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ZNA探针在沙眼衣原体核酸定量检测中的研究
编辑人员丨1周前
目的:探讨ZNA (ZIP Nucleic Acid)探针的PCR性能及其在沙眼衣原体(CT)核酸定量检测中的研究。方法:使用CT阳性质粒,比较偶联不同ZIP数量的ZNA探针的PCR扩增曲线差异;比较ZNA探针与29mer普通Taqman探针(DNA长探针)、20mer普通Taqman探针(DNA短探针)、MGB探针在PCR扩增曲线、反复冻融稳定性及低浓度质粒检出率的差异;使用CT阳性临床样本,比较ZNA探针与DNA长探针、DNA短探针、MGB探针扩增曲线差异及低浓度样本检出率的差异。结果:(1)偶联5个ZIP单位的ZNA探针Ct值和荧光值最优,与偶联1个ZIP的探针相比:Ct值提升1.34 (灵敏度提升2.37倍),荧光值提升30%。(2)偶联5个ZIP的ZNA探针的扩增效率是优选的普通Taqman探针和MGB探针的2.14~2.64倍,荧光值高17%~90%。(3)四组探针冻融稳定性结果显示,ZNA探针的稳定性最佳,低浓度(1×10 4拷贝/mL)的Ct值偏离最小(CV%= 1.4),优于DNA长探针、DNA短探针、MGB探针(CV%= 1.7~3.7)。(4)用35例CT临床样本比较四组探针(DNA长探针、DNA短探针、MGB探针、ZNA探针)的PCR扩增性能,相对于其他三组探针,ZNA探针的扩增灵敏度分别提升1.60倍、0.99倍和1.06倍,且Ct值一致性分析结果显示,ZNA探针对临床样本的检出性能提升更优。(5)使用低浓度质粒模板(分别为200、100、50和10拷贝/mL)比较四组探针的扩增灵敏度,ZNA探针的检出率均优于DNA长探针、DNA短探针、MGB探针;在最低浓度10拷贝/mL时,其他三组探针的检出率只有15%~20%,ZNA探针仍有30%。(6)在20例不同低浓度(分别为200、150、100和50拷贝/mL)临床样本中ZNA探针检出率最高,分别为100%、95%、90%和70%。 结论:偶联5个ZIP的ZNA探针的扩增效率、荧光值、冻融稳定性、临床样本的扩增性能及低浓度样本检出灵敏度都优于普通Taqman探针和MGB探针,ZNA探针可作为一种设计灵活和合成易得的新探针技术,在基因表达领域可进一步提升检测的灵敏度及低浓度样本的检出率。
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编辑人员丨1周前
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肺腺癌关键基因及潜在药物的生物信息学分析
编辑人员丨1周前
目的:基于生物信息学筛选肺腺癌预后基因,探讨预后基因与免疫治疗反应性的关系,同时筛选其潜在药物。方法:在基因表达谱(GEO)数据库用GEO2R对GSE30219、GSE31210、GSE32863、GSE33532、GSE40791和GSE75037数据集进行差异表达分析,取 P<0.05且Log2(fold change)≥1的基因,用在线网站取交集得共同上调基因。在GSE31210、GSE42127、GSE68465、GSE72094数据集和癌症基因图谱计划(TCGA)数据库中获取生存资料,用R软件对上调基因行单因素COX回归分析,得到7个预后关键基因。通过基因表达谱交互分析(GEPIA2)网站验证基因表达与预后的关系。使用人类蛋白图集(HPA)在线工具验证关键基因的蛋白表达水平。京东基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)进行基因功能富集分析。使用仙桃学术分析关键基因与免疫治疗反应的相关性。最后通过CellMiner数据库筛选关键基因的敏感性药物。两组间的比较通过Student’s t检验评估。 结果:共获得142个共同上调基因,经单因素COX回归分析和GEPIA2网站验证得到7个预后关键基因,即细胞周期蛋白B2(CCNB2)、细胞分裂周期蛋白20(CDC20)、瓣状核酸内切酶1(FEN1)、鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF)上皮细胞转化序列2(ECT2)、微小染色体维持蛋白4(MCM4)、母胚亮氨酸拉链激酶(MELK)和溶质载体家族2成员1(SLC2A1)。通过GO和KEGG功能富集分析,关键基因生物学功能主要富集在作用于DNA的催化活性方面,以及在细胞周期、人类T细胞白血病病毒1感染等信号通路上。此外,免疫相关性分析显示7个关键基因与肿瘤突变负荷(TMB)、表面抗原分化簇274(CD274)表达以及肿瘤免疫功能障碍和排斥评分(TIDE)明显相关。最后,7个关键基因得到37个对应的敏感性药物。结论:CCNB2、CDC20、FEN1、ECT2、MCM4、MELK和SLC2A1可以作为肺腺癌预后不良标志物,且可能与免疫治疗低反应性相关,同时得到37个对应的敏感性药物。
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编辑人员丨1周前
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miR-135b和LZTS1 mRNA HE4 mRNA在卵巢癌中的表达及临床意义
编辑人员丨2023/8/5
目的:观察微小RNA-135b(miR-135b)、亮氨酸拉链肿瘤抑制基因1(LZTS1)信使核糖核酸(mRNA)、人附睾蛋白4(HE4)mRNA在卵巢癌中的表达水平及临床意义.方法:选取2018年1月至2020年11月本院接收的56例卵巢癌患者,收集手术切除的卵巢癌组织及其对应的癌旁组织.实时荧光定量PCR法检测两组卵巢组织中miR-135b、LZTS1 mRNA、HE4 mRNA的表达水平;分析卵巢癌组织中miR-135b、LZTS1 mRNA、HE4 mRNA表达水平与卵巢癌临床病理特征的关系及miR-135b、LZTS1 mRNA及HE4 mRNA表达水平对卵巢癌的诊断价值.结果:卵巢癌组miR-135b、HE4 mRNA表达水平均明显高于癌旁组(P均<0.05),LZTS1 mRNA表达水平明显低于癌旁组(P<0.05);卵巢癌组织中miR-135b、LZTS1 mRNA、HE4 mRNA表达水平与卵巢癌患者肿瘤分化程度、TNM分期及淋巴结转移相关(P均<0.05);miR-135b、LZTS1 mRNA、HE4 mRNA对卵巢癌诊断的曲线下面积(AUC)分别为0.781、0.755、0.773,对应截断值分别为1.25、0.87、1.20,此时对应灵敏度分别为74.5%、76.4%、72.7%,特异度分别为77.2%、72.9%、77.2%;三者联合诊断卵巢癌的AUC为0.943,其灵敏度、特异度分别为90.9%、84.2%.结论:卵巢癌患者卵巢癌组织中miR-135b、HE4 mRNA呈高表达,LZTS1 mRNA呈低表达,miR-135b、LZTS1 mRNA、HE4 mRNA对卵巢癌有一定诊断价值,三者联合可有效提高对卵巢癌的诊断效能.
