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植物IPP基因的生物信息学分析
编辑人员丨4天前
异戊烯基焦磷酸异构酶(IPP)催化异戊烯焦磷酸与二甲基丙烯基焦磷酸(DMAPP)的可逆异构化反应,对下游萜类产物的合成发挥重要作用.该研究利用生物信息学方法,从稻(Oryza sativa)与拟南芥(Arabidopsis thaliana)等单、双子叶植物基因组中鉴定获得31条IPP基因.系统进化树将IPP分为3簇,其中单子叶植物单独形成一簇,同簇的IPP成员具有相似的结构域,可能执行相似的生物学功能;以稻与拟南芥IPP基因为代表,顺式调控元件分析显示它们含有干旱等响应元件;定量PCR结果显示,稻与拟南芥IPP转录水平的表达模式较为多样化.研究结果为系统认识IPP基因的生物学作用及可能的应用研究提供了理论依据.
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编辑人员丨4天前
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药物相关性分子靶标检测在儿童恶性实体肿瘤个体化治疗中的初步应用
编辑人员丨4天前
目的:探讨药物相关性分子靶标检测对儿童恶性实体肿瘤个体化治疗的指导作用。方法:回顾性分析2017年6月至2019年3月首都医科大学附属北京同仁医院40例恶性实体肿瘤患儿的临床资料。应用免疫组织化学、聚合酶链反应及测序方法对相关的肿瘤药物分子靶标的表达量及突变进行测定,比较不同靶标所对应的抗肿瘤药物对实体肿瘤的化疗有效率及毒副反应发生率。结果:40份肿瘤组织样本中,共检测出4个肿瘤药物相关靶点,分别为DNA拓扑异构酶-ⅡA(TOPOⅡA)、β 3-微管蛋白(Tubulinβ 3)、DNA拓扑异构酶-Ⅰ(TOPOⅠ)和二氢叶酸还原酶基因位点多态性[DHFR (C829T)]。铂类、甲氨喋呤、伊立替康、长春碱类和蒽环类化疗药物对儿童恶性实体肿瘤的化疗有效率分别为90.0% (36/40)、85.0% (34/40)、70.0% (28/40)、67.5% (27/40)、62.5% (25/40)。伊立替康、甲氨蝶呤、长春碱类对间叶源性肿瘤的化疗有效率分别为68.9%(20/29)、62.1%(18/29)、68.9%(20/29),显著高于非间叶源性肿瘤的18.2%(2/11)、36.4%(4/11)、36.4%(4/11),差异均有统计学意义(χ 2=5.487、15.345、17.278,均 P<0.05),铂类药物对非间叶源性肿瘤的化疗有效率为72.3%(8/11),显著高于间叶源性肿瘤的58.6%(17/29),差异有统计学意义(χ 2=11.231, P<0.05)。毒副反应强度从大到小依次为蒽环类>铂类>甲氨喋呤>长春碱>伊立替康。 结论:对不同肿瘤药物相关分子靶标、不同源性肿瘤对同一抗肿瘤药物的敏感性及毒副反应进行了预测,为个体化治疗儿童恶性肿瘤提供了一定的理论基础与临床依据。
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编辑人员丨4天前
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急性早幼粒细胞白血病缓解后继发TP53阳性治疗相关骨髓增生异常综合征1例并文献复习
编辑人员丨4天前
目的:探讨急性早幼粒细胞白血病(APL)治疗缓解后继发TP53阳性治疗相关骨髓增生异常综合征(t-MDS)的潜在机制。方法:回顾性分析2015年8月山西医科大学第二医院收治的1例APL治疗缓解后继发TP53突变阳性t-MDS患者的临床资料,并结合文献探讨其发病机制。结果:患者为59岁女性,以APL为首发疾病,经含拓扑异构酶Ⅱ抑制剂的多种化疗方案治疗后持续缓解4年;复发时TP53基因突变阳性,为复杂核型,临床考虑为t-MDS。结论:t-MDS发病机制尚未明确,但携带TP53突变的造血干/祖细胞在APL治疗前可能已经存在,且在化疗的影响下逐渐成为优势克隆,在原发肿瘤被抑制后优先扩增。
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编辑人员丨4天前
