荧光逆转录重组酶介导的等温扩增（reverse transcription recombinase-aided amplification，RT-RAA）技术检测寨卡病毒（Zika virus，ZIKV）的方法，以实现ZIKV的现场快速筛查及诊断。方法:通过基因组序列比对，选择ZIKV保守序列设计RT-RAA特异性引物和探针，并用系列稀释的ZIKV重组质粒与毒株核酸验证方法的灵敏性与重复性，通过检测登革病毒、基孔肯雅病毒、西尼罗病毒等其他虫媒病毒验证方法的特异性。结果:建立的RT-RAA方法可在39 ℃恒温条件下30 min内对ZIKV进行高效扩增，检测系列稀释的ZIKV重组质粒，其95%检测限可达到15拷贝/反应，特异性强，与登革病毒、基孔肯雅病毒、西尼罗病毒虫媒病毒无交叉反应，且重复性好。结论:本研究建立的ZIKV的RT-RAA等温扩增方法，具有反应迅速，无需精密仪器，操作简单等优点，适合于应急快速检测。

目的:建立登革病毒(dengue virus, DENV)、黄热病毒(yellow fever virus, YFV)和基孔肯雅病毒(chikungunya virus, CHIKV)核酸的三重实时荧光定量逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction, RT-PCR)检测方法。方法:通过全球共享数据库下载DENV(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型)、YFV、CHIKV全基因组序列进行比对分析，针对这3种病毒的相对保守区域分别设计特异性引物和探针，建立三重实时荧光定量RT-PCR检测方法，以其他病毒核酸评价方法的特异性，用病毒体外转录RNA评价方法的灵敏度，以病毒高、中、低浓度核酸进行独立重复实验评价方法的重复性。DENV采用登革热患者血清进行验证，YFV、CHIKV采用模拟阳性标本进行验证，采用健康人血清进行阴性验证。结果:本方法与其他病毒核酸无交叉反应；对DENV(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型)、YFV、CHIKV的最低检出限分别为21.55拷贝/反应、21.25拷贝/反应、21.85拷贝/反应、22.75拷贝/反应、22拷贝/反应、45.65拷贝/反应；各浓度检测 Ct值的标准差在0.5以内、变异系数在3%以下；临床阳性标本及模拟阳性标本的检出率为100%，健康人血清的阴性率为100%。 结论:本研究建立的DENV、YFV和CHIKV的三重实时荧光定量RT-PCR检测方法具有良好的特异性、灵敏度和重复性。

目的:对2017年北京市一起疑似输入性基孔肯雅热病例进行处置及分析。方法:对疑似病例进行流行病学调查,采集疑似病例唾液和尿液标本，采用荧光定量PCR方法检测基孔肯雅病毒的核酸。结果:核酸检测结果显示基孔肯雅病毒核酸阳性，证实为输入性病例。指导酒店进行消毒，宣教防控知识。结论:北京有潜在风险，应加强监测。

基孔肯雅病毒(Chikungunya virus，CHIKV)隶属披膜病毒科的甲型病毒属，可通过埃及伊蚊和白蚊伊蚊传播，主要引起以高热、皮疹、多发性关节炎/多关节痛为主要临床症状的基孔肯雅热(Chikungunya fever，CHIKF)，是全球关注的重要公共卫生威胁。目前仍无针对基孔肯雅病毒的疫苗和有效的抗病毒药物。本篇综述简要概述基孔肯雅病毒的基因组与流行病学特征、主要抗原的免疫应答特点及疫苗的最新研发进展。

