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人A组轮状病毒G1P[8]基因型VP7蛋白的表达及其抗体制备
编辑人员丨4天前
目的:表达和纯化人A组G1P[8]轮状病毒VP7蛋白(G1 VP7);制备VP7多克隆抗体并进行抗体功能鉴定。方法:利用杆状病毒系统表达G1 VP7蛋白,通过亲和层析法进行蛋白纯化。将纯化后的G1 VP7蛋白免疫新西兰大白兔制备兔多抗血清,纯化得到G1 VP7兔多抗。通过免疫印迹(Western blot, WB)、酶联免疫吸附(ELISA)和免疫荧光试验进行多抗功能验证。结果:利用杆状病毒表达系统获得人A组G1P[8]轮状病毒可溶VP7蛋白,并且G1 VP7蛋白主要以三聚体形式存在;制备得到G1 VP7多抗,ELISA结果显示VP7多抗具有较高的效价;WB和ELISA实验表明VP7多抗能够识别多个G型轮状病毒的VP7;免疫荧光试验结果进一步显示G1 VP7多抗可以结合不同A组轮状病毒,包括Wa株(基因型G1P[8])、DS-1(基因型G2P[4])、SA11(基因型G3P[2])、人G9P[8]株。此外,双夹心ELISA初步结果显示包被VP7多抗可以检测到轮状病毒临床样本。结论:本研究成功得到可溶G1 VP7蛋白并制备VP7多抗;G1 VP7多抗可以结合多种G型轮状病毒,为不同G型轮状病毒检测方法的建立奠定基础。
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编辑人员丨4天前
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中国CVA6 D3基因亚型B细胞抗原表位氨基酸差异分析及VLPs初步制备
编辑人员丨4天前
目的:分析中国流行的柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CVA6)D3基因亚型中的D3a和D3b分支序列结构蛋白B细胞抗原表位氨基酸差异性来优化设计CVA6病毒样颗粒(virus-like particle,VLP)疫苗。方法:对GenBank下载的含有P1区核苷酸CVA6序列,使用MEGA.11.0软件基于VP1序列采用最大似然法构建进化树划分基因型及亚型。采用在线工具WebLogo并结合CVA6 B细胞抗原表位研究的相关文献,对D3a和D3b分支序列VP1-VP3区B细胞抗原表位氨基酸差异性分析,为筛选疫苗候选株进行CVA6 VLP的制备。结果:D3a与D3b分支序列在VP1 N末端P27位点分别是天冬酰胺(96.2%)和丝氨酸(92.9%);在VP3 N末端P60位点为甘氨酸(98.8%)和丝氨酸(60.0%)。基于上述差异性选择具有D3a(VP3-N-P60)和D3b(VP1-N-P27)两分支序列共有的B细胞抗原表位D3a-JX2018(GenBank accession number:MN845862)作为疫苗候选株,并成功制备了CVA6 VLP。结论:本研究为疫苗候选株的选择提供了新的思路,为日后CVA6 VLPs疫苗和免疫诊断试剂的研发提供了基础。
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编辑人员丨4天前
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2021—2022年绵阳地区流感样病例样本中的鼻病毒特征分析
编辑人员丨4天前
目的:了解绵阳地区的流感样病例患者的鼻病毒(human rhinovirus,HRV)流行情况及病原特征。方法:收集2021—2022年绵阳地区哨点医院呼吸道感染且诊断为流感样病例(influenza-like illness,ILIs)患者的咽拭子,采用实时荧光定量PCR技术对16种常见病原体进行检测。巢氏PCR扩增HRV阳性样本的VP4/VP2编码区基因。从GenBank数据库下载国内外各血清型代表株进行系统发育、一致性及氨基酸变异分析。结果:共采集绵阳地区ILIs样本332例,病毒检出率为58.73%(195/332)。其中HRV阳性样本23例,检出率为6.92%(23/332),成功扩增出18条HRV流行株序列。经比对发现绵阳地区ILIs病例流行的HRV涉及13种血清型,分属于HRV-A(12种)、HRV-B(5种)和HRV-C(1种)3种基因型。同源性分析表明其核苷酸和氨基酸相对保守,但与参考株相比,HRV-A型和HRV-B型存在多处变异。结论:HRV是2021—2022年绵阳地区ILI感染的病原体之一,以HRV-A型为主。
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编辑人员丨4天前