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蛋白质二硫键异构酶对H9c2心肌细胞高糖及缺氧/复氧损伤的影响机制研究
编辑人员丨4天前
目的:探讨蛋白质二硫键异构酶(PDI)在糖尿病缺血性心脏病中的作用机制。方法:利用H9c2大鼠心肌细胞建立高糖(HG,33 mmol/L葡萄糖)及缺氧/复氧损伤模型(H/G,提前30 min往密闭缺氧盒中灌注95%的氮气及5%的CO 2混合气体)和高糖+缺氧/复氧组(HG+H/R)组模型的过表达PDI腺病毒及下降PDI siRNA转染心肌细胞,检测各实验组大鼠乳酸脱氢酶(LDH)活性、丙二醛(MDA)及高分子量脂联素(HMW-APN)的浓度,心肌细胞PDI、脂联素(APN)、活化的半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Cleaved Caspase-3)及糖调节蛋白78(Grp78)的表达。 结果:在HG、H/R以及HG+H/R组细胞模型中PDI的表达与正常组(葡萄糖浓度5.5 mmol/L)相比均明显减少,LDH活性[(179.7±10.4)、(218.4±18.4)、(328.2±5.3)比(91.0±11.0) U/L]、MDA浓度[(7.0±0.4)、(10.0±1.0)、(11.7±1.0)比(4.2±1.8) μmol/L]及Cleaved Caspase-3、Grp78蛋白表达明显升高,同时,APN及HMW-APN的蛋白表达显著减少[(2.01±0.21)、(1.64±0.27)、(1.20±0.14)比(2.62±0.12) μg/L,均 P<0.05]。过表达PDI病毒干预后,H9c2细胞在高糖、缺氧/复氧条件下,APN及HMW-APN[(2.86±0.03) μg/L比(3.03±0.10) μg/L、(2.06±0.05) μg/L比(2.31±0.06) μg/L、(1.83±0.07) μg/L比(1.96±0.11) μg/L、(1.20±0.06) μg/L比(1.39±0.09) μg/L]的蛋白表达增加,细胞凋亡和氧化应激情况得到明显改善(均 P<0.05)。利用特异性siRNA下降PDI的蛋白后,H9c2细胞在高糖及缺氧/复氧损伤条件下,APN及HMW-APN[(0.75±0.09) μg/L比(0.59±0.09) μg/L、(0.62±0.04) μg/L比(0.53±0.05) μg/L、(0.55±0.14) μg/L比(0.51±0.12)μg/L、(0.48±0.12) μg/L比(0.35±0.08) μg/L]的蛋白表达减少,LDH活性、MDA浓度及Cleaved Caspase-3、Grp78蛋白表达明显升高,细胞凋亡及氧化应激损伤增加(均 P<0.05)。 结论:PDI可能通过调控APN及HMW-APN的蛋白表达,发挥对糖尿病缺血再灌注心肌细胞功能的影响。
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编辑人员丨4天前
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构成不同肤色的5,6-二羟基吲哚真黑色素的定量研究
编辑人员丨4天前
人体皮肤颜色主要取决于表皮层的黑色素含量。黑色素细胞通过黑色素小体合成两种不同类型的黑色素:不可溶、呈棕黑色的真黑色素和碱溶性、呈红黄色的褐黑色素,二者来自于共同的前体多巴醌,多巴醌则由酪氨酸在酪氨酸酶的作用下产生。黑色素小体中半胱氨酸的有无决定了形成的黑色素种类:当半胱氨酸存在时,多巴醌可与其快速反应,以5.3∶1的比例生成5-S-半胱氨酰多巴和2-S-半胱氨酰多巴,随后多巴醌进一步氧化半胱氨酰多巴生成含苯并噻嗪(BT)结构的中间体,最终聚合形成含有苯并噻唑(BZ)结构的褐黑色素;当黑色素小体中的半胱氨酸耗尽时,多巴醌发生自发反应,通过多巴色素进一步生成5,6-二羟基吲哚(DHI)和5,6-二羟基吲哚-2-羧酸(DHICA),在多巴色素互变异构酶和铜离子的催化下主要产生DHICA,最终DHI和DHICA氧化形成真黑色素聚合物。
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编辑人员丨4天前
