目的:分析不同年龄段难治性癫痫(RE)患儿的基因变异特征，为精准诊疗提供一定的数据支撑。方法:选取2018年1月1日至2019年11月21日于浙江大学医学院附属金华医院就诊的117例RE患儿为研究对象，根据发病年龄分为<1岁、1~<3岁、3~<12岁和≥12岁4组。回顾性分析患儿的临床资料、全外显子组测序数据、携带基因变异患儿的父母测序结果等资料。结果:本研究纳入RE患者共117例，其中男性67例，女性50例。发病年龄范围为4日龄~14岁。117例RE患儿中，33例携带致病性或可能致病性变异，检出率为28.21%(33/117)。<1岁组、1~<3岁组和≥3岁组的检出率分别为53.85%(21/39)、12.00%(3/25)和16.98%(9/53)，差异有统计学意义( χ2＝19.202， P<0.001)。有、无共患病患儿的检出率分别为33.33%(12/36)和25.93%(21/81)，差异无统计学意义( χ2＝0.359， P＝0.549)。33例携带基因变异患儿中，27例为单核苷酸多态性变异(SNV)或插入缺失(InDel)变异，6例为拷贝数变异(CNV)。检出率最高的变异基因为 PRRT2(15.15%，5/33)，其次为 SCN1A(12.12%，4/33)。携带基因变异的患儿中，72.73%(8/11)的患儿根据参考文献调整药物后获得临床缓解。 结论:28.21%的RE患儿可检出致病或可能致病CNV变异，发病年龄小的患儿检出率较高， PRRT2和 SCN1A基因受累较多见。根据受累基因的类型调整药物将有助于提高缓解率。

目的:比较食管鳞状细胞癌（ESCC）术后放疗后不同预后患者的基因谱差异，筛选与放疗抵抗相关的遗传变异。方法:选择2015年1月至2019年12月在南通大学附属医院接受根治性手术及术后辅助放疗的32例ESCC患者为研究对象，根据1年内是否出现照射野内复发分为复发组（放疗抵抗组， n=16）和稳定组（放疗敏感组， n=16）。分别提取患者的基因组DNA，利用全外显子组测序（WES）技术进行高通量测序。应用Trimmomatic、BWA、Picard生物信息学分析软件处理数据，通过GATK对比获得比对文件，然后利用Vardict软件从测序数据中筛选出两组的各类遗传变异。采用Kaplan-Meier法估算患者无瘤生存期（DFS）、总生存期（OS）。Cox比例风险回归模型分析影响ESCC患者DFS和OS的独立危险因素。 结果:经样本数据质量控制，本研究最终纳入26例患者进行后续分析，复发组和稳定组各13例。全组非沉默肿瘤突变负荷中位数为0.95个/Mb，突变碱基替换类型均以C>T的转换为主，其次为C>G的颠换；发生频率最高的遗传变异依次是单核苷酸多态性（SNP）（75.1%）、缺失突变（13.7%）、插入突变（10.5%）；复发组中肿瘤特有突变数目较稳定组稍高（中位突变数分别为36、34），且两组突变频率前十的基因谱明显不同。复发组中检测到392个特有突变基因，前5个分别为：MUC19、NPIPA5、EPPK1、FLG和FOXG1。稳定组检测到192个特有突变基因，前5个分别为TCHH、WNK1、AIM1L、COL6A5和DPCR1。复发组中位DFS和中位OS分别为15.0个月（95% CI为10.1个月~未达到）和26.2个月（95% CI为19.8个月~未达到），稳定组患者均未出现复发或转移。单因素分析发现，GRIK2（ χ2=6.81， P=0.009）、MUC4（ χ2=4.25， P=0.039）、MUC5B（ χ2=4.03， P=0.045）、PRRG1（ χ2=5.15， P=0.023）基因突变、3p缺失（ χ2=4.16， P=0.041）和14q缺失（ χ2=7.09， P=0.008）与DFS相关；FLG（ χ2=6.41， P=0.011）、NPIPA5（ χ2=4.57， P=0.033）、PKD1L2（ χ2=6.41， P=0.011）、FOXG1（ χ2=4.57， P=0.033）基因突变、3p缺失（ χ2=3.88， P=0.049）、14q缺失（ χ2=5.66， P=0.017）和18p缺失（ χ2=3.85， P=0.050）与OS相关。