目的:建立一种快速、准确、高灵敏度检测基孔肯雅病毒（chikungunya virus，CHIKV）的逆转录-酶促重组等温扩增（reverse transcription enzymatic recombinase amplification，RT-ERA）的基因检测技术方法。方法:以CHIKV非结构蛋白1（non-structural protein 1，NSP1）基因的保守序列为靶标，根据RT-ERA反应原理设计、合成荧光探针及对应引物，以pUC18为载体构建靶标质粒并在体外转录后作为阳性对照品，将阳性对照品倍比稀释后筛选出扩增效率最高的探针引物组合。利用筛选的探针引物组合，对不同拷贝数的CHIKV进行荧光RT-ERA法扩增，评价该方法的最低检出限；再分别以森林脑炎病毒、登革热病毒、寨卡病毒、乙型脑炎病毒、新布尼亚病毒的RNA为模板进行荧光RT-ERA法扩增，评价该方法的特异性。结果:在40 ℃恒温条件下，利用荧光RT-ERA法10 min内可以完成CHIKV核酸扩增，该方法最低检出限可达10拷贝/μL，且当CHIKV核酸扩增为阳性时，其他病毒检测结果为阴性。结论:成功建立一种可用于检测CHIKV NSP1基因的荧光RT-ERA法，该方法操作简便、检测限低且特异性好。

目的:阐明2019年位于中缅边境地区的云南省德宏傣族景颇族自治州瑞丽市基孔肯雅热暴发疫情的流行病学特征。方法:开展流行病学调查，收集病例个案调查表，采集患者急性期血清，用PCR-荧光探针法检测基孔肯雅病毒核酸。结果:2019年瑞丽市共确诊基孔肯雅热病例121例，其中本地病例98例(80.99%，包括2例孕妇及其母婴传播的3例新生儿病例即胞胎男婴2例和1例女婴)，缅甸输入性病例23例(19.01%，木姐11例、南坎6例、曼德勒3例、九谷2例、腊戌1例)。疫情主要发生在瑞丽市主城区(勐卯镇)和口岸地区，主要流行期为9～11月份，高峰为10月份(74.38%，90/121)。除母婴传播的3例新生儿病例外，病例年龄最小为3月龄，最大72岁，以20～59岁组为主(77.69%，94/121)。男女性别比为1∶1.28(53：68)。职业分布以商业服务(33.06%)、家务及待业(21.49%)和离退人员(11.57%)居多。结论:2019年瑞丽市发生输入性病例和本地病例并存的基孔肯雅热流行，来自缅甸的输入性病例是引起本地流行的主要原因。此为云南省首次报道本地基孔肯雅热流行，应加强中国—缅甸边境地区基孔肯雅热跨境传播的防控。

目的:建立基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法。方法:通过NCBI网站检索和下载CHIKV的各基因型序列，经序列比对筛选出备选参考序列，使用Primalscheme和Geneious Prime等软件进行引物方案的设计、筛选和人工优化，并使用7份CHIKV阳性样品对实验流程进行评估。结果:本研究所设计的引物方案可对各阳性样品进行成功扩增；在样品Ct值小于33时，可获得完整编码区序列；样品Ct值达到35时，可获得99.38%的编码区序列；使用多次迭代，逐步校正的拼接策略可将拼接成功率提高5.70%~25.43%。结论:建立的基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法操作简单，对多个浓度的基孔肯雅病毒阳性临床样品均表现良好。

目的:确认湖南省首起输入性基孔肯雅热(Chikungunya fever, CHIK)疫情。方法:采集病例和同行人员的血清标本，采用实时荧光定量PCR方法进行登革病毒(Dengue virus, DENV)、黄热病毒(Yellow fever virus, YFV)、基孔肯雅病毒(Chikungunya virus, CHIKV)核酸检测，对核酸检测阳性病毒标本进行基因序列测定，对测序结果进行生物信息学分析，构建系统进化树。结果:病例血清标本CHIKV核酸阳性，5名同行人员中有1人血清标本CHIKV核酸阳性。基因序列Blast比对显示与CHIKV序列同源性>99%。系统进化树显示感染CHIKV属于ECSA基因型。结论:通过流行病学调查和病原学检测，确定了湖南省首起输入性CHIK疫情。