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PDIA3在肝细胞肝癌中表达的临床意义及其对IL6、IL17表达的影响
编辑人员丨4天前
目的:探索蛋白质二硫键异构酶(PDI)A3(protein disulfide isomerase A3,PDIA3)在肝细胞肝癌组织中表达的临床意义和PDIA3对肝癌细胞中IL6、IL17表达的影响。方法:用免疫组化检测88例肝癌患者组织及其癌旁组织标本中PDIA3的表达情况。将HepG2细胞分为实验组和对照组,实验组细胞转染PDIA3-siRNA质粒,对照组细胞转染MOCK-siRNA质粒,荧光定量PCR检测各组细胞PDIA3 mRNA含量,蛋白质印迹法(Western blot)检测各组细胞的PDIA3、IL6、IL17表达情况,CCK8检测各组细胞的增殖能力。结果:肝癌患者组织PDIA3阳性率为85.22%(75/88),癌旁组织组织中表达率为6.81%(6/88),PDIA3在肝癌组织中的表达率显著高于癌旁组织,差异具有统计学意义( P<0.001)。转染siRNA后,实验组和对照组HepG2细胞中PDIA3 mRNA表达量分别为1.23±0.20和0.43±0.12,PDIA3蛋白表达量分别为1.19±0.11和0.23±0.08,IL6表达量分别为1.11±0.15和0.57±0.09,IL17表达量分别为1.19±0.14和0.45±0.08,IL6、IL17的表达显著下降(均 P<0.05);实验组和对照组HepG2细胞CCK8实验120 h的吸光度分别为2.28±0.10和1.11±0.09,实验组细胞增殖能力明显下降( P<0.05)。 结论:PDIA3在肝细胞肝癌中表达明显升高,可能与肝癌的恶性程度相关;且PDIA3通过调控IL6、IL17的表达影响肝细胞肝癌细胞的增殖能力。
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编辑人员丨4天前
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基于转录组测序的急性B淋巴细胞白血病IKZF1转录本分型和定量分析
编辑人员丨4天前
目的:通过转录组测序(RNA-seq)和生物信息分析对急性B淋巴细胞白血病(B-ALL)患者IKZF1基因突变型转录本进行分型和定量分析。方法:选择2018年9月至2020年9月河北燕达陆道培医院263例B-ALL患者为研究对象。设计一套用RNA-seq数据进行IKZF1转录本分型和定量分析的生物信息分析流程,并应用于这些患者的测序数据分析。将用RNA-seq分析得到的IKZF1突变型转录本与反转录聚合酶链反应(RT-PCR)法的结果进行比较。结果:在263例B-ALL患者中,RT-PCR结合Sanger测序鉴定出53例患者存在IKZF1突变转录本,其中IK6和IK10转录本分别占67.9%(36/53)和28.3%(15/53),有2例患者IK6和IK10转录本双阳性。RNA-seq分析共鉴定出51例患者存在IKZF1突变转录本。以RT-PCR结果为参考,RNA-seq分析IKZF1突变转录本的敏感度为94.3%(50/53),特异度为99.5%(209/210)。在50例RNA-seq和RT-PCR分析IKZF1突变均阳性的患者中,有6例患者的突变型转录本占IKZF1总表达量的比值(psi值)[ M( Q1, Q3)]为0.14(0.11,0.35),低于其他44例患者的0.88(0.35,0.97),差异有统计学意义( Z=-3.945, P<0.001)。IKZF1突变多发生于以JAK-STAT通路异常为特征的Ph +和Ph样B-ALL,以及伴PAX5易位的B-ALL。 结论:通过优化的生物信息分析流程设计,可以用RNA-seq数据对B-ALL的IKZF1转录本进行分型和定量分析,并且发现了IKZF1突变型转录本的表达量分群现象和IKZF1突变与PAX5易位的伴随现象。
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编辑人员丨4天前
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磷酸甘露糖异构酶-先天性糖基化障碍研究进展