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云南省曲靖地区手足口病病原学监测(2019年)
编辑人员丨4天前
目的:了解2019年云南省曲靖地区手足口病(HFMD)病原学特征。方法:采集曲靖地区2019年HFMD患儿的粪便样本,从粪便悬液中直接提取病毒RNA,先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒(EV)VP4区基因并测序,序列在GenBank确定病毒型别,用各型病毒的相关引物扩增病毒VP1区全序并测序,通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping Tool Version 0.1)进行病毒型别初步鉴定,之后计算与原型株的核苷酸相似性并进行基因进化树分析定型。结果:470份样本中共检测到62株EV毒株,总阳性检出率为13.19%,其中EV-A组病毒42株(8.94%),EV-B组病毒9株(1.91%),EV-C组病毒11株(2.34%),全为脊灰病毒1型疫苗株(Sabin株),未检测到肠道病毒71型(EV-A71)和EV-D组病毒。检出率较高的病毒依次为柯萨奇病毒A10型(CV-A10,4.47%,21株)、柯萨奇病毒A16型(CV-A16,2.55%,12株)、脊髓灰质炎病毒1型疫苗株(2.34%,11株)和CV-A6(1.70%,8株)。结论:2019年云南省曲靖地区儿童HFMD病例的主要病原是CV-A10、CV-A16和CV-A6,未检出EV-A71。与往年国内其他省份相比,曲靖地区2019年HFMD病原体已经发生改变,今后要加强对CV-A10、CV-A16和CV-A6等病原的实验室监测工作。
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编辑人员丨4天前
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青海省一株柯萨奇病毒B5分离株全基因组分析
编辑人员丨4天前
目的:对2018年青海省一例流感样病例中分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CV-B5)分离株QH/CVB5/2018进行全基因组测序及遗传特性分析。方法:采用二代高通量测序对QH/CVB5/2 018分离株进行全基因组序列测定,利用SPAdes、DNAStar 7.1、MEGA 6.0、Simplot 3.5.1以及RDP4软件对病毒进行全基因组序列拼接以及遗传进化、基因重组和氨基酸突变分析。结果:QH/CVB5/2018全基因组核苷酸序列长度为7 369 bp,编码含2 185个氨基酸残基的多聚蛋白。基于基因组的序列同源性和系统进化分析,显示QH/CVB5/2018与417/JS/CHN/2013同源性最高,核苷酸序列一致性为96.9%(氨基酸序列同源性为99.5%);基于VP1序列的系统进化分析显示QH/CVB5/2018处于CVB5-C基因型;重组分析显示QH/CVB5/2018可能为CHN_SH/CVB5/2008和CHN_YN-CVB3/2009的重组株,重组发生在6 114~7 199 bp;氨基酸突变位点分析显示,相比于其他CVB5毒株,139S、864S、1086R、1693C、1814D和1819N为QH/CVB5/2018特异突变位点。结论:QH/CVB5/2018分离株属于柯萨奇病毒B组5型的C组基因型,可能为重组株。
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编辑人员丨4天前
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浙江衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒优势血清型与VP1基因分析
编辑人员丨4天前
