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生长激素腺瘤中差异表达的微小RNAs及其靶基因的相关生物信息学分析
编辑人员丨5天前
目的:探讨垂体生长激素(GH)细胞腺瘤中差异表达的微小RNAs(miRNAs)及其靶基因的生物学功能和两者的调控关系。方法:利用miRDB、miRwalk、Targetscan7.2及starbase数据库对差异表达的miRNAs进行靶基因预测并对靶基因进行GO、KEGG和蛋白-蛋白相互作用网(PPI)分析,随后筛选出有意义的核心靶基因,取核心靶基因和数据库的mRNAs测序结果进行对比,构建可视化的miRNAs-靶基因调控关系网。结果:以蛋白相互作用程度≥20为标准,本研究得到113个上调的miRNAs核心靶基因和128个下调的miRNAs核心靶基因,进一步取交集得到13个目的核心靶基因,这些基因主要涉及的通路为泛素介导蛋白水解通路,其相对应的调控miRNAs为miR-15b、miR-365、miR-32-3p、miR-486-5p。结论:本研究应用生物信息学分析工具构建了与GH细胞腺瘤密切相关的miRNAs-核心靶基因相互调控网,发掘了一些可能与GH细胞腺瘤发病机制和病理过程有关的蛋白和通路。
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编辑人员丨5天前
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微小RNA-365在胆囊癌中的表达及其对肿瘤进展的影响
编辑人员丨5天前
目的:探讨微小RNA(miRNA,miR)-365在胆囊癌中的表达及其对肿瘤进展的影响。方法:选取2019年6月到2021年6月商丘市第一人民医院收治的53例胆囊癌患者的肿瘤组织和癌旁组织作为研究对象,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析胆囊癌组织和癌旁组织中miR-365表达水平。以人胆囊癌细胞株GBC-SD为研究对象,转染对照miRNA和miR-365模拟物,建立对照组和观察组细胞系,采用细胞计数试剂盒(CCK-8)分析细胞增殖活力,采用体外移植瘤实验分析细胞体内增殖能力,采用流式细胞术分析细胞凋亡比例,采用Transwell分析细胞的迁移能力,采用蛋白质印迹法(Western blot)分析细胞上皮-间充质转化能力和凋亡相关蛋白表达。组间计量数据比较采用 t检验。 结果:癌旁组织中miR-365表达水平(0.92±0.12)明显高于胆囊癌组织(0.54±0.16),差异有统计学意义( t=14.001, P<0.05)。对照组细胞吸光度( A)值(1.90±0.12)明显高于观察组(1.26±0.17),差异有统计学意义( t=7.737, P<0.05)。对照组细胞肿瘤体积[(666.33±66.97) mm 3]明显高于观察组[(399.17±46.23) mm 3],差异有统计学意义( t=8.041, P<0.05)。对照组细胞肿瘤质量[(3.56±0.45) g]明显高于观察组[(2.01±0.11) g],差异有统计学意义( t=8.236, P<0.05)。对照组细胞凋亡比例[(3.48±0.53)%]明显低于观察组[(25.25±3.51)%],差异有统计学意义( t=15.080, P<0.05)。Transwell结果显示,对照组细胞迁移数量[(89.67±8.29)个]明显低于观察组[(42.33±9.11)%],差异有统计学意义( t=9.412, P<0.05)。对照组细胞上皮细胞标志物E-钙黏蛋白(E-cadherin)蛋白表达水平(1.08±0.08)明显低于观察组(1.99±0.15),差异有统计学意义( t=12.850, P<0.05)。对照组细胞角形蛋白(Vimentin)和N-钙黏蛋白(N-cadherin)蛋白表达水平(1.08±0.07、1.50±0.11)明显高于观察组(0.71±0.05、0.69±0.12),差异有统计学意义( t=10.420、11.880, P<0.05)。对照组细胞第10号染色体上缺失与张力蛋白同源的磷酸酯酶基因(PTEN)蛋白和FasL蛋白表达水平(0.60±0.09、0.78±0.13)明显低于观察组(0.97±0.12、1.75±0.0.13),差异有统计学意义( t=6.065、13.190, P<0.05)。 结论:miR-365在胆囊癌中呈低表达,作为抑癌基因参与了胆囊癌细胞的增殖、凋亡、迁移和上皮-间充质转化等细胞生物学行为。
