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基于生物信息学方法鼻咽癌预后和免疫相关细胞轨迹差异表达基因的筛选
编辑人员丨5天前
目的:基于生物信息学方法筛选鼻咽癌预后和免疫相关的细胞轨迹差异表达基因。方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载鼻咽癌单细胞测序数据集(GSE150825)和转录组测序数据集(GSE102349)。GSE150825数据集包括11例鼻咽癌和3例鼻咽淋巴增生(NLH)组织共66 627个细胞的单细胞RNA测序结果,数据更新时间为2021年3月。GSE102349数据集包括113例鼻咽癌患者临床信息,数据更新时间为2017年。将GSE150825数据集中数据进行标化和重新聚类,并选取髓系细胞进行重新聚类,采用moncle2法进行拟时序分析。计算不同细胞状态的差异基因(细胞轨迹差异基因),并取并集得到并集基因。采用ClusterProfiler和ConsensusClusterPlus包对并集基因进行基因本体(GO)富集分析和临床分型。在GSE102349数据集中,根据细胞轨迹差异基因的并集基因,将患者分为两个亚组,分析两个亚组无进展生存(PFS)、临床分期、肿瘤免疫微环境的差异;CIBERSORT分析两个亚组免疫细胞浸润差异。使用LASSO回归构建预后预测模型。收集江苏省肿瘤医院2018年1月至2023年12月收治的经病理检查证实为鼻咽癌(14例)和正常鼻咽上皮(4例)的病理组织切片,采用免疫组织化学法检测筛选出的靶基因在正常鼻咽上皮和鼻咽癌肿瘤组织中的表达,并根据患者治疗前后核磁共振成像结果分析靶基因表达与鼻咽癌患者淋巴结治疗效果关系。结果:对单细胞测序数据集GSE150825数据进行过滤和质控,共64 312个细胞(48 604个来自鼻咽癌,15 798个来自NLH)进行后续分析。对质控后的细胞进行重新聚类分析,主要分为8种细胞类型:B细胞、T细胞、先天淋巴细胞、髓样细胞、成纤维细胞、肥大细胞和肿瘤细胞。髓样细胞特异性地分布在鼻咽癌患者中。拟时序变化的细胞轨迹差异基因主要富集在细胞质翻译、核糖体、局灶黏附、钙黏蛋白结合和细胞因子受体结合。在验证集GSE102349数据集中提取细胞轨迹差异基因并集并进行临床分型,亚组1、2的PFS比较差异有统计学意义( P=0.035);亚组1预后较好,临床分期Ⅰ期患者比例大;亚组2预后较差,临床分期Ⅳ期患者比例大。亚组1微环境中免疫成分比例高,体现了较活跃的免疫活动;亚组2的肿瘤纯度高于亚组1,其肿瘤成分所占比例高;记忆B细胞在亚组2中低表达,T细胞滤泡辅助细胞、NK活化细胞、静息和活化树突细胞在亚组1中低表达。根据细胞轨迹差异基因构建预后风险模型,风险评分=SDC3×1.588+ ODC1×1.122+ PSIP1×11.310+ P4HB×4.043。14例鼻咽癌组织中PSIP1蛋白H-score评分高于正常鼻咽组织[(96±11)分比(69±23)分, t=-3.38, P=0.004],P4HB蛋白H-score评分高于正常鼻咽组织[(64±35)分比(17±9)分, t=-2.65, P=0.018]。在鼻咽癌患者中,以H-score评分的中位数为cut-off值(PSIP1为97分,P4HB为63分),PSIP1高表达(≥97分)患者活化T细胞比例高于低表达(<97分)患者[(21±7)%比(13±4)%, t=-2.69, P=0.020],P4HB高表达(≥63分)患者NK细胞比例高于低表达(<63分)患者[(24±10)%比(14±6)%, t= -2.24, P=0.040]。 结论:PSIP1和P4HB可能是预测鼻咽癌预后和治疗效果的生物学标志物。
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编辑人员丨5天前
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热射病致迟发性脑病一例的临床病理报道
编辑人员丨5天前
目的:探讨1例热射病致迟发性脑病患者的临床表现、动态影像学变化及脑组织病理特点。方法:于2019年10月,回顾性分析1例热射病致迟发性脑病的临床表现、脑脊液、脑电图、影像学及脑活检组织病理。结果:患者40岁男性,高温环境作业时出现高热、头晕、意识不清。脑电图见弥漫性慢波活动。影像学早期未见明显异常,数天后逐渐出现丘脑基底节区异常信号;2月余后核磁共振成像(MRI)发现大脑皮层下大面积异常信号,并累及白质。脑活检组织病理见皮层神经元丢失、白质呈疏松样、明显脱髓鞘改变,蛛网膜下腔、脑膜、皮白质均未见到炎性细胞浸润。结论:影像学检查动态变化对热射病致脑组织时相性损害的诊断有重要意义;热射病脑损害的病理改变主要为髓鞘脱失。
