目的:基于生物信息学方法挖掘分析恶性胸膜间皮瘤（MPM）的差异表达基因，研究其在MPM中的预后价值及其在免疫治疗中的潜在作用。方法:于2022年1月，从GEO数据库下载数据集GSE51024，获得MPM（55例）和正常组织（41例）样本。利用R软件结合HMDD和miRNet数据库筛选MPM相关差异基因并确定共表达基因。对共表达基因进行富集和功能注释，使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并确定关键基因。利用TRRUST、GEPIA数据库预测关键基因的转录因子及预后生存分析。使用TIMER分析关键基因和免疫细胞浸润程度的相关性。结果:共获得435个共表达基因，主要富集于细胞外基质组织、细胞黏附分子信号通路。结合PPI和TRRUST数据库，确定7个MPM预后相关的关键基因，其中细胞周期蛋白20（CDC20）、细胞周期检测点激酶1（CHEK1）、Zeste基因增强子同源物2（EZH2）、核糖核苷酸还原酶亚基M2（RRM2）、拓扑异构酶2A（TOP2A）、泛素样含植物同源结构域和环指域1（UHRF1）在MPM中的表达上调，周期调节蛋白A1（CCNA1）表达下调；CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1基因表达与MPM总体生存率有明显关联（ P<0.05）。CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A基因表达与B细胞、树突状细胞均呈正相关（ P<0.05），与中性粒细胞均呈负相关（ P<0.05）。 结论:CCNA1、CDC20、CHEK1、EZH2、RRM2、TOP2A、UHRF1可能是MPM患者潜在的预后标志物，其表达可能与MPM肿瘤免疫相关。

CCCTC结合因子(CCCTC binding factor, CTCF)是一种转录因子，含有11个高度保守锌指结构，是构建染色体拓扑结构域的主要因子，在细胞增殖分化中发挥重要作用。CTCF结合位点主要分布于染色体拓扑结构域的边界，维持其结构和功能稳定，隔绝结构域内外的编码基因和启动子间的相互作用。近年研究表明CTCF调控基因的时空特异性表达，在哺乳动物的生长发育过程中发挥重要作用。本文就近几年CTCF在哺乳动物多个系统发育过程中的功能研究作一综述。

目的:探究卒中事件后（康复早期）脑结构网络的变化与卒中后抑郁（PSD）发病的关联。方法:前瞻性收集江苏大学附属宜兴医院2020年3月至2021年5月收治的急性脑梗死拟出院患者87例，同期收集与之匹配的健康对照者34名。对所有受试者进行系统磁共振成像扫描和量表评估，并实施2年的纵向随访。依据随访时是否发生抑郁将患者纳入PSD组和卒中后非抑郁（PSND）组。基于图论分析方法对脑结构网络的拓扑特征进行分析，采用方差分析探究脑结构网络属性的组间差异。以Logistic回归模型分析差异性脑网络属性对PSD的预测效能。以线性回归分析非rich-club区域的协同性与rich-club连接变化的关系。结果:PSD组的rich-club连接和非rich-club区域协同性显著低于PSND组（rich-club连接， P<0.01 ；支线连接/外围连接协同性， P<0.001）。回归模型显示非rich-club区域协同性对PSD的发生具有良好的预测效能（ OR=1.195，95 %CI 1.073~1.471， P<0.001）。线性回归分析结果进一步显示非rich-club区域协同性与Δrich-club连接具有显著相关性（ r=-0.691， P<0.001）。 结论:卒中康复早期良好的非rich-club区域的协同性可促进rich-club连接修复、抑制PSD发病。

基因组DNA在细胞核中并不是呈线性的一字排列,而是以三维结构高度折叠并浓缩成染色质的方式储存于核内,具有特定的高级空间结构和构象.高通量染色体构象捕获(high-througnput chromosome conformation capture,Hi-C)技术于2009年首次被提出,目前已得到大规模运用,使得人们对于三维基因组学有了更深刻的认识.研究表明,哺乳动物基因组三维层级结构单元由大到小依次为染色体疆域(chromosome territory,CT)、染色质区室(chromatin compartment A/B)、拓扑关联结构域(topological associated domain,TAD)和染色质环(chromatin loop),这些层级结构单元在基因转录和表达调控过程中发挥着重要作用.本文基于Hi-C技术从染色质的三维层级结构划分、构象单元作用以及三维基因组在发育、疾病等方面的应用进行阐述,旨在为更深入地了解哺乳动物三维基因组学研究提供参考.

基因组三维结构在基因表达调控中发挥重要作用,染色质拓扑关联结构域(topologically associated domain,TAD)是DNA复制和基因转录的基本功能单位,也是DNA损伤修复的功能单元,在辐射诱导的DNA损伤修复中发挥重要作用.近期研究表明,TAD并非是完全独立的结构单元,其内部常呈现多层级结构,对基因表达具有重要调控作用.为探究TAD多层级结构在细胞辐射响应中的作用,本研究使用TAD层级结构识别算法OnTAD对Gene expression omnibus数据库中5Gy X射线照射的淋巴细胞、成纤维细胞和毛细血管扩张性共济失调突变(ataxia telangiectasia mutated,ATM)基因缺陷的成纤维细胞,共26个样本的 Hi-C(high-through chromosome conformation capture,Hi-C)数据进行分析,发现辐射后细胞的TAD层级结构出现规律性变化,高层级TAD缺失较多,低层级TAD相对保守;辐射诱导的TAD层级结构变化通过调节基因表达参与细胞辐射响应;ATM是辐射诱导TAD层级结构变化和恢复的重要因子.本研究为从TAD多层级结构角度理解基因组三维结构在细胞辐射响应中的作用提供了新思路.

研究基于2020-2021年庙岛群岛毗邻海域底层渔业生物调查,构建其食物网拓扑结构,结合网络分析法计算拓扑学指标,筛选关键种.研究结果表明,庙岛群岛毗邻海域包含重要种和优势种37个,摄食关系数量223个,节点密度为0.17,连结密度为6.03,连结复杂性指数为12.21,种间关联度指数为0.16,特征路径长度为2.10,平均聚类系数为0.30.综合各拓扑学指数排序(D、Dout、Din、BC、CC、IC、TI1、TI3、TI5、K、Kb、Kt、F和DF),口虾蛄(Oratosquilla oratoria)、日本鼓虾(Alpheus japonicus)、白姑鱼(Pennahia argentata)、矛尾虾虎鱼(Chaemrichthys stigmatias)和扁玉螺(Glossaulax didyma)为庙岛群岛毗邻海域关键种.其中,口虾蛄和白姑鱼是关键捕食者,矛尾虾虎鱼是关键中间种,扁玉螺是关键饵料种,日本鼓虾则介于关键中间种和关键饵料种之间.该海域底层消费者多为杂食性物种,具有高复杂性、高连接性和低路径长度的特点,使外界扰动的影响可以相对迅速地扩散到整个底层食物网,从而减少任何特定波动的总体影响.