-
miR-193b-3p通过靶向RORα抑制新生脓毒症大鼠的神经炎症反应
编辑人员丨5天前
目的:探讨微小RNA(miR)-193b-3p在新生脓毒症大鼠海马组织中的表达情况,以及其在脓毒症神经炎症反应中的作用及可能机制。方法:将24只2 d龄SD大鼠按随机数字表法分为对照组与脂多糖组及阴性对照组与miR-193b-3p组,每组6只。脂多糖组、阴性对照组及miR-193b-3p组通过腹腔注射脂多糖(2.5 mg/kg)制备脓毒症模型,miR-193b-3p组和阴性对照组分别于脂多糖注射前3 d将5 μL miR-193b-3p模拟物或阴性对照物(20 nmol/L)注入大鼠侧脑室。将PC12细胞分为对照组、脂多糖组、miR-193b-3p组和脂多糖+miR-193b-3p组,其中miR-193b-3p组和脂多糖+miR-193b-3p组将miR-193b-3p模拟物转染入细胞内,脂多糖组和脂多糖+miR-193b-3p组细胞暴露于100 ng/mL脂多糖中孵育。采用基因芯片检测及双荧光素酶报告分析方法明确miR-193b-3p的靶基因。采用神经行为学评分评估各组大鼠特定时间点的神经功能,采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测各组大鼠海马组织或各组PC12细胞中 miR-193b-3p及炎性细胞因子白细胞介素(IL)-1β、IL-6、肿瘤坏死因子(TNF)-α mRNA的表达,采用免疫荧光双标染色检测各组大鼠海马组织中视黄酸受体相关孤儿受体α(RORα)与神经元特异性核蛋白(NeuN)、离子钙接头蛋白-1(IBA-1)或胶质纤维酸性蛋白(GFAP)的共表达情况,采用免疫荧光染色检测各组PC12细胞中RORα的荧光强度。 结果:(1)基因芯片检测及双荧光素酶报告分析确定 RORα为miR-193b-3p的靶基因。(2)与对照组相比,脂多糖组大鼠的神经行为学评分自脂多糖注射后6 h开始明显降低,24 h时达最低,差异均有统计学意义( P<0.05)。与对照组相比,脂多糖组大鼠海马组织中 IL-1β、 IL-6、 TNF-α mRNA的表达均明显升高, miR-193b-3p的表达明显降低,差异均有统计学意义( P<0.05)。(3)与阴性对照组[(3.23±0.92)分]相比,miR-193b-3p组大鼠脂多糖注射后48 h的神经行为学评分[(7.51±0.84)分]明显增高,差异有统计学意义( P<0.05)。与阴性对照组相比,miR-193b-3p组大鼠海马组织中 IL-1β、 IL-6、 TNF-α mRNA的表达均明显降低, miR-193b-3p的表达明显增高,差异均有统计学意义( P<0.05)。(4)与对照组相比,脂多糖组大鼠海马组织中NeuN(+)RORα(+)细胞数量明显减少,差异有统计学意义( P<0.05);与阴性对照组相比,miR-193b-3p组大鼠海马组织中NeuN(+)RORα(+)细胞数量明显增加,差异有统计学意义( P<0.05)。(5)与对照组相比,脂多糖组PC12细胞中RORα的荧光强度明显降低, IL-1β、 IL-6、 TNF-α mRNA的表达均明显升高,差异均有统计学意义( P<0.05);与脂多糖组相比,脂多糖+miR-193b-3p组PC12细胞中RORα的荧光强度明显增加, IL-1β、 IL-6、 TNF-α mRNA的表达均明显降低,差异均有统计学意义( P<0.05)。 结论:miR-193b-3p通过调控其靶基因 RORα在海马神经细胞中的表达,抑制新生脓毒症大鼠的神经炎症反应。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
睑板腺癌差异表达miRNA筛选及miR-3907功能机制研究
编辑人员丨5天前
目的:筛选睑板腺癌(MGC)差异表达微小RNA(miRNA)并探究微小RNA-3907(miR-3907)对MGC增殖和迁移的影响及作用机制。方法:实验研究。收集2011年7月至2019年1月于天津医科大学眼科医院经组织病理学确诊的MGC患者的癌组织样本及癌旁组织样本。应用miRNA芯片对其中5份MGC与癌旁组织差异表达的miRNA进行筛选。选取MGC中表达显著上调的miR-3907为观察对象,通过生物数据库和双荧光素酶实验预测并鉴定miR-3907靶基因。采用免疫组织化学染色法测定18份MGC组织及6份癌旁组织样本中靶基因的蛋白表达水平。在培养的MGC原代细胞中分别进行miR-3907过表达、miR-3907敲减、靶基因敲减、miR-3907敲减+靶基因敲减转染并分别设组,采用荧光定量PCR和Western印迹法检测转染后各基因mRNA和蛋白的表达水平,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)和划痕实验评估转染后MGC细胞的增殖和迁移能力,并进行比较。