多因素分析发现，14q缺失（ HR=3.65，95% CI为1.18~11.32， P=0.025）是影响术后辅助放疗ESCC患者DFS的独立危险因素，FLG（ HR=8.94，95% CI为1.52~52.74， P=0.016）、NPIPA5（ HR=6.36，95% CI为1.23~33.03， P=0.028）基因突变和14q缺失（ HR=3.82，95% CI为1.18~12.31， P=0.025）是影响术后辅助放疗ESCC患者OS的独立危险因素。 结论:WES结果提示，术后辅助放疗ESCC复发组与稳定组的基因突变类型和突变率基本一致，但两组的基因突变谱明显不同。FLG、NPIPA5基因突变和14q缺失可作为预测术后辅助放疗ESCC患者预后的分子标志物。

目的:探讨Investigator ?DIPplex系统中30个插入/缺失(insertion/deletion，InDel)位点在福建畲族群体的遗传多态性及其在福建畲族群体的遗传学应用。 方法:应用Investigator ?DIPplex系统对200名福建地区畲族健康无关个体进行30个InDel位点的等位基因分型，计算等位基因频率、群体遗传学参数，并与国内外其他群体进行比较。 结果:经Bonferroni校正，30个InDel位点在福建畲族群体中均符合Hardy-Weinberg平衡( P>0.05)。各位点杂合度为0.45~0.82，多态信息含量为0.2~0.37，个体识别力为0.385~0.645。30个InDel位点的累积个体识别率为0.999 999 999 996 8，三联体累积非父排除率为0.986 245 8，二联体累积非父排除率为0.954 322 5。福建畲族群体InDel位点的等位基因频率与华东汉族、西藏藏族、维吾尔族、哈萨克族等4个国内群体相比，分别在3个、8个、6个、6个位点上差异具有统计学意义；与波兰、美国、德国、非洲等4个国外群体相比，分别在19个、13个、13个、11个位点上差异具有统计学意义。 结论:Investigator ?DIPplex系统中的30个InDel位点在福建畲族群体分布具有较好的遗传多态性，可独立应用于福建畲族个体识别的遗传学研究。

目的:对1个遗传性凝血因子Ⅻ(FⅫ)缺陷症家系进行实验室表型和基因变异分析，初步探讨其分子发病机制。方法:选取2021年7月17日因"慢性胃炎"就诊于宁波市第二医院的1例遗传性FⅫ缺陷症男性先证者及其家系成员(共3代7人)作为研究对象。检测先证者及其家系成员凝血酶原时间(PT)、活化部分凝血活酶时间(APTT)、凝血因子Ⅷ活性(FⅧ：C)、凝血因子Ⅸ活性(FⅨ：C)、凝血因子Ⅺ活性(FⅪ：C)、FⅫ活性(FⅫ：C)和FⅫ抗原(FⅫ：Ag)等指标以明确诊断。采用DNA直接测序分析 F12基因的所有外显子、侧翼、5′和3′非翻译区及家系成员相应的变异位点区域，用克隆测序进一步证实所发生的变异。用生物信息学软件分析变异对蛋白功能的影响。 结果:先证者为47岁男性，APTT为180.0 s，明显延长，FⅫ：C和FⅫ：Ag均<1.0%，极度降低。先证者父亲、母亲、弟弟、大儿子及小儿子FⅫ：C和FⅫ：Ag均有不同程度降低。基因分析显示先证者 F12基因第10外显子存在c.1092_1093insC(p.Lys365Glnfs*69)杂合插入变异及第14外显子存在c.1792_1796delGTCTA(p.Val579Hisfs*32)杂合缺失变异，c.1092_1093insC为已报道的致病性变异。