目的:利用全基因组关联研究识别更多与抑郁症和海马体相关的遗传变异位点。方法:本研究数据来自精神疾病遗传学联盟和英国生物银行(UK Biobank)数据库，全基因组关联研究(GWAS)数据涉及170 756例抑郁症和329 443例对照，左右侧海马体积GWAS数据涉及33 224名参与者。利用条件错误发现率(condFDR)识别抑郁症和左右侧海马体积新的遗传位点，联合错误发现率(conjFDR)评估抑郁症和左右侧海马体积之间的多效性位点的富集程度。结果:在condFDR < 0.01的水平上，识别了7个新位点和抑郁症相关，13个新位点和左海马体积相关，12个新位点和右海马体积相关。在conjFDR < 0.01的水平上，确定了一个与抑郁症和右侧海马体积相关的遗传位点rs1267073。结论:全基因组关联研究识别海马体和抑郁症风险的遗传机制为未来的抑郁症治疗试验提供依据。

目的:通过生物信息学方法对皮肤黑色素瘤中糖酵解相关基因进行分析并构建预后模型，对黑色素瘤患者进行精准分组以提高治疗的针对性。方法:获取癌症基因组图谱(TCGA)数据库中皮肤黑色素瘤患者[470例，男290例，女180例，中位年龄58岁(15~90岁)]的mRNA表达谱和临床相关数据，并以基因型和基因表达量关联数据库(GTEx)中的正常皮肤组织样本(812例，男467例，女345例)作为对照。采用基因集富集分析(GSEA)富集出与皮肤黑色素瘤显著相关的糖酵解通路差异表达基因。通过Cox回归分析筛选与黑色素瘤预后显著相关的mRNA，并构建黑色素瘤患者预后风险评分(RS)模型。根据风险评分模型RS值的中位值，将符合生存分析条件的450例黑色素瘤患者分为高风险组和低风险组，分析两组生存时间、生存率的差异，并通过绘制ROC曲线，评估RS值对黑色素瘤患者10年、20年死亡风险的预测价值。结果:通过GSEA分析发现糖酵解相关的REACTOME_GLYCOLYSIS通路在黑色素瘤样本中显著富集，标准化富集评分(NES)为1.74，错误发现率(FDR)为0.016。通过对该通路117个差异表达基因(上调71个，下调46个)的单因素和多因素Cox回归分析，筛选出9个与皮肤黑色素瘤预后密切相关的mRNA分子，包括4个保护性因子(STAT3、MLXIPL、IDUA和AURKA)和5个危险性因子(KIF20A、PGM1、GYS1、ALG1和HDAC4)。根据多因素Cox回归分析的回归系数及各基因mRNA表达水平，建立预后风险评分模型：RS＝0.31×KIF20A + 0.19×PGM1 - 0.27×STAT3 + 0.24×GYS1 - 0.25×MLXIPL - 0.19×IDUA + 0.33×ALG1 - 0.28×AURKA + 0.26×HDAC4。以RS值的中位值0.83作为cut-off值，将患者分为高风险组(225例)和低风险组(225例)，高风险组的总体生存时间为(6.72±0.55)年，明显少于低风险组的(13.60±1.03)年( P<0.001)；且高风险组的10年、20年生存率明显低于低风险组(24.1% vs. 50.9%；0 vs. 25.2%； P值均<0.001)；RS值对黑色素瘤患者的10年和20年生存预测的ROC曲线下面积分别为0.730、0.749。多因素Cox回归分析显示，RS值是黑色素瘤预后的独立预测因素。 结论:所构建的皮肤黑色素瘤预后风险评分模型可以有效地对患者进行预后风险评价，为后续筛选与糖酵解相关的预后较差患者并进行针对性治疗的研究提供基础。

