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一对双胞胎血型嵌合体的特性分析
编辑人员丨2天前
目的:对一对ABO血型鉴定困难的双胞胎进行血清学和分子机制研究。方法:采用凝胶卡法进行血型血清学试验,序列特异性引物PCR进行 ABO基因分型,DNA直接测序和克隆测序分析 ABO基因外显子和远端转录调控区(-nt3988~-nt3645),短串联重复序列位点分析16个位点的遗传状态。 结果:该双胞胎的红细胞与抗-A、抗-A1和抗-E均表现为2+混合凝集, ABO基因分型和外显子测序提示为 ABO*O.01.01/ABO*O.01.02基因型,微卫星增强子序列测定提示含有A基因,短串联重复序列位点特异性检测的16个位点中9个有两个以上的单倍体存在,红细胞分群后两群表型分别为:A型,CcDEe和O型,CcDee。 结论:通过血清学和分子生物学技术展示了这对双胞胎血型嵌合体的特性。
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编辑人员丨2天前
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鼻咽部甲状腺样低级别乳头状腺癌临床病理学观察
编辑人员丨2天前
目的:探讨鼻咽部甲状腺样低级别乳头状腺癌(TL-LGNPPA)的临床和病理学特征、免疫表型及相关基因改变。方法:收集2011年11月至2020年8月浙江省肿瘤医院(5例)和浙江大学医学院附属第一医院(10例)的15例TL-LGNPPA病例,对其进行临床和病理学观察、免疫组织化学染色及二代测序,总结其临床病理和分子生物学特点,并进行相关文献复习。结果:15例患者中位年龄36岁(20~60岁),男性7例,女性8例。最常见的症状是鼻出血和鼻塞,肿瘤主要位于鼻咽顶和鼻中隔后缘。病理形态学特征包括:由单层或假复层立方、柱状细胞构成复杂的乳头状及腺样结构,瘤细胞轻-中度异型。部分病例瘤细胞梭形,并与上皮细胞移行;可见核沟、磨玻璃样核,鳞状上皮化生,或间质散在沙砾体。此外,部分病例存在核极性反转细胞、靴钉样细胞及微乳头状结构。免疫组织化学染色结果显示所有病例肿瘤细胞甲状腺转录因子1(TTF1)、细胞角蛋白(CK)7、波形蛋白和广谱细胞角蛋白弥漫阳性;少数病例p40、CK5/6和p16部分细胞阳性;甲状腺球蛋白、Napsin A、CK20、CDX2、S-100蛋白和PAX8均阴性。Ki-67阳性指数1%~20%,其中≤10%有13例。EB病毒编码的RNA(EBER)原位杂交均阴性。6例标本进行了DNA序列检测,结果发现存在不同的基因突变(EWSR1、SMAD2、ROS1、JAK3、GRIN2A、ERRCC5、STAT3、TET2),未找到热点基因改变;同时都为低肿瘤突变负荷,也未检出胚系基因突变、微卫星高度不稳定和DNA错配修复相关基因改变。所有患者行内镜手术治疗,其中1例术后加放疗,随访23~129个月均无瘤生存。结论:TL-LGNPPA是一种鼻咽部少见的惰性肿瘤,具有独特的形态学和免疫表型。TL-LGNPPA患者预后较好,内镜下完整切除是治疗该肿瘤的有效方法。
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编辑人员丨2天前
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子宫内膜癌分子分型中错配修复和微卫星不稳定性状态的综合评估
编辑人员丨2天前