其母亲和大儿子携带c.1092_1093insC杂合插入变异，父亲、弟弟和小儿子携带c.1792_1796delGTCTA杂合缺失变异。第1外显子启动子区46C/T多态性分析显示先证者、大儿子和小儿子为46T/T型，其余人均为46C/T型。生物信息学软件分析第579位氨基酸残基为高度保守的位点，变异后增加了一个苯环及周围氨基酸的氢键发生了改变。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关遗传变异分类标准和指南，c.1792_1796delGTCTA变异评级为致病性变异(PVS1＋PM2_Supporting＋PM4)。 结论:F12基因母源的c.1092_1093insC(p.Lys365Glnfs*69)杂合插入变异及父源的c.1792_1796delGTCTA(p.Val579Hisfs*32)杂合缺失变异可能是该家系FⅫ水平降低的原因。上述发现丰富了FⅫ缺乏症的基因-表型谱。

目的:比较伴JAK2 exon12与JAK2 V617F突变真性红细胞增多症（PV）患者的临床与实验室特征。方法:对2013年9月至2020年2月在中国医学科学院血液病医院就诊的570例符合WHO（2016）诊断分型标准且伴有JAK2基因突变的初诊PV患者进行回顾性分析，比较伴有JAK2 exon12与JAK2 V617F基因突变患者的临床与实验室特征。结果:①全部570例患者中，543例（95.3%）伴有单纯JAK2 V617F突变（JAK2 V617F组），24例（4.2%）伴有单纯JAK2 exon12突变（JAK2 exon12组），3例（0.5%）伴有JAK2 exon12与JAK2 V617F双突变。②27例伴有JAK2 exon12突变的患者中，JAK2 exon12突变类型包括缺失（10例，37.0%）、缺失伴插入（10例，37.0%）和错义突变（7例，25.9%）。③与JAK2 V617F组比较，JAK2 exon12组患者更年轻[中位年龄50（20~73）岁对59（25~91）岁， P=0.040]，RBC[8.19（5.88~10.94）×10 12/L对7.14（4.11~10.64）×10 12/L， P<0.001]和红细胞比容[64.1%（53.7%~79.0%）对59.6%（47.2%~77.1%）， P=0.001]更高，而WBC[8.29（3.20~18.99）×10 9/L对12.91（3.24~38.30）×10 9/L， P<0.001]、PLT[313（83~1433）×10 9/L对470（61~2169）×10 9/L， P<0.001]和红细胞生成素[0.70（0.06~3.27）U/L对1.14（0.01~10.16）U/L， P=0.002]更低。④选取性别、年龄匹配的JAK2 exon12组与JAK2 V617F组各20例患者的骨髓活组织病理标本，JAK2 exon12组巨核细胞疏松成簇的患者比例显著低于JAK2 V617F组（40.0%对80.0%， P=0.022），其他骨髓病理形态特性相似。⑤JAK2 exon12组、JAK2 V617F突变组的中位随访时间分别为30（4~83）个月、37（1~84）个月，两组总生存（ P=0.422）和无血栓生存（ P=0.900）差异无统计学意义。 结论:JAK2 exon12突变患者较JAK2 V617F突变患者更为年轻，红系增生更显著，骨髓巨核细胞疏松成簇更少见。

