目的:通过转录组测序（RNA-seq）和生物信息分析对急性B淋巴细胞白血病（B-ALL）患者IKZF1基因突变型转录本进行分型和定量分析。方法:选择2018年9月至2020年9月河北燕达陆道培医院263例B-ALL患者为研究对象。设计一套用RNA-seq数据进行IKZF1转录本分型和定量分析的生物信息分析流程，并应用于这些患者的测序数据分析。将用RNA-seq分析得到的IKZF1突变型转录本与反转录聚合酶链反应（RT-PCR）法的结果进行比较。结果:在263例B-ALL患者中，RT-PCR结合Sanger测序鉴定出53例患者存在IKZF1突变转录本，其中IK6和IK10转录本分别占67.9%（36/53）和28.3%（15/53），有2例患者IK6和IK10转录本双阳性。RNA-seq分析共鉴定出51例患者存在IKZF1突变转录本。以RT-PCR结果为参考，RNA-seq分析IKZF1突变转录本的敏感度为94.3%（50/53），特异度为99.5%（209/210）。在50例RNA-seq和RT-PCR分析IKZF1突变均阳性的患者中，有6例患者的突变型转录本占IKZF1总表达量的比值（psi值）［ M（ Q1， Q3）］为0.14（0.11，0.35），低于其他44例患者的0.88（0.35，0.97），差异有统计学意义（ Z=-3.945， P<0.001）。IKZF1突变多发生于以JAK-STAT通路异常为特征的Ph +和Ph样B-ALL，以及伴PAX5易位的B-ALL。 结论:通过优化的生物信息分析流程设计，可以用RNA-seq数据对B-ALL的IKZF1转录本进行分型和定量分析，并且发现了IKZF1突变型转录本的表达量分群现象和IKZF1突变与PAX5易位的伴随现象。

目的:研究转录激活因子6（ATF6）与需肌醇酶1-X-框结合蛋白1（IRE1-XBP1）在氧糖剥夺/复氧（OGD/R）损伤小鼠海马神经元（HT22）细胞中的交互作用。方法:复制OGD/R损伤HT22细胞模型，观察OGD/R后不同时间点（0、3、6、12、24 h）内质网应激（ERS）、细胞活性和凋亡的变化。将对数生长期的HT22细胞分为空白对照组、对照+ATF6激动剂AA147组、对照+IRE1抑制剂4μ8c组、OGD/R模型组、OGD/R+AA147组、OGD/R+4μ8c组（AA147组和4μ8c组于全程添加10 μmol/L AA147或16 μmol/L 4μ8c）。采用蛋白质免疫印迹试验（Western blotting）检测各组HT22细胞ERS相关蛋白〔葡萄糖调节蛋白78（GRP78）、磷酸化需肌醇酶1（p-IRE1）、磷酸化真核细胞翻译起始因子2α（p-eIF2α）〕以及凋亡相关蛋白Bcl-2、Bax、天冬氨酸特异性半胱氨酸蛋白酶3（caspase-3）、活化caspase-3的表达；采用实时荧光定量聚合酶链反应（RT-qPCR）检测ERS相关基因以及ATF6〔同型半胱氨酸内质网应激泛素样结构域1（Herpud1）、蛋白二硫键异构酶家族成员4（Pdia4）、Lin-12样抑制子/增强子（Sel1L）〕和剪接型X-框结合蛋白1〔XBP1s，包括DnaJ热休克蛋白成员B9（Erdj4）、Sec24相关基因家族成员D（Sec24d）、信号受体序列3（Ssr3）〕介导的转录反应相关基因的mRNA表达；采用细胞增殖与毒性检测试剂盒（CCK-8）检测细胞活性；采用免疫荧光法检测活化caspase-3表达。结果:与空白对照组比较，ERS相关蛋白p-IRE1和p-eIF2α的蛋白表达量分别在OGD/R 12 h、OGD/R 3 h升高（p-IRE1/β-actin：2.09±0.10比1.00±0.00，p-eIF2α/β-actin：1.39±0.11比1.00±0.00，均 P<0.01），ERS相关基因ATF6、XBP1s、非剪接型X-框结合蛋白1（XBP1u）、转录激活因子4（ATF4）、CCAAT/增强子结合蛋白同源蛋白（CHOP）的mRNA表达量在OGD/R后不同时间点也明显升高，表明ERS在OGD/R作用的HT22细胞中被激活。与OGD/R模型组比较，OGD/R+AA147组p-IRE1蛋白表达量无改变，但XBP1s和XBP1u的mRNA表达量明显下降〔XBP1s（2 -ΔΔCt）：0.76（0.71，0.92）比1.13（1.03，1.29），XBP1u（2 -ΔΔCt）：0.29±0.05比0.52±0.04，均 P<0.01〕，而XBP1s介导的转录反应相关基因表达量无明显改变。与OGD/R模型组比较，在使用4μ8c后短链ATF6（sATF6）和GRP78的蛋白表达量无明显改变，ATF6介导的转录反应相关基因的mRNA也无明显改变。提示ATF6的激活能抑制XBP1s和XBP1u的mRNA表达，但ATF6与XBP1s介导的转录反应无交互作用。与空白对照组比较，HT22细胞活性在OGD/R 3 h时显著降低〔（44.64±5.12）%比（99.13±5.76）%， P<0.01〕，凋亡相关蛋白Bax/Bcl-2比值和活化caspase-3/caspase-3比值分别在OGD/R 3 h和OGD/R 0 h显著升高（Bax/Bcl-2比值：6.15±1.65比1.00±0.00，活化caspase-3/caspase-3比值：17.48±2.75比1.00±0.00，均 P<0.01），表明凋亡在OGD/R作用的HT22细胞中被激活。与OGD/R模型组比较，OGD/R+AA147组细胞活性显著下降〔（36.52±17.78）%比（69.90±9.43）%， P<0.01〕，Bax/Bcl-2比值和活化caspase-3/caspase-3比值明显升高（Bax/Bcl-2比值：2.06±0.31比1.10±0.25，活化caspase-3/caspase-3比值：3.35±0.59比0.55±0.09，均 P<0.01）。 结论:在OGD/R损伤HT22细胞中，ATF6和XBP1s介导的转录反应无明显交互作用，但AA147激活的ATF6能抑制XBP1s和XBP1u的mRNA表达并促进应激HT22细胞中死亡的发生。