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编辑人员丨5天前
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利妥昔单抗治疗视神经脊髓炎谱系疾病患者的临床研究
编辑人员丨5天前
目的 探讨利妥昔单抗对视神经脊髓炎谱系疾病(NMOSD)患者治疗前后外周血白细胞介素-23(IL-23)/IL-17A轴及微小RNA-365-5p(miR-363-5p)表达的影响.方法 将NMOSD患者根据水通道蛋白4免疫球蛋白G型抗体(AQP-4IgG)结果分为AQP-4IgG阳性组和AQP-4IgG阴性组.2组患者均接受利妥昔单抗(PTX)连续治疗1年以上.比较2组患者临床疗效,比较患者治疗前和治疗12个月后年复发次数、日常生活活动量表(ADL)评分和外周血IL-23、IL-17A、miR-363-5p表达水平,并记录药物不良反应的发生情况.结果 AQP-4IgG阳性组和阴性组分别纳入73例和27例.AQP-4IgG阳性组与AQP-4IgG阴性组临床疗效分别为84.93%和70.37%,在统计学上差异无统计学意义(P>0.05).治疗前,AQP-4IgG阳性组和AQP-4IgG阴性组的年复发次数分别为(1.36±0.32)和(1.33±0.41)次,ADL评分分别为(62.36±5.76)和(63.27±5.38)分,IL-23 分别为(325.23±116.35)和(328.79±120.38)pg·mL-1,IL-17A 分别为(68.46±12.38)和(69.61±13.41)pg·mL-1,miR-363-5p 分别为1.76±0.10和1.77±0.19.治疗12个月后,AQP-4IgG阳性组与AQP-4IgG阴性组患者年复发次数分别为(0.28±0.16)和(0.31±0.12)次,ADL评分分别为(85.10±10.36)和(81.26±11.34)分,IL-23 分别为(119.49±10.26)和(122.46±11.54)pg·mL-1,IL-17A 分别 为(43.16±6.29)和(40.27±8.75)pg·mL-1,miR-363-5p 分别为 1.38±0.15 和 1.36±0.15.2组上述指标治疗后与治疗前比较,在统计学上差异均有统计学意义(均P<0.05);治疗后2组间上述指标比较,在统计学上差异均无统计学意义(均P>0.05).AQP-4IgG阳性组和AQP-4IgG阴性组的药物不良反应发生率分别为13.69%和18.51%,在统计学上差异无统计学意义(P>0.05).结论 利妥昔单抗治疗NMOSD疗效确切,可降低年复发次数,促进患者活动能力恢复,其机制可能与调控IL-23/IL-17A轴及抑制miR-363-5p的表达有关.
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编辑人员丨5天前
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miR-365a-3p通过TGF-β信号通路影响血管内皮细胞功能参与子痫前期的发病机制
编辑人员丨1周前
目的 探究微小RNA(miRNA)-365a-3p影响血管内皮细胞功能参与子痫前期(PE)的发病机制.方法 分离原代人脐静脉内皮细胞(HUVECs),设为NC组(转染miR-365a-3p NC)、mimics组(转染miR-365a-3p mimics)、inhibitor组(转染miR-365a-3p inhibitor),另取对数期细胞设为空白组.检测各组增殖、迁移及血管形成能力.双荧光素酶实验验证miR-365a-3p与下游基因的靶向关系.检测各组TGF-β1、Smad4、Smad7蛋白表达.结果 与空白组、NC组比较,mimics组24、48、72 h吸光度值及迁移率降低(P<0.05),每个视野的管状结构数量减少(P<0.05),inhibitor组24、48、72 h吸光度值及迁移率升高(P<0.05),每个视野的管状结构数量增加(P<0.05).双荧光素酶实验表明Smad7是miR-365a-3p的一个靶基因.与空白组、NC组比较,mimics组转化生长因子-β1(TGF-β1)、Smad4蛋白表达升高(P<0.05),Smad7蛋白表达降低(P<0.05),inhibitor组TGF-β1、Smad4蛋白表达降低(P<0.05),Smad7蛋白表达升高(P<0.05).结论 miR-365a-3p可能通过调控下游TGF-β信号通路影响血管内皮细胞功能,从而参与PE发病.
