-
基于网络药理学与体外实验探讨淫羊藿素抗非小细胞肺癌EGFR-TKIs耐药的分子机制
编辑人员丨5天前
目的 基于网络药理学与体外实验探讨淫羊藿素抗非小细胞肺癌(NSCLC)表皮生长因子受体-酪氨酸酶抑制剂(EGFR-TKIs)耐药的分子机制.方法 利用PubChem和化合物靶点预测(Swiss Target Prediction)数据库下载淫羊藿素的简化分子线性输入规范(SMILES)号及作用靶点,通过人类基因(GeneCards)和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库收集NSCLC耐药疾病靶点,将药物与疾病交集靶点导入STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)情况,运用Cytoscape 3.9.1软件内置插件计算节点拓扑参数值并筛选核心靶点,采用生物信息学分析平台(DAVID)数据库进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)富集分析,构建"淫羊藿素-关键靶点-疾病-通路"图.使用Pymol和Autodock Tools 1.5.7软件进行分子对接.体外实验选用NSCLC耐药株PC9OR研究淫羊藿素对细胞增殖、集落形成、迁移、侵袭和凋亡能力的影响,并对富集得到的核心靶点及关键通路进行验证.结果 共筛选到淫羊藿素治疗NSCLC耐药的潜在作用靶点1 952个.通过PPI网络节点拓扑参数值筛选得到13个核心靶点,涉及蛋白激酶B(AKT1)、雌激素受体α(ESR1)、B淋巴细胞瘤2(BCL2)、表皮生长因子受体(EGFR)等基因.KEGG通路富集分析显示,癌症相关通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶 B(PI3K-AKT)信号通路、EGFR-TKIs耐药通路等可能在淫羊藿素治疗NSCLC EGFR-TKIs耐药的过程中起关键作用.GO富集分析显示,细胞功能涉及信号传导、凋亡过程的负调控、DNA转录的正调控等.分子对接显示淫羊藿素与各核心靶点均具有较强的结合能力.细胞实验表明,淫羊藿素抑制耐药细胞的增殖、集落形成、迁移、侵袭及促进细胞凋亡,并下调ESR1、AKT1、EGFR等mRNA表达水平以及PI3K-AKT通路磷酸化磷脂酰肌醇-3-激酶(p-PI3K)、磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)的关键蛋白水平.结论 淫羊藿素可能通过多靶点调控PI3K-AKT通路抑制EGFR-TKIs耐药细胞的增殖、集落形成、迁移、侵袭及促进细胞凋亡,从而发挥抗NSCLC EGFR-TKIs耐药的作用.
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
全血标本中分离出阿尔塔米拉金色单胞菌及其全基因组分析
编辑人员丨5天前
目的:了解一株分离自临床血液标本中罕见菌——阿尔塔米拉金色单胞菌( Aureimonas altamirensis)的生物学特点、鉴定方法、基因组结构和临床意义。 方法:对一株血培养分离菌的培养特性、简单生化特征观察了解;用实验室常规的生化鉴定仪、MALDI-TOF质谱仪和16S rRNA基因序列分析鉴定分离菌,并将测得的16S rRNA基因序列与相关菌株构建16S rRNA系统进化树;对分离菌基因组进行测序和组装,利用相关软件对基因组作基因预测和功能注释。将分离菌与GenBank数据库中收录的相近菌株作基于31个House-Keeping基因进化树分析和全基因组同源核苷酸平均一致性(average nucleotide identity,ANI)分析。结果:分离菌为过氧化氢酶、脲酶、氧化酶反应阳性的革兰阴性无芽孢需氧小杆菌,在血平板上生长缓慢,不能被自动化细菌生化鉴定仪和MALDI-TOF质谱鉴定仪可靠鉴定,16S rRNA基因序列分析和进化树显示:该菌16S rRNA基因序列与GenBank收录的NML070722和IARI-ABL-26阿尔塔米拉金色单胞菌16S rRNA基因序列(序列号为EU442518.1和KC581669.1)一致性最高,相似性均为99.93%。