目的:了解CD19异构体对双特异性T细胞衔接器（BiTE）治疗的反应，进一步探讨BiTE治疗无效的相关机制及相应的解决方案。方法:通过半定量RT-PCR的方法检测1例CD19 +急性B淋巴细胞白血病（B-ALL）患者BiTE治疗前后CD19异构体mRNA表达量的情况，Sanger测序对相应的异构体序列进行分析，流式细胞术及转录组测序分析治疗前后谱系特异性分子的表达情况。 结果:患者初诊时即存在2号外显子缺失型CD19异构体的表达，BiTE治疗后患者未缓解，流式细胞术检测发现CD19抗原表达转阴，但2号外显子缺失型CD19异构体的表达量并无增加，且细胞表型及转录组测序均未见谱系转化的发生。外显子可变剪接引起的缺失型CD19异构体的表达及谱系转化并非该患者CD19抗原表位缺失的机制。该例患者在疾病进展退出BiTE治疗组之后，采用中国医学科学院血液病医院自主研发的CD22及CD19 CAR-T序贯治疗后完全缓解。结论:该例患者CD19抗原-缺失导致BiTE治疗无效，其缺失并非由可变剪接或谱系转换所致，更换为CD22、CD19双靶点CAR-T细胞治疗有效。

放射治疗是恶性肿瘤最主要的治疗方式之一，放射敏感性是影响肿瘤患者放疗疗效的关键因素，也一直是研究的热点。选择性剪接是基因表达过程中转录后关键的调控步骤，选择性剪接可以使前体mRNA产生多种不同的剪接异构体，进而产生不同的蛋白质，它们在维持机体正常生命活动中起着至关重要的作用。肿瘤细胞相对正常细胞而言，有着更高比例的剪接失调事件发生。选择性剪接的失调，可以导致基因组不稳定性、血管生成等病理过程的发生，从而导致疾病的进展。肿瘤细胞中发生的异常剪接事件，可以作为新的治疗靶点。本文将对RNA选择性剪接、剪接事件与放射敏感性相关研究，以及研究展望进行综述。

