2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus，2019-nCoV)奥密克戎BA.4/BA.5变异株具有相对特异的变异位点，使其与血管紧张素转换酶2受体的结合能力增强，并减少了对跨膜丝氨酸蛋白酶2的依赖；奥密克戎变异株对自然感染和疫苗接种后的免疫作用会产生不同程度的免疫逃逸，其中BA.4/BA.5变异株的免疫逃逸作用更为明显。BA.4/BA.5变异株所致疾病的严重程度与BA.2变异株相比并未发生明显变化，目前的抗原和核酸检测技术仍适用。治疗策略仍是基于病情评估的分层分类治疗策略，其对小分子抗病毒药物仍敏感，而大多数单克隆抗体对BA.4/BA.5变异株的疗效降低甚至无效。随着病毒的持续传播，2019-nCoV仍将不断进化和变异，加强病毒变异的监测、继续做好疫苗研发和接种，以及加强抗病毒药物的研发是应对疫情和病毒变异的关键。

目的:了解和比较上海市儿童和成人感染新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.5、BA.2亚型的临床特征。方法:收集2022年12月1日至2023年1月20日奥密克戎变异株BA.5亚型主导流行期复旦大学附属儿科医院收治的524例新型冠状病毒感染住院儿童的临床资料，包括年龄、性别、临床症状、实验室检查结果等，并对同期家庭内密切接触者临床资料进行收集，与2022年4月4日至4月30日奥密克戎变异株BA.2亚型主导流行期复旦大学附属儿科医院收治的新型冠状病毒感染住院儿童和家庭内感染者临床特征进行比较；对BA.5亚型感染的儿童与成人、危重型与非危重型病例的临床资料进行比较。统计学分析采用独立样本 t检验、曼-惠特尼 U检验、 χ2检验或Fisher确切概率法。 结果:524例患儿的年龄范围为5 d至16岁，其中男301例(57.4%)，女223例(42.6%)，危重型29例(5.5%)，非危重型495例(94.5%)。危重型患儿的发热热峰、气促发生率、肺炎发生率、基础疾病发生率均高于非危重型患儿，差异均有统计学意义( t＝12.06, χ2＝34.90、10.04、31.10，均 P<0.05)；实验室检查方面，危重型患儿淋巴细胞计数减少发生率，C反应蛋白，降钙素原，白细胞介素-6，肝功能、肾功能、肌酸激酶同工酶异常比例均高于非危重型患儿，差异均有统计学意义( χ2＝8.18， Z＝－4.61， Z＝－4.28， Z＝－5.13， χ2＝195.90, Fisher确切概率法， χ2＝136.13，均 P<0.05)。非危重型BA.5亚型感染者中，儿童组症状感染比例高于成人组，儿童组发热、胃肠道症状(恶心、呕吐、腹泻)发生率高于成人组，而成人组咳嗽发生率高于儿童组，差异均有统计学意义( χ2＝11.16、11.83、8.50、28.14，均 P<0.05)。2022年12月1日至2023年1月20日和2022年4月4日至4月30日分别收集到588例和355例儿童病例、791例和755例成人病例。儿童组中，BA.5亚型感染患儿咳嗽、惊厥、危重病例发生率较BA.2亚型感染患儿高，差异均有统计学意义( χ2＝37.95、40.78、15.54，均 P<0.001)。成人组中，BA.5亚型感染者发热热峰、热程、发热发生率、咳嗽发生率、胃肠道症状发生率均高于BA.2亚型感染者，差异均有统计学意义( t＝－4.40, Z＝－9.64, χ2＝47.29、124.09、29.90，均 P<0.001)。 结论:上海地区奥密克戎变异株BA.5亚型流行高峰时期，危重型患儿全身症状重，合并基础疾病发生率高于非危重型患儿。非危重型BA.5亚型感染者中，儿童症状感染比例高于成人，发热及胃肠道症状较成人多见，而成人咳嗽症状发生率高于儿童。BA.5亚型感染患儿惊厥、危重病例发生率较BA.2亚型高，BA.5亚型感染成人患者的全身症状较BA.2亚型重。