统计学方法主要为Fisher确切概率检验、独立样本 t检验、双因素重复测量方差分析。 结果:与癌旁组织样本相比,MGC样本共筛选出表达上调的miRNA 22个,表达下调的miRNA 5个,其中miR-3907表达显著上调。生信数据库与双荧光素酶报告显示血小板凝血蛋白酶1(THBS1)为miR-3907的下游靶基因。癌旁组织中THBS1蛋白阳性表达率(6/6)显著高于MGC组织(5/18),差异有统计学意义( P=0.003)。与对照组比较,miR-3907过表达组48、72 h细胞增殖能力显著增强( F=3.70、2.65);24 h后细胞迁移率显著增高(54.6%±3.4%与34.2%±0.6%比较; t=8.34);miR-3907敲减组24、48、72 h细胞增殖能力降低( F=3.10、2.17、3.09)、24 h细胞迁移率显著降低(40.8%±2.8%与69.7%±2.7%比较; t=10.42);THBS1敲减组24、48和72 h细胞增殖能力增强( F=3.84、3.79、2.24)、24 h后细胞迁移率显著增加(82.5%±1.9%与37.6%±5.1%比较; t=11.74);miR-3907敲减+THBS1敲减组24、48 h细胞增殖能力增强( F=3.97、3.31)、24 h细胞迁移率显著增高(56.9%±2.2%与41.9%±4.3%比较; t=3.53);差异均有统计学意义(均 P<0.05)。 结论:MGC与癌旁组织之间存在差异表达miRNA,其可能与MGC发生和发展有关;其中差异显著的miR-3907可以促进MGC增殖和迁移,并主要通过抑制THBS1表达发挥作用。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
微小RNA-494对促进脊髓损伤后功能恢复和抑制细胞凋亡的研究
编辑人员丨5天前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-494在脊髓损伤中的作用及其意义。方法:应用脊髓表面挫伤的方法建立大鼠脊髓损伤模型。分为1个假损伤对照组和5个脊髓损伤组,每组5只大鼠(购自复旦大学实验动物中心)。用miRNA芯片分析脊髓损伤后不同时间miRNA的表达。用agomiR-494鞘内治疗后,评定大鼠运动功能。正态性采用Shapiro-Wilk正态检验,组间差异采用单因素方差分析和双侧 t检验。 结果:与假损伤对照组比较,有14个miRNA上调,有46个miRNA下调2倍,而miR-494是最显著下调的miRNA之一。与单纯SCI组比较,agomiR-494鞘内治疗后的SCI+agomiR-494组,大鼠运动功能明显改善,剩余组织(甲酚紫染色评估)增多,TUNEL阳性细胞减少。agomiR-494对miR-494的上调可促进脊髓损伤后大鼠的功能恢复,减小病变大小并抑制凋亡细胞。脊髓组织中miR-494的表达与第10号染色体上缺失与张力蛋白同源的磷酸酯酶基因(PTEN)的表达呈负相关( r=-0.834, P<0.05)。此外,miR-494通过直接靶向BV-2细胞中的3’端非编码区(3’UTR)来抑制蛋白激酶B(Akt)/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)途径的负调节剂PTEN。 结论:在大鼠脊髓损伤模型中miR-494的过表达通过抑制PTEN的表达来激活Akt/mTOR信号通路,对脊髓损伤具有保护作用。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
微小RNA-151-5p通过转化生长因子-β通路参与骨折愈合的早期调控过程
编辑人员丨5天前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-151-5p在骨折愈合方面的作用。方法:建立标准的大鼠股骨干骨折愈合模型(郑州大学动物中心),基因芯片分析血浆miRNA的表达。应用生物信息学方法模拟miRNA与靶基因配对,并寻找相关的靶通路。细胞实验验证miR-151-5p对成骨细胞(大鼠颅骨提取)的影响。最后,再次建立骨折愈合模型,给予miR-151-5p模仿物和抑制物,利用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测转化生长因子-β(TGF-β)通路主要蛋白的表达。正态分布数据应用student- t检验,miRNA数据应用Benjamini & Hochberg方法进行比对。 