目的:探讨可变剪接调控RE-1序列沉默转录因子(REST)在血管平滑肌细胞(VSMC)表型转化及腹主动脉瘤(AAA)发生发展中起到的作用。方法:检测人AAA组织和小鼠AAA模型及对照正常动脉中膜VSMC形态和弹性纤维改变；实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)、蛋白质免疫印迹法(western blot)检测AAA组织及对照正常动脉组织中REST及其剪接异构体REST4的表达。RT-qPCR和Western blot检测沉默REST对人原代主动脉平滑肌细胞(HASMC)收缩型标志物α-SMA、合成型标志物波形蛋白(VIM)以及钾离子通道Kv1.3蛋白表达水平的影响。细胞增殖检测法(CCK-8)和细胞结晶紫染色实验检测沉默REST后HASMC增殖能力的改变。 t检验验证定量数据的统计学差异。 结果:人和小鼠AAA中膜平滑肌细胞形态由梭型向分支型转化，AAA组REST表达低于对照组、REST4表达高于对照组(REST＝0.143±0.086， t＝5.672, P<0.05；REST＝115.245±8.909， t＝21.460, P<0.01)。沉默REST后，α-SMA表达量低于对照组，VIM和Kv1.3表达量高于对照组(α-SMA＝0.335±0.030， t＝9.711， P<0.01；VIM＝10.177±0.728， t＝15.170, P<0.01；Kv1.3＝13.427±1.103， t＝14.690, P<0.01)，同时沉默REST后，VSMC增殖能力高于对照组( A450：2.41±0.27比3.85±0.14， t＝6.744， P<0.01；光密度值：29.00±2.46比348.25±27.36， t＝16.440， P<0.01)。上述作用可被Kv1.3特异性抑制剂逆转(α-SMA＝2.448±0.498， t＝4.314， P<0.05；VIM＝0.758±0.030， t＝4.018， P<0.05)。 结论:AAA中膜平滑肌细胞中REST可变剪接上调，抑制REST功能，激活Kv1.3表达，进而诱导VSMC表型转化。

目的:观察聚嘧啶束结合蛋白相关剪接因子（PSF）高表达对高浓度4-羟基壬烯醛（4-HNE）诱导下人视网膜微血管内皮细胞（hRMEC）内质网（ER）氧化应激损伤的保护作用。方法:体外培养的对数生长期hRMEC分为正常组、单纯4-HNE处理组（单纯4-HNE组），空载质粒联合4-HNE处理组（Vec+4-HNE组）、PSF高表达联合4-HNE处理组（PSF+ 4-HNE组）。单纯4-HNE组、Vec+4-HNE组、PSF+4-HNE组细胞培养基加入10 μmol/L 4-HNE，刺激12 h。其后，Vec+4-HNE组、PSF+4-HNE组应用转染试剂脂质体2000分别导入pcDNA空载体、pcDNA-PSF真核表达质粒，转染24 h。正常组细胞常规培养。流式细胞仪检测各组细胞凋亡率；2'，7'-二氯二氢荧光素双乙酸盐探针检测各组细胞内活性氧（ROS）表达水平。蛋白质免疫印迹法检测各组细胞内ER氧化物蛋白1（Ero-1）、蛋白质二硫键异构酶（PDI）、C/EBP同源转录因子（CHOP）、葡萄糖调节蛋白（GRP）78、蛋白激酶R样ER激酶（pERK）/磷酸化pERK（p-pERK）、真核起始因子（eIF）2α/磷酸化eIF（peIF）、活化转录因子4（ATF4）蛋白相对表达量。组间比较行单因素方差分析。结果:单纯4-HNE组、Vec+4-HNE组、PSF+4-HNE组细胞凋亡率分别为（22.50±0.58）%、（26.93±0.55）%、（11.70±0.17）%；细胞内ROS表达量分别为0.23±0.03、1.60±0.06、0.50±0.06。三组间细胞凋亡率比较，差异有统计学意义（ F=24.531， P<0.05）；Vec+4-HNE组ROS表达水平较单纯4-HNE组、PSF+4-HNE组显著升高，差异有统计学意义（ F=37.274， P<0.05）。正常组、单纯4-HNE组、Vec+4-HNE组、PSF+4-HNE组细胞ER中Ero-1、PDI蛋白相对表达量分别为1.25±0.03、0.45±0.03、0.63±0.03、1.13±0.09和1.00±0.10、0.27±0.10、0.31±0.05、0.80±0.06；CHOP、GRP78蛋白相对表达量分别为0.55±0.06、1.13±0.09、0.90±0.06、0.48±0.04和0.48±0.04、1.25±0.03、1.03±0.09、0.50±0.06。4组Ero-1（ F=43.164）、PDI（ F=36.643）、CHOP（ F=42.855）、GRP78（ F=45.275）蛋白相对表达量比较，差异均有有统计学意义（ P<0.05）。4组细胞ER p-pERK/pERK（ F=35.755）、peIF2α/eIF（ F=38.643）、ATF4（ F=31.275）蛋白相对表达量比较，差异均有统计学意义（ P<0.05）。 结论:PSF可抑制高浓度4-HNE诱导的细胞凋亡及ROS产生；其作用机制与恢复ER稳态平衡及下调pERK/eIF2α/ATF4通路的活化水平密切相关。

