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核酸检测用于确诊新型冠状病毒肺炎阳性率低的原因分析
编辑人员丨6天前
新型冠状病毒肺炎(COVID-19)是由2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)感染引起的一种急性传染性疾病,基于实时荧光逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法的病毒核酸检测是临床确诊的重要手段,但目前临床通过2019-nCoV的核酸检测结果确诊COVID-19存在阳性率偏低的现象。为明确这一问题出现的原因,本文在充分肯定核酸检测用于确诊COVID-19应用价值的基础上,从患者病程、标本采集、标本运输与保存、标本处理、核酸提取与扩增、病毒核酸变异等方面进行了分析,找出了影响核酸检测结果准确可靠的可能因素并提出了相应的建议。
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编辑人员丨6天前
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新型冠状病毒核酸检测结果的影响因素
编辑人员丨6天前
新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019, COVID-19)是由新型冠状病毒(2019 novel Coronavirus, 2019-nCoV)引起的传染性疾病。目前确诊2019-nCoV使用最多的方法是核酸检测法,疑似病例具备实时荧光RT-PCR检测2019-nCoV核酸阳性者即为确诊病例。在核酸检测过程中,标本质量、标本运输和保存条件、检测试剂和方法等因素都有可能造成假阴性或者假阳性结果。本文综述2019-nCoV核酸检测过程中可能影响检测结果的因素,更好地为COVID-19疑似病例确诊提供依据。
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编辑人员丨6天前
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生物信息学及实验验证分析SPRR2A基因在肺鳞癌中的表达和临床意义
编辑人员丨6天前
目的:探讨富含脯氨酸小蛋白2A(SPRR2A)在肺鳞癌中的表达及其可能的作用机制。方法:实验性研究。采用生物信息学方法,在GTEx数据库和TCGA数据库中检索分析SPRR2A在多种肿瘤组织和肺鳞癌中的表达,用ROC曲线分析SPRR2A诊断肺鳞癌的价值。收集2018年1月至2020年12月间于成都医学院第一附属医院外科手术的肺鳞癌标本及癌旁正常组织标本,通过RT-qPCR和Western blot技术进行实验验证,并进一步在4种肺鳞癌细胞株中再次验证。收集TCGA数据库中486例肺鳞癌患者基因表达谱数据及临床资料,根据SPRR2A表达水平的中位值,分为高、低表达组,采用GSEA4.1.0软件对差异基因富集的信号通路进行分析。采用Kaplan-Meier法分析SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组肺鳞癌患者的无疾病进展生存期和总生存期的差异。选用肺鳞癌SK-MES-1,构建SPRR2A表达载体shRNA SPRR2A质粒,应用Transwell方法验证干扰SPRR2A基因表达后,SK-MES-1细胞迁移和侵袭能力是否受到影响。结果:与癌旁正常组织比较,SPRR2A基因mRNA在肺鳞癌组织中的表达水平明显升高,且有较高的诊断价值(AUC=0.899%);临床标本及肺鳞癌细胞株验证结果与生物信息分析结果一致。肺鳞癌组织SPRR2A mRNA和SPRR2A蛋白均高于癌旁正常组织,分别为(128.45±12.44)和(36.88±2.77)比(10.11±1.32)和(1.46±0.04),差异有统计学意义( P<0.05)。TCGA数据库中,SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组患者差异基因共有528个,包括348个下调的基因和180个上调的基因,这些基因主要富集于细胞黏附分子和囊泡运输的相互作用两个信号通路。预后分析显示,肺鳞癌患者SPRR2A mRNA高表达组的总生存时间和无疾病进展生存时间明显短于低表达组。Transwell实验结果显示,敲减了SPRR2A基因的肺鳞癌SK-MES-1的细胞迁移和侵袭能力均受到显著抑制( P<0.05)。 结论:肺鳞癌组织中SPRR2A基因的表达水平明显上调,高表达SPRR2A与肺鳞癌患者的预后不良有关,靶向敲减SK-MES-1细胞中的SPRR2A后能抑制其迁移和侵袭。
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编辑人员丨6天前