目的:探讨不同的错配修复(MMR)蛋白和微卫星不稳定性(MSI)状态检测方法在子宫内膜癌分子分型中的一致性及差异原因。方法:收集2021年1月至2023年4月北京大学第三医院病理科诊断的214例子宫内膜癌患者,对其MMR蛋白的免疫组化(MMR-IHC)检测结果进行复核,通过二代测序(NGS)技术进行MSI状态(MSI-NGS)及多基因体细胞突变、胚系MMR基因突变检测,计算肿瘤突变负荷(TMB)值。对MMR-IHC检测与MSI-NGS检测结果不相符的患者进一步进行MSI-PCR检测和MLH1基因启动子甲基化检测,并结合TMB值综合评估MMR、MSI状态,明确分子分型。结果:(1)214例子宫内膜癌患者中,POLE突变(POLEmut)型22例,错配修复缺陷(MMR-d)型55例,p53异常(p53abn)型29例,无特殊分子改变(NSMP)型108例。其中,MMR-d型患者的中位确诊年龄为54岁、侵袭性病理亚型(包括子宫内膜样癌G 3和非子宫内膜样癌)的比例为40.0%(22/55),均高于NSMP型[分别为50岁、12.0%(13/108)],两者分别比较,差异均有统计学意义( P均<0.05)。(2)214例患者中,MMR-IHC检测显示,153例患者判定为错配修复正常(MMR-p),49例判定为MMR-d,12例患者难以直接判读;MSI-NGS检测显示,164例患者判定为微卫星稳定性(MSS;与MMR-p对应),48例患者判定为高度微卫星不稳定性(MSI-H;与MMR-d对应),2例患者因有效测序深度未满足质控标准而无MSI结果。MMR-IHC检测与MSI-NGS检测结果的一致率为94.3%(200/212),12例不符合患者的MMR-IHC检测结果为MMR-d或亚克隆缺失,但MSI-NGS检测均判定为MSS,其中MLH1和PMS2蛋白表达共缺失或亚克隆缺失10例。12例不符合患者中,3例检出POLE基因致病性突变而归为POLE突变型;另外9例患者中,8例有MSI-PCR检测结果的患者中5例为MSI-H、3例为低度微卫星不稳定性(MSI-L),7例TMB值高于10个突变/Mb,6例检出MLH1基因启动子甲基化,综合分析后9例患者均判定为MMR-d。(3)55例MMR-d型子宫内膜癌患者中,15例(27.3%,15/55)确诊为Lynch综合征。15例Lynch综合征相关MMR-d型子宫内膜癌患者的TMB值[(71.5±20.1)个突变/Mb]显著高于40例散发性MMR-d型子宫内膜癌患者[(41.9±24.3)个突变/Mb; t=3.51, P=0.001];20例MSH2和(或)MSH6蛋白表达缺失患者的TMB值[(71.0±26.2)个突变/Mb]显著高于35例MLH1和(或)PMS2蛋白表达缺失者[(38.2±19.1)个突变/Mb; t=-4.71, P<0.001]。55例MMR-d型子宫内膜癌患者中,突变率排序前10个的基因是PTEN(85.5%,47/55)、ARID1A(80.0%,44/55)、PIK3CA(69.1%,38/55)、KMT2B(60.0%,33/55)、CTCF(45.5%,25/55)、RNF43(40.0%,22/55)、KRAS(36.4%,20/55)、CREBBP(34.5%,19/55)、LRP1B(32.7%,18/55)、BRCA2(32.7%,18/55)基因,其中PTEN、ARID1A、PIK3CA基因共突变率为50.9%(28/55)。 结论:MMR-IHC检测与MSI-NGS检测结果的—致率较高,两种方法检测结果不一致多见于MLH1基因启动子高甲基化状态导致的MLH1和PMS2蛋白表达共缺失或MMR蛋白亚克隆缺失,必要时应结合MLH1基因甲基化、MSI-PCR、MMR基因胚系突变及TMB值综合评估MMR、MSI状态,为子宫内膜癌患者提供精准的分子分型。
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编辑人员丨2天前
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结直肠癌微卫星不稳定性检测的应用与挑战
编辑人员丨2天前