目的 探讨在不同肿瘤细胞中核糖体S6蛋白激酶4(ribosomal protein S6 kinase 4,RSK4)的表达谱是否存在差异,以及预测可能存在的蛋白亚型及其生物学特性.方法 提取神经胶质瘤细胞GL261、卵巢癌细胞ID8、乳腺癌细胞4T1和168FARN、结肠癌细胞mc38和CT26、胃癌细胞MFC和肺癌细胞LLC1的RNA,采用RT-PCR技术检测RSK4的表达及其剪接异构体,生物信息学分析RSK4的生物学特征及其功能.结果 RT-PCR结果显示在GL261、4T1、mc38、CT26、MFC和LLC1中均表达RSK4,且不同的肿瘤细胞中表达了多个剪接异构体,开放阅读框分析RSK4可能至少编码11个蛋白亚型;二级结构分析显示,这些剪接异构体编码的蛋白亚型均由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲组成,且保守结构域均相同;蛋白互作网络富集分析显示,RSK4主要通过mTOR信号通路和突触持续增强等信号通路在核质和胞浆中发挥激酶的活性.结论 RSK4在不同的肿瘤细胞中存在不同的表达谱,可能产生多种氮端不同的蛋白异构体,能够通过多种信号通路参与不同的生物学途径.