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编辑人员丨5天前
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硼硅酸盐生物活性玻璃的矿化及机理初探
编辑人员丨2024/7/6
目的 探讨硼硅酸盐生物活性玻璃体外矿化成类骨层状结构的机理.方法 模拟体内环境,将硅酸盐玻璃(0B)、硼硅酸盐玻璃(2B)和硼酸盐玻璃(3B)浸泡于SBF溶液和含有明胶的SBF溶液中1周;随后采用质量损失分析、SEM、EDS、XRD及FTIR等测试方法对多种生物活性玻璃的矿化产物进行系统分析与比较;采用固体核磁NMR对生物玻璃进行玻璃结构分析.结果 浸泡1周后,SEM观察到硼硅酸盐玻璃(2B)和不含硅的硼酸盐玻璃(3B)表面产生层状矿化产物,而硅酸盐玻璃(0B)表面只有一层矿化产物层;XRD和FTIR结果显示3种玻璃的表面产物均为含有部分羟基磷灰石的钙磷化合物;固体核磁波谱(11B)测试结果表明硼硅酸盐玻璃(2B)和不含硅的硼酸盐玻璃(3B)都存在大量[BO3]平面三角体.最后,当硼硅酸盐玻璃(2B)浸泡在含有明胶的SBF溶液后,其矿化产物仍能维持层状结构;通过EDS分析可知形成明胶有机层和含羟基磷灰石的无机层相互堆积的特殊层状结构.结论 2B和3B玻璃内部存在大量[BO3]平面三角体所构造的二维平面结构.矿化过程中,不溶性反应物沉积在二维平面结构上,从而使矿化产物呈现层状结构.在浸泡液中添加一定量的明胶后,其可以有效地与硼硅酸盐玻璃的层状矿化结构相互匹配结合,最终堆叠形成有机相层与无机层相互交错的特殊结构.
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编辑人员丨2024/7/6
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代谢组学及其在慢性肾脏病研究中的进展
编辑人员丨2024/4/6
近年来,慢性肾脏病(chronic kidney disease,CKD)的发病率随着社会老龄化的发展以及肥胖、糖尿病、高血压等疾病发病率的升高不断增加[1] ,现已成为世界主要公共卫生问题之一. 因此迫切需要对CKD进行更深入的研究. 现代代谢组学是 20 世纪后期基于核磁共振(nuclear magnetic resonance, NMR)和质谱分析技术(mass spectrometry,MS)高速发展背景下,继基因组学、转录组学和蛋白质组学之后系统生物学的又一重要组成部分. 代谢组学研究的是特定时间、特定环境下生物系统整体受到内源或外源刺激后产生的全面的、动态的代谢物(主要相对分子质量<1 000)及其变化规律[2] ,这在CKD研究中具有十分突出的优势. 本文将综述近年代谢组学研究现状及其在CKD研究中的进展.
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编辑人员丨2024/4/6
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盐胁迫下植物根系分泌物的成分分析与生态功能研究进展
编辑人员丨2024/3/16
盐胁迫是常见的非生物胁迫之一,影响植物的生长发育.根系分泌物是植物与根际环境进行"信息"交换的重要媒介.植物在受到盐胁迫时,根系分泌物的组分和含量会发生改变,对盐胁迫下植物的生长发育产生重要影响.本文综述了根系分泌物的成分、检测方式、作用机制及变化调控.其成分主要包括氨基酸、糖类、有机酸和酚酸等.目前对根系分泌物的鉴定和检测方式主要有高效液相色谱、气相色谱-质谱联用、液相色谱-质谱联用以及核磁共振.结合前人研究总结了氨基酸、糖类、有机酸等分泌物在盐胁迫下组成和含量的变化.然后从根际理化环境、根际微生物等方面总结并提出了根系分泌物在盐胁迫下的作用主要包括:(1)作为信号分子调节植物耐盐能力;(2)维持根细胞内稳态;(3)影响根际环境.总结了氨基酸、糖类根系分泌物在盐胁迫下的变化机理,最后指出目前对根系分泌物成分功能的鉴定以及具体作用机制、通路的研究尚有待深入.本综述旨在分析盐胁迫下植物根系分泌物的生态效应,为今后深入挖掘植物响应盐胁迫机理提供参考依据.