先证者Ⅱ-14，男，53岁，2017年8月1日因双眼夜盲于扬州大学附属苏北人民医院就诊。患儿3岁时发现双眼夜盲，有类似家族病史。眼科检查：右眼裸眼视力0.08，最佳矫正视力(best corrected visual acuity，BCVA)－14.00 DS/－2.50 DC×90＝0.1；左眼裸眼视力0.15，BCVA－15.00 DS/－1.50 DC×75＝0.2。双眼眼球轻微震颤，结膜无充血，角膜透明，中央及周边前房深，KP(-)，房水闪辉(-)，双眼瞳孔等大、等圆，直径3 mm，对光反射灵敏，晶状体轻度混浊，玻璃体未见混浊；扩瞳眼底检查可见双眼视盘边界清，色红，视盘颞侧可见脉络膜萎缩弧，动静脉走行及比例正常，黄斑中心凹光反射减弱，无明显色素沉着(图1A，B)。光相干断层扫描(optical coherence tomography，OCT)检查示：双眼黄斑区周边部视网膜厚度变薄，中心凹陷存在，中心凹下椭圆体带及视网膜色素上皮(retinal pigment epithelium，RPE)层完整(图1C，D)。视网膜电图(electroretinogram，ERG)检查示：双眼暗视白光刺激下，视杆细胞反应b波消失，暗视混合反应a波中度下降，b波和振荡电位(oscillatory potentials，OPs)消失；双眼明视白光刺激下，视锥细胞反应和30 Hz闪烁光视锥细胞反应振幅均轻度降低(图2)。患者Ⅱ-2 BCVA为右眼0.08，左眼0.1；Ⅱ-12 BCVA为右眼0.3，左眼0.4；Ⅲ-19 BCVA为右眼0.2，左眼0.2。家系中患者临床表现均符合完全型先天性静止性夜盲(complete congenital stationary nightblindness，cCSNB)诊断，该家系呈典型X连锁隐性遗传(图3)。选取Ⅱ-12和Ⅱ-14、Ⅲ-25及Ⅱ-4进行全外显子测序，经过严格的数据控制及比对后，得到单核苷酸变异及插入和缺失变异。检测出的所有变异在dbSNP14、HapMap project、1000 Genome Project、YH database、Exon Variant Server及ExAC单核苷酸多态性数据库中进行比对 [1]，结果显示患者Ⅱ-12和Ⅱ-14 NYX基因c.887-888delGC p．G296Gfs*196杂合变异，Ⅲ-25为携带者，Ⅱ-4未携带该变异。在家系内其他成员中进行了基因型与表型的共分离验证，在另外2例患者Ⅱ-2和Ⅲ-19中亦发现此突变，女性携带者均为杂合子，而正常男性均未携带此突变。证实 NYX c.887-888delGC p．G296Gfs*196为该家系的致病变异(图4)。

目的:探讨激素性股骨头坏死（osteonecrosis of femoral head，ONFH）的临床与遗传风险因素。方法:建立首次使用高剂量糖皮质激素患者的前瞻性队列，纳入2015年7月至2018年1月首次接受高剂量糖皮质激素治疗的患者。患者入组前均未接受过糖皮质激素治疗，计划入组后接受等效泼尼松剂量≥30 mg/d，持续≥3周；或冲击治疗≥200 mg/d，持续≥3 d的糖皮质激素治疗。治疗前采集血液样本，行骨代谢、脂代谢指标检测；入组后第1、3、6、12和24个月行髋部MR检查，判断是否发生ONFH。研究终点为诊断ONFH，对未发生ONFH的患者随访至少2年，采用Lasso回归模型评估激素性ONFH发病的风险因素。采用1∶1匹配方法建立巢式病例对照子队列A（12例），采用全外显子组测序检测患者全血样本，筛选差异性和功能性单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）/插入缺失（insertion-deletion，InDel）位点。回顾性招募诊断为激素性ONFH的患者及符合上述激素剂量要求但随访2年以上未发生ONFH的患者组成子队列B（50例），采集全血样本并使用Sanger测序技术分别对候选SNP/InDels进行外部验证。结果:入组96例，其中88例完成随访，8例（9.1%）在随访期内被确诊为激素性ONFH，开始激素治疗至确诊的时间为53.00（34.00，133.50） d。