全基因测序结果表明该菌基因组(国家微生物科学数据中心基因序列号:NMDC60043566)总长为4 332 458 bp,GC含量65.14%;编码4 088个基因,功能基因注释显示功能基因主要富集于蛋白质、氨基酸、碳水化合物转运和代谢类功能区,致病基因分析预测到两个可靠性高毒力因子基因,未预测到耐药基因。基因组House-Keeping基因进化树分析显示该菌与阿尔塔米拉金色单胞菌DSM21988和C2P003(NCBI基因组序列号为GCF 001463885.1和GCF 000800175.1)高度同源,但全基因组ANI分析显示其基因组与两菌存在较大差异。结论:在国内临床标本中分离出罕见的阿尔塔米拉金色单胞菌,其生物学和基因组特点还没有被充分认识,目前常规方法难以正确鉴定,其对免疫低下患者的致病性和在临床标本中分离的意义可能还需要更多的病例研究。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
烧伤患者耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌携带质粒及其与菌株传播的相关性
编辑人员丨5天前
目的:探索烧伤患者耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌(CRKP)的质粒携带情况,分析这些质粒与CRKP传播的相关性。方法:采用回顾性观察性研究方法。取从陆军军医大学(第三军医大学)第一附属医院2017年1—12月收治的22例烧伤患者[男20例、女2例,年龄(42±16)岁]临床相关标本中分离保存的26株CRKP,对其进行编号。采用碱裂解法提取菌株质粒,用核酸浓度检测仪测定浓度后行琼脂糖凝胶电泳观察条带情况,并对质粒行大致分型。从各个质粒分型中选取最小编号CRKP携带质粒转化感受态大肠埃希菌TOP10菌株(以下简称TOP10菌株),观察各转化菌株与TOP10菌株涂布含氨苄西林的固体LB培养基并过夜培养后生长情况,计算成功转化比例。取成功转化TOP10菌株的最小编号CRKP携带质粒的转化菌株(以下简称最小成功转化菌株)与相应编号CRKP,提取菌株携带质粒,行琼脂糖凝胶电泳观察条带情况。取前述各成功转化菌株与TOP10菌株,采用药物敏感试验检测菌株对17种临床常用抗生素的耐药性。取最小成功转化菌株携带质粒,使用第二代测序技术进行基因测序,并完成蛋白质编码基因预测、序列比对等生物信息分析,后续根据耐药基因携带情况命名为pKP03-NDM1。根据最小成功转化菌株携带质粒全基因组序列,采用PCR法及琼脂糖凝胶电泳与基因测序检测剩余25株CRKP携带质粒的新德里金属β-内酰胺酶-1( blaNDM-1)基因携带情况,结合文献分析26株CRKP多位点序列分型中的ST分型。 结果:从26株CRKP中均提取到质粒,质粒质量浓度为19.3~189.8 ng/μL。26株CRKP携带质粒的琼脂糖凝胶电泳均可见2 500 bp以上条带,可大致分为A、B、C、D、E、F型6个型别。过夜培养后,在含氨苄西林的固体LB培养基上,未见A、B、D、E型CRKP携带质粒转化TOP10菌株或单纯TOP10菌株菌落生长,可见3号CRKP携带的C型质粒和15号CRKP携带的F型质粒转化TOP10菌株大量菌落生长(转化菌株被分别命名为TOP10-pKP03、TOP10-pKP15),成功转化比例为1/3。TOP10-pKP03携带质粒琼脂糖凝胶电泳图仅表现为1个条带,大小与3号CRKP携带质粒最大的条带一致。TOP10菌株对所检测的17种临床常用抗生素全敏感;TOP10-pKP03和TOP10-pKP15对青霉素类、头孢菌素类、碳青霉烯类抗生素耐药,对单环β-内酰胺类、氨基糖苷类、喹诺酮类抗生素以及替加环素敏感。TOP10-pKP03携带质粒全长为41 190 bp,该质粒携带 blaNDM-1、 bleMBL、 T4SS、博来霉素抗性基因且包含接合转移元件、松弛酶等片段,与从大肠埃希菌JN24中提取的质粒pJN24NDM1长度相同且核苷酸相似性为99%。从16株(61.5%)CRKP携带质粒中检测到了 blaNDM-1基因,该16株CRKP的ST型别中,ST11型11株,ST215型、ST260型、ST395型、ST2230型、新ST型各1株;不携带 blaNDM-1基因的10株CRKP的ST型别中,ST11型8株,ST395型、ST2230型各1株。 结论:自烧伤患者CRKP中分离测序了一个高携带率的包含 blaNDM-1基因的质粒pKP03-NDM1,该质粒可能通过介导 blaNDM-1基因在CRKP间以及CRKP和大肠埃希菌间的水平转移,导致耐药性传播。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
