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子宫颈癌组织中环状RNA的表达谱及功能分析
编辑人员丨1周前
目的:探究子宫颈癌组织中环状RNA(circRNA)的表达谱,并对差异表达的circRNA进行功能分析。方法:收集2021年2月至8月在郑州大学第二附属医院经病理检查确诊的15例子宫颈癌患者的癌组织及其癌旁组织标本。(1)采用circRNA高通量测序技术分析其中5例子宫颈癌患者的癌组织及其癌旁组织中circRNA的表达谱差异;对显著差异表达circRNA的亲本基因作基因本体(GO)功能注释及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。(2)将本研究中circRNA高通量测序并筛选出的差异表达circRNA与从美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因表达综合(GEO)数据库下载的基因表达谱GSE102686数据集中筛选出的差异表达circRNA取交集,选择差异倍数最高的3个显著下调和3个显著上调共6个circRNA,即hsa_circ_0079480、hsa_circ_0005480、hsa_circ_0003162和hsa_circ_0084927、hsa_circ_0002151、hsa_circ_0001849,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术验证15例子宫颈癌患者的癌组织及其癌旁组织中6个差异表达circRNA的表达。(3)选择6个差异表达circRNA中经过qRT-PCR技术验证的在子宫颈癌组织及其癌旁组织中表达水平有显著差异( P<0.05)的circRNA进行下一步的功能研究(共有3个差异表达circRNA,即hsa_circ_0005480、hsa_circ_0003162和hsa_circ_0084927),构建小分子干扰RNA(siRNA),转染子宫颈癌细胞系SiHa和HeLa细胞以敲低其表达,实验分为4组,即hsa_circ_0005480敲低组、hsa_circ_0003162敲低组、hsa_circ_0084927敲低组和阴性对照(NC)组,采用活细胞计数(CCK-8)法检测4组SiHa和HeLa细胞的增殖能力。(4)通过Starbase、CircInteractome等数据库预测能够与hsa_circ_0005480、hsa_circ_0003162和hsa_circ_0084927结合的微小RNA(miRNA),构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络,即circRNA-miRNA网络。 结果:(1)高通量测序结果显示,5例子宫颈癌患者的癌组织及其癌旁组织中共检测到26 280个circRNA,有1 421个差异表达的circRNA,其中表达上调774个,表达下调647个。GO功能注释及KEGG信号通路富集分析显示,差异表达circRNA主要富集于血管内皮生长因子(VEGF)、恶性肿瘤中的miRNA、铂类药物耐药性等信号通路。(2)qRT-PCR技术检测显示,hsa_circ_0005480(分别为0.54±0.31、1.03±0.27; t=4.647, P<0.001)和hsa_circ_0003162(分别为0.48±0.45、1.24±0.81; t=3.172, P=0.004)在子宫颈癌组织中的表达水平显著低于其癌旁组织,而hsa_circ_0084927在子宫颈癌组织中的表达水平显著高于其癌旁组织(分别为2.34±0.90、1.11±0.54; t=-4.507, P<0.001)。(3)与NC组细胞(包括SiHa和HeLa细胞)相比,hsa_circ_0005480敲低组细胞的增殖能力显著增强,而hsa_circ_0003162敲低组和hsa_circ_0084927敲低组细胞的增殖能力显著减弱( P均<0.01)。(4)ceRNA网络的构建结果:hsa_circ_0005480可与hsa-miR-224-3p、hsa-miR-522-3p等8个miRNA相互作用;hsa_circ_0003162可与hsa-miR-485-3p、hsa-miR-1243和hsa-miR-1279相互作用;hsa_circ_0084927可与hsa-miR-874-3p、hsa-miR-367-5p等9个miRNA相互作用。 结论:本研究初步阐明了子宫颈癌组织中circRNA的表达谱,对差异表达的circRNA进行验证和功能研究,并构建ceRNA网络,为研究子宫颈癌的发生、发展及治疗靶点提供依据。
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编辑人员丨1周前