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成人呼吸系统感染性疾病病原学诊断专家意见
编辑人员丨6天前
呼吸系统感染性疾病是临床常见病和多发病。临床上用于疾病病原学诊断的方法很多,各种方法之间存在一定的交叉性和互补性。在充分复习文献和国内外相关研究进展的基础上,结合我国目前的实际情况,编写本专家意见,旨在规范标本的采集、储存、运输、检测过程,提高对感染性呼吸道标本检测效率和准确率,同时对各种检验方法的结果判读进行归纳总结,为临床治疗方案的选择提供帮助。
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编辑人员丨6天前
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标本保存运输对大鼠血液百草枯浓度的影响
编辑人员丨6天前
目的:探讨在标本保存与运输过程中时长、温度、震荡对百草枯(PQ)染毒大鼠血液中PQ浓度的影响。方法:于2021年3月,将无特定病原体(SPF)级SD雄性大鼠60只随机分为低剂量组和高剂量组(PQ染毒剂量分别为10、80 mg/kg),每组30只。每组按干预方法分为常温静置组、冷藏静置组、37 ℃静置组、常温震荡组、37 ℃震荡组5个亚组,每亚组6只大鼠。大鼠通过腹腔注射相应剂量PQ进行染毒,染毒后1 h通过心脏取血的方法获取血液样本,按照不同方式干预后,检测并比较每亚组干预前后的PQ浓度,结果:37 ℃震荡组PQ染毒大鼠PQ检测结果较干预前明显下降( P<0.05),其余亚组PQ染毒大鼠PQ检测结果较干预前无明显变化( P>0.05)。 结论:37 ℃下震荡4 h会使PQ染毒大鼠血液中PQ浓度下降。
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编辑人员丨6天前
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大规模多场景移动实验室新型冠状病毒核酸应急检测专家共识
编辑人员丨6天前
特定区域的大规模核酸筛查是发现社区潜在传染源,切断传播链条,评估防控策略、阻断措施和效果的最有效手段,其目的在于实现对新型冠状病毒肺炎(简称新冠肺炎)病例的早发现、早报告、早隔离、早治疗。广州实验室新型冠状病毒核酸应急检测专家组在国家和地方性技术指导文件的基础上,总结气膜实验室和全集成车载移动实验室在新型冠状病毒核酸应急大筛查实际操作过程中积累的经验,融合最新的检测技术临床应用进展,联合编写《大规模多场景移动实验室新型冠状病毒核酸应急检测专家共识》,分别从总体规划、标本采集运输与信息管理、实验室检测管理、安全管理、资源保障五个方面为各个地方政府部门、医疗与疾控机构以及第三方检验机构,提供一个实用、科学、规范的参考组织方案,向国内外推广新冠肺炎疫情大规模筛查统筹管理方面的宝贵经验。
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编辑人员丨6天前
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2016—2021年微生物实验室标本可接受性相关检验前质量指标结果分析
编辑人员丨6天前
目的:通过回顾分析2016—2021年微生物实验室标本可接受性相关检验前质量指标的室间质评结果,了解微生物实验室标本可接受性,为建立初步质量规范提供参考。方法:国家卫生健康委临床检验中心联合31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团临床检验中心同步开展质量指标室间质量评价计划,并通过已开发的室间质量评价系统在线回报结果,收集2016—2021年实验室的基本信息和相关质量指标数据,对全国总体、连续回报实验室(分级和分省)进行统计分析,并采用西格玛度量评价实验室质量水平。结果:全国实验室13项质量指标所有年份的 M均为0(2018年第一次微生物标本污染率除外);其中10项质量指标(标本采集量错误率、标本丢失率、标本标识错误率、标本检验前储存不适当率、标本运输途中损坏率、标本运输温度不适当率、标本运输时间过长率、标本采集时机不正确率、实验室人员导致的标本重新采集率、非实验室人员导致的标本重新采集率)所有年份的四分位数均为0,均达到6σ水平。连续回报实验室3项质量指标三级医院各年 M( Q3)结果显示,标本容器错误率最低,其次是标本类型错误率,微生物标本污染率最高,对应的 M( Q3)结果最高值分别为0.047%(0.191%),0.059%(0.252%),0.251%(0.6%);按照省份分别对标本类型错误率和标本容器错误率2016年第1次和2021年第1次三级医院 M进行排列,标本类型错误率中辽宁、河北、江西、天津、北京、贵州、甘肃、青海和宁夏2021年第1次三级医院较2016年第1次明显降低,标本容器错误率中辽宁、四川、浙江、湖北、山西、天津、重庆、贵州、宁夏和湖南2021年第1次三级医院较2016年第1次明显降低。 结论:全国临床微生物实验室标本可接受性结果整体尚可,实验室应探索并建立适合自身的质量指标体系,加强重点质量指标的长期监测,提升服务质量。