膀胱癌中lncRNA相关研究进展
编辑人员丨5天前
lncRNA是一类长度超过200个核苷酸且不编码蛋白质的RNA分子,很多研究表明其参与了癌症的发生、发展、转移,其在膀胱癌中也发挥着重要的作用。本文总结了lncRNA在促进或抑制膀胱癌的进展、分期、预后、耐药等方面的最新研究进展,为今后lncRNA与膀胱癌关系的研究提供依据。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
生长抑素受体2和生长抑素受体5在垂体催乳素腺瘤中的表达及其临床意义
编辑人员丨5天前
目的:探讨生长抑素受体2(SSTR2)和生长抑素受体5(SSTR5)两个受体亚型在人垂体催乳素腺瘤中的表达及其临床意义。方法:收集华中科技大学同济医学院附属同济医院神经外科经手术和病理结果证实的人垂体催乳素腺瘤标本16例及4例尸检获取的正常垂体组织,采用新型特异性SSTR2和SSTR5的单克隆抗体(UMB1和UMB4),分别进行免疫组织化学、蛋白质印迹法(Western blot)和免疫荧光染色的方法检测难治性垂体催乳素腺瘤标本中SSTR2及SSTR5的表达,再分析其表达水平与临床特征[性别、肿瘤大小、术前血清催乳素水平、肿瘤细胞核增殖抗原(Ki-67)增殖指数、肿瘤侵袭性]的相关性。使用GraphPad Prism(V. 7)进行数据分析。结果:免疫组化染色在正常垂体组织中均可见SSTR2和SSTR5的散在表达,81.25%(13/16)的催乳素腺瘤病例样本中检测到SSTR5的表达,相反仅3例肿瘤标本检测到散在的SSTR2的免疫反应性,其中1例为生长激素和催乳素混合型多激素腺瘤;Western Blot结果证实免疫组化的结果,免疫荧光共染结果提示正常垂体组织中催乳素细胞并不表达SSTR2,但有SSTR5的表达。Pearson’s相关分析显示SSTR5的高表达与患者的性别(女性SSTR5 IRS 0.31±0.07比男性SSTR5 IRS 0.38±0.16, t=0.47, P>0.05)、肿瘤大小( R2=0.009, F=0.133, P>0.05)、术前血清催乳素水平( R2=0.026, F=0.348, P>0.05)、肿瘤Ki-67增殖指数( R2=0.060, F=0.887, P>0.05)无明显相关。 结论:垂体催乳素腺瘤高表达SSTR5,第2代生长抑素类似物帕瑞肽有助于多巴胺受体激动剂耐药型垂体催乳素腺瘤的替代治疗。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
蛋白组学揭示CKD 6是来那度胺在多发性骨髓瘤中的药物抗性靶点
编辑人员丨5天前
免疫调节剂来那度胺是治疗多发性骨髓瘤(MM)的主要药物,并且与其他药物如蛋白酶体抑制剂和皮质类固醇的联合应用可以诱导大多数患者缓解,然而几乎所有患者都会因多发性骨髓瘤细胞获得性耐药而复发。为探究耐药的非遗传机制,该研究纳入了5例具有纵向骨髓样本的患者,4例在来那度胺治疗期间进展,1例在来那度胺治疗后进展,收集5例患者治疗前和复发时的骨髓样本,进行基于串联质谱标记技术(TMT)的蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析和RNA测序。通过蛋白质定量组学分析,该研究发现,与治疗前样本相比,复发组中前6位上调的蛋白分别是TRIP13、RRM1、NCAPD2、NCAPH、MORF4L1和CKD6。磷酸化蛋白质组学分析发现134个显著变化磷酸化肽段,仅15个的蛋白表达发生变化,说明大多数磷酸化水平发生变化的位点其蛋白质表达水平并未改变。通过对5对样本进行RNA测序发现,在上调最高的蛋白中,有丝分裂调节蛋白TRIP13和NCAPH的RNA/蛋白表达Pearson相关系数最高为0.84,其次是NCAPD2(0.67)、RRM1(0.6)和CDK6(0.39)。在MM中,蛋白质和RNA的低相关性意味着高程度的转录和翻译后调控。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
基于网络药理学探讨川芎嗪对急性坏死性胰腺炎大鼠胰腺组织的保护机制
编辑人员丨5天前