目的:本研究旨在估计广州市2起由新型冠状病毒（新冠病毒）奥密克戎变异株（BA.2）引起的本地疫情的潜伏期、序列间隔和基本再生数（ R0）等流行病学参数，探索不同场所聚集性对 R0的影响，为奥密克戎变异株疫情防控提供科学依据。 方法:收集2022年4-5月广州市2起新冠病毒奥密克戎变异株本地疫情病例数据，使用Weibull、Gamma和lognormal分布对奥密克戎变异株本地疫情的潜伏期、序列间隔分布进行估计，采用指数增长法和极大似然法估计 R0。 结果:两起疫情中位潜伏期为2.94（95% CI：2.52~3.38）d；中位序列间隔为3.32（95% CI：2.89~3.81）d。小型场所聚集性疫情 R0为4.40（95% CI：3.95~4.85），机场聚集性疫情 R0为11.35（95% CI：11.02~11.67）。 结论:广州市2起由新冠病毒奥密克戎变异株引起的本地疫情潜伏期较德尔塔变异株明显缩短。场所聚集程度越高， R0越大，传播速度越快，易呈现暴发疫情，应及时调整防控策略。

目的:了解奥密克戎变异株BA.1引起的新型冠状病毒感染本土首起疫情的流行特征及防控对策。方法:采用描述流行病学研究，对Omicron变异株引起的本土首次疫情官方通报的阳性感染者信息及防控对策进行描述和分析。结果:本次疫情关联地区包括天津、河南安阳、辽宁大连和河北衡水故城县四地，天津和安阳病例数最多；根据报告日期本次疫情持续31 d，累计报告906例感染者，无症状感染者10例，轻型及普通型892例，重型4例，危重型0例，无死亡病例；男性390例，女性516例；年龄最小为3个月，最大为90岁，以0~18岁为主；学生群体为393人。结论:本次疫情奥密克戎变异株传染性强，感染人数多，涉疫地区采取的综合防控对策迅速有效遏制住疫情的发展蔓延。

新型冠状病毒奥密克戎变异株首次由南非报告，随后迅速在全世界传播，成为全球新型冠状病毒主要优势株，给疫情防控工作带来沉重压力。奥密克戎变异株包括BA.1，BA.2、BA.3、BA.4和BA.5等多种亚系，各亚系之间既有多个共同突变，也有各自独特的突变，这些突变具有不同的传播力。本文对奥密克戎变异株各亚型的流行情况和主要病原学特征做简要综述，为更好地防控疫情提供参考。

目的:结合高通量测序技术和生物信息学技术，从新冠肺炎感染者咽拭子标本中直接测定病毒基因组序列，并从基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(novel coronavirus 2019，2019-nCoV)的全基因组特征和变异情况，从而进行病毒的分型和溯源。方法:选取1例威海市境外输入性2019-nCoV感染病例的咽拭子标本，采用2019-nCoV全基因组序列捕获结合NGS高通量测序技术进行全基因组测序。所得测序数据使用病毒变异分析软件，进行序列拼接和变异位点分析；对病毒进行分型，并构建进化树，追踪病毒的潜在来源。结果:成功获得2019-nCoV的全基因组序列，基因组全长29 808 bp，平均测序深度达5 013.11×；全基因组共发生51处核苷酸突变，分布于8个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、E、M、ORF6、ORF7a和N)；病毒分型结果显示病毒属于奥密克戎BA.2型；进化分析显示，该病毒序列与来自日本的参考株共同处于同一分支。结论:本研究构建的测序方法和分析结果可用于2019-nCoV的变异分析和病例溯源，对COVID-19疫情防控具有重要意义。

2022年底至2023年初广州地区新型冠状病毒感染住院患者的毒株主要为奥密克戎BA.5.2（91.4%），合并感染除了常见的院内感染病原体（如肺炎克雷伯菌），特别需关注曲霉感染。奥密克戎株感染可引起病毒性脓毒症，导致预后更差。重症新型冠状病毒感染不等于重症肺炎，临床上需综合考虑肺部影像和其他系统的情况。合并新型冠状病毒感染的糖尿病患者并没有从糖皮质激素治疗中获益，这些患者使用糖皮质激素需要慎重。

