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CCCTC结合因子对翼状胬肉中B淋巴细胞瘤-2基因表达的调控及其机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨转录因子CCCTC结合因子(CTCF)对翼状胬肉中B淋巴细胞瘤-2基因( Bcl-2)表达的调控及其分子机制。 方法:纳入2017年6月至2019年2月在长沙市第一医院眼科行翼状胬肉切除联合自体角膜缘干细胞移植术治疗的原发性翼状胬肉患者22例,术中收集翼状胬肉组织作为翼状胬肉组;同期纳入因结膜裂伤、眼球破裂伤或眼球穿通伤就诊的眼外伤患者20例,取眼外伤修复手术过程中切取的少量正常结膜组织作为正常结膜组。分别采用实时荧光定量PCR和Western blot法检测各组样本中CTCF及Bcl-2的表达水平;采用亚硫酸氢盐处理后测序法(BSP)检测各组样本中Bcl-2启动子DNA甲基化水平。分离并培养翼状胬肉成纤维细胞,使用波形蛋白抗体进行免疫组织化学鉴定成纤维细胞。将分离培养的细胞分成2个组,CTCF干扰组转染CTCF干扰质粒,对照组转染对照质粒。采用实时荧光定量PCR法和Western blot法检测CTCF、Bcl-2表达水平;采用细胞计数试剂盒8检测各组培养12、24和48 h细胞增生活性;采用BSP检测各组样本中Bcl-2启动子DNA甲基化水平。比较各组各指标差异,采用Pearson线性相关分析探讨翼状胬肉组织中Bcl-2 mRNA与CTCF蛋白及 Bcl-2基因启动子甲基化水平的相关性。 结果:翼状胬肉组CTCF mRNA及蛋白相对表达水平分别为7.23±3.34和0.92±0.21,明显高于正常结膜组的1.10±0.44和0.28±0.07,差异均有统计学意义( t=-8.136、-13.025,均 P<0.01)。翼状胬肉组Bcl-2 mRNA及蛋白相对表达水平分别为10.27±4.64和0.95±0.27,高于正常结膜组的1.10±0.41和0.32±0.14,差异均有统计学意义( t=-8.789、-10.782,均 P<0.01)。翼状胬肉组CTCF蛋白相对表达量与Bcl-2 mRNA相对表达量呈显著正相关( r=0.746, P<0.01)。翼状胬肉组Bcl-2启动子区DNA甲基化水平为0.65±0.09,低于正常结膜组的0.83±0.06,差异有统计学意义( t=7.408, P<0.01)。翼状胬肉组Bcl-2启动子DNA甲基化水平与Bcl-2 mRNA相对表达量呈显著负相关( r=-0.635, P<0.01)。CTCF干扰组CTCF及Bcl-2 mRNA相对表达水平为0.37±0.03和0.53±0.06,明显低于对照组的1.02±0.06和0.99±0.07,差异均有统计学意义( t=20.035、9.029,均 P<0.01);CTCF干扰组CTCF及Bcl-2蛋白相对表达水平为0.23±0.06和0.56±0.07,低于对照组的0.52±0.05和0.92±0.12,差异均有统计学意义( t=6.914、4.719,均 P<0.01)。CTCF干扰组转染后12、24和48 h细胞活力分别为0.10±0.01、0.17±0.01和0.38±0.04,低于对应时间点对照组的0.12±0.01、0.29±0.01和0.85±0.06,差异均有统计学意义( t=3.718、18.350、15.621,均 P<0.01)。CTCF干扰组Bcl-2启动子DNA甲基化水平为0.75±0.04,明显高于对照组的0.61±0.03,差异有统计学意义( t=-4.472, P<0.05)。 结论:翼状胬肉中CTCF高表达,其可能通过下调启动子DNA甲基化水平介导Bcl-2异常表达。
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编辑人员丨4天前
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T细胞受体基因Tcra和Tcrd的重排过程及其调节机制
编辑人员丨4天前
T细胞受体(T cell receptor, TCR)的高度多样性是其识别抗原的基础,在适应性免疫中发挥重要作用。TCR多样性来自胸腺T细胞发育过程中的V(D)J重排。在4个TCR基因中, Tcra和 Tcrd基因位于同一个基因座,共用特定的V基因,因此其重排和调节具有一定的特殊性。抗原受体基因的调控研究主要集中于顺式和反式调控作用。然而,近期的研究表明染色质空间组织在抗原受体基因重排中发挥重要功能。其中染色质组织蛋白质CTCF-Cohesin通过环挤出方式影响重排的效率和TCR组库多样性,而重组酶RAG也可以扫描染色质。本综述描述 Tcra和 Tcrd基因的重排及其调节机制研究的新进展,特别是染色质空间组织对重排的影响。
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编辑人员丨4天前