目的:了解浙江省衢州地区儿童病毒性脑炎埃可病毒(Echovirus, ECHOV)优势血清型与变迁并分析ECHOV VP1基因分子特征。方法:采集53例病毒性脑炎患儿脑脊液标本进行病毒分离培养。采用荧光RT-PCR和PCR分别检测脑脊液标本中人肠道病毒(human enterovirus,HEV)包括ECHOV、柯萨奇病毒(coxsackie virus,CV)和新型肠道病毒(enterovirus,EV),以及流行性乙型脑炎病毒(japanese encephalitis virus, JEV)、腮腺炎病毒(mumps virus, MuV)、西尼罗病毒(west nile virus,WNV)、基孔肯雅病毒(chikungunya virus,CHIKV)、单纯疱疹病毒(herpes simplex virus,HSV)和巨细胞病毒(cytomegalovirus,CMV)。HEV阳性脑脊液标本采用RT-PCR法扩增HEV-B组全长VP1基因序列,测序后用多种生物信息学软件分析ECHOV VP1基因型、基因重组和遗传进化特征。结果:RD细胞分离培养出6株毒株,但Hep-2细胞分离培养结果均阴性。11份标本HEV通用荧光RT-PCR结果阳性,但其他病毒检测结果均阴性。11份HEV阳性标本中6份检出ECHOV,与分离培养结果一致,分别为4株ECHO6、1株为ECHO7和1株ECHO30血清型,柯萨奇病毒和EV检测结果均阴性。4株ECHO6病毒属于ECHO6-C2基因亚型,但分为ECHO6-41/46和ECHO6-45/48两个流行克隆,ECHO7和ECHO30分别属于ECHO7-C和ECHO30-C基因型。ECHO6与ECHO30病毒在进化过程中存在VP1基因重组。结论:ECHOV是该地区儿童病毒性脑炎主要病原体,且可能存在局部暴发流行。ECHO6与ECHO30病毒VP1基因存在重组可能性,ECHO6有成为ECHOV优势血清型的可能。
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编辑人员丨4天前
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安徽省2020年柯萨奇病毒A组4型分离株全基因组序列分析
编辑人员丨4天前
目的:了解安徽省柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株全基因组序列变异及分子进化情况,为今后手足口病的病原学监测和科学防治提供理论依据。方法:采用一代测序法对2020年5株CV-A4分离株进行全基因组测序。运用MEGA11.0对5株CV-A4分离株,32株CV-A4代表株和肠道病毒A71型(Enterovirus A71,EV-A71)原型株BrCr基于VP1区构建系统进化树,对分离株以及肠道病毒A组(enterovirus A,EV-A)原型代表株基于P1、P2、P3区分别构建系统进化树;选用DNAStar进行毒株VP1区氨基酸序列比对,使用BioEdit7.2进行氨基酸置换熵分析并作氨基酸位点熵值图,使用SimPlot3.5和RDP4对CV-A4分离株和EV-A原型代表株进行重组分析,使用DnaSP6软件进行分离株和参考代表株的选择压力分析。结果:系统进化树显示:分离株属于C2亚型,与中国大陆地区流行的CV-A4毒株属于同一分支,C2亚型分支的毒株氨基酸序列同源性为97.30%~100%,分离株同原型相比,均有6个氨基酸变异位点。选择压力分析表明C2亚型的CV-A4毒株受负选择压力的影响,置换熵分析编码区氨基酸序列有25个易突变位点,占比1.14%,毒株进化主要依赖重组。重组分析表明分离株在P2、P3区域与多种EV-A原型株发生不同区段的重组,与CV-A5原型株重组区段较长,尤其在3A-3C区段,P1是相对保守的区段。结论:安徽省CV-A4在P2、P3区与其他EV-A原型株发生频繁重组事件,应对安徽省CV-A4的分子进化研究继续保持密切关注。
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编辑人员丨4天前
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一株Ⅲ型WU多瘤病毒的分离培养和全基因组进化分析
编辑人员丨4天前
目的:分离培养WU多瘤病毒(WU polyomavirus,WUPyV)并分析全基因组系统进化、同源性及种群动态特征。方法:采用实时荧光定量PCR检测2020—2022年间北京友谊医院呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物样本,利用气液两相的原代人呼吸道上皮细胞模型对WUPyV阳性样本进行病毒分离培养,Sanger测序获得全基因组,结合GenBank数据库中已公布的全基因组信息进行系统发育和进化动力学研究。结果:WUPyV在2020—2022年的检出率为4.7%(31/659),并成功分离1株Ⅲc型WUPyV临床病毒株BJ0593。WUPyV全基因组及各基因片段同源性较高,VP2基因的平均进化速率约为每年1.256×10 -4个氨基酸替换/位点,种群动态在近十年内趋于平缓。 结论:本研究首次成功分离Ⅲ型WUPyV临床病毒株,为WUPyV的分子进化及致病性研究提供基础。
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编辑人员丨4天前