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子痫前期孕妇血清miR-411-5p和miR-485-5p水平检测联合超声血流指标对围生儿结局的预测价值研究
编辑人员丨2024/6/22
目的 分析子痫前期(preeclampsia,PE)孕妇血清微小核糖核酸-411-5p(miR-411-5p)和微小核糖核酸-485-5p(miR-485-5p)水平检测联合超声血流指标对围生儿结局的预测价值研究.方法 选择2020年1月~2021年12月在北京核工业医院产科建卡并行剖宫产术的88例PE孕妇为研究对象(PE组),另选取同期因其它各种原因剖宫产分娩的正常孕妇90例作为对照组,比较两组间超声血流指标搏动指数(pulsitility index,PI)、阻力指数(resistance index,RI)差异,实时荧光定量 PCR(real time fluorescent quantitative PCR,qRT-PCR)法检测两组间血清 miR-411-5p 和 miR-485-5p水平并比较,根据PE患者围生儿结局的不同分为结局良好组与结局不良组,比较组间PI,RI,miR-411-5p和miR-485-5p 的差异,采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线法分析 PI,RI,miR-411-5p,miR-485-5p以及联合检测对PE患者围生儿不良结局的预测作用.结果 PE组孕妇RI(0.79±0.08),PI值(1.82±0.08)高于对照组(0.66±0.06,1.38±0.15),血清 miR-411-5p(0.32±0.09),miR-485-5p(0.26±0.03)水平低于对照组(1.01±0.08,1.02±0.09),差异具有统计学意义(t=12.283,24.339,54.091,75.231,均 P<0.001);结局不良组 PE 患者 RI(0.83±0.08),PI(1.86±0.09)值高于结局良好组(0.70±0.07,1.71±0.07),血清 miR-411-5p(0.27±0.02),miR-485-5p(0.24±0.02)水平低于结局良好组(0.45±0.04,0.31±0.04),差异具有统计学意义(t=11.545,12.428,37.840,14.716,均P<0.001).超声血流指标RI,PI预测PE患者围生儿不良结局的曲线下面积为0.838(敏感度为90.8%,特异度为65.2%)、0.758(敏感度为50.8%,特异度为91.3%);血清miR-411-5p,miR-485-5p预测PE患者围生儿不良结局的曲线下面积为0.830(敏感度为90.8%,特异度为73.9%)、0.769(敏感度为95.4%,特异度为61.9%),四者联合检测预测PE患者围生儿不良结局的曲线下面积为0.976(敏感度为98.5%,特异度为91.3%).结论 PE孕妇血清miR-411-5p和miR-485-5p水平降低,血清miR-411-5p和miR-485-5p水平联合超声血流指标PI,RI对PE孕妇围生期胎儿结局具有预测作用.
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编辑人员丨2024/6/22
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miR-485-5p靶向RAPTOR影响口腔鳞状细胞癌迁移、侵袭和增殖
编辑人员丨2024/6/15
目的:探讨mTOR调节相关蛋白(regulatory-associated protein of mTOR,RAPTOR)对口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)迁移、侵袭和增殖能力的影响.方法:利用TCGA生物信息数据库查询在头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)组织与癌旁组织中差异表达的mRNA.West-ern blot检测RAPTOR在人口腔上皮细胞HOEC和OSCC细胞系中的表达.利用伤口愈合实验、Transwell实验、EdU实验检测各组细胞迁移、侵袭及增殖能力.生物信息学网站预测与RAPTOR靶向结合的微小RNA(mi-croRNA,miR).功能学实验验证miR-485-5p是否可以靶向RAPTOR影响OSCC细胞的迁移、侵袭和增殖.结果:RAPTOR在HNSCC组织中较癌旁组织表达增高.伤口愈合、Transwell和EdU实验结果示,RAPTOR有促进OSCC细胞的迁移、侵袭和增殖能力.miR-485-5p能与RAPTOR靶向结合,且miR-485-5p上调能逆转RAPTOR促进CAL27细胞迁移、侵袭和增殖能力.结论:miR-485-5p通过靶向RAPTOR抑制OSCC细胞迁移、侵袭和增殖能力.