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BORIS在泌尿系肿瘤的研究进展
编辑人员丨4天前
BORIS是一种原癌基因,是目前已知的CTCF唯一的旁系同源物,又被称为CTCFL类似物(CTCFL),因为它有着和转录抑制因子CTCF几乎相同的11锌指结构域。BORIS能与CTCF竞争性结合DNA靶点而干扰CTCF功能、参与表观遗传调控、促进肿瘤干细胞的发生等方式调控肿瘤的发生与发展。此外,BORIS的表达量与肿瘤预后显著相关。研究发现以BORIS为免疫靶点的免疫疗法能抑制动物体内肿瘤生长及转移,有望成为免疫治疗靶点。
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编辑人员丨4天前
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子宫内膜癌分子分型中错配修复和微卫星不稳定性状态的综合评估
编辑人员丨4天前
目的:探讨不同的错配修复(MMR)蛋白和微卫星不稳定性(MSI)状态检测方法在子宫内膜癌分子分型中的一致性及差异原因。方法:收集2021年1月至2023年4月北京大学第三医院病理科诊断的214例子宫内膜癌患者,对其MMR蛋白的免疫组化(MMR-IHC)检测结果进行复核,通过二代测序(NGS)技术进行MSI状态(MSI-NGS)及多基因体细胞突变、胚系MMR基因突变检测,计算肿瘤突变负荷(TMB)值。对MMR-IHC检测与MSI-NGS检测结果不相符的患者进一步进行MSI-PCR检测和MLH1基因启动子甲基化检测,并结合TMB值综合评估MMR、MSI状态,明确分子分型。结果:(1)214例子宫内膜癌患者中,POLE突变(POLEmut)型22例,错配修复缺陷(MMR-d)型55例,p53异常(p53abn)型29例,无特殊分子改变(NSMP)型108例。其中,MMR-d型患者的中位确诊年龄为54岁、侵袭性病理亚型(包括子宫内膜样癌G 3和非子宫内膜样癌)的比例为40.0%(22/55),均高于NSMP型[分别为50岁、12.0%(13/108)],两者分别比较,差异均有统计学意义( P均<0.05)。(2)214例患者中,MMR-IHC检测显示,153例患者判定为错配修复正常(MMR-p),49例判定为MMR-d,12例患者难以直接判读;MSI-NGS检测显示,164例患者判定为微卫星稳定性(MSS;与MMR-p对应),48例患者判定为高度微卫星不稳定性(MSI-H;与MMR-d对应),2例患者因有效测序深度未满足质控标准而无MSI结果。MMR-IHC检测与MSI-NGS检测结果的一致率为94.3%(200/212),12例不符合患者的MMR-IHC检测结果为MMR-d或亚克隆缺失,但MSI-NGS检测均判定为MSS,其中MLH1和PMS2蛋白表达共缺失或亚克隆缺失10例。12例不符合患者中,3例检出POLE基因致病性突变而归为POLE突变型;另外9例患者中,8例有MSI-PCR检测结果的患者中5例为MSI-H、3例为低度微卫星不稳定性(MSI-L),7例TMB值高于10个突变/Mb,6例检出MLH1基因启动子甲基化,综合分析后9例患者均判定为MMR-d。(3)55例MMR-d型子宫内膜癌患者中,15例(27.3%,15/55)确诊为Lynch综合征。15例Lynch综合征相关MMR-d型子宫内膜癌患者的TMB值[(71.5±20.1)个突变/Mb]显著高于40例散发性MMR-d型子宫内膜癌患者[(41.9±24.3)个突变/Mb; t=3.51, P=0.001];20例MSH2和(或)MSH6蛋白表达缺失患者的TMB值[(71.0±26.2)个突变/Mb]显著高于35例MLH1和(或)PMS2蛋白表达缺失者[(38.2±19.1)个突变/Mb; t=-4.71, P<0.001]。55例MMR-d型子宫内膜癌患者中,突变率排序前10个的基因是PTEN(85.5%,47/55)、ARID1A(80.0%,44/55)、PIK3CA(69.1%,38/55)、KMT2B(60.0%,33/55)、CTCF(45.5%,25/55)、RNF43(40.0%,22/55)、KRAS(36.4%,20/55)、CREBBP(34.5%,19/55)、LRP1B(32.7%,18/55)、BRCA2(32.7%,18/55)基因,其中PTEN、ARID1A、PIK3CA基因共突变率为50.9%(28/55)。 结论:MMR-IHC检测与MSI-NGS检测结果的—致率较高,两种方法检测结果不一致多见于MLH1基因启动子高甲基化状态导致的MLH1和PMS2蛋白表达共缺失或MMR蛋白亚克隆缺失,必要时应结合MLH1基因甲基化、MSI-PCR、MMR基因胚系突变及TMB值综合评估MMR、MSI状态,为子宫内膜癌患者提供精准的分子分型。
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编辑人员丨4天前