ONFH与非ONFH组患者年龄、性别和体质指数的组间差异无统计学意义；激素性ONFH组治疗首月激素剂量[32.74（29.55，47.05） mg/kg]较非ONFH组[24.00（21.10，29.45） mg/kg]更高（ Z=-2.410， P=0.016），但接受冲击治疗患者比例（分别为37.5%和10.0%）的组间差异无统计学意义（矫正χ 2=2.829， P=0.093）；激素性ONFH组载脂蛋白B/载脂蛋白A1（apolipoprotein B/ apolipoprotein A1，ApoB/ApoA1）比值0.95（0.80，1.50）较非ONFH组0.70（0.60，0.80）更高（ Z=-2.875， P<0.001）。Lasso回归模型结果提示，较高的ApoB/ApoA1比值、较低的血清Ⅰ型胶原羧基端肽β特殊序列（β-c-terminal telopeptide，β-CTX）及较高的首月激素剂量是激素性ONFH发生的三大风险因素，模型内部验证准确性为0.982。通过对子队列A进行全外显子测序发现7个差异SNP/InDels位点，在子队列B中进行验证证实携带 COLEC12突变（rs2305027，G1816A）是激素性ONFH的风险因素（ OR=6.00，95% CI：1.17，30.73）。 结论:较高的首月激素剂量、治疗前低血清β-CTX水平、高ApoB/ApoA1比例、携带 COLEC12突变（rs2305027，G1816A）可增加激素性ONFH的发生风险。

患者，女，44岁。主因"反复乏力、晕厥3个月"入院。查体：体重30.0 kg，身高130 cm，发育不良，重度贫血面容，右手拇指畸形，双手部分手指弯曲状。既往史：自幼中耳炎史，后渐耳聋、失聪，未就医诊治。家族史：患者父亲已故；母亲体健，身高约150 cm，怀孕时有多种药物服药史；丈夫身体健康，育一女，身体健康，身高160 cm，智力正常。血常规：WBC 4.05×10 9/L，HGB 59 g/L，PLT 213×10 9/L，网织红细胞比值（Ret）0.30%，平均红细胞体积（MCV）94.7 fl，红细胞分布宽度（RDW）13.8%，平均血红蛋白浓度（MCHC）333 g/L。血清铁蛋白590.19 μg/L，叶酸>45.30 nmol/L，维生素B 12 414.05 pmol/L。自身抗体全套：抗核抗体（ANA)核颗粒型（1∶80）阳性，抗心磷脂抗体弱阳性，余正常。细小病毒B19 IgG、IgM均阴性。外周血T淋巴细胞亚群：CD3 + 90%，CD3 + CD4 + 60%，CD3 +CD8 + 27%。溶血性贫血组套、直接抗人球蛋白试验（DAT）、CD55、CD59正常。骨髓涂片：增生活跃骨髓象，红系有核红细胞少见，仅晚期幼稚红细胞0.5%。粒系中原始粒细胞以下可见，中、晚期幼稚粒细胞及分叶核粒细胞比例偏高，形态大致正常。全片巨核细胞15个，其中颗粒巨核细胞8个，产板巨核细胞5个，裸核型巨核细胞2个。骨髓铁染色：外铁（++）；内铁：有核红细胞少见，内铁阳性率不宜评估。骨髓活检：未见幼稚细胞增多，巨核细胞未见明显病态造血，红系细胞少见；染色体核型：46，XX[20]。骨髓流式细胞未检测到明显的免疫表型异常证据。血液病常见56种融合基因筛查阴性。骨髓标本ARID1B基因插入突变：c.1041_1043dupGGC（p.A350dupA），突变频率31.9%。丝裂霉素C染色体畸变结果正常。彗星试验：外周血淋巴细胞DNA存在损伤，彗星细胞率17%，未见凋亡细胞。遗传性血液病相关基因单核苷酸变异（SNV）检测：①未检测到受检者血液系统遗传病相关基因的微小致病性基因变异；②拷贝数变异（CNV）检测提示15号染色体q26.2q26.3区域存在大小约5.1 Mb的大片段杂合缺失，该区域包含40个基因，其中OMIM收录的基因有MEF2A、LINS1、ADAMTS17、CERS3、ALDH1A3、CHSY1、IGF1R等，建议应用CMA方法进行确认。染色体微阵列（CMA）检测：应用CytoScan HD芯片证实chr15q26.2q26.3存在约5.2 Mb缺失，基因组位点：arr [GRCh37]15q26.2q26.3(97236143_102429112)x1，CNV类型：缺失，长度：5.2 Mb，与15q26缺失综合征有关。诊断：15q26末端缺失综合征、纯红细胞再生障碍（PRCA）。予泼尼松1 mg/kg治疗，3周后复查HGB 90 g/L，WBC 10.80×10 9/L，PLT 360×10 9/L，摆脱输血依赖，目前一般情况良好，3个月后血常规完全恢复正常。