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编辑人员丨2024/3/16
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一株高产表面活性剂的南极土地杆菌的分离及其特性
编辑人员丨2023/12/9
[背景]生物表面活性剂具有毒性低、生物兼容性好和可降解等优点,是化学表面活性剂的优良替代物.目前产生物表面活性剂的微生物多为常温菌,从低温环境中挖掘高产新型生物表面活性剂的生产菌株具有重要的意义.[目的]从南极土壤中筛选产表面活性剂的低温微生物,对其表面活性剂进行纯化和结构解析并评估其性能.[方法]采用排油圈法对分离自南极菲尔德斯半岛土壤样品中的细菌菌株进行筛选,获得一株在菌苔表面产白色固体颗粒的菌株,对菌株进行形态观察和 16S rRNA 基因序列分析以确定该菌株系统发育地位.利用高效液相色谱法(high performance liquid chromatography,HPLC)分离产物,并用核磁共振波谱(nuclear magnetic resonance,NMR)技术对产物的化学结构进行鉴定.采用单因素试验和响应面设计方法对发酵培养基进行优化.此外,对产物的乳化性能及其对柴油的降解能力进行评估.[结果]得到了一株高产生物表面活性剂的耐冷土地杆菌属(Pedobacter)GW9-17,其最优发酵培养基(g/L)组成为:可溶性淀粉18.0、胰蛋白胨 9.0、C3H3NaO34.4、K2HPO43.6、MgSO41.2,pH 7.0±0.2.在此条件下,按 10%(体积分数)接种量、28℃、180 r/min培养 7 d后表面活性剂的浓度可达到(3.0±0.5)g/L.利用HPLC和 NMR 技术发现菌株 GW9-17 表面活性剂主要成分为 flavolipid-9U,9U,表面活性剂粗提物的甲醇-水溶液(体积比 1:1)对液体石蜡油有良好的乳化能力,菌株GW9-17 在柴油含量为 5%时,在 4℃和 28℃条件下对柴油的降解率分别达到 40.1%和 57.3%.[结论]从南极土壤中获得了一株高产低分子量表面活性剂的低温Pedobacter sp.GW9-17,其产物flavolipids具有对烷烃类污染物质增溶分解的潜力,对石油污染的低温生态修复有重要的利用潜能.
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编辑人员丨2023/12/9
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抑制赖氨酰氧化酶加速髓核细胞凋亡诱导的椎间盘退变
编辑人员丨2023/11/11
目的 探讨赖氨酰氧化酶(lysyl oxidase,LOX)在椎间盘年龄相关性退变中发挥的作用及可能机制.方法 选取2、8和20月龄的SD大鼠各3只,拍摄椎间盘核磁共振与X线,评估年龄对椎间盘退变的影响;分离不同年龄椎间盘组织蛋白,利用Western blot检测LOX蛋白的表达量;利用CoCl2建立髓核细胞缺氧凋亡模型;LOX蛋白抑制剂BAPN及pcDNA3.1(+)-LOX重组质粒处理髓核细胞,研究LOX蛋白对不同缺氧环境下髓核细胞凋亡的作用;15只6周龄SD大鼠,根据简单随机法分为3组:对照组(n=5)、安慰剂组(n=5)与BAPN组(n=5),对照组作空白对照,安慰剂组与BAPN组分别在大鼠尾椎原位注射20 μL PBS缓冲液或BAPN(100 μg/mL),术后2周及4周拍摄X线评估椎间盘退变情况.结果 X线证实随着年龄的增加,20月龄大鼠椎间盘高度与2月龄相比明显下降(P<0.01),MRI中T2信号降低,出现退变性状;20月龄大鼠椎间盘中LOX蛋白量明显减少(P<0.01);髓核细胞在300 mmol/L CoCl2诱导的严重缺氧环境中发生凋亡(P<0.05),同时LOX表达下调(P<0.05),进一步抑制LOX蛋白表达后凋亡增加(P<0.05);体内实验表明,用BAPN抑制LOX蛋白功能后4周,BAPN组大鼠椎间盘高度下降明显比安慰剂组严重(P<0.01),退变程度加重.结论 LOX蛋白可以调控缺氧诱导的髓核细胞的凋亡进而影响椎间盘退变.