目的:探讨伴眼部损害复发性多软骨炎（RP）的临床分型和Rose标准的应用。方法:连续收集符合至少1条Michet主要条件且伴眼部损害的RP患者，分析其临床特点、病情评价及Rose标准应用情况。人口学资料以百分比表示；各发病类型之间的差异行Mann Whitney U检验。组间的多重比较采用错误发现率（FDR）方法对 P值进行校正。 结果:共入选192例患者，男性98例，女性94例。发病年龄0.5~79岁，平均（42±14）岁；病程0.5~600个月，中位数为13个月；RP病情活动指数（RPDAI）9~74，中位数为39；RP器官损害指数（RPODI）0.1~108，中位数为2.5；RP损害指数（RPDAM）1~6，中位数为3；鼻软骨炎组与外耳软骨炎组（ Z=10.775， P<0.01）及头颈外受累组（ Z=9.277， P<0.01）之间的病程中位数、鼻软骨炎组与外耳软骨炎组（ Z=7.999， P=0.031）及头颈外受累组（ Z=8.115， P=0.030）之间的RPODI中位数、眼部受累组与气道受累组之间的RPDAM中位数差异均具有统计学意义；前3位的起病类型是眼部受累（50.0%）、外耳软骨炎（21.4%）及气道软骨炎（13.5%）；病程中眼部受累（100%）、气道受累（75.0%）及内耳损害（69.3%）为前3位受累器官；眼部病变累及眼球的各个部位；单一部位受累115例（59.9%）；77例（40.1%）为多部位受累。应用Rose标准后，171例完全符合Michet标准患者的诊断得到加强，21例（10.9%）符合Michet标准的患者符合Rose标准；依据耳廓及气道受累的临床分型提示鞍鼻、气道及中耳受累的关系。对易受累器官的主动筛查率可以提高RP的诊断率。 结论:RP的眼受累涉及眼球的各个部位；对此组患者应关注气道及内耳受累的筛查；Rose标准的应用值得进一步探讨。

目的:探索人工培殖冬虫夏草Cordyceps sinensis(BerK.)Sacc.外观品质形成的分子基础.方法:以重庆和康定人工培殖冬虫夏草僵虫为材料,利用Illumina Hiseq 2500 高通量测序技术进行转录组测序分析,基于差异倍数(FC)和错误发现率(FDR)筛选差异表达基因,具体筛选条件为|log2FC|>1、FDR<0.05.结果:共获得 21 942个转录本,利用DEGSeq筛选获得 1575 个差异表达基因,其中上调表达基因 626 个、下调表达基因 949 个;基因本体(GO)数据库和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析结果显示,这些差异表达基因主要集中于氨基酸代谢、折叠-分选-降解、糖代谢、转运和分解代谢、辅酶因子和微生物代谢等途径;筛选到 66 个颜色变化差异表达基因,包含 46个氧化还原酶活性相关基因、12个过氧化物酶体相关基因、3个单加氧酶活性调节相关基因、3个黑化反应相关基因、2个活性氧代谢相关基因,其中tyr1、TYR基因可能是冬虫夏草僵虫颜色变化的关键功能基因.结论:利用高通量测序技术和生物信息分析获得了人工培殖冬虫夏草僵虫转录组信息特征,为阐明人工培殖冬虫夏草僵虫颜色变化的调控机制研究提供参考.

目的 探讨葡萄糖胺-6-磷酸盐脱氨酶-2基因(GNPDA2)rs10938397多态性与不同发育阶段儿童肥胖的关联性,并分析差异原因.方法 利用北京儿童青少年代谢综合征研究(BCAMS)的3 503名6～18岁中小学生的青春期发育、BMI、体脂百分比(FMP)、脂肪指数(FMI)和非脂肪指数(FFMI)等数据.采用男性睾丸容积和女性乳房Tanner分期指标衡量发育阶段.生物电阻抗法测定FMP、脂肪质量(FM)和非脂肪质量(FFM).采用肥胖问题工作组推荐的BMI分类标准判定一般性肥胖,采用儿童少年卫生学推荐的FMP分类标准判定体脂肥胖.使用ABIPrismsTM-7900实时荧光定量PCR仪对GNPDA2 rs10938397进行分型.分别采用多元线性回归和非条件logistic回归分析rs10938397多态性与连续性变量(BMI、FMP、FMI、FFMI)和分类变量(一般性肥胖、体脂肥胖)的关系.结果 青春发育前期男生rs10938397-G与BMI和一般性肥胖关联(β=0.328,P=0.001;OR=1.420,95％CI:1.126～ 1.790)有统计学意义,青春发育后期女生rs10938397-G与BMI和一般性肥胖关联(β=0.266,P=0,001;OR=1.442,95％CI:1.005～2.069)有统计学意义.采用错误发现率(FDR)方法校正多重检验,青春发育后期女生该位点与一般性肥胖的关联消失.进一步分析GNPDA2 rs10938397-G等位基因与不同发育阶段儿童FMP、FMI、FFMI的关联,结果显示:GNPDA2 rs10938397-G与青春发育前期男生FMP、FMI和FFMI密切关联(β=0.165,P=0.032;β=0.202,P=0.007;β=0.137,P=0.016),与青春发育后期女生FMP和FMI密切关联(β=0.153,P=0.002;β=0.168,P=0.001).此外,位点与体脂肥胖关联见于青春发育前期男生(OR=1.285,95％CI:1.009～ 1.637)和青春发育后期女生(OR=1.339,95％CI:1.093～1.637).采用FDR校正多重检验,青春发育前期男生rs10938397与FMP和体脂肥胖关联消失.结论 GNPDA2基因rs10938397多态性与女生以体脂增加为表现的真实性肥胖具有关联.对于揭露基因与肥胖的真实关联,更准确地评价肥胖状况十分重要.