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孕期慢性应激对子代雌性大鼠抑郁样行为及印记基因IGF-2/H19甲基化的影响
编辑人员丨4天前
目的:探究孕期慢性应激对子代雌性大鼠抑郁行为及海马组织印记基因胰岛素样生长因子-2 (insulin-like growth factor-2,IGF-2)/长链非编码RNA(lncRNA)H19甲基化的影响。方法:32只SPF级雌性SD大鼠按照随机数字表法分为模型组和对照组,模型组大鼠采用慢性不可预知性温和应激(chronic unpredictable mild stress model,CUMS)方法建立抑郁模型,对照组正常饲养。应激刺激第7天时,雌雄鼠合笼交配。在应激刺激前1 d和应激刺激第1、7、14、21、28天对两组母鼠行内眦静脉采血,测定血浆皮质酮浓度;在雌性仔鼠出生后第28天和出生后第42天时,每组随机抽取8只,行内眦静脉采血后测定血浆皮质酮浓度;在出生后第42天时,分别通过糖水偏爱实验、悬尾实验和强迫游泳实验测定两组雌性仔鼠的抑郁样行为。采用RT-PCR和Western blot法检测仔鼠海马组织中IGF-2/H19及相关转移酶表达情况。利用Methyl Target技术,对IGF-2差异性甲基化区域(differentially methylated region,DMR)片段2的19个CpG位点,H19印记控制区(imprinting control region,ICR)片段1中8个CpG位点和H19-ICR片段2的15个CpG位点,同时捕获测序,计算每个CpG位点甲基化水平。采用SPSS 26.0,采用重复测量方差分析、 t检验和非参数检验对相关数据进行统计分析。 结果:(1)重复测量方差分析结果显示,母鼠血浆皮质酮的时间与组别的交互效应不显著( F=2.997, P=0.066),时间主效应显著( F=4.44, P=0.010),组别主效应显著( F=41.40, P=0.001)。组间因素的单独效应分析,在应激第14、21、28天,模型组母鼠血浆皮质酮浓度均高于对照组母鼠(均 P<0.001)。(2)在糖水偏爱实验中,模型组雌性仔鼠的液体总消耗[11.10(10.38,11.58)mL,13.55(12.00,15.77)mL, Z=-3.055, P=0.002]、1%蔗糖水消耗[(5.50±1.30)mL,(8.56±2.04)mL, t=-3.582, P=0.003]及1%蔗糖偏爱百分比[(51.35±8.69)%,(62.11±8.05)%, t=-2.576, P=0.022]均低于对照组。(3)模型组雌性仔鼠悬尾实验中静止持续时间[(126.95±39.89)s,(54.30±25.00)s, t=4.375, P=0.001]和强迫游泳实验中持续不动时间[(7.97±6.66)s,(1.85±2.12)s, t=2.478, P=0.037]均长于对照组。(4)模型组雌性仔鼠海马组织IGF-2 mRNA[(0.46±0.24),(1.00±0.00), t=3.821, P= 0.019]、H19 mRNA[(0.60±0.25),(1.00±0.00), t=3.574, P=0.007]表达均低于对照组;模型组雌性仔鼠IGF-2蛋白相对表达低于对照组[(0.77±0.04),(1.00±0.00); t=9.876, P=0.01);CCTC结合因子(CCTC-binding factor,CTCF)的mRNA[(1.29±0.12),(1.00±0.00), t=-4.850, P=0.003]和蛋白相对表达水平[(1.90±0.28),(1.00±0.00), t=-5.513, P=0.005]均高于对照组。(5)模型组雌性仔鼠海马组织IGF-2 DMR区域3个CpG位点甲基化水平均低于对照组( t=-3.21,-3.00,-3.34,均 P<0.05),分别位于chr1215831028、chr1215831055和chr1215831205;IGF-2 DMR片段甲基化水平低于对照组( t=-3.453, P=0.048);模型组雌性仔鼠甲基转移酶DNMT3A mRNA( t=5.102, P=0.002)、DNMT3A( t=10.213, P<0.001)和DNMT3B( t=4.169, P=0.014)蛋白相对表达水平均低于对照组。 结论:孕期慢性应激致雌性仔鼠出现抑郁、绝望状态,其机制可能与甲基化转移酶表达降低引起印记基因IGF-2 DMR甲基化水平降低有关。
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编辑人员丨4天前
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CTCF基因变异所致精神发育迟滞21型2例患儿的临床特征及遗传学分析
编辑人员丨4天前