目的:分析西安市新型冠状病毒奥密克戎（Omicron）变异株不同亚型BA.2和BA.5本土感染者的临床症状。方法:纳入2022年新冠肺炎定点医院西安市胸科医院收治的168例2019-nCoV Omicron变异株感染者，收集数据包括流行病学、临床特征、实验室检查指标、病毒载量等，并比较BA.2和BA.5两种不同亚型间的差异。结果:共纳入患者168例，其中包括BA.2亚型感染患者122例和BA.5亚型感染患者46例。BA.2亚型感染者咳嗽比例高于BA.5亚型（43.44%∶23.91%； P=0.021）。相比于Omicron变异株BA.2亚型，BA.5亚型的无症状和轻型感染者比例更高（89.13%∶68.85%； P<0.001），感染者疫苗接种率更高（95.66%∶68.03%； P<0.001），转阴天数较短（8.62； P=0.047），病毒载量更高（ P=0.005， P=0.017）。 结论:Omicron变异株具有极强的传染性，发病聚集性强，但临床症状较轻。新冠疫苗对Omicron变异株感染具有高水平的保护作用，建议完成新冠疫苗全程接种。

目的:基于高通量测序技术对2022年1月至2022年10月扬州市4例境外输入新冠肺炎病例的咽拭子标本进行全基因组分析，了解其序列变异情况，为后续防控策略的调整提供科学依据。方法:利用Illumina iseq100和Oxford nanopore平台对扬州市4例境外输入新冠肺炎病例的咽拭子标本分别进行二代及三代高通量测序，获取全基因组序列，分析病毒变异位点与谱系型别。结果:基于二代测序平台，4例输入性病例序列长度为29 758 bp~29 861 bp，全基因组覆盖度为99.46%~99.90%。基于三代测序平台，4例输入性病例序列长度为29 778 bp~29 831 bp，全基因组覆盖度为99.65%~99.83%。与武汉参考株（NC_045512.2）相比，4例病例序列分别检出核苷酸突变数为66、72、73、76。选取二代测序结果进行系统进化分析表明，4条序列均与当时流行的新冠病毒变异株奥密克戎亚型相似（BA.1.1、BA.2、BA.2.3和BA.5.2）。结论:两种测序平台分析结果基本一致，4例输入性新冠肺炎患者感染病毒均与奥密克戎变异株相似，具有突变位点多、传播力强特征，揭示应持续加强新冠病毒分子动态实时监测。

目的:使用负二项回归模型回顾性研究奥密克戎感染者的核酸阴转所需时间的影响因素。方法:纳入2022年3月1日至2022年8月20日首都医科大学附属北京地坛医院收治的304例奥密克戎感染早期的患者，以新型冠状病毒核酸阴转所需时间为因变量，使用负二项回归模型研究新型冠状病毒核酸阴转时间的影响因素。基于一般临床资料和实验室检查结果等因素，首先使用单因素负二项回归模型对因素进行初步筛选， P<0.05的因素被纳入多因素建模，随后使用逐步回归筛选变量，依照AIC统计量确定最优模型。 结果:利用单因素联合构建对新型冠状病毒核酸阴转所需时间的多因素负二项回归模型，结果显示，男性新冠核酸阴转所需时间平均比女性短e 0.107(≈1.113) d；CT提示肺炎的患者新冠核酸阴转所需时间平均比CT未提示肺炎的患者长e 0.201(≈1.223) d；以感染BA.2.2毒株的患者为参照，感染BA.2毒株的患者新冠核酸阴转所需时间平均比感染BA.2.2毒株的患者长e 0.103(≈1.108) d，BA.5.2毒株的患者新冠核酸阴转所需时间平均比感染BA.2.2患者短e 0.096(≈1.101) d。 结论:本研究发现性别、肺部CT为病毒性肺炎表现、BA.2毒株和BA.5.2毒株被认为是新型冠状病毒核酸阴转所需时间的影响因素。目前，在新型冠状病毒疫情常态化管理的情况下，确定新型冠状病毒核酸阴转所需时间的影响因素，可为指导临床工作中患者分层救治及预后评估提供依据。