结直肠癌是常见的消化道恶性肿瘤之一,我国结直肠癌的发病率及死亡率仍呈上升趋势。探究结直肠癌发生、发展的分子机制具有重要意义。微卫星是遍布于基因组中的短串联重复序列,微卫星不稳定性(MSI)检测在结直肠癌的临床诊断与治疗中具有重要价值。MSI检测是Lynch综合征筛查的重要方法。对于Ⅱ期结直肠癌患者,MSI状态是术后复发的影响因素,亦是辅助治疗的重要参考依据。对于Ⅳ期结直肠癌患者,MSI状态是筛查免疫检查点抑制剂适用人群的重要指标。然而,MSI的应用仍然存在一系列问题。MSI检测方法并未完全统一,MSI检测对象的要求具有普遍性但缺乏精准性,MSI对预后的预测作用不足,MSI对化疗、免疫治疗疗效的判断作用不足。此外,随着其他相关分子靶标,如程序性细胞死亡受体1、程序性细胞死亡受体配体1、肿瘤突变负荷、免疫评分等的临床应用,MSI在结直肠癌中的应用价值面临挑战,有待更多研究深入挖掘。笔者就MSI检测及应用存在的问题进行探讨,旨在为临床实践提供参考。
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编辑人员丨2天前
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基于多参数MRI的影像组学模型对子宫内膜样腺癌微卫星不稳定状态的术前预测价值
编辑人员丨2天前
目的:探讨基于多参数MRI影像组学模型术前预测子宫内膜样腺癌患者微卫星不稳定(MSI)状态的应用价值。方法:回顾性队列研究。纳入2017年1月—2021年12月山西省肿瘤医院经病理证实为子宫内膜样腺癌的患者225例。患者年龄29~78(55.1±7.5)岁,均行全子宫+双附件切除术,并于术前行盆腔多参数MRI检查。将225例患者按7∶3的比例随机分为训练集(158例)和验证集(67例),根据手术标本病理免疫组织化学检查结果分为高度微卫星不稳定(MSI-H)组58例和低度微卫星不稳定/微卫星稳定(MSI-L/MSS)组167例。对每例患者的快速自旋回波压脂序列T 2加权像、增强T 1加权像、表观弥散系数(ADC)3个序列进行图像分割和特征提取,在训练集中采用组内相关系数(ICC)、Mann-Whitney U检验、Spearman相关及Boruta算法进行图像特征筛选,并使用朴素贝叶斯(NB)、随机森林(RF)及支持向量机(SVM)3种分类器构建影像组学模型。在训练集、验证集中分别采用受试者工作特征(ROC)曲线、Delong检验、决策分析曲线(DCA)评估并验证3种模型对MSI状态的诊断性能、预测性能、净收益。将筛选出的影像组学特征纳入诊断效能较高的最佳模型中,对每例患者进行影像组学评分,分别在训练集、验证集中评估MSI-H组和MSI-L/MSS组影像组学评分的分布情况。 结果:训练集与验证集间比较,患者肿瘤分化程度差异有统计学意义( χ 2=8.40, P=0.015),患者年龄、体质量指数、国际妇产科联盟分期,以及肌层浸润深度等临床病理资料差异均无统计学意义( P值均>0.05)。在训练集中,MSI-H组与MSI-L/MSS组比较,患者是否绝经2组间差异有统计学意义( χ 2=4.56, P=0.033),其他临床病理资料2组间差异均无统计学意义( P值均>0.05);在验证集中,2组间各临床病理差异均无统计学意义( P值均>0.05)。多参数MRI图像经特征提取后,每例患者获得4 245个影像组学特征,在训练集中筛选出6个关键特征构建模型。在训练集中NB模型、RF模型及SVM模型预测子宫内膜样腺癌患者MSI状态的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.764[95%可信区间( CI)0.682~0.846]、0.821(95% CI 0.751~0.892)和0.905(95% CI 0.848~0.961),验证集中AUC分别为0.712(95% CI 0.568~0.856)、0.812(95% CI 0.710~0.915)、0.875(95% CI 0.762~0.988),结果表明SVM模型的诊断性能最佳。Delong检验结果显示,训练集中SVM模型与NB模型、RF模型AUC间差异均有统计学意义( Z=-3.45、-2.33, P值均<0.05),而在验证集中AUC差异均无统计学意义( P值均>0.05)。DCA曲线显示,在训练集和验证集中,SVM模型预测MSI状态的净收益均优于NB模型、RF模型,也优于将所有患者MSI状态都看作MSI-H或MSI-L/MSS。采用最佳模型SVM模型对每例患者进行影像组学评分,训练集及验证集中MSI-H组与MSI-L/MSS组影像组学评分分布有明显差异。 结论:基于多参数MRI的SVM模型对于子宫内膜样腺癌患者MSI状态具有一定的术前预测价值。