目的:分析2例发育迟缓患儿的临床及遗传学特征。方法:以2021年8月18日就诊于山东大学附属儿童医院的2例患儿为研究对象,对其进行临床和实验室检查。采集患儿及其父母的外周血样,同时进行染色体核型和高通量测序分析。结果:2例患儿均表现为不同程度的发育迟缓,染色体核型均为46,XX。高通量测序结果显示其分别携带 CTCF基因c.489delG(p.Q165Rfs*14)和c.1157_1158delAT(p.Y386Cfs*22)移码变异,二者均为新发变异且既往未见报道。 结论:CTCF基因变异可能是2例患儿的遗传学病因。上述发现丰富了精神发育迟滞21型的基因变异谱,可为阐明该病基因型与表型的相关性提供线索。
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编辑人员丨4天前
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CTCF对哺乳动物多系统发育及功能的影响
编辑人员丨4天前
CCCTC结合因子(CCCTC binding factor, CTCF)是一种转录因子,含有11个高度保守锌指结构,是构建染色体拓扑结构域的主要因子,在细胞增殖分化中发挥重要作用。CTCF结合位点主要分布于染色体拓扑结构域的边界,维持其结构和功能稳定,隔绝结构域内外的编码基因和启动子间的相互作用。近年研究表明CTCF调控基因的时空特异性表达,在哺乳动物的生长发育过程中发挥重要作用。本文就近几年CTCF在哺乳动物多个系统发育过程中的功能研究作一综述。
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编辑人员丨4天前
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13-顺式维A酸通过CCCTC结合因子促进神经母细胞瘤衰老的作用及机制
编辑人员丨4天前
目的:探讨13-顺式维A酸(13-cis RA)对神经母细胞瘤(NB)细胞衰老的调控作用及机制。方法:NB细胞株分为空载体对照组、CCCTC结合因子(CTCF)过表达组、随机干扰组、CTCF干扰组,筛选稳定过表达、敲低CTCF的亚克隆细胞株;二甲基亚砜(DMSO)、13-cis RA分别处理空载体对照组、CTCF过表达组前后,采用实时定量PCR、Western blot法检测瘤细胞中CTCF及靶基因的转录水平和蛋白表达变化;噻唑蓝(MTT)比色分析法检测细胞增殖活性;β-Gal原位染色法检测细胞衰老程度的改变。组间比较采用 t检验。 结果:13-cis RA能抑制NB细胞增殖活性,促进细胞衰老;CTCF在NB中显著高表达;CTCF过表达组端粒酶逆转录酶(TERT)表达高于对照组(5.32±0.07比1.00±0.02, t=57.17, P<0.05)、Pescadilo 1的表达高于对照组(3.93±0.06比1.00±0.01, t=47.76, P<0.05),细胞增殖活性增强,细胞衰老被抑制;在CTCF干扰组,TERT的表达低于对照组(0.35±0.04比1.00±0.01, t=18.26, P<0.05)、PES1表达低于对照组(0.36±0.05比1.00±0.01, t=13.46, P<0.05),细胞增殖活性降低,细胞衰老增多;13-cis RA处理后,瘤细胞中CTCF表达下调,回补CTCF表达水平能逆转13-cis RA对NB细胞增殖和衰老的调控作用。 结论:13-cis RA能下调转录因子CTCF的表达,抑制衰老相关基因TERT、PES1的表达,促进NB细胞的衰老。
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编辑人员丨4天前
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Topological reorganization and functional alteration of distinct genomic components in gallbladder cancer
编辑人员丨2024/6/15
Altered three-dimensional architecture of chromatin influences various genomic regulators and subsequent gene expression in human cancer.However,knowledge of the topological rearrangement of genomic hierarchical layers in cancer is largely limited.Here,by taking advantage of in situ Hi-C,RNA-sequencing,and chromatin immunoprecipitation sequencing(ChIP-seq),we investigated structural reorganization and functional changes in chromosomal compartments,topologically