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编辑人员丨2024/6/15
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探索miRNA-155对急性髓系白血病患者预后影响及可能机制
编辑人员丨2023/8/6
目的 探索miRNA-155对急性髓系白血病患者预后影响及可能分子机制.方法 下载TCGA数据库中急性髓系白血病患者的miRNA和RNA表达谱及临床数据,按照miRNA-155表达水平高低排序,将前50%分为高表达组(n=81),剩余为低表达组(n=81),比较两组患者生存时间,将患者各RNA表达水平逐一与miRNA-155表达水平进行Pearson相关性检测,根据相关系数分别选取与miRNA-155正相关和负相关的前50个基因,使用STRING工具完成KEGG通路和GO富集分析,并构建蛋白相互作用网络.结果 miRNA-155低表达组中位生存时间高于miRNA-155高表达组,差异有统计学意义(609 d vs 485 d,P<0.05).在检测的19448个基因中,21号染色体开放阅读框71(C21orf71)与miRNA-155正相关系数最高(r=0.634,P<0.05);溶质载体家族13成员5(SLC13A5)与miRNA-155负相关系数最高(r=-0.50,P<0.05).GO富集分析和KEGG通路富集分析可见,相关基因主要涉及的生物学过程包括DNA复制启动与DNA链延伸;主要涉及的分子功能为解旋酶活性和作用于DNA的催化活性;主要涉及的细胞组分为微染色体维持复合体和三级颗粒;主要涉及的信号通路为DNA复制和细胞周期调控.微小染色体维持蛋白(MCM)基因家族是处于蛋白相互作用网络的核心.结论 miRNA-155过表达与远期生存率降低有关,这可能与其调控细胞DNA复制有关.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR-485-5p靶向作用于SOX5抑制肝癌细胞Hep3B的活力及侵袭和迁移能力
编辑人员丨2023/8/6
目的:研究微小RNA-485-5p(miR-485-5p)对肝癌细胞的活力及迁移和侵袭能力的影响及其潜在机制.方法:以正常肝细胞THLE-3为对照,采用RT-qPCR检测肝癌细胞中性别决定区Y框蛋白5( SOX5) mRNA和miR-485-5p的表达,Western blot检测SOX5、增殖细胞核抗原(PCNA)、Ki67、细胞周期蛋白D1(cyclin D1)及基质金属蛋白酶2(MMP-2)的表达水平,MTT法检测Hep3B细胞的活力,Transwell实验检测细胞的迁移和侵袭能力,双萤光素酶报告基因系统验证细胞中miR-485-5p与SOX5的调控关系.结果:与对照组相比,在肝癌细胞Hep3B、Huh7和HCCLM3中miR-485-5p的表达水平显著降低( P<0.05),SOX5 的 mRNA 和蛋白表达水平均显著升高(P<0.05);过表达miR-485-5p可抑制 Hep3B细胞的活力及迁移和侵袭能力( P <0.05);miR-485-5p 靶向调控SOX5的表达,敲减SOX5的表达也可抑制Hep3B细胞的活力及迁移和侵袭能力;过表达SOX5可部分逆转过表达miR-485-5p对Hep3B细胞活力及迁移和侵袭能力的抑制作用( P<0.05).结论: miR-485-5p通过靶向调控SOX5基因抑制Hep3B细胞的活力及迁移和侵袭能力,有望成为肝癌诊断和治疗的潜在分子靶点.