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编辑人员丨6天前
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一种多功能腹膜透析标本留取装置的设计与应用
编辑人员丨6天前
目的:设计一种多功能腹膜透析标本装置盒,用于腹膜平衡试验(PET)和充分性标本的留取,方便临床使用。方法:采用便利抽样法,选取2018年1—12月空军军医大学西京医院肾脏内科拟行PET和透析充分性评估的90例患者为研究对象,将其随机分为观察组和对照组,每组各45例。观察组患者应用多功能腹膜透析标本留取装置留取腹膜透析液标本及转运,对照组应用传统方法留取及转运标本。比较两组患者PET、充分性评估标本采集操作耗时、满意率、标本差错率。结果:观察组患者共留取PET标本82次,对照组患者共留取PET标本80次,观察组标本采集耗时短于对照组,差错率低于对照组,满意率高于对照组,差异有统计学意义( P<0.05)。观察组45例患者共留取透析充分性标本158次,对照组45例患者共留取透析充分性标本161次。观察组标本采集耗时短于对照组,差错率低于对照组,满意率高于对照组,差异有统计学意义( P<0.05)。 结论:多功能腹膜透析标本留取装置同时具备结构简单、操作方便和成本低廉的特点,节约了护理人员的操作时间,减少了操作运输失误,避免了标本污染,对临床腹膜转运功能和透析充分性评估及指导制定透析处方具有积极作用。
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编辑人员丨6天前
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我国宏基因组高通量测序检测血液微生物游离DNA的方法及质量保证情况分析
编辑人员丨6天前
目的:调查我国实验室开展血液标本微生物细胞游离DNA(mcfDNA)宏基因组高通量测序(mNGS)的检测方法及质量保证情况。方法:2020年10月向来自全国的80家实验室发放了mNGS检测血液标本中mcfDNA的调查问卷。问卷内容包括mNGS分析前、分析中、分析后及性能确认开展情况4个部分。(1)分析前:对标本质量的要求,如对标本的采集、储存及运输条件等;(2)分析中:mcfDNA的提取流程、文库的质量要求、测序平台的使用及生物信息学分析软件等;(3)分析后:对mNGS的结果解释标准;(4)性能确认开展情况:对各类病原体的最低检出限。要求各实验室依据实际情况填写调查问卷。对上述调查问卷的回报结果进行统计分析。结果:80家实验室包括20家医疗单位和60家独立医学实验室。80.0%(64/80)的mNGS实验室检测血液中的mcfDNA时表示血浆及血清标本均可使用,其余实验室(16/80,20.0%)只采用血浆标本。参与调查的mNGS实验室所用的测序平台包括illumina 49家(61.3%),华大基因16家(20.0%),Ion Torrent 13家(16.3%),纳米孔测序2家(2.5%)。87.5%(70/80)的实验室使用第三方实验室搭建的集成分析工具,其他实验室(12.5%,10/80)使用开源软件自主搭建了分析平台。实验室间对mNGS结果的解释标准不一,其中标准化后病原体特异性序列数、相对丰度、基因组覆盖率及阴性对照中该微生物的检出情况是实验室考虑的主要因素。大部分实验室(76.3%,61/80)做过mcfDNA测序流程的性能确认实验,各实验室自建mNGS检测流程对革兰阳性菌、革兰阴性菌、真菌、寄生虫及其他病原体的最低检出限主要分布在10~100 拷贝/ml,对DNA病毒的检出限主要分布在500~1 000拷贝/ml。结论:各实验室之间的检测流程具有很大差异,为了确保检测结果的及时准确,需要各实验室积极优化mNGS检测流程,完善质量保证措施,应用于临床前规范开展性能确认工作。
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编辑人员丨6天前
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不合格静脉血标本管理中国专家共识
编辑人员丨6天前
在临床疾病的诊疗中,静脉血标本的检测发挥着不可替代的作用。然而,不合格的静脉血标本会在疾病诊断、医院运营等方面造成不良后果。对此,该共识从影响静脉血标本质量因素及应对措施、不合格静脉血标本管理建议、静脉血标本分析前质量指标、不合格静脉血标本的记录及分析方法、静脉血标本质量管理中的新技术5个方面进行阐述,旨在针对静脉血标本制定明确的质量控制指标,进一步完善评价系统,并明确静脉血标本在采集、储存、运输、检测等环节中的改进措施。
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编辑人员丨6天前