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编辑人员丨2023/8/5
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miR-760靶基因BATF3在非小细胞肺癌组织中的表达及其对肿瘤细胞恶性生物学行为的影响
编辑人员丨2023/8/5
为探究miR-760靶基因碱性亮氨酸拉链转录因子ATF样蛋白3(basic leucine zipper ATF-like transcription factor 3,BATF3)在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)组织中的表达及其对肿瘤细胞增殖与转移的影响,收集2016年6月至2018年6月于兰州大学第一医院手术治疗的36例NSCLC患者肿瘤组织与癌旁正常组织,qRT-PCR检测组织中miR-760和BATF3的mRNA表达情况.培养NSCLC细胞系A549、H1299和H23及正常人肺上皮细胞BEAS-2B,qRT-PCR和Western blotting检测细胞中miR-760和BATF3的表达情况;MTT法检测miR-760和BATF3对肿瘤细胞增殖能力的影响;Transwell法检测miR-760和BATF3对肿瘤细胞迁移能力的影响;双荧光素酶报告基因实验验证BATF3与miR-760在NSCLC中的靶向作用关系.结果 表明,miR-760在NSCLC组织中的表达与癌旁正常组织相比显著下调(P<0.01),同时miR-760在NSCLC细胞系中的表达量显著下调,其中在A549细胞中表达最低(均P<0.01);BATF3 mRNA在NSCLC组织中的表达量与邻近正常组织相比显著上调(P<0.01),同时BATF3在NSCLC细胞系中的表达也显著上调,其中在A549细胞中表达最高(均P<0.01).此外,miR-760过表达抑制NSCLC细胞的增殖和迁移;BATF3是NSCLC肿瘤细胞中miR-760的直接靶点;miR-760表达升高显著抑制NSCLC细胞中BATF3的表达(均P<0.01).由此,miR-760的表达抑制NSCLC组织中BATF3的表达,miR-760通过调控BATF3的表达抑制NSCLC细胞的增殖和迁移.综上,miR-760可能通过调控BATF3的表达在NSCLC中部分发挥抑癌基因的作用.
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编辑人员丨2023/8/5
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胃癌组织lncRNA MAFG-AS1、miR-143-3p表达变化及其临床意义
编辑人员丨2023/8/5
目的 观察胃癌组织长链非编码RNA(lncRNA)碱性亮氨酸拉链家族转录因子V-Maf鸟类肌筋膜纤维肉瘤癌基因同源物G-反义核糖核酸1(MAFG-AS1)、微小RNA-143-3p(miR-143-3p)表达变化,并探讨二者表达与患者临床病理特征和预后的关系.方法 选择胃癌患者105例,取手术切除的胃癌组织及其配对的癌旁正常组织,采用RT-qPCR技术检测lncRNA MAFG-AS1、miR-143-3p表达.收集胃癌患者临床病理资料和术后随访资料,分析胃癌组织lncRNA MAFG-AS1、miR-143-3p表达与患者临床病理特征和预后的关系.结果 胃癌组织lncRNA MAFG-AS1相对表达量高于癌旁正常组织,miR-143-3p相对表达量低于癌旁正常组织(P均<0.05).胃癌组织lncRNA MAFG-AS1、miR-143-3p表达与肿瘤组织分化程度、浸润深度、pTNM分期、淋巴结转移有关(P均<0.05),而与性别、年龄、肿瘤直径无关(P均>0.05).胃癌组织lncRNA MAFG-AS1表达与miR-143-3p表达呈负相关关系(r=-0.699,P<0.05).以lncRNA MAFG-AS1、miR-143-3p相对表达量的均数为临界值,将患者分为lncRNA MAFG-AS1高表达者55例与lncRNA MAFG-AS1低表达者50例、miR-143-3p高表达者48例与miR-143-3p低表达者57例.lncRNA MAFG-AS1高表达者3年总生存率低于lncRNA MAFG-AS1低表达者,miR-143-3p高表达者3年总生存率高于miR-143-3p低表达者(χ2分别为4.783、5.383,P均<0.05).结论 胃癌组织lncRNA MAFG-AS1表达上调、miR-143-3p表达下调,二者表达变化与胃癌恶性生物学行为和患者预后不良有关.
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编辑人员丨2023/8/5