编辑人员丨4天前
磷酸甘露糖异构酶-先天性糖基化障碍(MPI-CDG)是一种可治的先天性遗传代谢病,由编码MPI的基因致病性变异导致,主要表现为腹泻、肝大、低血糖和凝血功能障碍,甘露糖有较好的治疗效果,但目前国内报道的病例数量极少,现就MPI-CDG的发病机制、临床表现、基因型、诊断、治疗和管理进展进行综述,以提高临床医师对此病的认识。
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编辑人员丨4天前
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红细胞沉降率在系统性硬化病患者中的临床意义
编辑人员丨4天前
目的:分析系统性硬化病(SSc)患者ESR水平和临床表现的关系,探讨ESR在SSc患者中的临床意义。方法:纳入2009年1月至2022年5月期间国家风湿病数据中心(CRDC)数据库中在北京协和医院注册登记的SSc患者。SSc符合1980年ACR制定的SSc诊断(分类)标准或2013年ACR/EULAR制定的SSc诊断(分类)标准,对其临床特征、实验室检查进行分析。计量资料符合正态分布或近似正态分布采用 t检验。不符合正态分布以 M( Q1, Q3)表示,采用秩和检验。计数资料以采用 χ2检验或Fisher精确检验,筛选出有统计学意义指标作为自变量进行二元logistic回归分析, P<0.05为差异有统计学意义。 结果:北京协和医院单中心共有308例SSc患者入组,其中女性280例(90.9%),平均年龄(47±12)岁。104例患者ESR升高。SSc合并ESR升高的患者合并肺间质病变(80.8%与67.6%, χ2=5.89, P=0.015)、肺动脉高压(31.7%与21.1%, χ2=4.20, P=0.040)、肌炎(26.9%与15.7%, χ2=5.54, P=0.019)更常见。实验室检查中,SSc合并ESR升高的患者贫血更多见;CK、高敏CRP、IgA升高和IgG升高更多见,IgA、IgG数值更高;抗体检查中抗dsDNA抗体、抗核糖核蛋白抗体(抗RNP抗体)和抗干燥综合征抗原A抗体(抗SSA)、抗干燥综合征抗原B抗体(抗SSB抗体)阳性更多见,抗拓朴异构酶抗体(抗Scl70抗体)阳性更少见( P<0.05)。多因素回归分析结果提示IgG升高[ B值=1.733, OR值(95% CI)=5.657(2.839,11.272), P<0.001]、贫血[ B值=1.083, OR值(95% CI)=2.952(1.376,6.333), P=0.005)]、抗SSA抗体阳性[ B值=1.665, OR值(95% CI)=5.287(2.367,11.809), P<0.001]是SSc合并ESR升高的独立相关因素,其中IgG升高和抗SSA抗体阳性是强相关因子。 结论:SSc患者ESR升高更多见于合并贫血、IgG升高和抗SSA抗体阳性的患者,可能与疾病活动相关,对这类患者长期随访以观察预后有助于指导临床医生的治疗选择。
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编辑人员丨4天前
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线粒体疾病治疗研究进展
编辑人员丨4天前
线粒体 DNA独立于细胞核自主复制,其遗传遵循非孟德尔模式,完全由母亲传给子女。大量研究发现了与线粒体 DNA 变异有关的遗传性疾病。儿童期出现的线粒体疾病呈现临床、生化和遗传复杂多变的特点,可累及多个器官,这些差异性表现为该类疾病的治疗带来了巨大困难。目前该病的治疗进展远远落后于基因研究。对于少数基因缺陷,存在明确的治疗策略,如补充辅酶Q10治疗辅酶Q10合成障碍,补充核黄素治疗核黄素转运和代谢缺陷等。大多数线粒体疾病都会表现出危及生命的症状,因此目前正在进行各种方法的治疗研究,如刺激有缺陷的氧化磷酸化系统、线粒体置换和缺陷酶的异构表达。该综述介绍了线粒体疾病目前可用的疗法和新兴疗法。
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编辑人员丨4天前