目的:基于网络药理学探讨川芎嗪治疗急性坏死性胰腺炎(ANP)大鼠的核心靶点及其潜在的分子机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)及人类疾病信息相关数据库(CTD、DisGeNET、GeneCards、OMIM)筛选出川芎嗪作用靶点与ANP相关靶点,利用Uniprot数据库进行交集,导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再导入Cytoscape软件进一步分析,利用cytoHubba插件得到关键靶点。对关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后通过PyMol和AutoDockTools软件进行分子对接。将30只雄性SD大鼠随机分为对照组、ANP组和川芎嗪治疗组(川芎嗪组)。采用胰胆管逆行注射4%牛磺胆酸钠建立ANP大鼠模型,川芎嗪组在制模后经腹腔注射10 ml/kg川芎嗪注射液。造模后12 h,取胰腺组织,常规行病理学检查,免疫组织化学染色观察关键靶点在胰腺组织中的蛋白表达;眼眶取血,采用酶联免疫吸附测定法(ELISA)测定血清IL-6和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平。结果:药物平台筛选出137个川芎嗪作用靶点,疾病数据库筛选出513个ANP相关靶点,通过交集得到的25个靶点,最终获得白蛋白(ALB)、表皮生长因子受体(EGFR)、胱天蛋白酶3(CASP3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)和B细胞淋巴瘤样蛋白1(BCL2L1)共5个关键靶点。GO功能富集分析生物学过程主要涉及生殖结构、系统发育,对抗生素、化学应激和活性氧的反应等,细胞组成主要为囊泡腔、膜筏、膜微区和分泌颗粒腔等靶蛋白,分子功能主要包括SH2域、磷酸酪氨酸残基、蛋白酶结合及蛋白酪氨酸激酶和核受体活性等;KEGG通路富集分析主要为Ras信号通路、PI3K-Akt信号通路、铂类药物耐药、磷脂酶D信号通路和EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药等。5个关键靶点分子对接的平均结合能为-4.20 kcal/mol。胰腺组织病理学检查结果示ANP组大鼠腺体结构较紊乱,小叶间隙明显增大,腺泡、血管周围以及腺体间隙均可见中性粒细胞浸润;川芎嗪组大鼠胰腺小叶间隙略微增大,中性粒细胞轻度浸润。ANP组大鼠胰腺组织EGFR、CASP3和MAPK1蛋白表达量较对照组显著升高,川芎嗪组表达量较ANP组显著降低( P值均<0.01);ANP组BCL2L1蛋白表达量较对照组显著升高,川芎嗪组又较ANP组显著升高( P值均<0.05)。ANP组大鼠血清IL-6和TNF-α水平较对照组显著增高,川芎嗪组则均较ANP组显著降低( P值均<0.01)。 结论:川芎嗪可以通过激活多种信号通路,减轻ANP后的炎症反应和氧化应激损伤,增强抗凋亡基因的表达,阻断细胞凋亡半胱天冬酶解级联反应,对ANP大鼠胰腺组织起保护性作用。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
谷氨酰胺酶2靶向调控P-糖蛋白表达影响肝胆管癌细胞化疗敏感性
编辑人员丨5天前
目的:探讨谷氨酰胺酶2(GLS2)对肝胆管癌细胞5-氟尿嘧啶(5-Fu)化疗敏感性的作用及其机制。方法:TIMER数据库检索GLS2在泛癌中表达水平,通过蛋白质印迹法(Western blot)、免疫组织化学检测进一步验证GLS2在胆管癌组织(2014年1月至2019年4月扬州大学附属医院苏北人民医院行胆管癌根治术患者)表达水平及临床意义。分析GLS2和P-糖蛋白(MDR1)在胆管细胞癌组织中表达相关性。运用pcDNA过表达RBE细胞株GLS2表达;细胞计数试剂盒(CCK-8)法检测各组细胞对化疗药物5-Fu的化疗敏感性。组间比较采用 t检验,临床资料采用 χ2检验。 结果:在肝胆管细胞癌组织中GLS2表达显著高于正常组织(0.42±1.20比1.71±0.83, t=2.974, P<0.05),并且GLS2表达与肝胆管细胞癌患者肿瘤数量、有无包膜、淋巴结转移、临床分期、糖类抗原19-9明显有关( χ2=6.17、5.84、7.15、8.24、8.21, P<0.05)。进一步分析表明GLS2表达与MDR1表达明显负相关( r=-0.536, P<0.05)。过表达RBE细胞GLS2表达可下调MDR1表达(0.90±0.12比0.22±0.21, t=3.213, P<0.05),并提高RBE细胞对5-Fu化疗敏感性。 结论:GLS2通过介导MDR1表达提高肝胆管癌细胞化疗敏感性,并且GLS2的表达与肝胆管细胞癌患者恶性表型显著相关。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