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编辑人员丨2天前
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伴破骨样巨细胞胰腺未分化癌的临床病理特征与治疗策略
编辑人员丨2天前
目的:探讨伴破骨样巨细胞胰腺未分化癌(UCOGCP)的临床病理特征与治疗策略。方法:采用回顾性描述性研究方法。收集2004年1月至2019年1月北京大学第一医院收治的5例UCOGCP病人的临床病理资料;男1例,女4例;中位年龄为56岁,年龄范围为33~71岁。病人术前行实验室检查、影像学检查及活组织病理学检查。胰头部肿瘤行胰十二指肠切除术,胰体尾部肿瘤行胰体尾+脾切除术,均行标准范围淋巴结清扫。术后辅助治疗方案依据多学科讨论结果个体化制订。观察指标:(1)术前检查结果与治疗情况。(2)术后组织病理学检查情况。(3)随访情况。采用门诊和电话方式进行随访,了解病人肿瘤复发情况。随访时间截至2020年1月。正态分布的计量资料以 x±s表示,偏态分布的计量资料以 M(范围)表示。计数资料以绝对数表示。 结果:(1)术前检查结果与治疗情况:5例病人中,1例术前CA19-9升高为65.43 U/mL,4例肿瘤标志物水平均为正常值。5例病人术前增强CT检查结果显示:4例为囊实性肿瘤,1例实性肿瘤边缘延迟强化伴中心坏死。5例病人磁共振成像检查T1序列、T2序列及加权弥散序列均表现为低信号。5例病人影像学检查评估结果显示:3例为可切除肿瘤;1例为局部进展期肿瘤,侵犯结肠、胃及部分小肠且伴门静脉癌栓;1例为胰头肿瘤伴同时性肝左外叶长径为0.4 cm孤立转移灶。PET-CT检查结果示肝左外叶高代谢病灶,术前经内镜超声引导下细针穿刺活组织病理学检查结果示UCOGCP。5例病人均行根治性手术治疗。3例可切除肿瘤病人中,2例行胰十二指肠切除术,1例行胰体尾+脾切除术;1例局部进展期胰体尾部肿瘤病人行胰体尾+脾+横结肠+胃部分切除+门静脉瘤栓取出术;1例胰头部肿瘤伴肝转移病人行胰十二指肠切除+肝左外叶切除术。5例病人中,2例术后行吉西他滨单药辅助化疗,1例行白蛋白结合型紫杉醇+吉西他滨联合化疗,1例行替吉奥单药化疗,1例未行辅助化疗。(2)术后组织病理学检查情况:5例病人中,4例大体标本呈囊实性,1例呈实性伴中心出血坏死。肿瘤长径为5.2 cm(2.0~14.0 cm)。5例病人手术切缘均为阴性。5例病人中,1例伴门静脉侵犯,2例伴脉管侵犯,3例伴神经侵犯,2例伴淋巴结转移(同一例病人可合并多处侵犯和转移)。5例病人中,4例可获取留存石蜡标本,重新行免疫组织化学染色检测,CD68及Vimentin均呈阳性,3例程序性死亡配体-1染色呈阳性,其中2例为5%阳性、1例为25%阳性。术后组织病理学检查结果示大量梭形组织细胞样肉瘤细胞间可见破骨样巨细胞,散在多形癌巨细胞。4例病人肿瘤突变负荷为3.23 Muts/Mb(2.61~21.77 Muts/Mb)。4例病人微卫星不稳定性检测为状态稳定。4例病人行二代基因测序,均携带胰腺导管细胞癌常见的KRAS基因突变,其中合并TP53胚系突变,合并TP53体细胞突变,合并TP53、BLM、CDKN2A体细胞突变,合并ARID1A体细胞突变各1例。(3)随访情况:5例病人均获得随访,随访时间为14~173个月,中位随访时间为46个月。随访期间,4例病人无病生存,1例病人术后第11个月肿瘤局部复发。结论:UCOGCP临床罕见,影像学检查常表现为囊实性肿瘤,肿瘤组织程序性死亡配体-1常呈高表达。病人行根治性手术治疗预后良好,即使肿瘤已侵犯邻近脏器或远处转移,病人仍可从扩大根治性手术中获益。
