目的:了解奥密克戎变异株BA.1引起的新型冠状病毒感染本土首起疫情的流行特征及防控对策。方法:采用描述流行病学研究，对Omicron变异株引起的本土首次疫情官方通报的阳性感染者信息及防控对策进行描述和分析。结果:本次疫情关联地区包括天津、河南安阳、辽宁大连和河北衡水故城县四地，天津和安阳病例数最多；根据报告日期本次疫情持续31 d，累计报告906例感染者，无症状感染者10例，轻型及普通型892例，重型4例，危重型0例，无死亡病例；男性390例，女性516例；年龄最小为3个月，最大为90岁，以0~18岁为主；学生群体为393人。结论:本次疫情奥密克戎变异株传染性强，感染人数多，涉疫地区采取的综合防控对策迅速有效遏制住疫情的发展蔓延。

目的:结合高通量测序技术和生物信息学技术，从新冠肺炎感染者咽拭子标本中直接测定病毒基因组序列，并从基因组水平上了解输入性新型冠状病毒(novel coronavirus 2019，2019-nCoV)的全基因组特征和变异情况，从而进行病毒的分型和溯源。方法:选取1例威海市境外输入性2019-nCoV感染病例的咽拭子标本，采用2019-nCoV全基因组序列捕获结合NGS高通量测序技术进行全基因组测序。所得测序数据使用病毒变异分析软件，进行序列拼接和变异位点分析；对病毒进行分型，并构建进化树，追踪病毒的潜在来源。结果:成功获得2019-nCoV的全基因组序列，基因组全长29 808 bp，平均测序深度达5 013.11×；全基因组共发生51处核苷酸突变，分布于8个编码区(ORF1ab、S、ORF3a、E、M、ORF6、ORF7a和N)；病毒分型结果显示病毒属于奥密克戎BA.2型；进化分析显示，该病毒序列与来自日本的参考株共同处于同一分支。结论:本研究构建的测序方法和分析结果可用于2019-nCoV的变异分析和病例溯源，对COVID-19疫情防控具有重要意义。

目的:了解云南省边境地区新型冠状病毒肺炎本土疫情特征，分析感染的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2)基因组变异情况并进行溯源。方法:收集2022年2月中旬至4月期间云南省边境地区12起本土疫情首例病例基本信息及标本，应用全基因组测序技术进行病毒基因序列测定，通过在线分析平台和软件，判断病毒型别，分析病毒突变情况，结合流调内容，推测疫情病毒感染来源。结果:12起云南省边境地区本土疫情首例病例职业较多样，且活动区域均未离开过当地。Pangolin分型结果显示12起疫情SARS-CoV-2基因组均属Omicron (BA.2)变异株，其中各2起疫情SARS-CoV-2基因组进一步分属BA.2.10和BA.2.3.2进化分支。全基因组核苷酸突变分析表明，有十起疫情首例病例病毒基因序列存在1个及以上数目的特有核苷酸突变位点，结合流行病学调查内容，提示12起疫情可能均存在不同的病毒感染来源。进一步分析氨基酸突变发现，病例间基因序列除具备进化分支代表性突变位点外，还具有特有的氨基酸突变位点(如S：E1188D)，其影响同样值得关注。序列系统发育树分析结果与Pangolin分型及突变分析结果相吻合。结论:12起云南本土疫情可能存在各自不同的病毒感染来源，这提示云南省边境地区疫情极具复杂性和挑战性。加强重点人群范围及核酸筛查频次，跟踪监测病毒变异规律，对疫情精准防控具有重要指导意义。

目的:对河南省首起本土奥密克戎COVID-19确诊病例的呼吸道标本进行SARS-CoV-2全基因组测序，分析基因组突变及分子溯源情况。方法:采用全基因组测序技术对2022年1月7日—1月29日疫情相关的COVID-19病例阳性样本进行全基因组测序和序列比对分析，分析病毒全基因组序列的一致性和变异进化情况。结果:通过SARS-CoV-2基因组高通量测序，共获得120例病例的SARS-CoV-2全基因组序列，占安阳COVID-19疫情总病例数的25.64%(120/468)。与武汉参考株(NC_045512.2)相比，120例病例的全基因组序列存在57~59个核苷酸突变位点，在共享57个核苷酸位点的基础上增加1~2个核苷酸突变位点，均属于VOC/Omicron变异株(BA.1.1进化分支)，基因组序列高度同源。其中，首发病例A全基因组序列含有57个核苷酸突变位点，首发病例B全基因组序列在含有57个相同的核苷酸突变位点基础上，增加1个特有变异位点(C1594T)，提示二者为同一传播链。经中国疾病预防控制中心和河南省疾病预防控制中心与国内本土病例和输入病例数据库比对，发现与外省现有本地疫情属同一传播链。同时流行病学调查显示，病例A在1月2日接触从外省返回的表弟及其家人，有明确的外省疫区暴露史。结论:结合病毒基因组学及流行病学综合分析表明，判定河南省安阳市COVID-19疫情是由2021年12月28日从外省返回安阳市的1名在校大学生导致的本土疫情，与外省现有本地疫情属同一传播链。