舒尼替尼治疗后肾透明细胞癌组织胶质瘤相关癌基因同源物-2的表达及意义
编辑人员丨5天前
目的:观察转移性肾透明细胞癌(m-ccRCC)在经过舒尼替尼治疗后,行肾癌切除术后癌组织中胶质瘤相关癌基因同源物-2(GLI-2)的表达对预后的影响。方法:选取2016年1月至2018年12月期间就诊于我院的43例m-ccRCC患者,接受舒尼替尼治疗后行肾癌切除术,应用免疫组织化学法检测肾癌组织中GLI-2、舒尼替尼靶向分子[血管内皮生长因子受体(VEGFR)-1和VEGFR-2]和C反应蛋白(CRP)的表达。应用Kaplan-Meier分析其表达与预后的关系。应用蛋白质印迹法(Western blot)和定量聚合酶链反应(qPCR)检测舒尼替尼耐药细胞株(786-O-R)和亲本细胞株(786-O)中蛋白和mRNA的表达。分类变量采用 χ2检验。 结果:43例患者中,1例(2.33%)获得完全缓解(CR),7例(16.28%)获得部分缓解(PR),总体有效率为18.60%;单因素分析发现核分级、GLI-2、血管内皮生长因子(VEGF)-1、VEGFR-2和CRP水平是影响舒尼替尼治疗的无进展生存期的因素[风险比( HR)=2.650、3.770、2.850、2.970、2.660, P<0.05),多因素分析发现,GLI-2是影响舒尼替尼治疗的无进展生存期的因素( HR=4.180, P<0.05);亲本细胞株(786-O)中GLI-2的表达显著低于舒尼替尼抗性细胞株(786-O-R)。 结论:GLI-2可能参与了m-ccRCC对舒尼替尼形成耐药的过程。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
B族链球菌规律成簇间隔短回文重复序列与基因分型及耐药基因的关系
编辑人员丨5天前
目的:探讨孕晚期孕妇生殖道定植及侵袭性感染患儿的B族链球菌(group B Streptococcus,GBS)规律成簇间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)分布及其与多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、耐药基因的关系。 方法:回顾性收集2017年1月至2022年1月山西医科大学附属儿童医院(山西省妇幼保健院)收治的孕晚期孕妇定植GBS及GBS侵袭性感染患儿临床分离的84株GBS菌株(包括侵袭性菌株17株、定植菌株67株),检测其CRISPR、MLST、耐药表型及耐药基因。采用 χ 2检验或Fisher精确概率法进行统计分析,并采用MEGA11构建发育树图。 结果:84株中共有10种ST型别,最常见的是ST10(46.4%)。GBS对青霉素敏感,对红霉素和克林霉素的耐药率分别为75.0%和73.8%;17株GBS侵袭性菌株中,ST10型对红霉素、克林霉素以及左氧氟沙星耐药率达100%。62株检出 CRISPR1基因,阳性率为73.8%; CRISPR1阳性菌株中ST10占比显著高于 CRISPR1阴性菌株[56.5%(35/62)与18.2%(4/22), χ 2=9.56, P=0.002]; CRISPR1阳性菌株中检出 ermB、 gyrA、 parC比例明显高于阴性菌株[分别为54.8%(34/62)与22.7%(5/22)、67.7%(42/62)与36.4%(8/22)及71.0%(44/62)与36.4%(8/22), χ 2值分别为6.73、6.64及8.25, P值均<0.05],而 ermA的比例低于阴性菌株[6.5%(4/62)与31.8%(7/22), χ 2=7.09, P=0.008]。 结论:ST10是孕妇生殖道定植GBS及婴儿侵袭性GBS感染的主要基因型;GBS对青霉素敏感;在 CRISPR1阳性菌株中ST10型GBS占优势; CRISPR1与部分耐药基因的传播相关。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