目的:利用更高效的数据分析方法识别更多与炎症性肠病相关的遗传变异位点.方法:炎症性肠病的全基因组关联研究(GWAS)汇总数据来源于国际炎症性肠病遗传学联合会官网,其中,溃疡性结肠炎(UC)相关的GWAS meta汇总数据涉及20464个对照和6968个病例;克罗恩病(CD)相关的GWAS meta汇总数据涉及14927个对照和5956个病例.首先利用条件Q-Q图和条件真实发现率(TDR)图评估疾病之间多效性富集程度;再计算SNPs的条件错误发现率(cFDR)和联合的条件错误发现率(ccFDR),以0.01为显著性阈值筛选与疾病相关的遗传位点.结果:一共识别了43个新位点和UC相关;86个新位点和CD相关;22个新位点与UC和CD都相关.结论:新识别的这些遗传位点为研究UC和CD的遗传和致病机制提供了新的线索.

目的:探索与缺血性卒中(IS)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)相关联的新的单核苷酸多态性位点(SNPs)及多效性位点.方法:基于IS和LDL-C的全基因组关联研究(GWAS)数据,运用条件错误发现率(cFDR)法计算IS和LDL-C相关SNPs的cFDR及conjunction cFDR值,分层Q-Q图评估两者间多效性基因富集,条件曼哈顿图定位关联SNPs在基因组中的位置信息,并对鉴定出的基因进行GO富集分析.结果与结论:分层Q-Q图显示IS与LDL-C之间具有较高程度的多效性基因富集;cFDR＜ 0.05标准下,发现9个SNPs与IS有关联,其中7个为新发现SNPs;245个SNPs与LDL-C相关联,其中97个为新发现的SNPs;发现8个多效性SNPs,其中6个经鉴定为新发现;共注释在11个多效性基因上,其中8个为新发现基因.GO基因功能富集分析结果显示,大多数基因在脂蛋白代谢过程和胆固醇平衡通路上发挥作用.cFDR方法极大提高了遗传变异的发现,并可能获得关于IS和LDL-C之间未知的共享生物机制的新见解.

稻米是人群汞暴露的最主要途径之一,为了从蛋白质水平上揭示水稻(Oryza sativa L.)适应重金属汞胁迫的分子机制,本研究以拔节期金优431水稻品种为材料,对比分析对照组和50、150、300 mg·kg-1氯化汞胁迫组,采用同位素相对标记与绝对定量TMT(Tandem Mass Tag)技术,结合定量蛋白质组平行反应监测(parallel reaction monitoring,PRM)技术,鉴定水稻根尖部位响应汞胁迫差异表达蛋白,对所获得差异蛋白进行生物信息学分析,从而筛选出汞胁迫响应显著的潜在靶标蛋白.同时,选择20个差异表达蛋白通过平行反应监测试验进行了蛋白验证.结果 表明,在变化倍数≥1.3、P＜0.05条件下,共鉴定5253种定量蛋白,包含364种差异蛋白,其中258种表达上调,106种表达下调.基因本体分子功能提示,这些差异性蛋白主要参与催化活性、绑定转运活性和抗氧化活性.京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路显著性富集于代谢途径、次生代谢产物生物合成、苯丙烷类生物合成等,错误发现率(false discovery rate,FDR)＜0.05.成功鉴定并验证到的差异蛋白分别涉及抗氧化还原蛋白、金属螯合肽合成蛋白、金属硫蛋白相关蛋白等.差异表达蛋白中,与抗氧化、重金属胁迫防御响应和信号通路等相关的蛋白总体上调,而与代谢和能量产生与转运相关蛋白表达量总体下调.