associated domains(TADs),and CCCTC binding factor(CTCF)-mediated loops in gallbladder cancer(GBC)tissues and cell lines.We observed that the chromosomal compartment A/B switch was correlated with CTCF binding levels and gene expression changes.Increased inter-TAD interactions with weaker TAD boundaries were identified in cancer cell lines relative to normal controls.Furthermore,the chromatin short loops and cancer unique loops associated with chromatin remodeling and epithelial-mesenchymal transition activation were enriched in cancer compared with their control counterparts.Cancer-specific enhancer-promoter loops,which contain multiple transcription factor binding motifs,actedas a central element to regulate aberrant gene expression.Depletion of individual enhancers in each loop anchor that connects with promoters led to the inhibition of their corresponding gene expressions.Collectively,our data offer the landscape of hierarchical layers of cancer genome and functional alterations that contribute to the development of GBC.
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编辑人员丨2024/6/15
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基于盆底超声参数及血清学指标建立的列线图模型预测初产妇压力性尿失禁的临床价值
编辑人员丨2024/4/27
目的 基于盆底超声参数及血清学指标建立列线图模型,探讨其预测初产妇压力性尿失禁(SUI)的临床应用价值.方法 选取我院148例初产妇,根据产后3个月是否发生SUI分为SUI组(37例)及非SUI组(111例),获取两组一般资料,包括分娩方式及妊娠期是否进行盆底肌锻炼、是否运动、是否存在SUI;均行盆底超声检查和实验室检查,获取尿道旋转角(URA)、尿道倾斜角(UTA)、膀胱颈移动度(BND)、膀胱尿道后角(PUA)、肛提肌裂孔面积(LHA)及血清基质金属蛋白酶-1(MMP-1)、骨桥蛋白(OPN)、结缔组织生长因子(CTGF),比较两组上述检查结果的差异.采用多因素Logistic回归分析筛选初产妇SUI的独立影响因素,并据此建立预测初产妇SUI的列线图模型.绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析模型的区分度;采用Hosmer-Lemeshow检验并绘制校准曲线评估模型的校准度;绘制临床决策曲线分析模型的临床适用性.结果 两组分娩方式及妊娠期是否进行盆底肌锻炼、是否运动、是否存在SUI,以及URA、UTA、BND、PUA、LHA和血清MMP-1、OPN、CTGF比较差异均有统计学意义(均P<0.05).多因素Logistic回归分析显示,URA、UTA、BND、PUA、LHA和血清MMP-1、OPN、CTGF均为初产妇SUI的独立影响因素(均P<0.05);基于以上独立影响因素构建列线图模型.ROC曲线分析显示,列线图模型预测初产妇SUI的曲线下面积为0.841(95%可信区间:0.756~0.926);Hosmer-Lemeshow检验显示,列线图模型预测概率与实际概率比较差异无统计学意义(χ2=82.349,P=0.642);校准曲线显示,预测曲线与校准曲线的校准度较高;临床决策曲线显示,列线图模型具有较好的临床适用性.结论 基于盆底超声参数及血清学指标建立的列线图模型对初产妇SUI具有较高的预测价值,能为临床防治初产妇SUI提供参考依据.
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编辑人员丨2024/4/27
