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CTCF对哺乳动物多系统发育及功能的影响
编辑人员丨6天前
CCCTC结合因子(CCCTC binding factor, CTCF)是一种转录因子，含有11个高度保守锌指结构，是构建染色体拓扑结构域的主要因子，在细胞增殖分化中发挥重要作用。CTCF结合位点主要分布于染色体拓扑结构域的边界，维持其结构和功能稳定，隔绝结构域内外的编码基因和启动子间的相互作用。近年研究表明CTCF调控基因的时空特异性表达，在哺乳动物的生长发育过程中发挥重要作用。本文就近几年CTCF在哺乳动物多个系统发育过程中的功能研究作一综述。
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编辑人员丨6天前
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基于Hi-C技术哺乳动物三维基因组研究进展
编辑人员丨2023/8/6
基因组DNA在细胞核中并不是呈线性的一字排列,而是以三维结构高度折叠并浓缩成染色质的方式储存于核内,具有特定的高级空间结构和构象.高通量染色体构象捕获(high-througnput chromosome conformation capture,Hi-C)技术于2009年首次被提出,目前已得到大规模运用,使得人们对于三维基因组学有了更深刻的认识.研究表明,哺乳动物基因组三维层级结构单元由大到小依次为染色体疆域(chromosome territory,CT)、染色质区室(chromatin compartment A/B)、拓扑关联结构域(topological associated domain,TAD)和染色质环(chromatin loop),这些层级结构单元在基因转录和表达调控过程中发挥着重要作用.本文基于Hi-C技术从染色质的三维层级结构划分、构象单元作用以及三维基因组在发育、疾病等方面的应用进行阐述,旨在为更深入地了解哺乳动物三维基因组学研究提供参考.
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编辑人员丨2023/8/6
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辐射诱导的染色质拓扑关联结构域层级变化及其在细胞辐射响应中的作用
编辑人员丨2023/8/5
基因组三维结构在基因表达调控中发挥重要作用,染色质拓扑关联结构域(topologically associated domain,TAD)是DNA复制和基因转录的基本功能单位,也是DNA损伤修复的功能单元,在辐射诱导的DNA损伤修复中发挥重要作用.近期研究表明,TAD并非是完全独立的结构单元,其内部常呈现多层级结构,对基因表达具有重要调控作用.为探究TAD多层级结构在细胞辐射响应中的作用,本研究使用TAD层级结构识别算法OnTAD对Gene expression omnibus数据库中5Gy X射线照射的淋巴细胞、成纤维细胞和毛细血管扩张性共济失调突变(ataxia telangiectasia mutated,ATM)基因缺陷的成纤维细胞,共26个样本的 Hi-C(high-through chromosome conformation capture,Hi-C)数据进行分析,发现辐射后细胞的TAD层级结构出现规律性变化,高层级TAD缺失较多,低层级TAD相对保守;辐射诱导的TAD层级结构变化通过调节基因表达参与细胞辐射响应;ATM是辐射诱导TAD层级结构变化和恢复的重要因子.本研究为从TAD多层级结构角度理解基因组三维结构在细胞辐射响应中的作用提供了新思路.
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编辑人员丨2023/8/5