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编辑人员丨1周前
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人巨细胞病毒微小RNA UL112调控血管内皮细胞mRNA的研究
编辑人员丨2024/5/25
目的 探讨人巨细胞病毒RNA UL112 对人血管内皮细胞mRNA表达的影响.方法 构建人巨细胞病毒微小RNA UL112 腺病毒过表达载体并使其感染人原代脐静脉内皮细胞作为转染组,感染无义空白腺病毒载体的脐静脉内皮细胞为对照组.检测人巨细胞病毒微小RNA UL112 对脐静脉内皮细胞mRNA表达谱的影响.结果 与对照组相比,转染组mRNA存在差异表达基因365个,其中表达基因上调303个,下调62个,差异表达基因富集于丝裂原活化蛋白激酶通路.结论 人巨细胞病毒微小RNA UL112影响脐静脉内皮细胞mRNA的表达.
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编辑人员丨2024/5/25
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基于TCGA探讨急性髓系白血病患者miR-363表达与其临床特征及靶基因的关系
编辑人员丨2023/11/25
目的 探讨急性髓系白血病(AML)患者miR-363表达与其临床特征及靶基因的关系.方法 下载TCGA数据库中AML患者的miRNA、RNA表达谱及临床数据,按照miR-363表达水平由高到低排序,将前50%设为高表达组(n=81),后50%设为低表达组(n=81),比较两组患者生存曲线及年龄差异;利用Omisc软件,采用Pearson相关性分析筛选与miR-363表达相关的靶基因.将2021年12月至2022年12月在我院诊治的52例AML患者纳入研究,采用RT-qPCR技术检测患者骨髓miR-363表达水平,按照表达水平由高到低排序,将前50%设为高表达组(n=26),后50%设为低表达组(n=26),比较两组患者初诊白细胞计数、血小板计数、血红蛋白及血浆靶基因水平、年龄、性别及预后分层的差异.结果 TCGA数据库分析显示,miR-363低表达组患者中位生存时间高于miR-363高表达组(822d vs 365d,P<0.05);miR-363高表达组高龄患者比例明显高于低表达组(54.32%vs 45.68%,P<0.05);共筛选出5404个miR-363相关基因,KIAA1377相关性最高(r=0.62,P<0.05).miR-363高表达组高龄患者比例、预后不良患者比例、初诊白细胞计数≥50×109/L比例、血浆KIAA1377水平明显高于低表达组(均P<0.05);血小板计数、血红蛋白水平明显低于低表达组(均P<0.05).结论 miR-363高表达与AML患者生存率降低、高龄、预后不良、初诊白细胞计数升高、血小板计数及血红蛋白水平降低有关,且KIAA1377可能是miR-363的靶基因之一.miR-363可能是AML基因治疗和预后评估的新靶点.