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北京市2019年腹泻病例中札如病毒基因特征分析
编辑人员丨4天前
目的:了解北京市肠道门诊散发腹泻病例中札如病毒的基因型别及特征。方法:收集2019年北京市肠道门诊散发腹泻病例的粪便样本,应用实时荧光RT-PCR对样本进行札如病毒核酸检测,对阳性样本应用不同种RT-PCR方法进行札如病毒衣壳蛋白VP1区和聚合酶RdRp区部分基因片段扩增,对扩增阳性产物进行测序,应用BioEdit 7.0.9.0软件对序列进行比对,应用Mega 6.06软件构建进化树进行分析。结果:札如病毒总检出率为2.89%(44/1 522),<5岁病例的检出率为3.34%(18/539),≥5岁病例的检出率为2.64%(26/983)。衣壳蛋白VP1区基因测序成功23株,包括8个基因型(GⅠ.2型6株、GⅠ.1型和GⅡ.3型各5株,GⅠ.3型和GⅡ.5型各2株,GⅠ.5型、GⅡ.1型和GⅣ.1型各1株);≥5岁病例占16株,GⅠ.2型构成比最高(37.50%,6/16),<5岁病例占7株,GⅠ.1型和GⅡ.3型构成比最高(均为42.86%,3/7);每个基因型内部相似性为95.5%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的51株参考株相似性为92.2%~100.0%。聚合酶RdRp区测序成功25株8个基因型(9株GⅡ.P3型,4株GⅠ.P3型,GⅠ.P1型、GⅠ.P2型和GⅡ.P1型各为3株,GⅠ.P5型、GⅡ.P5型和GⅣ.P1型各为1株);≥5岁病例占15株,GⅡ.P3型构成比最高(40.00%,6/15),<5岁病例占10株,GⅠ.P1型、GⅡ.P1型和GⅡ.P3型构成比最高(均为30.00%,3/10);每个基因型内部相似性为94.0%~100.0%,与不同年份、不同国家的人源或污水源的39株参考株相似性为90.2%~99.1%。结论:札如病毒是北京市散发腹泻病例的病原之一,主要基因组为GⅠ和GⅡ,基因型多样且分散;≥5岁和<5岁人群腹泻病例主要基因型不同。
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编辑人员丨4天前
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2015—2018年青海省手足口病病原谱变化和流行趋势
编辑人员丨4天前
目的:了解青海省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)患者中肠道病毒流行情况和基因型特征。方法:采集青海省HFMD患者的咽拭子标本,进行病毒分离和特异性引物聚合酶链反应(RT-PCR),对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并参考NCBI部分毒株序列构建基因进化树。结果:采集临床诊断HFMD阳性病例标本1 738份,其中人肠道病毒A组71型(EV-A71)型326例,占18.76%、人肠道病毒柯萨奇A16型(CV-A16)型237例,占13.64%、人肠道病毒柯萨奇A6型(CV-A6)型628例,占36.13%,4年间不同基因型别间存在差异,具有统计学意义(EV-A71, χ2=245.315, P<0.001; CV-A16, χ2=27.680, P<0.001; CV-A6, χ2=702.713, P<0.001),用RD细胞分离后共得到到317株细胞培养物,测序后选取2017年和2018年典型基因型的VP1区核酸序列进行序列分析,全部基因型VP1区核酸序列间同源性在59%~100%之间,19株EV-A71VP1序列间核苷酸同源性分别在93%~100%之间,20株CV-A16型核酸VP1序列的同源性在92%~100%之间,6株CV-A6型VP1核酸序列的同源性在97%~99%之间。从进化树图上看,青海省流行的EV-A71毒株序列全都在进化树图的C4a分支上;CV-A16型分离到20个毒株序列出现在进化树图上的分为两个基因型别,18株为B1b,2株为1D基因型;CV-A6型分离到5个毒株为D3基因型,1株属于B1型。 结论:青海省2015—2018年HFMD的流行基因型别由EV-A71向CV-A16和CV-A6转变,青海省流行的EV-A71型一直是C4a基因型,CV-A16和CV-A6存在不同的基因型别,不同基因型间核酸序列差异性较大,同一基因间序列变异较小。
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编辑人员丨4天前