结果:在大鼠骨折模型血浆结果显示miR-151-5p在骨折愈合7 d时显著高于对照组(对照比7 d为58.16±8.17比201.40±7.23, F=25.09, P<0.01),GSE93083数据集中骨折患者miRNA-151-5p表达量较健康组明显升高(骨折患者比健康人为12.25±0.17比12.00±0.19, t=2.446, P<0.01)。通过生物信息学分析,miR-151-5p的靶基因参与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路,胰岛素信号通路,上皮细胞间质转型(EMT)信号通路,Ras信号通路以及TGF-β信号通路的调控。文献分析富集结果提示,miR-151-5p的靶基因主要参与TGF-β信号通路的调控。细胞实验提示miR-151-5p可以抑制成骨细胞增值活性,并抑制成骨细胞TGF-β通路表达。骨折愈合模型中,miR-151-5p模仿物PLCG1(miR-151-5p模仿物比抑制物组为3.99±2.06比10.36±2.87, q=4.596, P<0.05)和MAPK8(miR-151-5p模仿物比抑制物组为4.93±1.543比17.49±5.328, q=4.533, P<0.01)较抑制物组显著增高。 结论:miR-151-5p是通过TGF-β参与骨折愈合的早期调控过程。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
支气管肺发育不良中新型miRNA-TF-mRNA共调控网络的鉴定
编辑人员丨5天前
目的:筛选与新生儿支气管肺发育不良(BPD)发病相关的关键转录因子(TF)、微小核糖核酸(miRNA)和信使核糖核酸(mRNA),并构建了调控网络。方法:从高通量基因表达数据库GEO获取mRNA芯片数据集GSE108756,筛选出的差异表达基因(DEGs)进行京都基因和基因百科全书(KEGG)、基因本体注释(GO)功能富集分析;参照HumanTFDB数据库获取与DEGs对应的TF后利用cytoHubba插件筛选出degree值前10的Hub TF;通过hTFtarget数据库找出Hub TF中7个TF所对应的靶基因;在GSE108756中获取7个TF及其靶基因所对应的探针表达量后做相关性分析,筛选出最终纳入研究的6个Hub TF及所对应的正相关TF-mRNA关系队;利用Targetscan Human数据库获取靶向调控6个Hub TF的miRNAs,并与miRNA芯片数据集GSE166762差异miRNAs取交集后匹配出负向调节的miRNA-TF关系队,最后构建BPD患儿潜在miRNA-TF-mRNA调控网络,进一步筛选出关键miRNA、mRNA。结果:共筛选出201个差异表达基因,KEGG富集结果主要涉及B细胞受体信号通路、造血系统、原发免疫缺陷等作用,GO功能富集分析主要富集在B细胞增殖活化及免疫应答调节细胞表面受体等生物学过程中。与Hub TF(EBF1、TCF4、JUN、BCL11A、SPIB、E2F1)表达谱强关联的正相关下游靶基因有159个,负相关的上游miRNA有120个。BPD患儿发病潜在的关键miRNA-TF-mRNA网络包括has-miR-217-TCF4-Pou2AF1、has-miR-150-5p-E2F1-ADM。结论:本研究构建了新生儿BPD的miRNA-TF-mRNA共调控网络,从转录调控的崭新视角为揭示BPD发病机制奠定理论基础。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
非小细胞肺癌顺铂耐药相关微小RNA的生物信息学分析
编辑人员丨5天前
目的:筛选非小细胞肺癌(NSCLC)顺铂耐药相关微小RNA(miRNA,miR)并分析其生物学功能。方法:从高通量基因表达数据库(GEO)中搜索并下载与非小细胞肺癌顺铂耐药相关的miRNA芯片数据,并通过Targetscan和miRanda预测miRNA的靶基因,对靶基因行基因本体(GO)生物学进程分析,京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,并构建蛋白与蛋白相互作用网络图(PPI);进一步对KEGG通路行网路分析,并结合与顺铂耐药存在显著相关性的miRNA,构建miR-KEGG网路。组间数据比较采用 t检验。 结果:共筛选到GSE84200、GSE43249和GSE56036 3个数据库,总计23个与顺铂耐药相关的miRNA。Targetscan和miRanda共同预测的靶基因共计914个。GO功能富集分析表明这些基因主要以蛋白结合,信号传导和正性调节基因转录等生物学过程相关。