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编辑人员丨2023/11/25
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粪类圆线虫感染性Ⅲ期幼虫和寄生性雌虫miRNA的鉴定
编辑人员丨2023/10/28
目的 鉴定粪类圆线虫感染性Ⅲ期幼虫(iL3)和寄生性雌虫(pF)的微小RNA(miRNA),分析差异表达miRNA及其靶基因的功能.方法 从粪类圆线虫感染犬粪便中收集iL3.取4 000~5 000条iL3于颈后皮下注射感染健康犬,感染后21 d,从肠道中采集pF.提取iL3和pF的总RNA并测序.测序数据与粪类圆线虫基因组和鼠类圆线虫miRNA比对筛选保守的miRNA,用miRDeep2通过颈环结构分析、成熟序列比对筛选miRNA.分析iL3和pF的miRNA表达谱,筛选差异表达miRNA,预测差异表达miRNA的靶基因,对log2(差异倍数)>1和每百万转录本上的读数(TPM)>1 000的未注释miRNA的靶基因功能进行分析.用ClusterProfiler对差异表达miRNA靶基因进行GO富集分析.选取11个未注释或保守的差异表达miRNA进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证,以粪类圆线虫甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GenBank登录号:BI773092.1)为参照基因,计算差异表达miRNA的相对转录水平.结果 共鉴定出265个miRNA,包括130个保守的miRNA和135个未注释的miRNA.其中,134个miRNA在iL3和pF之间差异表达(包含77个保守的miRNA和57个未注释的miRNA),251个为iL3和pF所共有,10个为iL3特有,4个为pF特有.差异表达miRNA靶基因预测结果显示,57个未注释的miRNA中,有12个差异倍数>2且TPM>1 000,有248个靶基因与秀丽隐杆线虫同源,其中35.08%(87/248)的靶基因与发育相关,其余与应激、运动和蜕皮等相关.大部分在pF高表达未注释的miRNA靶向SSTP_0000114700.差异表达miRNA靶基因的GO分析结果显示,共5 595个靶基因被富集,其中富集靶基因数居前5位的分别为膜组成成分(1821个)、核酸结合(561个)、细胞核(450个)、蛋白质水解作用(365个)和信号传导(284个).qRT-PCR验证结果显示,sst-miR-86-5p、sst-84-5p、sst-novel-104、sst-miR-92-3p、sst-miR-34a-3p、sst-miR-81a-5p、sst-miR-1-3p、sst-novel-108、sst-miR-124-5p、sst-miR-50-3p、sst-novel-51 的 log2(差异倍数)分别为-2.13、6.39、4.46、-3.69、-3.69、2.34、-2.48、-2.41、-2.30、2.25、-3.32,转录组分析获得的 log2(差异倍数)分别为-3.05、4.98、4.07、-4.9、-3.66、0.98、-3.79、-2.61、-0.99、0.63、-1.55.qRT-PCR与转录组分析获得的上调、下调趋势结果一致.结论 获得粪类圆线虫感染性Ⅲ期幼虫和寄生性雌虫的miRNA表达谱和差异表达miRNA,差异表达miRNA与粪类圆线虫的生长发育和繁殖功能相关.
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编辑人员丨2023/10/28
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微小RNA-365和靶向E74样受体4在宫颈癌细胞的增殖及其临床意义
编辑人员丨2023/8/6
目的 探讨微小RNA-365 (miR-365)和E74样受体4(ELF4)在宫颈癌中的表达、作用和临床意义.方法 采用实时定量PCR方法检测miR-365在正常宫颈组织(n=34)、宫颈上皮内瘤变Ⅰ级(CIN Ⅰ)(n=31)、宫颈上皮内瘤变Ⅱ~Ⅲ级(CINⅡ~Ⅲ)(n=37)和宫颈鳞癌组织(SCC)(n=33)以及3种宫颈癌细胞系(C33A细胞、HeLa细胞、SiHa细胞)中的表达;生物信息学预测和荧光素酶报告基因检测验证miR-365对ELF4的靶向调控;Western blot方法检测ELF4在宫颈癌细胞中的表达;采用免疫组织化学方法检测不同病理宫颈组织中ELF4表达变化;CCK8实验检测不同时间点下过表达或抑制miR-365的表达对3种宫颈癌细胞株增殖的影响;分析miR-365和ELF4表达的相关性及其与SCC临床病理参数的关系.结果 实时荧光定量PCR结果表明,与正常宫颈组织相比,在CINⅠ、CINⅡ~Ⅲ、SCC组织中miR-365的表达随着病理程度的加深逐渐下调;并且与正常宫颈上皮细胞(HcerEpic)比较,miR-365在不同宫颈癌细胞系中表达均有不同程度的下调;报告基因分析结果证实ELF4是miR-365的直接靶点;Western blot实验结果显示,与正常宫颈上皮细胞比较,3种宫颈癌细胞系中ELF4的表达均升高(P =0.013,P=0.000,P=0.004);免疫组织化学实验证实ELF4在CIN和宫颈癌组织中的表达均上调.CCK8检测结果证实,在宫颈癌细胞中过表达或抑制miR-365表达显著抑制或促进细胞的增殖活性(P<0.05).另外,在CINⅡ~Ⅲ和SCC组中,miR-365和ELF4的表达水平呈负相关性(CINⅡ~Ⅲ:r=-0.351,P=0.045;SCC:r=-0.349,P=0.035);临床资料分析显示miR-365和ELF4 mRNA的表达均与肿瘤大小、病理分级及临床分期相关(P均<0.05).结论 miR-365在人宫颈癌细胞中表达下调,解除对下游靶分子ELF4的抑制作用,从而促进宫颈癌细胞的增殖和肿瘤的形成.