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编辑人员丨2天前
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TCGA分子分型在子宫内膜癌中的应用及其临床意义
编辑人员丨2天前
目的:探讨癌症基因组图谱(TCGA)分子分型在子宫内膜癌(EC)中的应用及其临床意义。方法:收集2018年12月至2021年3月于北京大学人民医院行手术治疗且采用高通量测序技术进行TCGA分子分型的EC患者共66例,EC的TCGA分子分型分为4种,DNA聚合酶ε(POLE)超突变型、高度微卫星不稳定性(MSI-H)型、低拷贝型、高拷贝型。回顾性分析4种TCGA分子分型患者的临床病理特征、免疫相关分子学特征以及预后情况。结果:(1)临床病理特征:66例EC患者的中位年龄为56岁(范围:24~78岁)。其中,POLE超突变型3例(5%),MSI-H型11例(17%,其中Lynch综合征2例),低拷贝型42例(64%),高拷贝型10例(15%)。4种TCGA分子分型患者的合并其他器官恶性肿瘤情况、肿瘤家族史、手术方式、分期、肌层浸润深度、淋巴脉管间隙浸润(LVSI)、病理类型分别比较,差异均有统计学意义( P<0.05),其中高拷贝型患者晚期(Ⅲ~Ⅳ期)、深肌层浸润、LVSI阳性所占比例显著升高;而4种TCGA分子分型患者的年龄、绝经状态、体质指数、代谢综合征相关合并症、术前血清CA 125及人附睾蛋白4水平、肿瘤最大径、病理分级(仅指子宫内膜样癌)、淋巴结转移情况分别比较,差异均无统计学意义( P>0.05)。(2)免疫相关分子学特征:66例EC患者中,27例患者行细胞程序性死亡配体1(PD-L1)蛋白免疫组化法检测,28例患者行肿瘤突变负荷(TMB)检测,POLE超突变型及MSI-H型患者的PD-L1阳性表达率、TMB高表达率均显著高于低拷贝型、高拷贝型患者( P<0.05)。(3)预后分析:66例EC患者的中位随访时间为10个月(范围:0~28个月),随访期内死亡2例(低拷贝型1例、高拷贝型1例),盆腔复发和远处转移3例(低拷贝型1例、高拷贝型2例)。POLE超突变型、MSI-H型、低拷贝型、高拷贝型患者的无进展生存率(PFS)分别为100%、100%、98%、80%,4者比较,差异有统计学意义( P=0.034);总生存率(OS)分别为100%、100%、98%、90%,4者比较,差异无统计学意义( P=0.361)。其中,POLE突变型、MSI-H型患者的PFS、OS较高,高拷贝型患者最低。 结论:EC的TCGA分子分型在临床应用中具有可行性及应用价值,对于EC患者的预后有一定的预测作用,可为患者的个体化诊断和治疗提供新策略。
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编辑人员丨2天前
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错配修复/微卫星不稳定性检测技术在子宫内膜癌诊断与治疗中的应用进展
编辑人员丨1周前
DNA错配修复(MMR)功能的丧失及微卫星(MS)重复序列的改变均可导致微卫星不稳定性(MSI)发生.错配修复缺陷/微卫星不稳定性(dMMR/MSI)检测对子宫内膜癌(EC)早期诊断、预后判断、化疗敏感性判断以及高危人群的判定等具有重要意义.目前,可从蛋白质层面使用免疫组化法(IHC)检测MMR蛋白,或从基因组层面使用PCR毛细管电泳(PCR-CE)、二代测序(NGS)方法检测MSI状态.IHC检测的优势是检测成本低、耗时短,但容易出现部分病例漏诊或误诊;PCR-CE检测的优势是能进行外部能力测试、结果重复性高、标准化程度高,但在临床检测时可能出现误判的情况;NGS-MSI检测的优势是检测位点多,测序量大,准确率高,能够检测MMR系统的功能状态,但目前尚无统一的算法及评判标准对NGS-MSI进行规范及标准化.了解各种检测方法的优势和不足,能够为EC的临床诊断及个体化治疗提供更准确、系统的决策方案.