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编辑人员丨2023/8/6
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miR-485-5p通过靶基因FLOT2调控甲状腺癌细胞增殖、凋亡的分子机制
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨微小RNA-485-5p(miR-485-5p)靶向脂筏标记蛋白(FLOT)2对甲状腺癌细胞增殖、凋亡的影响及其作用机制.方法 采用qRT-PCR与Western印迹分别检测不同甲状腺癌细胞及正常甲状腺上皮细胞中miR-485-5p与FLOT2 mRNA及蛋白表达.四甲基偶氮唑蓝(MTT)法检测甲状腺癌SW579细胞转染miR-485-5p mimic、miR-NC、si-FLOT2、si-NC后的细胞增殖活性,并采用流式细胞术检测细胞凋亡率.采用双荧光素酶活性检测鉴定miR-485-5p与FLOT2的靶向关系.Western印迹检测SW579细胞中细胞周期蛋白(Cyclin)D1、p21、p27、B淋巴细胞瘤(Bcl)-2、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶(cleaved-caspase)-3蛋白表达.结果 与TEC细胞相比,甲状腺癌细胞SW579、FTC-133、KAT-18中miR-485-5p的相对表达量显著降低(P<0.05),而FLOT2 mRNA及蛋白表达显著升高(P<0.05);miR-485-5p过表达或抑制FLOT2表达后SW579细胞OD值、CyclinD1及Bcl-2蛋白表达均显著降低(P<0.05),细胞凋亡率、p21、p27及Bax、cleaved-caspase-3蛋白表达均显著升高(P<0.05);双荧光素酶活性检测鉴定FLOT2是miR-485-5p的靶基因,miR-485-5p可负向调控FLOT2表达;FLOT2过表达可逆转miR-485-5p过表达对甲状腺癌SW579细胞增殖及凋亡的作用.结论 miR-485-5p通过负向调控靶基因FLOT2抑制甲状腺癌细胞增殖并诱导细胞凋亡.
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编辑人员丨2023/8/5
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miR-485-5p通过下调FOSL2表达影响鼻咽癌细胞增殖和凋亡
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨微小RNA-485-5p(miR-485-5p)对鼻咽癌细胞增殖和凋亡的影响及作用机制.方法 选取2016年5月~2018年4月本院行手术治疗的36例鼻咽癌患者癌组织为研究对象,对应癌旁组织距离肿瘤边缘>3cm作为对照组.RT-qPCR检测鼻咽癌组织和对应的癌旁组织中miR-485-5p和FOS样抗原2(FOSL2) mRNA水平,Pearson相关性分析鼻咽癌组织中miR-485-5p和FOSL2 mRNA表达相关性.以人永生化鼻咽上皮细胞系NP69为对照,RT-qPCR检测鼻咽癌细胞系6-10B和5-8F中miR-485-5p和FOSL2 mRNA表达水平,Western Blot检测FOSL2蛋白水平.将5-8F细胞分为miR-NC组、miR-485-5p组、si-NC组、si-FOSL2组、miR-485-5p+ pcDNA3.0组和miR-485-5p+ pcDNA3.0-FOSL2组,MTT实验、流式细胞术、Western Blot分别检测各组5-8F细胞增殖、凋亡及Cyclin D1、p21、Bcl-2和Bax表达.双荧光素酶报告基因实验验证miR-485-5p与FOSL2调控关系.结果 与癌旁组织比较,鼻咽癌组织中miR-485-5p水平降低(P<0.05),FOSL2 mRNA表达水平升高(P<0.05),且鼻咽癌组织中miR-485-5p与FOSL2mRNA表达水平呈负相关(P<0.05).与NP69细胞比,鼻咽癌细胞系6-10B和5-8F中miR-485-5p表达水平显著降低(P<0.05),FOSL2 mRNA和蛋白表达水平显著升高(P<0.05).与miR-NC组比较,miR-485-5p组5-8F细胞存活率、CyclinD1和Bcl-2蛋白水平降低(P<0.05),细胞凋亡率、p21和Bax蛋白水平升高(P<0.05).与si-NC组比较,si-FOSL2组5-8F细胞存活率及CyclinD1和Bcl-2蛋白水平降低(P<0.05),细胞凋亡率、p21和Bax蛋白水平升高(P<0.05).miR-485-5p在5-8F细胞中负调控FOSL2表达.与miR-485-5p+pcDNA3.0组比较,miR-485-5p+pcDNA3.0-FOSL2组5-8F细胞存活率及CyclinD1和Bcl-2蛋白水平升高(P<0.05),细胞凋亡率、p21和Bax蛋白水平降低(P<0.05).结论 miR-485-5p在鼻咽癌组织和细胞中表达降低,FOSL2表达升高;过表达miR-485-5p通过靶向负调控FOSL2抑制鼻咽癌细胞增殖,并促进其凋亡.