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编辑人员丨2023/8/6
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肺结核患者外周血CD+8 T细胞中IFN-γ 和miR-365a表达关系及意义
编辑人员丨2023/8/6
目的 探究肺结核患者外周血CD+8 T细胞中 γ 干扰素(IFN-γ)和微小RNA(miR)-365a表达水平、相关性及临床意义.方法 选取2017年3月 ~2017年6月青海省人民医院收治的肺结核患者53例为肺结核组,以同期进行体检的健康志愿者47例为对照组,磁珠法分离外周血中分离CD+8 T细胞,应用流式细胞术检测外周血CD+8 T细胞中IFN-γ 表达水平,应用荧光定量PCR检测CD+8 T细胞中miR-365a表达水平,分析IFN-γ、miR-365a表达水平与临床参数的关系及两者表达的相关性.结果 肺结核组外周血CD+8 T细胞中IFN-γ 及miR-365a表达水平显著高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05).抗结核治疗时间<3个月、3~6个月、>6个月的CD+8 T细胞中IFN-γ、miR-365a表达水平比较,差异有统计学意义(P<0.05),且随抗结核治疗时间的延长而降低(P<0.05);治疗前痰抗酸染色涂片阳性的患者其CD+8 T细胞中IFN-γ、miR-365a表达水平显著高于痰抗酸染色涂片阴性的患者(P<0.05).肺结核患者CD+8 T细胞中IFN-γ 与miR-365a表达水平呈显著正相关性(r=0.786,P=0.000).结论 肺结核患者外周血CD+8 T细胞中INF-γ、miR-365a表达明显升高,两者呈显著正相关,有望成为动态监测肺结核病情变化的参考指标.
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编辑人员丨2023/8/6
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低氧诱导因子2α 可能作为治疗骨关节炎的一个新靶点
编辑人员丨2023/8/6
低氧诱导因子2α是人体内重要的调控因子,主要存在于内皮细胞中.国内外的研究已经表明其在铁代谢、低氧适应、低氧性肺动脉高压形成、胎肺成熟、红细胞生成、肝脏生长等生理方面起重要作用.检索近10年国内外研究低氧诱导因子2α与骨关节炎进展关系的文献,发现其与骨关节炎的发生发展密切相关,主要通过直接或间接调控各种分解代谢因子,从而导致关节软骨的破坏和软骨基质的降解,因此,在关节软骨细胞的代谢中发挥重要的作用.随着医学研究的不断深入,低氧诱导因子2α在骨关节炎中的调控机制逐渐明了.本文就近年来与低氧诱导因子2α有关的上游或下游因子在骨关节炎中的调控作用作一综述,而这些因子已经被研究证明在骨关节炎中起到促进或抑制作用.例如基质金属蛋白酶-13、血管内皮细胞生长因子、烟酰胺磷酸核糖转移酶、骨桥蛋白、微小RNA-365和脂肪酸合酶等.从而进一步揭示低氧诱导因子2α作为核心调控因子在在骨关节炎的发生发展中的作用,为进一步理解骨关节炎的发病机制以及骨关节炎治疗提供一个新的途径.
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编辑人员丨2023/8/6