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编辑人员丨1周前
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基于DCE-MRI及临床特征预测结直肠癌微卫星不稳定性的研究
编辑人员丨1个月前
目的:探讨基于动态对比增强磁共振成像(DCE-MRI)联合临床特征构建的列线图模型在术前预测结直肠癌微卫星不稳定性(MSI)的价值.方法:回顾性收集甘肃省人民医院经病理证实为结直肠癌患者的临床资料和磁共振图像.选取小视野高分辨率T2加权成像(sFOVHR-T2WI)、DCE-MRI峰值期和T1加权延迟成像(T1-DELAY)勾画肿瘤最大层面及上下两层作为感兴趣区(ROI)提取影像组学特征并进行降维筛选,之后分别构建影像组学单序列及多序列联合模型并计算影像组学评分(Radscore).后处理工作站中勾画肿瘤最大层面测量灌注参数速率常数(Kep)、转运常数(Ktrans)及容积分数(Vo),获取频数表并计算直方图特征,特征降维筛选后计算灌注参数评分(Dcescore).单因素及多因素逻辑回归筛选MSI的临床独立预测因素,联合Radscore和Dcescore构建列线图模型预测结直肠癌微卫星状态.采用受试者工作特征(ROC)曲线、校准曲线和决策曲线评估各模型效能及临床价值.结果:单序列中基于DCE-MRI峰值期图像的模型效能最佳,训练集和验证集ROC曲线下面积(AUC)分别为0.913和0.900;多序列联合模型效能优于任何单序模型,训练集和验证集的AUC分别为0.968和0.962;列线图模型具有更高的诊断效能,训练集和验证集的AUC分别为0.985和0.982.结论:基于DCE-MRI和临床特征构建的列线图模型可以在术前有效地预测结直肠癌患者MSI状态,有可能为结直肠癌的治疗选择及预后评估提供一种无创的评估方法.
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编辑人员丨1个月前
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绵羊肺炎支原体GH3-3株全基因组测序及生物信息学分析
编辑人员丨2024/8/24
[目的]全面了解绵羊肺炎支原体GH3-3 株的基因序列,研究其潜在的致病机制及其复制、转录、翻译过程的调控机制.[方法]采用体外培养,利用细菌基因组DNA提取试剂盒提取绵羊肺炎支原体GH3-3 株基因组DNA,进行全基因组测序.[结果]绵羊肺炎支原体GH3-3 株基因组大小为 1 060 772 bp,GC含量为 29.66%,基因组组分分析后发现,GH3-3 株的基因组含有 730 个编码基因,总长度为 914 379 bp,平均长度为 1 252.57 bp,占基因组全长的 86.2%.串联重复序列共 149 个,总长为20 926 bp,占基因组全长的 1.97%.微卫星DNA序列 102 个,tRNA 30 个,rRNA 3 个.在NR、SwissProt、GOG、KEGG、GO、CARD、CAZy、PHI、TCDB、RMS数据库中,分别有 719、459、473、394、449、33、5、180、113、59 个基因被注释;在VFDB数据库中,共注释到了 76 个毒力因子相关的基因.将基因组序列提交至NCBI网站,获得登录号为:PRJNA1051969.[结论]获得了绵羊肺炎支原体GH3-3 株完整的基因组信息,预测和注释了其基因的功能,明确了GH3-3 株以及与国内外其他绵羊肺炎支原体菌株之间的遗传进化关系.
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编辑人员丨2024/8/24