KEGG通路分析显示这些基因主要参与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)和磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)等信号通路。PPI网路分析结合关键基因分析显示p53为关键基因。miR-KEGG网络分析显示miR-195-5p和miR-424-5p在顺铂耐药中发挥重要作用。结论:miR-195-5p和miR-424-5p可能在顺铂耐药中发挥重要作用,生物学分析预测有助于进一步认识miRNA在非小细胞肺癌顺铂耐药中的功能。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
胃癌相关的竞争内源性RNA调控网络的构建和分析
编辑人员丨5天前
目的:构建胃癌相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络,探索胃癌发生、发展的分子机制。方法:应用生物芯片技术测定胃癌及对应癌旁组织的信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,应用R软件中的edgeR包筛选差异表达基因并绘制火山图,基于miRNA-lncRNA在线预测工具lncBase数据库和miRNA靶基因预测数据库预测mRNA、miRNA和lncRNA的相互作用关系,采用Cytoscape软件构建胃癌lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,根据cytohubba计算各节点degree得分筛选关键基因(hub基因)。运用注释、可视化和集成发现数据库(DAVID),对差异表达的mRNA进行基因本体论(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。在OncoLnc数据库中,选择肿瘤基因组计划(TCGA)数据集的胃癌项目,输入hub基因,以标准化后基因表达量中位数为界值,将样本分为高表达组和低表达组,并进行生存分析。结果:共筛出差异表达的mRNA 766个,miRNA 10个,lncRNA 110个,其中90个mRNA、6个miRNA和4个lncRNA构成ceRNA网络,20个hub基因中有2个与患者预后有关。经TCGA胃癌数据库验证,LncRNA MAP3K20的反义RNA 1(MLK7-AS1)、分泌性磷酸化糖蛋白(SPP1)、硫酸酯酶1(SULF1)hsa-miR-1307-3p等基因在胃癌组织生物芯片中高表达,金属硫蛋白2A(MT2A)、金属硫蛋白1X(MT1X)等基因低表达,与TCGA胃癌数据库一致。生物学功能和通路分析显示,差异表达的mRNA主要在生物学过程(BP)和矿物吸收的通路中显著富集。在TCGA胃癌数据中,碳水化合物磺基转移酶1(CHST1)和miR-183-5p均与患者生存时间有关,CHST1表达量越高患者生存时间越短,而miR-183-5p表达量越高患者生存时间越长。结论:胃癌ceRNA网络的构建有助于深入了解胃癌的分子生物学机制,CHST1和mi-183-5p可作为胃癌预后的预测指标。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
慢性应激抑郁大鼠海马miRNA的差异表达及生物信息学分析
编辑人员丨5天前
目的:分析慢性应激抑郁模型大鼠海马组织miRNA表达特征,探究与抑郁发作相关的差异表达miRNA。方法:将12只SPF级雄性SD大鼠按随机数字表法分为对照组和模型组,每组6只。对照组大鼠群养,正常饮水摄食,不给任何刺激。模型组大鼠孤养,并给予8种不可预知的慢性应激刺激28 d,建立大鼠抑郁模型。利用旷场实验检测大鼠的抑郁行为,运用miRNA 4.0 Array芯片技术筛选出对照组和模型组大鼠海马间差异表达miRNA,利用Fisher精确检验,筛选出具有显著性差异的miRNA,采用miRanda和TargetScan两个数据库对显著性差异miRNA分别进行靶基因预测,取两种预测结果的交集,对差异表达miRNA利用GO数据库进行基因功能注释,KEGG数据库进行信号通路(Pathway)注释。结果:miRNA芯片技术分析结果显示,与对照组比较,模型组大鼠海马组织中得到25条差异表达miRNA,其中上调的miRNA有15条( P<0.05,FC>1.3),下调的miRNA有10条( P<0.05,FC>1.3)。这些miRNA的靶基因主要参与细胞内信号转导、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的调节、DNA模板化、蛋白质磷酸化、大脑发育、心脏发育等生物学进程( P<0.01)。Pathway分析显示,轴突导向和癌症通路的显著性水平最为显著,其次是AMPK信号通路、cGMP-PKG信号通路、神经营养信号通路等抑郁发作的经典信号通路( P<0.05)。 结论:慢性应激抑郁模型大鼠海马miRNA表达谱发生明显改变,差异表达的25条miRNA主要参与了轴突导向、神经营养信号通路等抑郁发作密切相关的信号通路及癌症通路。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