目的 了解贵州省2020-2023年新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征,明确其基因变异规律及关键氨基酸位点突变导致的易感性变化.方法 收集贵州省2020-2023年SARS-CoV-2感染阳性患者口咽拭子和鼻咽拭子样本316份.使用高通量测序技术进行病毒全基因组扩增和测序.通过Nextclade在线数据分析平台对下机数据进行分析,判定病毒型别与进化分支,分析其关键氨基酸位点的变异情况及遗传进化特征.结果 成功获取259株新冠病毒全基因组序列,共计59种进化分支.前期(2020年1-8月)病毒进化程度较为有限,主要为原始新冠毒株(Pango分型为B.1);第2阶段(2020年9月-2021年12月)主要以德尔塔(Delta)变异株(3个进化分支)为主,包含36～39个氨基酸变异,其中S蛋白约8～10个氨基酸突变位点;第3阶段(2022年1月-2023年12月)主要以奥密克戎(Omicron)变异株(56个进化分支)为主,约包含47～66个氨基酸变异,其中S蛋白约28～42个氨基酸突变位点.整体占比前3位的分别为:奥密克戎XBB重组体及其亚分支、奥密克戎BA.5.2及其亚分支、奥密克戎BF.7变异株.结论 2020-2023年贵州省SARS-CoV-2感染早期阶段发生的突变具有较高的血管紧张素转化酶2(ACE2)结合亲和力及部分免疫逃逸能力,后期发生的突变则表现出更高的免疫逃逸能力,导致全人群免疫鸿沟逐渐增加.

目的 探索珠海市新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.5.1进化分支(BA.5.1亚型)、BA.1进化分支(BA.1亚型)和BA.2进化分支(BA.2亚型)在成人和儿童感染者的临床特征.方法 纳入2022年7月12-20日在中山大学附属第五医院凤凰山病区收治的新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者,比较成人和儿童感染者的临床特征,并进一步分析病毒载量变化情况.非正态分布计量资料采用Mann-Whitney U检验或Kruskal-Wallis H检验,计数资料采用x2检验或Fisher确切概率法,组间率的比较采用Bonferroni校正.结果 共231例新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者纳入研究,成人138例,儿童93例.在成人感染者中,与新型冠状病毒奥密克戎BA.1亚型和BA.2亚型感染者相比,奥密克戎BA.5.1亚型感染者有呼吸道症状比例更低,差异均有统计学意义(x2=7.217、14.547,P均＜0.05),奥密克戎BA.5.1亚型无症状感染者比奥密克戎BA.2亚型少,差异有统计学意义(x2=7.504,P＜0.05).在儿童感染者中,与奥密克戎BA.1亚型相比,奥密克戎BA.2亚型和BA.5.1亚型感染者发热和淋巴细胞计数降低比例更高,差异均有统计学意义(x2发热=7.057、9.469,x2淋巴细胞计数降低=8.877、17.046,P均＜0.05).新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者起病期病毒载量高,在成人中呈先上升后下降趋势,在儿童中奥密克戎BA.5.1亚型和BA.1亚型病毒载量成逐渐下降趋势,奥密克戎BA.2亚型成先上升后下降趋势.结论 珠海市成人和儿童新型冠状病毒奥密克戎变异株感染者均以轻症感染为主.与新型冠状病毒奥密克戎变异株BA.1亚型和BA.2亚型相比,成人组和儿童组奥密克戎BA.5.1亚型感染不会加重疾病严重程度.

[目的]分析1起新型冠状病毒奥密克戎变异株引起的学校聚集性疫情,为学校等集体单位的聚集性疫情处置提供参考.[方法]收集2022年11月14日—12月20日上海市普陀区某校新型冠状病毒感染聚集性疫情相关资料,描述并分析病例的流行病学特征、二代病例罹患率及相应处置措施.[结果]累计报告病例26例,包括学生14例(53.8%)、学生同住人12例(46.2%).流行毒株为奥密克戎变异株BA.5.2分支.首发病例检测异常时间为11月14日,发病高峰为11月16-18日,学校二代病例的中位代间距为2(2,3)d.指示病例(病例1,学生)有明确的校外流行病学接触史,学校通过常规对重点人群筛查发现并即时开展了疫情处置.继发病例均在隔离管控中发现,其中学校二代病例为同班级暴露学生,三代病例为二代隔离病例的陪同人员,班级罹患率为36.8%(14/38),校内二代病例发病率为3.0%(13/428).所有病例均未发生社会性传播.[结论]早发现、多部门联合、及时隔离可有效阻断聚集性疫情传播.学校等集体性单位应加强传染病相关的健康教育和健康监测、人员密集场所的通风工作,定期开展公共区域的预防性消毒工作.