目的 探讨肠胃清治疗大肠癌的可能作用机制.方法 选用HCT116肠癌细胞株,制备沉默多聚嘧啶区结合蛋白3(PTBP3)基因、过表达PTBP3基因稳转的肠癌细胞;72只裸小鼠随机分为3组,各组分别通过腋下注射沉默PTBP3的稳转细胞、过表达PTBP3的稳转细胞、未转染的肠癌细胞,构建沉默模型、过表达模型、对照模型3种大肠癌细胞皮下移植瘤模型,每种模型24只.造模成功后将对照模型裸小鼠随机分为对照模型组、对照肠胃清组、对照奥沙利铂组,沉默模型裸小鼠随机分为沉默模型组、沉默肠胃清组、沉默奥沙利铂组,过表达模型裸小鼠随机分为过表达模型组、过表达肠胃清组、过表达奥沙利铂组,每组均为8只.各肠胃清组肠胃清口服液灌胃剂量为35.9625 g/kg,腹腔注射0.2 ml生理盐水;各模型组以0.5 ml生理盐水灌胃,腹腔注射0.2 ml生理盐水;各奥沙利铂组腹腔注射奥沙利铂5 mg/kg(0.2 ml),以0.5 ml生理盐水灌胃,各组均灌胃每日1次,腹腔注射每周3次.给药31天后检测各组皮下瘤瘤重并计算抑瘤率,免疫组化法检测增殖细胞核抗原Ki67表达水平、细胞凋亡水平;实时荧光定量法、Western Blot检测各组皮下瘤组织PTBP3、信号转导及转录活化因子3(STAT3)剪接异构体α(STAT3α)、STAT3剪接异构体β(STAT3β)、B细胞淋巴瘤/白血病2(Bcl-2)剪接异构体α(Bcl-2α)、Bcl-2剪接异构体β(Bcl-2β)的mRNA及蛋白表达.结果 在对照模型、沉默模型和过表达模型中,各肠胃清组和奥沙利铂组皮下瘤瘤重、皮下瘤组织Ki67表达水平均低于各相应模型组,细胞凋亡水平均高于各相应模型组(P＜0.05或P＜0.01);沉默肠胃清组和过表达肠胃清组皮下瘤组织PTBP3、STAT3α、Bcl-2α的mRNA和蛋白表达水平均低于相应模型组,STAT3β、Bcl-2β的mRNA和蛋白表达水平均高于相应模型组(P＜0.05或P＜0.01).沉默各组皮下瘤瘤重、皮下瘤组织Ki67表达水平及皮下瘤组织中PTBP3、STAT3α、Bcl-2α的mRNA和蛋白表达水平均低于对照相应各组,细胞凋亡水平及皮下瘤组织STAT3β、Bcl-2β的mRNA和蛋白表达水平均高于对照相应各组;过表达各组皮下瘤瘤重、皮下瘤组织Ki67表达水平及皮下瘤组织中PTBP3、STAT3α、Bcl-2α mRNA和蛋白表达水平均高于对照相应各组,细胞凋亡水平及皮下瘤组织STAT3β、Bcl-2β的mRNA和蛋白表达水平均低于对照相应各组(P＜0.05或P＜0.01).各奥沙利铂组抑瘤率分别高于各肠胃清组.与对照相应各组比较,沉默相应各组抑瘤率均为正值,过表达相应各组抑瘤率均为负值.结论 PTBP3可促进肠癌细胞增殖、抑制细胞凋亡,上调肠癌细胞中STAT3α、Bcl-2α的表达,下调STAT3β、Bcl-2β的表达;肠胃清治疗大肠癌可能与其可抑制PTBP3,进而调控STAT3α、STAT3β、Bcl-2α、Bcl-2β表达作用相关.

目的:探讨2型糖尿病(T2DM)患者外周血淋巴细胞中细胞周期蛋白依赖性激酶5调节亚基相关蛋白 1 类似物 1(CDKAL1)基因及其剪接异构体的表达水平,并探讨其临床意义.方法:收集 65 例糖尿病患者,其中T2DM患者 20 例(T2DM组)、糖尿病肾病(DN)患者 23 例(DN组)和糖尿病视网膜病变(DR)患者22例(DR组),并选择同期健康体检者28名(健康对照组).采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)法检测各组研究对象外周血淋巴细胞中CDKAL1基因及其2种剪接异构体CDKAL1-X1和CDKAL1-X2表达水平,分析其表达与T2DM及其糖尿病微血管并发症的关系.结果:与健康对照组比较,T2DM组患者外周血淋巴细胞中CDKAL1基因表达水平升高(Z=4.705,P<0.01),CDKAL1-X1 表达水平升高(Z=2.698,P=0.007).与健康对照组比较,DR组和DN组患者外周血淋巴细胞中CDKAL1基因和CDKAL1-X1表达水平升高(P<0.05);DR组患者外周血淋巴细胞中CDKAL1基因表达水平高于DN组(P<0.05).结论:T2DM患者外周血淋巴细胞中CDKAL1基因和CDKAL1-X1表达水平升高可能参与糖尿病及其并发症的发生发展.

肺癌是严重威胁我国居民健康的主要公共卫生问题之一.非小细胞肺癌(NSCLC)是肺癌最常见的组织学类型,占所有肺癌的80%～85%.但NSCLC的发病机制仍不完全清楚.可变剪切是指一个mRNA前体通过不同的剪接方式(选择不同的剪接位点)产生不同mRNA剪接异构体的过程.可变剪切是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制,可变剪切基因异常几乎与肿瘤细胞的所有特征表型有关,能够参与多种肿瘤的发生、发展以及治疗耐药.在NSCLC中的可变剪切基因主要有MET、GLDC、RBM、Bcl-xL、SRSF、ADD3等,这些可变剪切基因能够参与NSCLC细胞的增殖、分化、凋亡等一系列生物学行为.因此,深入探索可变剪切基因,或可为NSCLC诊断和治疗提供新的思路.