目的:明确导致猩红热的A族链球菌(GAS)流行型别，比较不同 emm型别GAS的基因结构及基因变异性，阐明猩红热病原学的流行、进化规律。 方法:回顾性研究。收集2016年1月1日至2018年5月31日深圳市儿童医院诊断为猩红热的儿童咽拭子标本，保存GAS菌株，进行 emm基因分型，选取在分型上具有代表性的菌株进行全基因组测序，通过比较基因组学分析，描述GAS菌株基因组多态性，并基于单核苷酸多态性(SNP)位点分析构建遗传进化树，阐明菌株之间的进化关系。2组比较采用秩和检验。 结果:在导致儿童猩红热的176株GAS分离株中，共检测到8种 emm型别， emm12.0及其亚型(108/176株，61.4%)占比最高，其次为 emm1.0及其亚型(53/176株，30.1%)，两者共占91.5%。以GCA-900984775为参考序列进行比较基因组分析显示，GAS菌株基因组之间存在丰富的SNP和插入或缺失(InDel)多态性， emm12.0型菌株SNP数[183(163，213)个]大于 emm1.0型菌株SNP数[63(54，75)个]，差异有统计学意义( P<0.05)；InDel分析中， emm12.0型菌株基因序列插入数[4(3，6)个]和缺失数[8(6，10)个]大于 emm1.0型菌株[1(0，2)个，5(3，7)个]。以MGAS5005参考序列，基于SNP的分析结果构建进化树得出18株菌株及参考菌株处于2个分支。 结论:引起儿童猩红热的GAS菌株型别以 emm12.0型、 emm 1.0型多见，不同型别菌株基因组组成之间存在差异， emm12.0型菌株存在较高的遗传多样性。

目的 比较不同家系及耐药性结核分枝杆菌临床分离株ESX-4分泌系统7个毒力基因突变的差异,探讨临床菌株中ESX-4基因的多态性特征.方法 纳入新疆维吾尔自治区南疆地区807株结核分枝杆菌临床株,进行全基因组测序.利用TB-profiler软件及C++脚本程序检测不同临床菌株ESX-4基因的突变、家系和药物敏感性结果.对数据进行描述性分析、x2检验及logistics回归分析.结果 在807株结核分枝杆菌中共发现1 19个单核苷酸多态性位点和12种不同的插入/缺失.非同义突变率排在前3位的基因是Rv3446c(43.12％)、esxU(40.02％)以及eccC4和eccD4基因(均为23.30％).家系中Lineage2(L2)占62.70％(506/807),L3占19.46％(157/807),L4占17.84％(144/807);敏感株占39.41％(318/807),耐药株占60.59％(489/807);利福平耐药占34.08％(275/807),异烟肼耐药占28.50％(230/807),喹诺酮类耐药占12.14％(98/807).L3家系中eccC4和esxT基因的突变率均显著高于L2或L4家系.多因素logistics回归模型分析发现:L2家系和异烟肼耐药是esxU和Rv3446c基因发生突变的危险因素[均比值比(OR)＞1,均P＜0.001];多耐药则是Rv3446c突变的又一危险因素[OR=1.94,95％置信区间(CI):1.12～3.37].结论 本研究发现了结核分枝杆菌ESX-4分泌系统中与L2、L3家系及耐药性相关的基因突变,为进一步研究结核分枝杆菌的传播、耐药和致病机制提供基础科学依据.