小胶质细胞是脑部驻留的骨髓系细胞,在生理和病理情况下的大脑中均起重要作用.本研究报道了关于大鼠小胶质细胞DNA酶超敏(DHS)的开放染色质区域的数据集.该数据集全面、可复制、错误发现率可控.我们用未处理的和神经胶质瘤条件培养基(GCM)或脂多糖(LPS)刺激6 h的原代培养小胶质细胞,比较了小胶质细胞开放染色质图谱.结果显示胶质瘤分泌因子诱导小神经胶质细胞的侵袭性和免疫抑制性激活,而激活的小胶质细胞促进肿瘤生长.大鼠小胶质细胞的开放染色质图谱由126640个可重复的DHS区域组成,其中分别有2303和12357个区域在用GCM或LPS刺激后显示出开放性的显著变化.活性基因表现出组成型开放的启动子,但基因附近的DHS区域的聚集开放性与该基因表达之间没有直接依赖关系.对应同一基因的各个区域经常呈现不同的开放性变化模式. GCM调节的DHS区域更多出现在远离基因体的区域,而LPS调节的区域更多出现在内含子中. GCM和LPS对不同区域的开放性调控的差异与免疫检查点基因相对应.这两种处理在对Toll样受体信号传导和轴突导向途径中对应基因区域的聚集开放性有不同的影响,这表明小胶质细胞迁移所使用的分子机制与轴突生长相似,并且这些通路的调节有助于胶质瘤诱导的小胶质细胞侵袭性极化.我们的开放染色质区域数据集为大鼠小胶质细胞中基因调控的研究铺平了道路.

目的 探讨急性低氧诱导人肝癌细胞(Huh-7、Hep3B)差异表达基因的筛选及其功能.方法 常规培养Huh-7、Hep3B细胞,随机取部分细胞置于常氧条件(空气、5％CO2)下培养,取部分细胞置于低氧条件(1％O2、5％CO2、94％N2)下培养,均培养20 h后收样.采用Gene Chip Clariom S Array芯片筛选急性低氧诱导和常氧处理细胞的差异表达基因,筛选条件为错误发现率<0.05且|log2 FC|>1;用Kolmogorov-Smirnov和KOBAS version 2.0对差异表达基因进行基因本体论功能分析和京都基因与基因组百科全书通路分析.结果 与常氧处理的细胞相比,急性低氧诱导的Huh-7细胞中差异表达基因共计392个,其中表达上调基因266个,表达下调基因126个;急性低氧诱导的Hep3B细胞中,差异表达基因共计2260个,其中表达上调基因847个,表达下调基因1413个.急性低氧诱导的Huh-7、Hep3B细胞共同的差异表达基因共177个,表达上调基因127个,表达下调基因50个.急性低氧诱导的Huh-7细胞中差异表达基因主要与小分子代谢、有机物生物合成、细胞应激反应相关,主要富集在糖酵解糖异生、MAPK、细胞周期、癌症相关信号通路上.急性低氧诱导的Hep3B细胞中差异表达基因主要与小分子代谢、磷酸化代谢、细胞生长与凋亡等相关,主要富集在细胞周期、神经退行性疾病、细胞凋亡以及磷酸化调控相关信号通路上.两株细胞系共同的差异表达基因表达上调最明显的3个基因TXNIP、ATF3、SLC6A8均与肝癌发生相关.结论 成功从急性低氧诱导人肝癌细胞中筛选出差异表达基因,呈高表达的基因可能与肝癌发生相关.