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编辑人员丨2023/8/5
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微小RNA在高血压相关性脑出血患者中表达的初步分析
编辑人员丨2023/8/5
目的 探讨微小RNA对高血压相关性脑出血(HRICH)患者脑血管组织的影响.方法 回顾性连续纳入2018年9月至2019年12月四川绵阳四〇四医院神经外科自发性高血压脑出血住院患者9例为观察组,回顾性连续纳入同期四川绵阳四〇四医院神经外科因颅脑外伤需行颅内减压术且伴高血压病史的住院患者9例为对照组.术中取两组患者术区皮质造瘘口的少量脑血管标本,通过Trizol法提取标本总RNA,筛选差异表达的微小RNA.从微小RNA差异表达谱中随机选择3种微小RNA,用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(PCR)技术验证结果的可靠性.采用TargetScan、miRDB、miRanda三种在线分析工具预测差异表达微小RNA的靶基因,并对靶基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,富集程度越高,相应的P值越小.结果 (1)与对照组标本比较,观察组患者脑血管组织细胞中有35种差异表达的微小RNA,其中15种微小RNA表达下调,即hsa-let-7g-3p、hsa-miR-103a-2-5p、hsa-miR-126-5p、hsa-miR-130a-3p、hsa-miR-210-3p、hsa-miR-214-3p、hsa-miR-28-5p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-378a-3p、hsa-miR-145-5p、hsa-miR-4785、hsa-miR-549a-5p、hsa-miR-574-3p、hsa-miR-590-3p、hsa-miR-660-3pg表达降低(均P<0.05);20种微小RNA表达上调,即hsa-miR-1180-3p、hsa-miR-1224-3p、hsa-miR-128-2-5p、hsa-miR-1298-3p、hsa-miR-137-5p、hsa-miR-139-3p、hsa-miR-139-5p、hsa-miR-2682-5p、hsa-miR-370-3p、hsa-miR-433-3p、hsa-miR-485-5p、hsa-miR-541-3p、hsa-miR-543、hsa-miR-598-5p、hsa-miR-6505-5p、hsa-miR-668-3p、hsa-miR-7-5p、hsa-miR-744-5p、hsa-miR-873-3p、hsa-miR-942-3p表达升高(均P<0.05).(2)对已知的差异表达微小RNA采用TargetScan、miRDB、miRanda三种在线分析工具进行基因预测,结果显示,共同交集预测得到的靶基因有87个交集.(3)随机抽取3种差异表达的微小RNA进行荧光定量逆转录PCR验证,结果显示,与对照组(颅脑外伤伴高血压病史者)比较,观察组(自发性高血压脑出血者)hsa-miR-145-5p、hsa-miR-28-5p表达降低(0.22±0.17比1.00±0.29,t=0.153;0.13±0.03比1.00±0.62,t=0.421),hsa-miR-139-3p表达升高(1.95±0.29比1.00±0.52,t=0.492),组间差异均有统计学意义(均P<0.05).(4)交集靶基因的KEGG富集分析结果显示,主要涉及Ras相关蛋白1信号通路、黏附斑激酶、肿瘤微小RNA、环磷酸鸟苷-环磷酸鸟苷依赖性蛋白激酶信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、人乳头状瘤病毒、肿瘤蛋白聚糖、肿瘤通道蛋白,其中MAPK信号通路的富集程度较高(P<0.01).结论 微小RNA可能在调控HRICH的相关生物学功能中具有重要作用.