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编辑人员丨2023/11/11
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基于1H-NMR和16S rDNA测序技术探讨针与灸不同刺激方法对大鼠结肠代谢物和肠道菌群的影响
编辑人员丨2023/10/28
目的:观察针刺与艾灸两种不同干预方法对健康SD大鼠结肠代谢物和肠道菌群调节作用的差异.方法:将33只健康SD大鼠随机分为空白组、针刺组和艾灸组,每组各11只.空白组大鼠仰卧固定在治疗台上,不予任何干预,连续7 d;针刺组以不锈钢针灸针针刺大鼠双侧上巨虚穴和天枢穴,留针15 min,连续干预7 d;艾灸组采用温和灸,将艾条置于大鼠双侧上巨虚穴和天枢穴上方3~5 cm处,使皮肤温度维持在(45±5)℃之间,每次15 min,连续干预7 d.干预结束后,取各组大鼠结肠组织和粪便样品,运用质子核磁共振(proton nuclear magnetic resonance,1H-NMR)技术检测各组大鼠结肠组织代谢物,分析并筛选大鼠结肠组织差异代谢物;16S核糖体DNA(ri-bosomal DNA,rDNA)测序技术检测各组大鼠肠道菌群丰度和多样性的变化情况,并比较差异菌群.结果:代谢组学检测结果显示,与空白组相比,针刺组大鼠结肠组织中代谢物组氨酸、缬氨酸和丁酸含量显著上升(P<0.05),艾灸组大鼠结肠组织中代谢物胆碱和肌醇含量显著上升(P<0.05或P<0.01);与针刺组相比,艾灸组大鼠结肠组织中代谢物甲酸和乙酸含量显著上升(P<0.05).菌群多样性分析显示,与空白组相比,针刺组和艾灸组大鼠肠道菌群的Chao1指数和基于丰度的覆盖估计值(abundance-based coverage estimator,ACE)均显著上升(P<0.05);在菌群门和属水平上,针、灸干预后部分有益菌丰度上升,部分条件致病菌丰度下降.结论:针刺与艾灸两种不同干预方法对健康SD大鼠结肠代谢物和肠道菌群的调节存在差异性:针刺更擅长调节酸类代谢失衡所导致的胃肠道疾病,艾灸更适用于脂质代谢异常引发的代谢类疾病;针刺与艾灸对肠内微生态环境具有良性调节作用;针刺能通过影响肠道菌群的结构和丰度缓解胃肠道疾病.
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编辑人员丨2023/10/28
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蛋白质在膜表面的吸附特性及蛋白质存在的溶液环境对小檗碱膜透过行为的影响研究
编辑人员丨2023/8/6
为探索蛋白质在膜表面的吸附特性以及蛋白质存在的溶液环境对小檗碱膜透过行为的影响,以蛋白质、小檗碱为研究对象,配制模拟溶液,通过低场核磁共振技术、静态吸附实验以及膜分离实验探究蛋白质与陶瓷膜、小檗碱之间可能存在的相互作用,以蛋白质静态吸附量、膜过程相对通量、蛋白质截留率、小檗碱透过率及两者的吸附率为评价指标,同时测定膜过程中膜污染阻力分布、过膜前后粒径分布变化及膜表面电镜扫描(SEM),研究蛋白质在陶瓷膜上的吸附特性及对小檗碱膜过程的影响.结果表明,陶瓷膜对蛋白质具有吸附作用,且吸附模型符合Langmuir吸附模型,在模拟溶液的膜分离过程中,蛋白质是引起膜污染的主要因素,但在1g·L-1蛋白质的浓度下,蛋白质的存在对小檗碱的膜过程没有显著影响.
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编辑人员丨2023/8/6
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扩张型心肌病猝死风险评估进展
编辑人员丨2023/8/6
对于扩张型心肌病患者,如何更准确地识别出猝死高危人群并进行相应预防,对改善患者预后,合理使用医疗资源具有重要意义.目前国内外指南推荐依据左室射血分数进行猝死风险评估并指导心脏转复除颤器使用;但从临床试验结果看,这些患者心脏复律除颤器植入后恰当放电治疗率很低,提示基于左室射血分数进行猝死风险评估存在一定局限性.故对近年来包括心肌纤维化、遗传、心电学等指标在猝死评估中的进展进行了综述.由于猝死发生通常是遗传及环境多种因素共同作用的结果,因此,将左室射血分数与其他组织学、遗传学、心电学指标结合起来进行综合评估,可能有利于提高扩张型心肌病患者猝死评估的准确性.
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编辑人员丨2023/8/6