目的 对一起感染奥密克戎变异株输入病例引起的新型冠状病毒肺炎(以下简称新冠肺炎)暴发疫情调查处置情况进行复盘分析,为新冠肺炎暴发疫情处置提供依据.方法 采用描述流行病学方法对三亚市2022年3月31日-4月15日暴发的新冠肺炎疫情进行描述,绘制传播链,并分析应急处置的经验及不足.结果 本次疫情报告本地新型冠状病毒感染者95例,潜伏期M(P25,P75)为4(3,5)d.95例感染者发现方式中密接筛查、集中隔离、社区筛查、封控区筛查、管控区筛查、主动就诊(检)、重点人群筛查所占比例分别为33.68％、22.11％、18.95％、12.63％、6.32％、4.21％和2.11％.疫情共传播6代,引起聚集性疫情5起,聚集性发病12起.疫情波及三亚市2个区的12个村/居委会、1个酒吧、1家医院、1个小型诊所、1家农贸市场、1家大型商场、1家餐厅.基因测序结果为奥密克戎变异株BA.1.1进化分支.通过第一时间启动应急预案、开展核酸与抗原检测、管控感染者及密切接触者与密接的密接、暂停室内经营场所、中心城区管控、暂时停课等措施,在16d内控制住新冠肺炎疫情.结论 本次疫情传播链条清晰,为输入病例引起的暴发疫情,通过加强关口管理,做好信息共享、对接,及时搜索病例,及时排查、推送、管控风险人群,落实综合控制措施,能有效防范疫情的蔓延,为相关场景疫情控制提供参考.

目的 分析重庆地区一起由新型冠状病毒(新冠病毒)奥密克戎变异株(BA.5.2进化分支)引起的学校聚集性疫情,以期为疫情防控提供科学有效的参考依据.方法 回顾性分析重庆市大足区某寄宿学校2022年11月2日至11月14日新冠病毒奥密克戎感染者的基本信息、流行病学特征、临床特征.结果 该起聚集性疫情首例感染者报告时间为2022年11月2日,疫情共持续13 d,共计感染198例,其中男性9例,女性189例,中位年龄16岁,所有病例均接种了三针新冠病毒疫苗.106例(53.5％,106/198)患者在观察期间出现临床症状,其中咳嗽83例(78.3％,83/106),发热55例(51.9％,55/106),咯痰 51 例(48.1％,51/106),头痛 46 例(43.4％,46/106),头晕 38 例(35.8％,38/106).临床分型为无症状感染者142例(71.7％,142/198),轻型56例(28.3％,56/198),无普通型、重型和危重型.该次疫情流行的毒株为奥密克戎变异株(BA.5.2进化分支),基本再生指数R0为3.65(95％CI:2.50～5.09),实时再生指数Rt由最高值14.42持续下降,历经13 d后降至1以下.结论 引起该次学校聚集性疫情的奥密克戎变异株传染性强,传播速度快,而毒力低,仅引起轻度的上呼吸道感染症状,无肺部感染影像学表现;疫苗接种不能预防其感染,后期应加强人员密集场所的疫情防控,采取更迅速的有效措施.

目的 分析新冠病毒(SARS-CoV-2)奥密克戎(Omicron)变异株流行期间甘肃省天水市本土 SARS-CoV-2基因组特征和变异情况,为疫情防控提供参考依据.方法 收集2022年12月甘肃省天水市新冠病毒感染(COVID-19)重症病例咽拭子样本共136份,采用突变核酸检测试剂盒进行变异株核酸检测,采用二代测序技术进行全基因组测序,Pangolin和Nextclade平台判定病毒谱系及型别,MAFFT软件进行多重序列比对,使用MEGA软件基于邻接法构建系统进化树.结果 共获得32条SARS-CoV-2全基因组序列,Pangolin分型31条为Omicron变异株BA.5.2进化分支,1条为Omicron变异株BF.7进化分支;共有68个核苷酸位点和32个氨基酸位点发生突变.S蛋白的受体结合域(RBD)关键位点存在S494P和A522S变异.结论 Omicron变异株的编码区突变位点多,编码区的多变异性影响病毒的致病性、传染力和免疫逃逸水平.