Micro-RNA与椎间盘退行性变的研究进展
编辑人员丨5天前
下腰疼痛正在成为目前影响人们生活质量的重要因素,其发病的年龄越来越趋于年轻化,每年因下腰痛带来的社会经济损失巨大。椎间盘退变(intervertebral disc degeneration,IDD)是引起下腰疼的重要原因,在多重因素作用下,椎间盘组织出现生物力学和结构的变化,发生纤维环破裂、髓核组织突出,使脊髓和神经根受压,从而引起患者出现下腰疼。微小RNA(Micro-RNA,miRNA)是一类长度为18~24个核苷酸序列的单链非编码小分子RNA,其在真核生物中广泛存在,作为基因表达的重要调控分子之一,已被证明在许多种疾病起始及进展阶段发挥着关键作用,故认为其可能在椎间盘退变中也发挥着重要的作用。目前,临床上针对IDD的治疗手段主要以手术治疗缓解临床症状为主,即使当前手术治疗可以取得良好的疗效,但是手术治疗会给患者带来更大的身体创伤和经济负担。miRNA在椎间盘退变过程中的作用是当前学术界研究的热点之一,研究表明miRNA在退变的椎间盘组织中呈现异常的表达模式,参与IDD的多种病理过程。目前,一些miRNA已被证明与椎间盘退变过程中的多种病理过程有关,包括髓核细胞凋亡和增殖、细胞外基质的降解、细胞自噬、炎症反应及软骨终板的退变等。基因芯片对比研究显示一些miRNA在退变髓核细胞中的表达与正常髓核细胞存在明显差异,这些差异表达的miRNA通过调控其各自的上、下游通路可能参与髓核细胞退变的进程,调控通路多有交叉并行,构建出一个庞大的miRNA调控网。了解miRNA在发病过程中的靶基因和机制,能够在疾病的起源、发展和预后等方面提供重要参考。因此,综述了miRNA在椎间盘退变过程中的重要作用和潜在的临床治疗意义。随着对miRNA研究的深入,通过了解椎间盘退变的分子生物学机制,可以为IDD的诊断和治疗提供新思路,非常有可能成为IDD生物学治疗的新策略。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
-
高糖诱导的人视网膜血管内皮细胞中环状RNA差异表达分析
编辑人员丨5天前
目的:研究高糖培养条件下人视网膜血管内皮细胞(HRVECs)的环状RNA(circRNA)表达变化。方法:将HRVECs分为正常对照组、高渗对照组和高糖组,分别在5.5 mmol/L葡萄糖培养基、19.5 mmol/L甘露醇+5.5 mmol/L葡萄糖培养基和25 mmol/L葡萄糖培养基中培养24 h。使用circRNA芯片对高糖组和正常对照组HRVECs进行circRNA表达谱检测,筛选出差异表达circRNA分子;采用实时荧光定量PCR验证差异表达circRNA分子在正常对照组、高渗对照组和高糖组细胞中的表达变化,并采用Circular RNA Interactome数据库预测差异表达circRNA可能作用的微小RNA(miRNA)靶点。结果:在高糖培养的HRVECs中共筛选出448个差异表达circRNA(差异倍数≥1.5或≤0.67且 P<0.05),其中182个circRNA上调,266个circRNA下调。表达上调排序前3的差异circRNA分别为hsa_circ_0002938、hsa_circ_0008036和hsa_circ_0001946,表达下调排序前3的差异circRNA分别为hsa_circ_0035277、hsa_circ_0008344和hsa_circ_0001874。实时荧光定量PCR结果显示,与正常对照组和高渗对照组相比,高糖组中hsa_circ_0002938、hsa_circ_0008036和hsa_circ_0001946相对表达量显著升高,hsa_circ_0035277、hsa_circ_0008344和hsa_circ_0001874相对表达量显著下调,差异均有统计学意义(均 P<0.05);正常对照组与高渗对照组各差异circRNA表达比较,差异均无统计学意义(均 P>0.05)。 结论:在高糖条件下培养的HRVECs中circRNA呈差异表达,差异表达circRNA可能参与糖尿病视网膜病变发病机制。
...不再出现此类内容
编辑人员丨5天前