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编辑人员丨2023/8/5
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miR-485-5 p介导SOX5基因表达对肝细胞肝癌细胞活力及迁移侵袭的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的 研究微小RNA(miR)-485-5 p靶向性别决定区Y框蛋白5(SOX5)对肝细胞肝癌(HCC)细胞活力和迁移侵袭能力的影响及作用机制.方法 采用Targetscan 7.1预测软件及双荧光素酶报告基因试验检测miR-485-5 p对SOX5基因的靶向调控作用.qRT-PCR检测HCC组织中miR-485-5 p和SOX5 mRNA的表达水平,并分析两者的相关性.常规培养HCC细胞Huh7,将其分为NC、miR-485-5p mimic和miR-485-5 p mimic+oe-SOX5组,采用lip2000进行各组质粒的转染.CCK-8实验检测各组细胞的活力,Transwell实验检测各组细胞的迁移侵袭能力.Western blot检测各组细胞中pAkt和pGSK3β蛋白的表达.结果 Targetscan 7.1预测软件、双荧光素酶报告基因试验表明miR-485-5 p靶向调控SOX5.与HCC癌旁组织相比,miR-485-5 p在HCC组织中低表达,SOX5 mRNA在HCC组织中高表达,两者的表达呈负相关性.与NC组相比,miR-485-5 p mimic组和miR-485-5 p mimic+oe-SOX5组HCC细胞活力和迁移侵袭能力降低.而与miR-485-5 p mimic组相比,miR-485-5 p mimic+oe-SOX5组HCC细胞活力和迁移侵袭能力增加,过表达SOX5减弱了miR-485-5 p mimic对HCC细胞活力和迁移侵袭能力的抑制作用.与NC组相比,miR-485-5 p mimic和miR-485-5 p mimic+oe-SOX5组细胞中pAkt和pGSK3β蛋白表达降低.而与miR-485-5 p mimic组相比,miR-485-5 p mimic+oe-SOX5组pAkt和pGSK3β蛋白表达增加,过表达SOX5减弱了miR-485-5 p mimic对Akt/GSK3β信号通路活性的抑制作用.结论 miR-485-5 p靶向调控SOX5表达抑制HCC细胞活力及迁移侵袭能力.
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编辑人员丨2023/8/5
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长链非编码RNA LINC01001在乳腺癌中的表达及其对MCF-7细胞增殖的影响
编辑人员丨2023/8/5
目的:探讨长链非编码RNA LINC01001在乳腺癌组织中的表达及其对乳腺癌MCF-7细胞增殖能力的影响.方法:筛选2016年3月至2017年6月于湖北医药学院附属人民医院甲状腺乳腺外科行手术切除的乳腺癌患者癌及癌旁组织12例,qRT-PCR检测乳腺癌组织及癌旁组织LINC01001的相对表达量;通过重组质粒在人乳腺癌MCF-7细胞中过表达LINC01001,采用流式细胞术和MTT法检测过表达LINC01001后MCF-7细胞周期分布和增殖能力变化.qRT-PCR检测miR-485-5p和CDKN1AmRNA的表达变化,Western blotting检测CDKN1A、CDK4、CDK6和Cyclin D1蛋白表达变化.结果:LINC01001在乳腺癌组织中表达水平低于对应的癌旁组织(P<0.01).LINC01001重组质粒转染MCF-7细胞后可显著抑制细胞周期进展(P<0.05),抑制细胞的增殖能力(P<0.05).过表达LINC01001后,MCF-7细胞的miR-485-5p的表达水平降低(P<0.01),CDKN1A mRNA表达水平升高(P<0.01);可促进CDKN1A蛋白的表达和抑制CDK4、CDK6和CyclinD1蛋白的表达.结论:LINC01 001在乳腺癌组织中表达降低,其可能通过下调miR-485-5p的表达上调CDKN1A的表达来抑制乳腺癌MCF-7细胞的增殖能力,为lncRNA的临床应用提供实验基础.
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编辑人员丨2023/8/5
